检索结果-南通市图书馆

检索条件"主题词=LMRGs"

共 1 条记录，以下是1-10 订阅

全选清除本页清除全部题录导出标记到"检索档案"

详细简洁

排序：

基于生物信息学分析构建脂质代谢基因相关的皮肤黑色素瘤预后模型和实验验证

基于生物信息学分析构建脂质代谢基因相关的皮肤黑色素瘤预后模型...

引用

作者：吴单中国人民解放军海军军医大学

学位级别：硕士

研究背景与目的:皮肤黑色素瘤(Cutaneous melanoma,CM)是起源于黑色素细胞的恶性肿瘤,致死率位居所有皮肤恶性肿瘤之首。其治疗方法包括手术治疗、化疗、放疗、靶向和免疫治疗等。大多数早期CM通过外科治疗可以痊愈,对于晚期转移或无法... 详细信息

研究背景与目的:皮肤黑色素瘤(Cutaneous melanoma,CM)是起源于黑色素细胞的恶性肿瘤,致死率位居所有皮肤恶性肿瘤之首。其治疗方法包括手术治疗、化疗、放疗、靶向和免疫治疗等。大多数早期CM通过外科治疗可以痊愈,对于晚期转移或无法接受手术治疗的患者,通常首选靶向或免疫治疗。BRAF基因是CM中发生率最高的驱动突变,针对该基因的靶向药物有效率较高,但长期使用可出现耐药。PD-1和CTLA-4是肿瘤细胞为逃避免疫系统而产生的免疫检查点,针对这两个检查点的免疫治疗药物可有效提高晚期CM患者的生存期,但同时也存在一定比例的耐药。代谢重编程(糖酵解增强、氨基酸代谢活跃及脂质代谢异常)是肿瘤产生耐药的重要原因之一。研究表明,黑色素瘤细胞可以通过脂肪酸转运蛋白从周围脂肪细胞摄取脂质,增加肿瘤内脂滴的储存,从而促进肿瘤增殖、侵袭和转移。基于上述背景,我们拟通过生物信息学分析的方法,基于脂质代谢相关基因(Lipid metabolism-related genes,lmrgs)对CM患者进行分群;利用筛选得到的Hub基因构建CM风险评分预后模型并验证;选取风险比最高的基因进行分析和实验验证,以期为临床和基础研究提供新的潜在治疗靶点。第一部分基于lmrgs对皮肤黑色素瘤患者分群目的:基于lmrgs和相关通路,对数据库中的CM患者进行分群,通过生物信息学的方法筛选出预后相关的Hub基因。方法:1.从分子特征数据库(Molecular Signature Database,MSig DB)获取lmrgs,从癌症基因图谱数据库(The Cancer Genome Atlas,TCGA)下载并筛选CM患者的转录组测序数据和临床信息。2.采用非负矩阵分解(Non-Negative Matrix Factorization,NMF)算法基于lmrgs对TCGA中的患者进行分群。3.通过加权基因共表达网络分析(weighted Gene Co-expression Network Analysis,WGCNA)和export Network To Cytoscape函数,筛选出和CM患者预后相关的Hub基因,并进行富集分析。结果:1.从MSig DB中下载776个lmrgs;从TCGA数据库下载并筛选CM样本418份。2.使用NMF算法将CM患者分为三个亚群,C1亚群预后最佳,C2亚群次之,C3亚群预后最差。3.经筛选,共获得798个Hub基因,富集分析结果表明,这些基因主要与肿瘤免疫相关。结论:基于lmrgs将来自TCGA数据库中的CM患者分为三个亚群,各亚群之间预后存在显著差异;通过筛选得到了798个与预后和肿瘤免疫相关的基因用于后续分析。第二部分皮肤黑色素瘤预后模型的构建及验证目的:利用筛选得到的Hub基因,构建SKCM风险评分预后模型并进行验证;构建诺谟图指导临床应用。方法:1.将从TCGA数据库中下载的CM样本分训练集和测试集,在TCGA训练集队列中依次进行单变量COX回归分析、LASSO回归分析对和多因素COX回归分析,构建CM风险评分预后模型。2.以中位数为界,依据风险评分将样本队列分为高低风险组;在TCGA数据库训练集、测试集和全部TCGA数据库样本中分别对CM风险评分预后模型进行内部验证;从基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)中下载独立的外部数据集对CM风险评分预后模型进行外部验证;在TCGA数据库样本中按照不同临床特征进行分组验证;在TCGA数据库样本中比较高低风险组的免疫浸润情况。3.以风险评分作为预测生存的定量工具,绘制诺谟图,指导该风险评分预后模型的临床应用。结果:1.将TCGA队列分为训练集(n=251)和验证集(n=167)样本;通过筛选共得到10个Hub基因用于构建风险评分预后模型,分别为ALS2CL、CCNA2、FBXO17、HAPLN、IBTK、IFITM3、MYO10、NOX4、OLFML2A和RHOD。2.内部验证结果显示,该风险评分预后模型在TCGA训练集(Kaplan-Meier曲线中p<0.0001,AUC值1年、3年、5年和7年分别为0.832、0.787、0.791和0.805)、TCGA测试集(Kaplan-Meier曲线中p<0.0001,AUC值1年、3年、5年和7年分别为0.656、0.633、0.692和0.690)和全部TCGA数据库样本(Kaplan-Meier曲线中p<0.0001,AUC值1年、3年、5年和7年分别为0.789、0.720、0.751和0.770)中具有良好的预测能力;从GEO数据库中下载GSE65904队列(n=210)和GSE54467队

关键词：皮肤黑色素瘤生物信息学 lmrgs 生存预后 Hub基因风险评分预后模型免疫浸润诺谟图风险比 CCNA2基因基因沉默细胞功能肿瘤增殖

来源：

同方学位论文库评论

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

全选清除本页清除全部题录导出标记到“检索档案”

共1页 << < 1 > >>

回到顶部

执行限定条件

欢迎您,

建议与咨询留下您的常用邮箱和电话号码，以便我们向您反馈解决方案和替代方法

时间限定

文献类型

馆藏选择

核心期刊

语言

文献类型

帮助

文字说明：

检索规则说明：

检索范例：

分类表

所选分类

限定检索结果

文献类型

馆藏范围

日期分布

学科分类号

主题

机构

作者

语言

在线全文

请选择保存的检索档案：

请选择收藏分类：

通借通还

欢迎您,

建议与咨询 留下您的常用邮箱和电话号码，以便我们向您反馈解决方案和替代方法

时间限定

文献类型

馆藏选择

核心期刊

语言

文献类型

帮助

文字说明：

检索规则说明：

检索范例：

分类表

所选分类

限定检索结果

文献类型

馆藏范围

日期分布

学科分类号

主题

机构

作者

语言

在线全文

请选择保存的检索档案： 新增检索档案 确定 取消

请选择收藏分类： 新增自定义分类 确定 取消

通借通还

建议与咨询留下您的常用邮箱和电话号码，以便我们向您反馈解决方案和替代方法

请选择保存的检索档案：

请选择收藏分类：