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快速检测兔支气管败血波氏杆菌环介导等温扩增(lamp)方法的建立及应用

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中国兽医学报 2013年第7期33卷 1003-1006,1041页

作者：李科刘燕肖琛闻韦强鲍国连季权安浙江省农业科学院畜牧兽医研究所浙江杭州310021 浙江师范大学化学与生命科学学院浙江金华321004

利用Primer ExplorerV4软件,针对兔波氏杆菌16SrRNA基因设计4条lamp引物,优化反应条件,检测特异性、敏感性并对临床样品进行检测。结果显示,lamp反应在62℃恒温扩增1h即可完成,操作简便,不需要PCR仪等复杂仪器,结果可经电泳检测及肉眼观... 详细信息

利用Primer ExplorerV4软件,针对兔波氏杆菌16SrRNA基因设计4条lamp引物,优化反应条件,检测特异性、敏感性并对临床样品进行检测。结果显示,lamp反应在62℃恒温扩增1h即可完成,操作简便,不需要PCR仪等复杂仪器,结果可经电泳检测及肉眼观察;具有良好的特异性;敏感性为普通PCR的100倍,最低可检测到1.65×10-6 mg/L的细菌基因组DNA。用建立lamp检测方法对32份疑似兔支气管败血波氏杆菌(Bb)样品检测呈阳性,与PCR检测结果相符。该方法的建立为Bb的临床快速检测提供了新的思路。

关键词：兔支气管败血波氏杆菌 16S rRNA lamp

基于lamp的高性能计算用户组织架构管理系统设计与实现

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计算机工程与科学 2021年第2期43卷 235-241页

作者：吴君楠欧洋李琰国防科技大学计算机学院湖南长沙410073

针对现有高性能计算用户组织架构管理系统面临的用户体验差、网络开销大和存取效率低等关键问题,提出了一种基于lamp的高性能计算用户组织架构管理系统的实现方法。该方法采用B/S架构,Twig与HTML相结合的方式减轻了服务端的负担,改善了... 详细信息

针对现有高性能计算用户组织架构管理系统面临的用户体验差、网络开销大和存取效率低等关键问题,提出了一种基于lamp的高性能计算用户组织架构管理系统的实现方法。该方法采用B/S架构,Twig与HTML相结合的方式减轻了服务端的负担,改善了用户体验;采用REST框架与Cache机制对海量临时数据进行缓存,降低了开发难度和网络开销;采用树形结构对分层数据进行存取,提高了数据存取效率,且可扩展性好。

关键词：高性能计算 lamp 用户组织架构管理系统日志管理

牛副流感3型病毒Nano-PCR、lamp方法的建立及初步应用

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中国畜牧兽医 2017年第10期44卷 2837-2844页

作者：李健友李家伟王超郭利何洪彬东北农业大学哈尔滨150030 中国农业科学院特产研究所农业部经济动物疫病重点实验室长春130122 安图县畜牧兽医总站安图133600

试验旨在建立牛副流感3型病毒(bovine parainfluenza type-3 virus,BPIV3)纳米PCR(Nano-PCR)与环介导等温扩增技术(loop-mediated isothermal amplification,lamp)新型快速分子检测技术,对其进行特异性和敏感性对比试验,并对10份临床样品进行了检测。特异性与敏感性试验结果显示,建立的Nano-PCR和lamp方法只对BPIV3特异,而对牛呼吸道合胞体病毒、牛传染性鼻气管炎病毒、牛病毒性腹泻病毒无交叉反应;建立的Nano-PCR和lamp方法具有相同的敏感性,均是普通PCR的10倍,最低核酸检出量均为4.16×102拷贝/μL。临床检测结果显示,建立的两种方法阳性符合率为100%,且阳性检出率均高于普通PCR。因此,本试验建立的Nano-PCR和lamp方法为BPIV3的临床诊断提供了更快速、敏感、可靠的工具。

