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基于变性梯度凝胶电泳和miseq高通量测序技术分析恩施地区腊肉的细菌多样性

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肉类研究 2018年第10期32卷 37-42页

作者：董蕴王玉荣王尧廖华赵慧君郭壮湖北文理学院食品科学技术学院鄂西北传统发酵食品研究所湖北襄阳441053 恩施市农业局湖北恩施445000 恩施市公共检验检测中心湖北恩施445000

以采集自湖北省恩施地区的5个腊肉样品为研究对象,采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(polymerase?chain?reaction-denatured?gradient?gel?electrophoresis,PCR-DGGE)与miseq高通量测序技术相结合的方法对其中所含微生物的多样性进... 详细信息

以采集自湖北省恩施地区的5个腊肉样品为研究对象,采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(polymerase?chain?reaction-denatured?gradient?gel?electrophoresis,PCR-DGGE)与miseq高通量测序技术相结合的方法对其中所含微生物的多样性进行解析。PCR-DGGE结果表明,腊肉样品中的细菌主要为葡萄球菌属(Staphylococcus)、嗜冷杆菌属(Psychrobacter)、乳酸杆菌属(Lactobacillus)和假交替单胞菌属(Pseudoalteromonas);miseq高通量测序结果表明,腊肉中的细菌门主要为硬壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria),其平均相对含量分别为54.05%和44.28%,细菌属主要为葡萄球菌属(Staphylococcus)、嗜冷杆菌属(Psychrobacter)、假交替单胞菌属(Pseudoalteromonas)、环丝菌属(Brochothrix)、科贝特氏菌属(Cobetia)和不动细菌属(Acinetobacter),其平均相对含量分别为40.18%、24.02%、9.37%、8.53%、4.71%和2.31%;在分类操作单元(operational taxonomic units,OTU)水平上,发现252个核心OTU,累计平均相对含量高达74.22%。由此可见,PCR-DGGE和miseq高通量测序的结果综合分析得出恩施地区腊肉中的细菌主要为葡萄球菌属(Staphylococcus)、嗜冷杆菌属(Psychrobacter)和假交替单胞菌属(Pseudoalteromonas)。

关键词：腊肉细菌变性梯度凝胶电泳 miseq高通量测序

基于miseq高通量测序技术渣豆酱微生物类群研究

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中国酿造 2020年第9期39卷 48-52页

作者：向凡舒张振东望诗琪侯强川郭壮湖北文理学院湖北省食品配料工程技术研究中心湖北襄阳441053

该研究采用miseq高通量测序技术对鹤峰地区渣豆酱中细菌和真菌多样性进行了解析。结果发现,硬壁菌门(Firmicutes)为优势细菌门,芽孢杆菌属(Bacillus)和葡萄球菌属(Staphylococcus)为优势细菌属,平均相对含量分别为92.0%、56.87%和24.28%... 详细信息

该研究采用miseq高通量测序技术对鹤峰地区渣豆酱中细菌和真菌多样性进行了解析。结果发现,硬壁菌门(Firmicutes)为优势细菌门,芽孢杆菌属(Bacillus)和葡萄球菌属(Staphylococcus)为优势细菌属,平均相对含量分别为92.0%、56.87%和24.28%;子囊菌门(Ascomycota)为优势真菌门,青霉属(Penicillium)、耐碱酵母属(Galactomyces)和接合酵母属(Zygosaccharomyces)为优势真菌属,平均相对含量分别为82.57%、19.42%、17.09%和16.12%;经Mood-median检验发现,细菌的丰度显著低于真菌(P0.05);经相关性分析发现,芽孢杆菌属与德巴利酵母属呈显著负相关(R=-0.997,P<0.05),乳酸杆菌属与念珠菌等真菌属均呈显著正相关(P<0.05),且相关系数均大于0.999。由此可见,鹤峰地区渣豆酱中细菌主要为芽孢杆菌属和葡萄球菌属,真菌主要为青霉属、耐碱酵母属和接合酵母属。

关键词：渣豆酱 miseq高通量测序细菌真菌

基于miseq高通量测序技术对3个孝感凤窝酒曲细菌多样性的评价

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中国微生态学杂志 2018年第5期30卷 525-530,544页

作者：沈馨尚雪娇董蕴王丹丹张振东郭壮湖北文理学院化学工程与食品科学学院鄂西北传统发酵食品研究所湖北襄阳441053

目的对凤窝酒曲细菌多样性进行研究。方法选取孝感地区3个凤窝酒曲作为研究对象,采用miseq高通量测序技术以16S rRNA为靶点,对其细菌菌群构成进行研究。结果 3个凤窝酒曲中发现9个优势核心属,其相对含量累计为78.15%,发现10个相对含量大... 详细信息

