检索结果-南通市图书馆

基于涉案兽类12S rRNA基因的ncbi数据库序列可靠性分析

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基因组学与应用生物学 2019年第5期38卷 2011-2016页

作者：黄娅琳侯森林顾翀实南京森林警察学院南京210023 国家林业局森林公安司法鉴定中心南京210023

本研究以常用于动物种属鉴定的12S rRNA基因位点为研究对象,利用所测得的17种常见涉案兽类12S rRNA基因部分片段序列及ncbi数据库中下载的该物种DNA序列及其近缘物种DNA序列,构建系统进化树。根据进化树的聚类情况,判断ncbi数据库中的... 详细信息

本研究以常用于动物种属鉴定的12S rRNA基因位点为研究对象,利用所测得的17种常见涉案兽类12S rRNA基因部分片段序列及ncbi数据库中下载的该物种DNA序列及其近缘物种DNA序列,构建系统进化树。根据进化树的聚类情况,判断ncbi数据库中的相关基因序列或物种名称的正确性,并对其中错误序列的登陆号进行标记,以防对后续涉案动物的准确鉴定造成影响。分别从17种常见涉案兽类(共26份样本)中提取线粒体DNA,并利用通用引物扩增线粒体DNA上的12S rRNA基因部分片段并进行测序分析。通过ncbi数据库的Blast比对功能,筛选出与本研究物种同源性由高到低的物种,并从ncbi基因数据库中下载此类近缘物种的12S rRNA基因序列共351条,利用MEGA7.0软件构建该物种及其近缘物种系统进化树。通过比对发现ncbi中登录号为KP202279等3个序列所对应物种拉丁名错误。登录号为AY184436等11个序列所对应物种拉丁名可能存在疑问。GenBank中某些物种拉丁名有同种异名现象。因此,ncbi数据库数据可靠性有待进一步验证,只能作为涉案物种鉴定的参考数据之一,可借助构建系统进化树等方法来确认其结果的准确性。

关键词：兽类 12S rRNA ncbi数据库系统进化树

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ncbi数据库在高中生物学教学中的应用

生物学通报 2019年第12期54卷 27-29页

作者：林建春江省温州市洞头区第一中学浙江温州325700

ncbi数据库为生物学科研及教学工作人员提供了多种生物学数据库检索服务.介绍ncbi数据库在高中生物学教学中的应用,可通过种属数据库查询生物分类地位、通过核酸数据库查询生物间亲缘关系,以及通过蛋白质信息数据库查询了解蛋白质结构等... 详细信息

ncbi数据库为生物学科研及教学工作人员提供了多种生物学数据库检索服务.介绍ncbi数据库在高中生物学教学中的应用,可通过种属数据库查询生物分类地位、通过核酸数据库查询生物间亲缘关系,以及通过蛋白质信息数据库查询了解蛋白质结构等,列举了3种利用ncbi数据库进行拓展学习的途径(利用基因数据库查询代谢途径、利用BLAST功能进行序列比对、利用孟德尔数据库查询遗传病),为高中生物学教学提供新的方式.

关键词： ncbi数据库生物学教学生物分类地位亲缘关系蛋白质结构

基于ncbi数据库的高中生物学课程资源开发与利用

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基于NCBI数据库的高中生物学课程资源开发与利用

作者：谢海婷广西师范大学

学位级别：硕士

《普通高中生物学课程标准(2017年版2020年修订)》指出要积极开发与利用生物学课程资源,注重生命观念中信息观的构建,新增了“生物信息学与人类基因组”模块。生物信息数据库收录了大量的生物和生物信息方面的数据,几乎涵盖了生命科学... 详细信息