关键词：牛副流感3型病毒(BPIV3) Nano-PCR lamp

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lamp方法检测豌豆细菌性疫病菌

植物检疫 2013年第3期27卷 80-84页

作者：封立平尼秀媚厉艳吴兴海纪瑛甘琴华山东出入境检验检疫局山东青岛266002

本文应用环介导等温核酸扩增技术(lamp)对豌豆细菌性疫病菌的肽相关脂蛋白(oprL)特异性基因进行扩增,采用2对引物识别目的片段的6个特异性区域,60 oC恒温1h完成扩增,设计的引物与假单胞属的近缘菌丁香假单胞菌丁香致病变种、绿黄假单胞... 详细信息

本文应用环介导等温核酸扩增技术(lamp)对豌豆细菌性疫病菌的肽相关脂蛋白(oprL)特异性基因进行扩增,采用2对引物识别目的片段的6个特异性区域,60 oC恒温1h完成扩增,设计的引物与假单胞属的近缘菌丁香假单胞菌丁香致病变种、绿黄假单胞菌、丁香假单胞菌大豆致病变种、丁香假单胞菌菜豆致病变种都没有扩增反应,表现了较好的特异性。该lamp检测方法与普通PCR相比灵敏度高100倍。同时,lamp技术的检测程序便捷,所需设备简单,其结果可以通过肉眼观察来判断,比常规PCR能更早得到反应结果,因此该技术在该病菌的口岸检疫方面拥有更大的优势。

关键词：豌豆细菌性疫病菌 lamp oprL 检测

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实时荧光lamp技术快速检测变形杆菌

食品研究与开发 2016年第11期37卷 127-132页

作者：马桂芬张蕴哲付博宇袁耀武苑宁王鑫张伟河北农业大学食品科技学院河北保定071000 河北农业大学理工学院河北沧州061000

建立一种快速检测变形杆菌的方法。采用实时荧光lamp(Real Amp)技术检测变形杆菌,分析Gen Bank中公布的变形杆菌atp D基因序列,针对其6个区域设计4条引物,利用实时荧光监测仪等温(62℃)扩增模板DNA,通过与电脑相连进行实时监测,对该方... 详细信息

建立一种快速检测变形杆菌的方法。采用实时荧光lamp(Real Amp)技术检测变形杆菌,分析Gen Bank中公布的变形杆菌atp D基因序列,针对其6个区域设计4条引物,利用实时荧光监测仪等温(62℃)扩增模板DNA,通过与电脑相连进行实时监测,对该方法检测变形杆菌的特异性、灵敏度、人工污染猪肉检出限等方面进行研究,并将该检测法的灵敏度与普通环介导等温扩增(lamp)检测法进行比较。结果表明,Real Amp检测方法比普通lamp检测方法更加方便快捷,20 min内即可判定结果;用于特异性试验的19株试验菌株中,6株变形杆菌呈阳性结果,其他13株非变形杆菌均呈阴性结果;检测纯菌的灵敏度为8.1CFU/m L,是普通lamp检测方法的10倍;人工污染猪肉的检出限为81CFU/m L。本研究建立的Real Amp检测方法操作简单,耗时短,特异性强、灵敏度高,能够实现对变形杆菌的快速检测。

关键词：实时荧光lamp lamp 变形杆菌检测 atpD基因

lamp和巢式PCR检测克氏原螯虾白斑综合征病毒(WSSV)的比较

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江苏农业科学 2011年第1期39卷 27-30页

作者：周小燕魏育红杨贺贡成良薛仁宇曹广力朱越雄苏州大学基础医学与生命科学学院江苏苏州215123

白斑综合征病毒(white spot syndrome virus,WSSV)是克氏原螯虾(Procambarus clarkii)养殖生产中危害最大的病原之一,也是其他一些重要经济虾类的主要病害,但是目前没有相应的有效治疗药物。为了减少WSSV对克氏原螯虾的危害,及早发现病... 详细信息