目的对凤窝酒曲细菌多样性进行研究。方法选取孝感地区3个凤窝酒曲作为研究对象,采用miseq高通量测序技术以16S rRNA为靶点,对其细菌菌群构成进行研究。结果 3个凤窝酒曲中发现9个优势核心属,其相对含量累计为78.15%,发现10个相对含量大于1.0%的分类操作单元,累计相对含量为60.62%。结论 3个凤窝酒曲共有大量的核心细菌菌群。

关键词：凤窝酒曲 miseq高通量测序细菌多样性

白水地区清香型大曲理化指标及真菌多样性分析

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食品与发酵工业 2024年第10期50卷 197-204页

作者：陈佩翟彩宁刘莹李军莉党辉陕西开放大学旅游与酒店管理学院陕西西安710119 陕西开放大学护理学院陕西西安710119 陕西师范大学食品工程与营养科学学院陕西西安710119

该研究在测定了陕西白水地区清香型大曲理化指标的基础上,进一步采用miseq高通量测序技术对其真菌类群进行了解析,并探讨了真菌类群与理化指标间的相关性。理化指标检测结果显示,不同清香型大曲样品在酒化力、发酵力、液化力和糖化力等... 详细信息

该研究在测定了陕西白水地区清香型大曲理化指标的基础上,进一步采用miseq高通量测序技术对其真菌类群进行了解析,并探讨了真菌类群与理化指标间的相关性。理化指标检测结果显示,不同清香型大曲样品在酒化力、发酵力、液化力和糖化力等指标上存在较大差异(变异系数>15%),且酸度偏低(0.52~0.76 mmol/10 g)。测序结果显示优势真菌类群主要为红曲霉菌属(Monascus,37.37%)、嗜热子囊菌属(Thermoascus,25.57%)和根霉菌属(Rhizopus,21.70%)等。相关性分析显示Rhizopus与糖化力和发酵力之间存在显著正相关关系(P<0.05),而Xeromyces和Lichtheimia均与氨基酸态氮之间存在显著负相关关系(P<0.05)。此外,该研究从MG-RAST数据库中下载了湖北襄阳地区清香型大曲的真菌序列,将白水地区与襄阳地区清香型大曲的真菌群落结构展开了比较分析。结果显示白水地区清香型大曲的真菌多样性要显著高于襄阳地区,且白水地区的特征微生物主要为Rhizomucor和Lichtheimia等,而襄阳地区的主要为Monascus。与此同时,2个地区清香型大曲中还含有Thermoascus、酵母菌属(Saccharomycopsis)、假丝酵母菌属(Candida)和Aspergillus等核心真菌类群。纯培养结果表明白水地区清香型大曲中的可培养酵母菌主要为Saccharomycopsis fibuligera。由此可见,白水地区清香型大曲在酒化力、发酵力和糖化力等理化指标上存在一定差异,其中的优势真菌主要以Monascus、Thermoascus和Rhizopus为主,且优势真菌类群与部分理化指标间存在一定的相关性。

关键词：清香型大曲理化指标 miseq高通量测序真菌类群酵母菌

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高温大曲中真菌类群解析及其风味品质评价

食品与发酵工业 2024年第4期50卷 225-231,239页

作者：王玉荣高君雷炎管桂坤刘宇侯强川郭壮湖北文理学院湖北省食品配料工程技术研究中心湖北襄阳441053 襄阳市酿酒生物技术与应用企校联合创新中心湖北襄阳441053 山东兰陵美酒股份有限公司山东兰陵277731

该研究基于miseq高通量测序技术对兰陵地区高温大曲的真菌类群结构进行了解析,采用电子鼻技术对其风味品质进行了评价,并探究了真菌属与风味评价指标之间的相关性。基于加权UniFrac距离分析显示,15份高温大曲被分为2个聚类。α多样性分... 详细信息

该研究基于miseq高通量测序技术对兰陵地区高温大曲的真菌类群结构进行了解析,采用电子鼻技术对其风味品质进行了评价,并探究了真菌属与风味评价指标之间的相关性。基于加权UniFrac距离分析显示,15份高温大曲被分为2个聚类。α多样性分析显示,较之聚类II,聚类I真菌类群的丰富度和多样性极显著偏低(P<0.001)。属水平上,聚类I高温大曲中Thermomyces(嗜热真菌属)丰度极显著偏高(P<0.001),Aspergillus(曲霉属)丰度极显著偏低(P<0.001),平均相对含量分别为96.44%和1.47%,而在聚类II高温大曲中分别为46.60%和37.89%,且兰陵高温大曲中Thermomyces与Aspergillus之间呈现极显著负相关性(P<0.001)。电子鼻分析结果表明,较之聚类II,聚类I高温大曲中有机硫化物显著偏低(P<0.05)。多元统计学分析发现,聚类I高温大曲中Thermomyces丰度较高且芳香类物质含量丰富。由此表明,Thermomyces对高温大曲风味品质形成可能具有积极作用。

