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麦类作物学报 2024年第1期44卷 46-55页

作者：汪凯旋车永和杨赟杰杨静杨燕萍魏莱河北科技师范学院农学与生物科技学院/河北省作物逆境生物学重点实验室河北秦皇岛066000

mikc是MADS-box蛋白家族中一类保守的转录因子家族,参与调控植物的开花时间和花器官发育。通过对黑麦mikc基因家族的分析,为研究黑麦各时期组织器官的功能奠定基础。利用PFam和BLASTP两种方法确定黑麦mikc家族共47个蛋白序列,将以上蛋... 详细信息

mikc是MADS-box蛋白家族中一类保守的转录因子家族,参与调控植物的开花时间和花器官发育。通过对黑麦mikc基因家族的分析,为研究黑麦各时期组织器官的功能奠定基础。利用PFam和BLASTP两种方法确定黑麦mikc家族共47个蛋白序列,将以上蛋白序列利用TBtools软件进行理化性质、进化关系、保守基序和基因结构、共线性及聚类分析等生物信息学分析。将黑麦47个mikc基因分为12个亚家族,共线性分析发现黑麦与小麦的共线性基因多于黑麦与水稻间的共线性基因,说明黑麦与小麦的亲缘关系更近。聚类结果结合黑麦物种内共线性分析发现,Scmikc31基因仅在穗子表达,于其他植物组织器官及发育时期均无表达,选用课题组材料进行RNA-seq验证,结果与生物信息学结果一致,推测Scmikc31基因为黑麦中与开花有关的基因。以上结果说明mikc家族基因在黑麦中存在功能分化,为进一步研究该家族基因的功能提供信息参考。

关键词：生长因子黑麦进化分析表达分析 mikc基因

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黑麦mikc型MADS-box基因家族的鉴定和表达分析

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麦类作物学报 2023年

作者：汪凯旋车永和杨赟杰杨静杨燕萍魏莱河北科技师范学院农学与生物科技学院/河北省作物逆境生物学重点实验室

mikc是MADS-box蛋白家族中一类保守的转录因子家族,参与调控植物的开花时间和花器官发育。通过对黑麦mikc基因家族的分析,为研究黑麦各时期组织器官的功能奠定基础。利用PFam和BLASTP两种方法确定黑麦mikc家族共47个蛋白序列,将以上蛋白序列利用TBtools软件进行理化性质、进化关系、保守基序和基因结构、共线性及聚类分析等生物信息学分析。将黑麦47个mikc基因分为12个亚家族,共线性分析发现黑麦与小麦的共线性基因多于黑麦与水稻间的共线性基因,说明黑麦与小麦的亲缘关系更近。聚类结果结合黑麦物种内共线性分析发现,Scmikc31基因仅在穗子表达,于其他植物组织器官及发育时期均无表达,选用课题组材料进行RNA-seq验证,结果与生物信息学结果一致,因此,推测Scmikc31基因为黑麦中与开花有关的基因。研究结果显示mikc家族基因在黑麦中存在功能分化,为进一步研究该家族基因的功能提供信息参考。

关键词：生长因子黑麦进化分析表达分析 mikc基因

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