白斑综合征病毒(white spot syndrome virus,WSSV)是克氏原螯虾(Procambarus clarkii)养殖生产中危害最大的病原之一,也是其他一些重要经济虾类的主要病害,但是目前没有相应的有效治疗药物。为了减少WSSV对克氏原螯虾的危害,及早发现病原,以便采取相应措施将损失降到最小程度,笔者开展了以环介导等温扩增(loop-mediated isothermal amplification,lamp)法检测克氏原螯虾WSSV的研究,并且与灵敏度非常高的巢式PCR检测法进行了比较。结果表明,用lamp法可以快速、灵敏、特异性地检测克氏原螯虾WSSV,其灵敏度与巢式PCR相比,高出约500倍,且不需要专用的PCR仪,是检测WSSV的一种理想方法。该结果也为其他虾类的WSSV检测提供了重要参考。

关键词： lamp 白斑综合征病毒(WSSV) 巢式PCR 克氏原螯虾

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lamp架构在嵌入式平台上的移植与搭建

现代电子技术 2018年第20期41卷 114-117,121页

作者：李小娜张释如张雨珊赵榕西安科技大学通信与信息工程学院陕西西安710054 北京合众思壮股份有限公司陕西西安710077

基于嵌入式的Web服务应用体系提出将通用服务器架构lamp应用于嵌入式系统的设计思想。分析lamp架构在嵌入式领域的应用优势,设计嵌入式平台上lamp架构的具体实现方案,并给出lamp中各个组件在移植、配置和优化中的具体方法。该架构为嵌... 详细信息

基于嵌入式的Web服务应用体系提出将通用服务器架构lamp应用于嵌入式系统的设计思想。分析lamp架构在嵌入式领域的应用优势,设计嵌入式平台上lamp架构的具体实现方案,并给出lamp中各个组件在移植、配置和优化中的具体方法。该架构为嵌入式系统的高级网络应用提供了一种通用解决方案,其具体实现方法对嵌入式网络服务及其监控系统的应用具有借鉴和参考价值。

关键词： lamp MySQL B/S架构嵌入式系统 Web服务网络应用

lamp技术检测肉及肉制品中沙门氏菌的研究

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LAMP技术检测肉及肉制品中沙门氏菌的研究

作者：王羽河北农业大学

学位级别：硕士

食品安全突发事件频率高是近年来食品安全问题的一个显著特点,沙门氏菌病是公共卫生学上具有重要意义的人畜共患病之一,其病原沙门氏菌属肠道细菌科,包括那些引起食物中毒,导致胃肠炎、伤寒和副伤寒的细菌。人畜感染后可呈无症状带菌状... 详细信息

食品安全突发事件频率高是近年来食品安全问题的一个显著特点,沙门氏菌病是公共卫生学上具有重要意义的人畜共患病之一,其病原沙门氏菌属肠道细菌科,包括那些引起食物中毒,导致胃肠炎、伤寒和副伤寒的细菌。人畜感染后可呈无症状带菌状态,也可表现为有临床症状的致死疾病,它可能加重病态或死亡率,或者降低动物的繁殖生产力。为确保食品安全与食品贸易,需要大力加强食品检验的力度,迫切需要建立快速、灵敏的沙门氏菌的检验方法。环介导等温扩增(loop-mediated isothermal amplification,简称lamp)是利用4条特殊设计的引物和具有链置换活性的DNA聚合酶,在恒温条件下特异、高效、快速地扩增DNA的新技术。该技术以其特异性强、灵敏度高、快速、准确和操作简便等优点在核酸的科学研究、疾病的诊断和转基因食品检测等领域得到了日益广泛的应用。本研究针对已报道的沙门氏菌(Salmonella)保守的invA基因设计了2对特异性强的引物,对反应体系中的Mg浓度、dNTP浓度、甜菜碱浓度、反应温度以及外引物与内引物浓度比进行优化,以确定适宜lamp反应体系和lamp扩增程序,其适宜反应体系为:2.5μL10×Bst buffer,4μLdNTPs混合物,FIP、BIP引物各4μL,F3、B3引物各0.5μL,适宜镁离子浓度为2.5mmol/L,1μLBst链置换聚合酶,4μL甜菜碱,模板DNA2μL,双蒸水2μL,总反应体系25μL。63℃保温1h,观察反应结果。比较了lamp检测肉及肉制品中沙门氏菌的7种模板制备方法,表明FTA滤膜法可高效从样品中提取沙门氏菌DNA,可有效的消除lamp反应的抑制因子,灵敏度高、操作简便、耗时短,该方法明显优于其他方法。比较了lamp方法与PCR方法检测人工污染肉制品的检出限,lamp方法检测沙门氏菌的检出限为3cfu/μL,而PCR法的检出限为300 cfu/μL,lamp法的检出限比PCR法的检出限低100倍,是高效的检测沙门氏菌的方法。实际检测了48份样品,同时与PCR及国标检测沙门氏菌的方法做了比较,结果表明:国标法检出率为85.4%,检出时间为5d,PCR方法的检出率为89.5%,敏感性为100%,特异性为83.8%,符合率为95.8%,检出时间为6h,lamp方法的检出率为91.6%,敏感性为100%,特异性为70.0%,符合率为93.8%,检出时间为1.5h。本研究成功建立了lamp检测沙门氏菌的新方法,该方法特异性好、敏感性高而且节省时间,为食品中致病菌的检测提供了技术平台,为检测机构推广此技术提供了技术支持。

