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numa forms condensates through phase separation to drive spindle pole assembly

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Journal of Molecular Cell Biology 2022年第1期14卷 56-59页

作者： Huixian Ma Feifei Qi Li Ji Songbo Xie Jie Ran Min Liu Jinmin Gao Jun Zhou Shandong Provincial Key Laboratory of Animal Resistance Biology Collaborative Innovation Center of Cell Biology in Universities of ShandongInstitute of Biomedical SciencesCollege of Life SciencesShandong Normal UniversityJinan 250014China State Key Laboratory of Medicinal Chemical Biology Department of Genetics and Cell BiologyCollege of Life SciencesNankai UniversityTianjin 300071China

Dear Editor,Chromosome movement in mitosis is orchestrated by a microtubule-based protein machinery called the mitotic spindle(Hyman and Karsenti,1996;Compton,2000).The bipolar organization of the mitotic spindle is essential for the accurate segregation of chromosomes into daughter *** in bipolar spindle assembly can cause chromosome instability and aneuploidy,which are frequently observed in malignant tumors(Silkworth et al.,2009;McGranahan et al.,2012).The nuclear mitotic apparatus(numa)is a protein critical for bipolar spindle organization primarily due to its functions in the formation of spindle *** of numa has been reported in a number of cancer types and is associated with cancer development(Bruning-Richardson et al.,2012).Therefore,it is of great significance to understand the molecular mechanisms by which numa contributes to spindle pole assembly.

关键词： numa separation

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面向numa集群的代数多重网格算法优化

计算机科学 2014年第6期41卷 113-118页

作者：顾坚刘伟国家高性能计算机工程技术研究中心北京100193 公安部网络安全保卫局北京100741 北京邮电大学计算机学院北京100876

代数多重网格(AMG)是众多数值模拟应用的核心算法,在基于多核的numa架构的机群系统上,AMG的并行扩展性暴露了新的问题。通过设计感知numa架构的内存分配器,将划分给多个线程的数据分割并绑定到运行对应线程的CPU所属的numa存储节点上,... 详细信息

代数多重网格(AMG)是众多数值模拟应用的核心算法,在基于多核的numa架构的机群系统上,AMG的并行扩展性暴露了新的问题。通过设计感知numa架构的内存分配器,将划分给多个线程的数据分割并绑定到运行对应线程的CPU所属的numa存储节点上,从而改善了OpenMP多线程并行的数据局部性,使BoomerAMG程序在大规模多核计算平台上具有更好的并行扩展性。在单节点和小规模机群的测试中,使用NAAlloc分配器分别获得了最高16%和60%的性能提升。

关键词：代数多重网格 numa 多核局部性

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面向多处理器虚拟机的动态numa方法

小型微型计算机系统 2015年第4期36卷 677-682页

作者：施继成陈海波臧斌宇复旦大学软件学院上海201203 复旦大学上海市数据科学重点实验室上海201203 上海交通大学软件学院并行与分布式系统研究所上海200240

numa内存技术在增加了计算机系统内存带宽的同时,其跨节点访存延迟高的特点也增加了虚拟化平台的内存管理难度.现有的多核虚拟机numa优化方法大多为静态方法,即无需动态调节虚拟机状态.这些方法大都限制了虚拟化监控器调度虚拟CPU的灵活... 详细信息

numa内存技术在增加了计算机系统内存带宽的同时,其跨节点访存延迟高的特点也增加了虚拟化平台的内存管理难度.现有的多核虚拟机numa优化方法大多为静态方法,即无需动态调节虚拟机状态.这些方法大都限制了虚拟化监控器调度虚拟CPU的灵活性,降低了虚拟化平台负载均衡的能力,而影响虚拟机的运行效率.针对该问题,提出动态numa方法——在告知虚拟机numa拓扑结构的情况下,该方法通过调节虚拟机内操作系统numa相关数据结构方法,达到配合虚拟机监控器任务调度器的目的,实现虚拟机运行效率的提升.相较于静态方法,本文提出调节虚拟机numa数据结构,以适应虚拟机监控器调度器的动态方法.此方法提高了虚拟CPU的调度灵活性,提高了虚拟化平台负载均衡的能力,从而保证了多处理器虚拟机的运行效率.

关键词：虚拟机监控器多处理器虚拟化 numa

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Linux numa关键技术研究

南京大学学报（自然科学版） 2005年第Z1期41卷 556-562页

作者：吴庆波国防科技大学计算机学院

numa(Non-Uniform Memory Access Architecture)系统在市场上的应用越来越广泛,许多厂商都成功推出了基于numa架构的服务器,重点讨论当前Linux内核中的numa技术,主要包括:存储管理和numa调度,并在SGI Altix 350 numa系统上对Linux进行... 详细信息

numa(Non-Uniform Memory Access Architecture)系统在市场上的应用越来越广泛,许多厂商都成功推出了基于numa架构的服务器,重点讨论当前Linux内核中的numa技术,主要包括:存储管理和numa调度,并在SGI Altix 350 numa系统上对Linux进行了基本测试,为操作系统进行numa技术的研究提供了有力的借鉴.

