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家畜生态学报 2022年第9期43卷 1-6,12页

作者：王天琦刘紫雯史晓渊王永晖王鑫瑞任薇黄炳舰王长法聊城大学黑毛驴高效繁育与生态饲养研究院山东聊城252000 山东省驴产业协同创新中心山东聊城252000

lcorl,全名为配体依赖核受体共抑制物(ligand-dependent nuclear receptor compressor-like protein,lcorl),是一个蛋白质编码基因。以往的研究多发现该基因与癌症等相关,但近几年研究还发现该基因与家畜生长性状比如体重、体高、骨骼... 详细信息

lcorl,全名为配体依赖核受体共抑制物(ligand-dependent nuclear receptor compressor-like protein,lcorl),是一个蛋白质编码基因。以往的研究多发现该基因与癌症等相关,但近几年研究还发现该基因与家畜生长性状比如体重、体高、骨骼发育以及体型相关。本文运用生物信息学在线程序分析了其核苷酸序列以及编码蛋白的二级结构、三级结构等,并对该基因对家畜生长性状的影响以及在各组织的表达量进行了综述,期待该基因可作为影响驴生产性能的遗传标记。

关键词： lcorl 驴家畜生长性状生物信息学

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Genomic analyses reveal distinct genetic architectures and selective pressures in Chinese donkeys

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Journal of Genetics and Genomics 2021年第8期48卷 737-745页

作者： Jiafei Shen Jie Yu Xuelei Da Mei Li Gang Wang Ningbo Chen Hong Chen Chuzhao Lei Ruihua Dang Key Laboratory of Animal Genetics Breeding and Reproduction of Shaanxi ProvinceCollege of Animal Science and TechnologyNorthwest A&F UniversityYangtingShaanxi 712100China

Donkey(Equus asinus)is an important livestock animal in China because of its draft and medicinal *** a long period of natural and artificial selection,the variety and phenotype of donkeys have become *** clarified the genetic and demographic characteristics of Chinese domestic donkeys and the selection pressures by analyzing 78 whole genomes from 12 *** to population structure,most Chinese domestic donkeys showed a dominant ancestral ***,the Chinese donkeys still represented a significant geographical distribution *** the selective sweep,gene annotation,functional enrichment,and differential expression analyses between large and small donkey groups,we identified selective signals,including NCAPG and lcorl,which are related to rapid growth and large body *** findings elucidate the evolutionary history and formation of different donkey breeds and provide theoretical insights into the genetic mechanism underlying breed characteristics and molecular breeding programs of donkey clades.

关键词： Donkey Whole-genome resequencing NCAPG lcorl

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绵羊生长候选基因克隆与组织表达及其SNPs与生长性状关联分析

绵羊生长候选基因克隆与组织表达及其SNPs与生长性状关联分析

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作者：喇永富甘肃农业大学

学位级别：硕士

本研究以绵羊6号染色体36.15～38.56 Mb区域内与生长相关的分泌性磷酸化蛋白基因(Secreted phosphoprotein 1,SPP1)、亮氨酸氨基肽酶基因(Leucine aminopeptidase 3,LAP3)和配体依赖的核受体辅阻遏物基因(Ligand dependent nuclear receptor corepressor like,lcorl)为目的基因,克隆了其完整或部分编码区序列,研究了其组织表达规律,并对其编码区SNPs与生长性状进行了关联性分析。结果如下:(1)克隆得到了绵羊SPP1基因完整编码区序列、绵羊LAP3基因和绵羊lcorl基因的部分编码区序列,长度分别为1122 bp、567 bp和1543 bp;预测绵羊SPP1基因编码产物可能作为一种分泌蛋白参与信号转导、转录和转录调控等生物学过程;绵羊LAP3基因可能参与信号传导、胁迫应答和转录调控等生物学过程;绵羊lcorl基因可能参与转录和转录调控等生物学过程。(2)绵羊SPP1、LAP3和lcorl基因在所研究的12种组织中均有表达,属广谱表达基因,SPP1和LAP3基因分别在中枢神经和十二指肠中表达量最高,lcorl基因在十二指肠和肺中表达量较高。(3)运用测序和PCR-RFLP的方法对绵羊SPP1、LAP3和lcorl基因编码区进行了SNPs扫描及其与生长性状关联分析。结果表明,绵羊SPP1基因中存在c.132A>C突变位点,性状关联分析结果表明该突变位点与初生重和周岁重显著相关(PG和c.1116 C>T突变位点,其中c.187 C>G突变位点与初生重、1月龄重和3月龄重呈显著相关(PT突变位点与初生重呈极显著相关(P<0.01),与1月龄重和2月龄重呈显著相关(P<0.05);上述2个突变位点为C等位基因个体体重显著增大,CC型初生重、1月龄重和断奶重呈显著高于GG型(P<0.05),C等位基因为优势等位基因。

