检索结果-南通市图书馆

应用Illumina miseq测序分析饮用水源水中病毒多样性

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食品科学 2018年第2期39卷 287-292页

作者：葛英亮于水利时文歆哈尔滨学院食品工程学院黑龙江哈尔滨150080 哈尔滨工业大学市政环境工程学院黑龙江哈尔滨150090 同济大学环境科学与工程学院上海200092

以东太湖水源水为研究对象,应用梯度-串联-循环-切向流超滤技术对水体中病毒进行分离浓缩,使用非序列依赖性单引物扩增技术扩增源水中病毒基因组,采用Illumina miseq进行测序,与NCBI基因数据库进行比对,质控后获得1 190 914 928 bp基因... 详细信息

以东太湖水源水为研究对象,应用梯度-串联-循环-切向流超滤技术对水体中病毒进行分离浓缩,使用非序列依赖性单引物扩增技术扩增源水中病毒基因组,采用Illumina miseq进行测序,与NCBI基因数据库进行比对,质控后获得1 190 914 928 bp基因数据,可组装成5 554条scaffolds序列,获知病毒基因组功能,经比对可注释到尾噬菌体目(Caudovirales)、疱疹病毒目(Herpesvirales)、线状病毒目(Ligamenvirales),在科的水平上,注释到40个科病毒的同源序列,其中含量较高的病毒科为Microviridae占27.590 1%,Siphoviridae占23.010 7%,Phycodnaviridae占5.322 2%,Retroviridae占1.691 2%,Mimiviridae占1.960 8%,其中无法注释(norank)占21.572 8%,102 112条reads在科水平上norank,研究可以高通量的获得水源水中病毒多样性信息,并为水体中病毒的检测提供理论参考依据。

关键词： Illumina miseq测序饮用水源水病毒多样性

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扩增区域对鲊广椒细菌miseq测序的影响

食品科学 2019年第10期40卷 134-140页

作者：王玉荣杨成聪葛东颖尚雪娇张振东郭壮湖北文理学院食品科学技术学院鄂西北传统发酵食品研究所湖北襄阳441053

在使用引物27F/338R、338F/806R和515F/907R分别对细菌16S rRNA基因的V_1～V_2区、V_3～V_4区和V_4～V_5区进行扩增的基础上,采用miseq高通量测序评价扩增区域对鲊广椒细菌多样性分析结果的影响。结果发现,扩增16S rRNA基因V_4～V_5区... 详细信息

在使用引物27F/338R、338F/806R和515F/907R分别对细菌16S rRNA基因的V_1～V_2区、V_3～V_4区和V_4～V_5区进行扩增的基础上,采用miseq高通量测序评价扩增区域对鲊广椒细菌多样性分析结果的影响。结果发现,扩增16S rRNA基因V_4～V_5区的非特异性序列所占比例显著偏低(P0.05)。在对鲊广椒细菌多样性进行解析时,建议选择引物515F/907R扩增16S rRNA基因的V_4～V_5区。

关键词：鲊广椒引物扩增区域 miseq测序细菌多样性

采用miseq测序技术分析不同处理沟叩甲肠道微生物群落结构

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植物保护学报 2021年第6期48卷 1331-1340页

作者：张珏锋李芳钟海英陈建明浙江省农业科学院植物保护与微生物研究所杭州310021

为明确取食不同食物金针虫的肠道微生物群落结构差异以及寄主抵御外界不良因子干扰的影响,运用miseq测序技术比较分析平沙绿僵菌Metarhizium pingshaense处理取食小麦和马铃薯沟叩甲Pleonomus canaliculatus的肠道细菌群落结构差异。结... 详细信息

为明确取食不同食物金针虫的肠道微生物群落结构差异以及寄主抵御外界不良因子干扰的影响,运用miseq测序技术比较分析平沙绿僵菌Metarhizium pingshaense处理取食小麦和马铃薯沟叩甲Pleonomus canaliculatus的肠道细菌群落结构差异。结果显示,不同处理沟叩甲种群之间Simpson指数差异显著,但Chao1、Observed species、PD whole tree和Shannon指数差异均不显著;肠道细菌类微生物主要由厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门和变形杆菌门组成,取食马铃薯种群、饥饿种群和平沙绿僵菌处理的饥饿种群厚壁菌门的相对含量分别为29.46%、39.46%和29.81%;对照种群、取食小麦种群和平沙绿僵菌处理的马铃薯种群拟杆菌门的相对含量分别为31.30%、29.79%和39.07%;取食小麦种群中普通拟杆菌Bacteroides vulgatus PC510优势菌群的相对含量最高达8.37%,其余处理种群中优势菌群相对含量均低于5.00%。对不同处理沟叩甲种群进行相关性分析,发现对照种群与平沙绿僵菌处理种群的相关性较低,但与其余处理组相关性均较高;PCA聚类结果显示,平沙绿僵菌处理种群与其余种群之间聚集度较低。表明平沙绿僵菌的胁迫对沟叩甲肠道内细菌微生物群落多样性、丰富度及结构变化存在一定程度的影响,且外源食物摄入与平沙绿僵菌的胁迫两者叠加效应对寄主昆虫肠道微生物群落结构的影响高于单一外源因素的影响。