关键词：存储管理 numa 操作系统

面向numa架构的虚拟网络功能部署技术研究

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计算机工程与应用 2019年第21期55卷 115-121,157页

作者：许道强邹云峰邓君华李浩钱柱中国网江苏省电力有限公司南京210024 国网江苏省电力有限公司电力科学研究院南京210024 南京大学计算机科学与技术系南京210023

针对非一致内存访问架构的集群系统,探讨了虚拟网络功能链的时延问题,以及重用已部署的虚拟网络功能提升资源利用率机制。形式化定义了面向最小化时延的虚拟网络功能部署问题,证明其为NP难问题,提出了基于马尔可夫链概率迭代的部署算法M... 详细信息

针对非一致内存访问架构的集群系统,探讨了虚拟网络功能链的时延问题,以及重用已部署的虚拟网络功能提升资源利用率机制。形式化定义了面向最小化时延的虚拟网络功能部署问题,证明其为NP难问题,提出了基于马尔可夫链概率迭代的部署算法MarVNFP。实验证明,与典型的虚拟网络功能部署算法MRP相比,MarVNFP算法能减少虚拟网络功能链近40%的跨域数据传输,有效降低了时延。

关键词：网络功能虚拟化 numa 资源调度马尔可夫链

核有丝分裂器蛋白numa在人脑胶质瘤中的表达

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安徽医科大学学报 2007年第1期42卷 42-44页

作者：肖瑾万经海李长元冯春国徐培坤胡向阳安徽医科大学第一附属医院神经外科合肥230022 安徽医科大学第一附属医院病理科合肥230022

目的检测核有丝分裂器蛋白(numa)在人脑胶质瘤中的表达及其与胶质瘤临床病理学特征之间的关系。方法采用免疫组化SP法检测65例人脑胶质瘤标本和15例正常脑组织标本中numa蛋白的表达情况。结果numa在Ⅱ级、Ⅲ级、Ⅳ级人脑胶质瘤中的表达... 详细信息

目的检测核有丝分裂器蛋白(numa)在人脑胶质瘤中的表达及其与胶质瘤临床病理学特征之间的关系。方法采用免疫组化SP法检测65例人脑胶质瘤标本和15例正常脑组织标本中numa蛋白的表达情况。结果numa在Ⅱ级、Ⅲ级、Ⅳ级人脑胶质瘤中的表达分别为42.9%、66.7%、82.4%;在正常脑组织中numa的表达率为20%。结论numa的过高表达与胶质瘤的组织病理学分级显著相关,而与肿瘤的组织学类型无关。

关键词： numa 胶质瘤免疫组织化学

植物细胞核基质(Nuclear Matrix)的形态结构及其numa蛋白成分的研究

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实验生物学报 1997年第4期30卷 417-429页

作者：汪健孙英丽翟中和北京大学生命科学学院北京100871

应用细胞选择性抽提并结合DGD包埋去包埋剂电镜技术对植物细胞核基质的形态结构进行了观察。结果显示胡萝卜悬浮培养细胞、银杏花粉细胞和精子细胞的细胞核内存在一个非染色质性的纤维蛋白网络体系。免疫荧光染色结果说明植物细胞核基... 详细信息

应用细胞选择性抽提并结合DGD包埋去包埋剂电镜技术对植物细胞核基质的形态结构进行了观察。结果显示胡萝卜悬浮培养细胞、银杏花粉细胞和精子细胞的细胞核内存在一个非染色质性的纤维蛋白网络体系。免疫荧光染色结果说明植物细胞核基质中含有与动物numa多抗交叉反应的多肽。免疫印迹反应显示胡萝卜悬浮培养细胞核基质蛋白与numa蛋白多抗的阳性反应条带为74KD和76 KD;银杏花粉细胞只有78 KD一条阳性带。以动物核基质numa蛋白保守杆状区的cDNA片段作为探针,与白菜子叶总DNA进行Southern杂交的结果表明植物细胞基因组中含有动物numa蛋白cDNA的同源序列。

关键词：植物细胞核基质 numa 蛋白

具备numa感知的PCM文件系统设计与优化

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具备NUMA感知的PCM文件系统设计与优化

作者：肖锋深圳大学

学位级别：硕士

新型存储级内存的出现客观上为建立以大数据为中心的计算架构提供了物理上的支持,其兼备了内存和磁盘的特性:在访问速度上接近内存,在容量上又与磁盘相当。当前针对新型存储级内存的研究主要集中在如何管理存储空间和延长其使用寿命上。... 详细信息

