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GAEP:a comprehensive genome assembly evaluating pipeline

Journal of Genetics and Genomics 2023年第10期50卷 747-754页

作者： Yong Zhang Hong-Wei Lu Jue Ruan Shenzhen Branch Guangdong Laboratory of Lingnan Modern AgricultureGenome Analysis Laboratory of the Ministry of Agriculture and Rural AffairsAgricultural Genomics Institute at ShenzhenChinese Academy of Agricultural SciencesShenzhenGuangdong 518120China State Key Laboratory of Rice Biology and Breeding China National Rice Research InstituteChinese Academy of Agricultural SciencesHangzhouZhejiang 311401China

With the rapid development of sequencing technologies,especially the maturity of third-generation sequencing technologies,there has been a significant increase in the number and quality of published genome assemblies.The emergence of these high-quality genomes has raised higher requirements for genome evaluation.Although numerous computational methods have been developed to evaluate assembly quality from various perspectives,the selective use of these evaluation methods can be arbitrary and inconvenient for fairly comparing the assembly quality.To address this issue,we have developed the Genome Assembly Evaluating Pipeline(GAEP),which provides a comprehensive assessment pipeline for evaluating genome quality from multiple perspectives,including continuity,completeness,and correctness.Additionally,GAEP includes new functions for detecting misassemblies and evaluating the assembly redundancy,which performs well in our testing.GAEP is publicly available at https://***/zyoptimistic/GAEP under the GPL3.0 License.With GAEP,users can quickly obtain accurate and reliable evaluation results,facilitating the comparison and selection of high-quality genome assemblies.

关键词： Genome assembly Assembly quality Assembly metrics Assembly evaluation pipeline misassembly detection misassembly breakpoint Assembly redundancy

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