关键词： miseq测序平沙绿僵菌沟叩甲肠道细菌群落结构

基于miseq测序分析酸性农作物土壤细菌群落结构与多样性

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环境科学研究 2019年第9期32卷 1575-1583页

作者：王怡常彬河刘月梁建军薛芷筠张泽文何冬兰中南民族大学湖北省微生物资源与利用工程技术研究中心

为分析酸性农田土壤中微生物群落结构,探寻酸化土壤的综合治理途径,以湖北恩施土家族苗族自治州利川市酸性农作物土壤为研究对象,应用Illumina miseq高通量测序技术,测定酸性土壤中总细菌和经驯化的可培养细菌的16S rRNA基因V3~V4变异... 详细信息

为分析酸性农田土壤中微生物群落结构,探寻酸化土壤的综合治理途径,以湖北恩施土家族苗族自治州利川市酸性农作物土壤为研究对象,应用Illumina miseq高通量测序技术,测定酸性土壤中总细菌和经驯化的可培养细菌的16S rRNA基因V3~V4变异区序列,确定不同农作物土壤中总细菌和可培养细菌的群落结构,并探讨土壤理化因子对土壤总细菌群落结构的影响.结果表明:白菜地、烟草地、山药地、草莓地、玉米地及莴苣地这6种农作物土壤中总细菌和可培养细菌在97%的相似水平下得到的OTUs(operational taxonomic units,操作分类单元)数量分别为4 008和97个.在门水平上,土壤总细菌中有12个门类的细菌相对丰度大于1%,Proteobacteria、Acidobacteria和Chloroflexi为优势菌门细菌;可培养细菌中仅有3个门类细菌相对丰度高于1%,即Firmicutes、Proteobacteria和Bacteroidetes.在OTU水平上,土壤总细菌沿pH梯度将6种土壤样品分为2类,即pH5.5的烟草地、白菜地和草莓地.此外,冗余分析(RDA)结果显示,Acidobacteria的相对丰度与pH呈正相关,Firmicutes和Roteobacter的相对丰度均与w(TN)、w(TP)、w(TC)呈正相关.系统进化树分析表明,相对丰度位于前30位的细菌与亚洲地区发现细菌的16S rRNA基因序列同源性较高.研究显示,Illumina miseq测序能够较为全面地解析酸性土壤中总细菌和可培养细菌的多样性,驯化过程极大地减少了细菌的种类;同时,发现细菌群落结构的相似性可能因样本来源的地理距离的增加而衰减.

关键词：酸性土壤 miseq测序理化因子细菌群落可培养细菌土壤总细菌

应用Illumina miseq测序分析川西高原传统牦牛发酵酸奶中细菌多样性

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食品工业科技 2019年第23期40卷 98-103页

作者：孙思雨陈炼红王琳琳西南民族大学生命科学与技术学院

为探究传统发酵牦牛酸奶中细菌群落结构的多样性,本文采用Illumina miseq高通量测序对川西高原不同地区的传统自然发酵牦牛酸奶样品进行细菌群落结构分析。结果表明,测序样品数8个,共获得375236条优化序列,平均每个样品46905条,共有88... 详细信息

为探究传统发酵牦牛酸奶中细菌群落结构的多样性,本文采用Illumina miseq高通量测序对川西高原不同地区的传统自然发酵牦牛酸奶样品进行细菌群落结构分析。结果表明,测序样品数8个,共获得375236条优化序列,平均每个样品46905条,共有88条不同的OTU;样品GC的α-多样性指数最佳,细菌群落多样性最高且分布均匀;巴塘县的两个样品相对其它县占仅有的OTU数最多,为31;8个样品在门水平上,细菌的优势菌门为厚壁菌门(Firmicutes),占总样本数量的98.33%~99.96%;在属水平上,主要细菌属为乳杆菌属(Lactobacillus)、链球菌属(Streptococcus)、厌氧芽孢杆菌属(Anoxybacillus)、巨型球菌属(Macrococcus)和魏斯氏菌属(Weissella),乳杆菌属(Lactobacillus)是所有样品的优势菌属,相对丰度占比69.31%~99.92%;根据样品的Heatmap和PCoA分析8份样品在属水平和种水平上的群落结构相似,具有细微的差异,不同地区的牦牛酸奶中的群落结构具有差异性和相似性。本研究结果为川西高原传统发酵牦牛酸奶微生物资源开发应用提供了理论依据。