新型存储级内存的出现客观上为建立以大数据为中心的计算架构提供了物理上的支持,其兼备了内存和磁盘的特性:在访问速度上接近内存,在容量上又与磁盘相当。当前针对新型存储级内存的研究主要集中在如何管理存储空间和延长其使用寿命上。numa(Non-Uniform Memory Access)架构目前已经成为商用和学术界中的主流服务器架构,对于如何将新型存储级内存高效地部署到numa系统上当前还没有开展足够的研究。介于numa架构的特征:本地内存的访问速度优于远端内存,将新型存储级内存部署到numa系统上必将会出现许多新的、有挑战性的研究问题。本文首先分析了目前商用服务器使用的一款主流架构—numa,接着分析了一款基于numa架构的Intel Xeon E7处理器uncore中性能监控单元PMU(Performance Monitor Unit)和Intel numa架构上的访存数据流。基于对处理器uncore在访存性能中的重要作用的了解,我们监测了处理器uncore中访存相关性能事件在LLC(Last Level Cache)竞争、处理器远端内存访问和内存控制器竞争三种情况在不同访存压力下的计数值变化,发现这些性能事件计数值的变化在一定程度上能反映节点当前的访存压力情况。接着提出一个访存压力评估模型,其使用机器学习的方法,根据处理器uncore中访存相关性能事件计数值,来评估numa架构上各节点的访存压力,经验证得到预测访存压力最小且能获得最大访存带宽的节点的准确率达到63%。针对于PCM的存储方面,提出了一款numa架构上的PCM文件系统。根据numa架构的特点,使用文件系统性能测试程序对PCM文件系统的性能进行剖析,发现当本地访存压力小时,在本地节点上对PCM的访问带宽高于远端节点;而当访存压力大到一定程度时,远端节点上的PCM访问带宽反而高于本地节点。基于此,将之前的numa架构上的访存压力评估模型整合入PCM文件系统,形成一个具备numa感知的PCM文件系统。在进程发出文件访问请求之后,首先评估当前系统中各节点上的访存压力大小,将进程迁移到访存压力最小且能获得最大访存带宽的节点上运行。之后使用两个文件系统性能测试程序Iozone和Postmark测试文件系统的numa感知能力,在大部分情况下文件系统具备很好的numa感知能力。

关键词： SCM PCM numa PMU 文件系统

基于负载均衡的numa感知的Xen虚拟机调度器

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基于负载均衡的NUMA感知的Xen虚拟机调度器

作者：金睿浙江大学

学位级别：硕士

在现代多核计算机系统中,CPU、内存等资源的合理分配是一大具有挑战性的课题。在numa(Non-Uniform Memory Access)环境下,不同节点的内存访问不是统一的,远程内存访问过多会导致系统性能下降。虚拟机对节点的资源竞争也同样会影响整体... 详细信息

在现代多核计算机系统中,CPU、内存等资源的合理分配是一大具有挑战性的课题。在numa(Non-Uniform Memory Access)环境下,不同节点的内存访问不是统一的,远程内存访问过多会导致系统性能下降。虚拟机对节点的资源竞争也同样会影响整体性能。本文实现了一个运用于Xen虚拟机的调度器,着眼于合理地调度虚拟机,使得各个numa节点的负载相对均衡,使运行在numa环境下的虚拟机的整体运行速度加快,整体性能得到提升。本文所做的工作主要为以下几个方面：1)提出自适应的K-means算法对虚拟机进行聚类：考虑虚拟机多维度负载信息并结合虚拟机分类的特点,提出一个自适应的K-means算法对虚拟机进行聚类。2)提出结合共享缓存有效性和负载均衡对虚拟机组合分配的算法：把整台虚拟机vCPU迁移到同一个numa节点上有利于增加缓存的有效性,减少失配率。按照负载高和负载低的虚拟机组合的负载均衡思想,把不同类别虚拟机合理组合,分配到各个节点上,使各个节点负载相对均衡。3)提出最小代价虚拟机迁移算法：把原来已经在节点上的虚拟机数量和待分配的虚拟机数量进行排序后做差,减少虚拟机的移动次数。对需要移动的虚拟机,考虑访问远程内存的代价,为需要分配的虚拟机寻找最合适的节点。4)设计实现了虚拟机调度器：根据本文提出的聚类算法和负载均衡组合思想,以及最小代价迁移算法,设计实现运用于Xen虚拟机的调度器。5)设计实验用例进行实验：运行多组测试用例对调度器进行实验,以验证调度器能够使系统整体性能得到提升。

关键词： Xen numa 调度性能优化