关键词：高温大曲 miseq高通量测序真菌类群结构电子鼻风味品质

Illumina miseq高通量测序分析不同品种桑树内生细菌多样性

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蚕学通讯 2018年第3期38卷 1-10页

作者：吴燕燕徐伟芳罗琴王玲莉刘祎杨陈凯谢洁西南大学生物技术学院重庆400715

为了分析不同抗病性桑树品种内生细菌多样性,利用基于Illumina miseq的高通量测序技术,从桑椹菌核病不同抗性品种(抗性品种:长果桑与川桑7637;易感品种:新伦教与红果2号)中共获得有效序列92282条,将高于97%相似度的划分为一个操作分类单... 详细信息

为了分析不同抗病性桑树品种内生细菌多样性,利用基于Illumina miseq的高通量测序技术,从桑椹菌核病不同抗性品种(抗性品种:长果桑与川桑7637;易感品种:新伦教与红果2号)中共获得有效序列92282条,将高于97%相似度的划分为一个操作分类单元(OTU),优化后得到5858个OTUs。内生细菌种群分析结果表明,变形菌门(Proteobacteria,36.10%)、厚壁菌门(Firmicutes,14.51%)、酸杆菌门(Acidobacteria,13.38%)、拟杆菌门(Bacteroidetes,11.85%)以及放线菌门(Actinobacteria,6.35%)为各品种果桑的共有优势菌门,假单胞菌属(Pseudomonas,8.01%)为其共有优势菌属,但这些优势菌群在不同品种桑树中所占的比例均有差异。内生细菌多样性分析结果表明,抗性品种川桑7637的内生细菌多样性最高,长果桑次之,而易感品种新伦教与红果2号则相对较低。研究结果显示,桑树茎内具有丰富的内生细菌资源,抗性品种的内生细菌多样性高于易感品种。

关键词： Illumina miseq高通量测序桑树内生细菌多样性

棕榈科植物种子内生细菌群落多样性的高通量测序分析

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微生物学报 2019年第3期59卷 554-565页

作者：刘媛渠露露叶美迪黄曹生朱月丹王俏然李淑彬华南师范大学生命科学学院广东广州510631

【目的】探究棕榈科种子内生细菌群落组成及其随物种的差异。【方法】运用miseq高通量方法测定蒲葵、棕榈、加拿利海枣、山棕、软叶刺葵、短穗鱼尾葵及三药槟榔7种棕榈科种子内生细菌群落16S rRNA基因V3–V4区序列并进行生物信息学分析... 详细信息

【目的】探究棕榈科种子内生细菌群落组成及其随物种的差异。【方法】运用miseq高通量方法测定蒲葵、棕榈、加拿利海枣、山棕、软叶刺葵、短穗鱼尾葵及三药槟榔7种棕榈科种子内生细菌群落16S rRNA基因V3–V4区序列并进行生物信息学分析。【结果】7种测试种子中获得的V3–V4区有效序列数在2341–40671条之间,聚成97–590个操作分类单元(OTU),Shannon指数计算为1.35–2.94,以加拿利海枣种子最高,山棕种子最低;种群归类结果显示不同种子中测得的各级细菌分类阶层总数及组成不同,总丰度以厚壁菌门的肠球菌属最高,同为厚壁菌门的芽孢杆菌属次之;属级水平上,第一优势细菌属分别为:蒲葵种子(芽孢杆菌属,45.8%),棕榈种子(肠球菌属,51.2%),山棕种子(肠球菌属,12.1%),短穗鱼尾葵种子(肠球菌属,32.6%),三药槟榔种子(肠球菌属,42.9%),软叶刺葵种子(肠球菌属,28.3%),加拿利海枣种子(糖多孢菌属,31.2%)。各种子中次优势细菌属分别为:蒲葵种子(乳球菌属),棕榈、山棕及三药槟榔种子(类芽孢杆菌属),加拿利海枣种子(戈登氏菌属),软叶刺葵和短穗鱼尾葵种子(鞘脂单胞菌属);PICRUST基因预测显示各种子均包含多个与人体器官及人类疾病相关的KEGG功能模块。此外,各种子中均产生了丰度较高的外源物质降解、萜和聚酮合成、多糖合成等有益功能信息。【结论】棕榈科植物种子内生细菌群落多样性较为丰富,群落组成随物种不同而异。各种子内生细菌群体中普遍含多个与人和动物体相关的种群和功能信息,也定殖多种具有益功能性状的细菌类群,值得进一步研究。