《普通高中生物学课程标准(2017年版2020年修订)》指出要积极开发与利用生物学课程资源,注重生命观念中信息观的构建,新增了“生物信息学与人类基因组”模块。生物信息数据库收录了大量的生物和生物信息方面的数据,几乎涵盖了生命科学的各个领域,其中蕴含着大量可供生物学教学的生物信息资源未被开发。因此,本研究选取一个综合型的数据库——ncbi数据库(美国生物技术信息中心)作为研究对象,开发适用于高中生物学课程的ncbi数据库课程资源,在日常教学中渗透生物信息数据库的相关知识,构建学生的信息观,为后续的学习奠定基础。本研究以认知学习理论、多元化智能学习理论、建构主义学习理论为基础,选用文献研究法、问卷调查法、案例分析法等研究方法。首先归纳国内外关于课程资源与ncbi的研究现状,确定研究主题,明确研究意义;问卷调查当地生物教师对课程资源的开发与利用现状及ncbi数据库的了解程度;研习高中生物新教材,以《分子与细胞》、《遗传与进化》两本教材为依据,从ncbi数据库中筛选出与高中生物学知识紧密联系的数据库,获取并处理成图像资源,依据ncbi数据库的资源具有的形式多样性、内容科学性、价值潜在性等优势,总结归纳开发ncbi数据库资源需要遵循有效性原则、实用性原则、匹配性原则以及开放性原则,制作并发放成果评价问卷;利用基于ncbi数据库所开发的成果,制作三个详细的教学案例,并对“遗传与进化”模块的内容,选择广西某中学的两个实验班进行一个学期的课堂实践,以检验开发成果的可行性与教学效果,最后整理归纳形成论文。通过上述研究,得到以下结论:(1)这两个班的学生在运用基于ncbi数据库开发的课程资源进行课堂教学前后,其学习兴趣、生命观念、科学思维与科学探究及社会责任四个维度的均值方程t检验显著(双尾)值皆为0.00数据库的认知与运用能力比较缺乏,但对于该数据库作为课程资源开发的工具给予期望。在对开发成果进行评价时,本研究所开发的课程资源得到广大教师的认可。大部分教师认为该课程资源在高中生物学课堂教学中的应用较优秀,并指出开发的数据图像效果直观。这说明了虽然当前大部分生物教师对于生物信息数据库的认识不足,导致开发意识薄弱,但只要给予足够的指导与培训,越来越多的生物教师也会加入到生物信息数据库的开发与应用的队伍中。因此,笔者认为ncbi数据库课程资源在高中生物学课堂教学中具有独特的优势与重要性,应鼓励生物教师以及生物教学研究者积极对其开发利用。本研究中的开发成果以及教学设计可为生物教师今后对生物信息数据库进行开发利用作为参考,希望能够集中各方力量建立属于国人自己的高中生物信息数据库课程资源平台,以便适应新课标要求,提升教师的专业化素养,形成学生的生物学核心素养。

关键词： ncbi数据库课程资源高中生物学教学开发与利用研究

同方学位论文库评论

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高中生物教学中如何巧用ncbi数据库

中学生物学 2020年第10期36卷 9-11页

作者：谢海婷韦艳艳广西师范大学生命科学学院广西桂林541006 华中师范大学生命科学学院湖北武汉430000

在蛋白质的结构与功能、染色体与基因以及其他相关内容的教学中运用ncbi数据库中的相关子库,贯彻落实课程目标与促进学科核心素养的培养。通过探索详细的注释信息、生动形象的可视化界面以及学生主动积极的实践操作,突破学生学习难点,... 详细信息

在蛋白质的结构与功能、染色体与基因以及其他相关内容的教学中运用ncbi数据库中的相关子库,贯彻落实课程目标与促进学科核心素养的培养。通过探索详细的注释信息、生动形象的可视化界面以及学生主动积极的实践操作,突破学生学习难点,加深知识理解与记忆,培养学生学习的兴趣,提高学生信息化学习的能力,形成良好的生物学学科核心素养,为学生学习以及未来科学研究奠定坚实的基础。

关键词：核心素养 ncbi数据库生物学教学结构与功能

生物信息数据库在分子遗传学教学中的应用与实践

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中国优生与遗传杂志 2016年第7期24卷 130-131页

作者：王一鹏王树玉首都医科大学附属北京妇产医院产前诊断中心北京100026

为更好的结合理论与实践,我们在临床检验本专科学生的分子遗传学课程上设置了生物信息数据库的使用实验内容,主要以在线检索和讲解的形式阐述ncbi数据库的使用和检索方法,利用现代信息手段进行教学交流,收到了良好的教学效果。

关键词：分子遗传学临床检验专业 ncbi数据库实验教学

桥粒芯胶蛋白-1与头颈部鳞状细胞癌发生及预后相关性的研究

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临床耳鼻咽喉头颈外科杂志 2016年第10期30卷 763-766页