关键词：绵羊 SPP1 LAP3 lcorl 生长性状基因表达 SNPs 关联分析

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基于全基因组测序分析中国家驴群体遗传结构及体型大小选择信号

基于全基因组测序分析中国家驴群体遗传结构及体型大小选择信号

引用

作者：王刚西北农林科技大学

学位级别：硕士

在进入机械化、电气化时代之前,家驴作为中国社会重要的畜力,被广泛用于社会生活的诸多方面,同时还具有重要的药用价值。家驴广泛分布在中国不同地区,形成了许多地方品种。家驴品种表型丰富多样,根据体型大小可以分为大型驴、中型驴和... 详细信息

在进入机械化、电气化时代之前,家驴作为中国社会重要的畜力,被广泛用于社会生活的诸多方面,同时还具有重要的药用价值。家驴广泛分布在中国不同地区,形成了许多地方品种。家驴品种表型丰富多样,根据体型大小可以分为大型驴、中型驴和小型驴。但各品种间群体结构及表型差异的遗传机制尚不清楚。本研究选取中国家驴12个代表性地方品种共78个样本进行全基因组重测序,结合从公共数据库下载的11个野驴全基因组数据共同进行分析。拟从全基因组水平揭示中国家驴常染色体、线粒体基因组特有的遗传变异,探讨其起源进化与遗传多样性。并且在大体型驴和小体型驴之间进行选择信号扫描,解析中国家驴体型差异的遗传机制,以期为中国家驴的保护和开发提供理论依据。本研究主要结果如下:(1)对中国12个代表性地方品种的遗传多样性分析后发现,滚沙驴在所有的品种中核苷酸多样性水平较低,长纯合片段(ROH)的长度更长,数量更大,可能是由于人工选择较强和近期滚沙驴过度近亲繁殖引起。其他驴品种间的核苷酸多样度和ROH的长度与数量差异不大。(2)综合常染色体、线粒体基因组的数据,发现中国家驴祖先来源比较单一,但在群体结构上具有明显的地理分布特征,分为华北平原驴(关中驴、太行驴、德州驴、淮北灰驴、泌阳驴、庆阳驴)、黄土高原驴(滚沙驴、佳米驴)和西南高原驴(青海驴、和田青驴、新疆驴、西藏驴)三类。线粒体的结果显示,中国家驴包括两个母系起源,即Clade Ⅰ和Clade Ⅱ。亚洲野驴和中国家驴出现在不同的分支。因此,中国驴种群的起源不太可能是亚洲野驴。(3)为揭示中国家驴体型差异的遗传机制,本研究采用F、θπ-ratio和XP-CLR三种统计分析方法对大型驴(泌阳驴、德州驴、关中驴、和田青驴)、中型驴(佳米驴、庆阳驴)和小型驴(新疆驴、西藏驴、青海驴、淮北灰驴、太行驴、滚沙驴)进行了受选择分析,在家驴3号染色体上发现两个与体高发育密切相关的明星基因NCAPG和lcorl,分别有11个和5个错义突变位点,共同组成的基因型可以区分大型驴与小型驴。本研究解析了中国家驴的群体遗传结构,筛选出调控中国家驴体型大小的关键候选基因与SNP错义突变位点,为揭示中国家驴地方品种的遗传多样性、品种形成的遗传机制及品种改良提供了理论依据。

关键词：驴 lcorl NCAPG 群体遗传结构母系遗传全基因组重测序

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