关键词：棕榈科植物种子内生细菌多样性 miseq高通量测序

基于高通量测序技术的酿酒葡萄产区土壤微生物多样性

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新疆农业科学 2020年第5期57卷 859-868页

作者：王伟布丽根·加冷别克胡晓东夏俊芳张志东顾美英武运新疆农业大学食品科学与药学学院乌鲁木齐830052 新疆农业科学院微生物应用研究所乌鲁木齐830091

【目的】研究新疆4大酿酒葡萄产区土壤中的微生物群落结构及多样性,为构建新疆酿酒葡萄主产区的微生物菌库奠定基础。【方法】分别从新疆酿酒葡萄主产区采集土壤样品,提取总DNA,通过Illumina miseq高通量测序结合生物信息学分析,得到新... 详细信息

【目的】研究新疆4大酿酒葡萄产区土壤中的微生物群落结构及多样性,为构建新疆酿酒葡萄主产区的微生物菌库奠定基础。【方法】分别从新疆酿酒葡萄主产区采集土壤样品,提取总DNA,通过Illumina miseq高通量测序结合生物信息学分析,得到新疆酿酒葡萄主产区的土壤微生物群落结构及多样性。【结果】在12份土壤样品中,伊犁河谷土壤中细菌的群落多样性最高,天山北麓土壤中细菌群落多样性最低;吐哈盆地中真菌群落多样性最低,焉耆盆地中真菌的群落多样性最高。节杆菌属细菌和耐冷酵母属真菌是吐哈盆地和天山北麓葡萄园土壤中的优势菌属;芽单胞菌属细菌和刚毛四枝孢属真菌是伊犁河谷葡萄园土壤中的优势菌属;节杆菌属细菌和赤霉菌属真菌是焉耆盆地葡萄园土壤中的优势菌属。土壤pH值对细菌群落组成的影响最显著,Mn元素含量对真菌群落组成的影响最显著。【结论】揭示了新疆酿酒葡萄主产区土壤中细菌和真菌群落组成,新疆酿酒葡萄产区的微生物多样性存在差异。

关键词： Illumina miseq高通量测序酿酒葡萄土壤微生物群落多样性

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高通量测序在罗氏沼虾抗病力比较中的应用

河南农业科学 2018年第8期47卷 134-141页

作者：明磊戴习林江宗冰丁福江上海海洋大学/农业部淡水水产种质资源重点实验室上海201306 上海申漕特种水产开发公司上海201516

为了比较4个罗氏沼虾抗病选育群体(A、B、C、D)的抗病性能,对4个罗氏沼虾选育群体和1个非选育群体(E)进行了溶藻弧菌肌肉注射感染试验,运用高通量测序方法比较不同罗氏沼虾群体间感染组和对照组肌肉组织中弧菌的变化情况,根据感染成活... 详细信息

为了比较4个罗氏沼虾抗病选育群体(A、B、C、D)的抗病性能,对4个罗氏沼虾选育群体和1个非选育群体(E)进行了溶藻弧菌肌肉注射感染试验,运用高通量测序方法比较不同罗氏沼虾群体间感染组和对照组肌肉组织中弧菌的变化情况,根据感染成活率的差异性,分析其中3个罗氏沼虾群体(A、C、E)肠道组织和养殖水体的菌群多样性。结果表明:肌肉组织样品中微生物主要分为6个门,其中厚壁菌门占绝对优势,次优势门为变形菌门,软壁菌门和酸杆菌门的含量相对较低;各感染组芽孢杆菌属、假单胞菌属、嗜冷杆菌属的含量都高于对照组,而乳球菌属、乳酸杆菌属的含量明显低于对照组;肠道组织和养殖水体中微生物主要分为3个门,分别是变形菌门、拟杆菌门和厚壁菌门;基于不同罗氏沼虾群体肌肉组织中不同时间段内溶藻弧菌的含量,5个群体的抗弧菌感染能力分别为A>B>E>D>C,与感染成活率结果一致。综上,罗氏沼虾体内的菌群结构和养殖水环境密切相关,但相对独立;芽孢杆菌和类芽孢杆菌的含量差异可能是造成A群体和C群体感染成活率差异显著的原因。

关键词：罗氏沼虾抗病选育溶藻弧菌 miseq高通量测序抗病性能菌群结构