作者：寇飞李芬汪雷喻迪陈晨陈始明肖伯奎陶泽璋武汉大学人民医院耳鼻咽喉头颈外科耳鼻咽喉头颈外科研究所武汉430060

目的:本研究拟探讨桥粒芯胶蛋白-1与头颈部鳞状细胞癌发生及预后的相关性。方法:本研究通过对ncbi数据库GEO获取的基因芯片数据进行统计学分析,并且采用头颈部鳞状细胞癌组织芯片予以验证。免疫组织化学的方法检测了组织芯片中芯胶蛋白-... 详细信息

目的:本研究拟探讨桥粒芯胶蛋白-1与头颈部鳞状细胞癌发生及预后的相关性。方法:本研究通过对ncbi数据库GEO获取的基因芯片数据进行统计学分析,并且采用头颈部鳞状细胞癌组织芯片予以验证。免疫组织化学的方法检测了组织芯片中芯胶蛋白-1的表达,并采用统计学方法分析了芯胶蛋白-1的表达与头颈部鳞状细胞癌发生、分化、预后等的相关性。结果:对GEO获取的芯片数据分析发现芯胶蛋白-1在头颈部鳞状细胞癌中表达增高,且表达增高的患者预后较差。组织芯片的验证实验显示结果与GEO数据库获取数据分析结果基本一致,在头颈部鳞状细胞癌中DSC1的表达显著高于正常组织,且在低分化头颈部鳞状细胞癌中表达高于高分化鳞状细胞癌。结论:桥粒芯胶蛋白-1的增高可促进头颈部鳞状细胞癌的发生,且与肿瘤分化相关。此外,其表达增高提示患者预后不良。

关键词：桥粒芯胶蛋白-1 头颈部鳞状细胞癌预后组织芯片 ncbi数据库

猪源肺炎克雷伯氏菌和大肠杆菌双重PCR方法的建立与应用

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猪源肺炎克雷伯氏菌和大肠杆菌双重PCR方法的建立与应用

作者：周磊湖南农业大学

学位级别：硕士

肺炎克雷伯氏菌是一种重要的人畜共患病原,人们对人医临床分离株的耐药性和致病性研究较多,而兽医临床分离株的研究较少。对于猪源肺炎克雷伯氏菌虽有少量报道,但多是以肺炎克雷伯氏菌复合群为研究对象,导致我们对严格意义上的肺炎克雷... 详细信息

肺炎克雷伯氏菌是一种重要的人畜共患病原,人们对人医临床分离株的耐药性和致病性研究较多,而兽医临床分离株的研究较少。对于猪源肺炎克雷伯氏菌虽有少量报道,但多是以肺炎克雷伯氏菌复合群为研究对象,导致我们对严格意义上的肺炎克雷伯氏菌(Kp1)的危害了解有限。加之肺炎克雷伯氏菌和大肠杆菌在生长特性、染色形态、生化表型等方面具有一定的相似度,依靠兽医临床对大肠杆菌的初步鉴别方法对疑似大肠杆菌感染病例进行诊断时,有可能将肺炎克雷伯氏菌感染病例误判为大肠杆菌感染。因此急需建立一种用于检测猪源样本中Kp1和大肠杆菌的方法。一、本研究通过对ncbi数据库中1618个Kp1和3245个***全基因组序列进行同源性比较,筛选各自种内保守、种间特异的基因,建立了可同时对Kp1和***进行检测的双重PCR方法,该方法对Kp1和***检测的灵敏度达10 CFU,通过细菌分离试验证明该方法检测灵敏度高于细菌分离。二、使用双重PCR方法对实验室保存的69个疑似大肠杆菌感染病例中初步鉴定为大肠杆菌的分离菌样本进行检测,其中有12个样本为Kp1阳性,成功分离出7株Kp1。三、使用双重PCR方法对收集201份屠宰猪组织样本进行检测,从中检出8份Kp1阳性样本,成功分离出5株Kp1。四、通过对12株Kp1分离株进行MLST分型,发现7个已知序列型,分别为ST1、ST11、ST14、ST25、ST35、ST45、ST828和3个新的序列型,ST25和ST45各有2株,其余序列型各1株。以上7个已知序列型均为人医临床常见序列型,其中ST1、ST11、ST14、ST25和ST828为首次从猪群中分离出。这提示猪源Kp1极有可能会感染人,是一种人畜共患病病原。

关键词：肺炎克雷伯氏菌 ncbi数据库双重PCR MLST 人畜共患病