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Dependence of the E. coli promoter strength and physical parameters upon the nucleotide sequence

Journal of Zhejiang University-Science B(Biomedicine & Biotechnology) 2005年第11期 21-26页

作者： BEREZHNOY AndreyY.,SHCKORBATOV Yuriy G. National Scientific Center Kharkov Physical-Technical Institute Kharkov 61108 Ukraine Institute of Biology Kharkov National University Kharkov 61077 Ukraine

The energy of interaction between complementary nucleotides in promoter sequences of E. coli was calculated and visualized. The graphic method for presentation of energy properties of promoter sequences was elaborated on. Data obtained indicated that energy distribution through the length of promoter sequence results in picture with minima at –35, –8 and +7 regions corresponding to areas with elevated AT (adenine-thymine) content. The most important difference from the random sequences area is related to –8. Four promoter groups and their energy properties were revealed. The promoters with minimal and maximal energy of interaction between complementary nucleotides have low strengths, the strongest promoters correspond to promoter clusters characterized by intermediate energy values.

关键词： DNA sequence Promoter strength nucleotide pair energy 35 sequence 10 sequence +7 sequence

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