关键词：牦牛酸奶传统发酵 Illumina miseq测序多样性

利用Illumina miseq测序平台分析肉鸡盲肠微生物多样性

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中国农业大学学报 2016年第12期21卷 65-73页

作者：林奕岑徐帅倪学勤曾东周梦佳曾燕四川农业大学动物医学院/动物微生态研究中心/动物疫病与人类健康四川省重点实验室四川温江611130

为对肉鸡盲肠微生物的多样性进行探索,选取15只饲养在相同条件下的科宝-500肉鸡,利用Illumina miseq测序平台与Qiime等16srRNA序列分析工具在22日龄时采集盲肠内容物进行研究。结果显示:1)测序共获得359 158条有效序列与3 210个OTU,并... 详细信息

为对肉鸡盲肠微生物的多样性进行探索,选取15只饲养在相同条件下的科宝-500肉鸡,利用Illumina miseq测序平台与Qiime等16srRNA序列分析工具在22日龄时采集盲肠内容物进行研究。结果显示:1)测序共获得359 158条有效序列与3 210个OTU,并且由稀释曲线可以证明此次测序结果比较全面的覆盖了肉鸡盲肠微生物群落。2)各样品菌群之间存在差异,得到序列的数量以及菌群多样性差别较大。3)通过核心菌群分析可知,4个共享菌群在门水平上分别为:拟杆菌门Bacteroidetes(70.0%±12.1%)、厚壁菌门Firmicutes(25.4%±11.2%)、变形菌门Proteobacteria(4.3%±3.7%)和蓝菌门Cyanobacteria(0.3%±0.5%)。4)有益菌群如乳酸杆菌属Lactobacillus、双歧杆菌属Bifidobacterium虽然存在于盲肠微生物中,但相对丰度不高。5)PICRUSt分析盲肠菌群对应的基因功能发现:功能转运、嘌呤代谢、DNA修复重组蛋白、氧化磷酸化和甲烷代谢等基因功能丰度最高。由此可见,个体差异虽然对肉鸡盲肠微生物结构影响较大,但是仍然存在不少共性。

关键词：肉鸡盲肠微生物核心菌群 Illumina miseq测序 PICRUSt分析

应用miseq测序分析自然发酵豆酱酱块中微生物的多样性

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食品工业科技 2018年第16期39卷 92-97页

作者：姜静解梦汐安飞宇武俊瑞唐筱扬乌日娜沈阳农业大学食品学院辽宁沈阳110866

为探究传统自然发酵豆酱酱块中微生物多样性,本文首次应用miseq测序对采自沈阳胡台的6家传统自然发酵成熟酱块样品进行微生物测序分析。结果表明,在门水平上,细菌的优势菌门为厚壁菌门(Firmicutes),真菌为子囊菌门(Ascomycota);在属水平... 详细信息

为探究传统自然发酵豆酱酱块中微生物多样性,本文首次应用miseq测序对采自沈阳胡台的6家传统自然发酵成熟酱块样品进行微生物测序分析。结果表明,在门水平上,细菌的优势菌门为厚壁菌门(Firmicutes),真菌为子囊菌门(Ascomycota);在属水平上,主要细菌为乳杆菌属(Lactobacillus)、肠球菌属(Enterococcus)、明串珠菌属(Leuconostoc),主要真菌为青霉菌属(Penicillium)、毛霉菌属(Mucor)。主成分分析(Principal component analysis,PCA)结果显示,同一地区不同农家制作的酱块,绝大多数样品的微生物细菌菌群之间都存在紧密联系。

关键词： miseq测序自然发酵豆酱酱块微生物多样性

采用Illumina miseq测序技术分析断奶幼兔盲肠微生物群落的多样性

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动物营养学报 2015年第9期27卷 2793-2802页

