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Binding of Human SWI1 arid Domain to DNA without Sequence Specificity: A Molecular Dynamics Study

Journal of Huazhong University of Science and Technology(Medical Sciences) 2015年第4期35卷 469-476页

作者：孙茜朱涛王常玉马丁 Department of Obstetrics and Gynecology Tongji HospitalTongji Medical CollegeHuazhong University of Science and Technology

SWI 1 is a member of a new class of tumor DNA-binding proteins named as the AT-rich in- teraction domain family （arid）, and considered to bind with AT base pairs specifically. Genomic and functional data support arid1A as a tumor suppressor because AR1D1A/BAF250a （SWI1） subunit of the SWI/SNF chromatin-remodeling complex has emerged as recurrently mutated in a broad array of tumor types. But the crystal structure of SWI1 has not been solved as yet. Using docking and molecular dynamics, we predicted the DNA interaction pattern of human SWI1 arid and made comparisons with the other two representative arid family members, human mrf-2 arid and Drosophila Dri arid. Dynamic results revealed that the N-terminal and loop L1 of SWI1 arid bound with the DNA major groove, while the loop L2 and helix H6 bound with the minor groove. Moreover, it was found that SWI1 arid bound with DNA apparently in a sequence-nonspecific manner. It was concluded that SWI1 arid can form stable complex with sequence-nonspecific DNA segment comparing to mrf-2 arid/DNA and Dri arid/DNA sequence-specific complexes.

关键词： AT-rich interaction domain family 1A (arid) BAF250a mrf-2 arid Dri arid pro- tein-DNA interaction ovarian cancer

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