作者：许宇静张煜坤沈雪梅李晶徐秀容西北农林科技大学动物科技学院杨凌712100

本试验旨在采用Illumina miseq测序技术分析断奶幼兔盲肠微生物群落的多样性。选取30窝同日出生、胎次相同和平均窝重相近的健康新生仔兔,于14日龄开始补饲,断奶当日(30日龄)从30窝仔兔中选取48只体重相近的健康幼兔作为试验兔,饲喂不... 详细信息

本试验旨在采用Illumina miseq测序技术分析断奶幼兔盲肠微生物群落的多样性。选取30窝同日出生、胎次相同和平均窝重相近的健康新生仔兔,于14日龄开始补饲,断奶当日(30日龄)从30窝仔兔中选取48只体重相近的健康幼兔作为试验兔,饲喂不添加抗生素的基础饲粮。分别于断奶当日及断奶后1、2和3周随机选取6只健康幼兔屠宰,无菌采集盲肠内容物,从中选取3个样本提取微生物基因组总DNA,采用Illumina miseq测序技术检测其中的微生物群落多样性。结果显示:1)健康幼兔盲肠微生物群落α多样性指数指标(ACE值、Chao1值、Shannnon值)随日龄的增长有升高的趋势(P0.05),且均主要由厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门和疣微菌门组成;在科水平上,厚壁菌门主要由瘤胃球菌科和毛螺旋菌科组成,拟杆菌门主要由拟杆菌科和紫单胞菌科组成;在属水平上,拟杆菌属、Barnesiella、Akkermansia、普雷沃氏菌属和4种未知菌属为优势菌属;拟杆菌属和Parabacteroides在断奶当天的相对丰度较高,且与其他日龄组差异显著(P0.05)。由此得出,断奶时健康幼兔盲肠微生物区系已基本建立,相对丰度最大的优势菌属为拟杆菌属,但断奶后随着日龄的增长,微生物组成趋于复杂。

关键词：断奶幼兔 Illumina miseq测序盲肠微生物群落多样性

利用miseq测序技术分析锦江牛瘤胃细菌多样性

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动物营养学报 2016年第1期28卷 244-248页

作者：高雨飞欧阳克蕙瞿明仁熊小文温庆琪许兰娇江西农业大学江西省动物营养重点实验室营养饲料开发工程研究中心南昌330045

本研究旨在利用miseq高通量测序技术揭示锦江牛瘤胃细菌组成及多样性。选用3头装有永久性瘤胃瘘管的锦江牛成年公牛[体重（400±20）kg],采集瘤胃液样品后提取细菌DNA,对瘤胃细菌的16S rDNA序列V4-V5区进行miseq测序,分析物种的丰度、... 详细信息

本研究旨在利用miseq高通量测序技术揭示锦江牛瘤胃细菌组成及多样性。选用3头装有永久性瘤胃瘘管的锦江牛成年公牛[体重（400±20）kg],采集瘤胃液样品后提取细菌DNA,对瘤胃细菌的16S rDNA序列V4-V5区进行miseq测序,分析物种的丰度、分布及α-多样性。结果表明：3个样本共获得56 763条高质量16S rDNA序列,946个分类操作单元（OTU）,锦江牛瘤胃细菌丰富度指数Chao指数、Ace指数分别为836、841,α-多样性指数Shannon指数、Simpson指数分别为4.96、0.021 5;经过物种注释,15个门、23个纲、26个科以及44个属在所有样品中被鉴定。在门水平,拟杆菌门（Bacteroidetes）（64.37%）、厚壁菌门（Firmicutes）（21.20%）和变形菌门（Proteobacteria）（7.59%）数量最多;在纲水平,主要包括拟杆菌纲（Bacteroidia）（52.88%）和梭菌纲（Clostridia）（17.03%）;在科水平,主要包括普雷沃氏菌科（Prevotellaceae）（36.26%）、瘤胃菌科（Ruminococcaceae）（9.33%）和毛螺菌科（Lachnospiraceae）（4.89%）;在属水平,优势细菌主要包括普雷沃氏菌属（Prevotella）（28.97%）、帕拉普氏菌属（Paraprevotella）（3.08%）、理研菌属（Rikenella）（2.28%）、梭菌Ⅳ（ClostridiumⅣ）（1.77%）、解琥珀酸菌属（Succiniclastium）（1.62%）和瘤胃球菌属（Ruminococcus）（1.53%）。结果证明,锦江牛瘤胃细菌多样性相对较低;锦江牛瘤胃中最优势菌门是拟杆菌门,其次是厚壁菌门;普雷沃氏菌属是锦江牛瘤胃中最优势细菌属。

关键词：锦江牛瘤胃细菌多样性 miseq测序