关键词： lamp 环介导等温扩增检测链置换反应沙门氏菌肉及肉制品

lamp和纳米金辅助PCR技术用于主要病原真菌的快速检测

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LAMP和纳米金辅助PCR技术用于主要病原真菌的快速检测

作者：杨慧吉林大学

学位级别：硕士

近年来，随着免疫力低下人群的增加，侵袭性真菌感染的发病率逐年上升。该病起病隐匿，临床早期无特异性体征，病情进展迅速，死亡率高，已遍布临床各科室，且抗真菌药物少，副作用大，诊断困难。因此，建立快速、特异、灵敏的检测方法... 详细信息

近年来，随着免疫力低下人群的增加，侵袭性真菌感染的发病率逐年上升。该病起病隐匿，临床早期无特异性体征，病情进展迅速，死亡率高，已遍布临床各科室，且抗真菌药物少，副作用大，诊断困难。因此，建立快速、特异、灵敏的检测方法，对于早期诊断、及时治疗，降低患者死亡率及改善预后至关重要。目前，侵袭性真菌感染的诊断方法主要为传统培养和组织病理学方法，但存在耗时长、阳性率低、有创伤性等缺点。以核酸为基础的分子生物学诊断方法因具有快速、特异和敏感的优势，在临床早期检测中具有广阔的应用前景。本研究针对侵袭性真菌感染的主要病原菌，建立了环介导恒温扩增（loop-mediatedisothermal amplification, lamp）和纳米金辅助半巢式PCR（semi-nested PCR,snPCR）检测方法。 1. lamp方法用于主要病原真菌的检测 lamp技术是一种简便、准确、廉价的核酸扩增方法，依赖于链置换酶（Bst酶）在恒温水浴锅条件下快速、高效的扩增核酸。该方法检测时间短、操作简单、设备要求低、结果易于观察。近十年来，lamp技术被广泛应用于病毒、细菌及寄生虫等的诊断，但较少应用于真菌感染的诊断。本研究以ITS（internal transcribed spacer）为靶基因，分别设计了烟曲霉和假丝酵母属lamp引物，建立了鉴定烟曲霉和假丝酵母属的lamp方法。对反应温度、Mg2+浓度及Bst酶浓度等进行优化，确定了最佳反应体系。根据lamp反应产生的特异性梯形条带可快速、特异的鉴定烟曲霉和假丝酵母属，其他常见病原菌未见扩增，灵敏度达pg级（烟曲霉6.0pg、假丝酵母属0.3pg），可在3h-4h内完成，高于常规PCR10倍。该方法灵敏度高、反应快速。另外，利用该方法对烟曲霉和白假丝酵母感染小鼠的血液、组织标本进行检测，检出率达70%-90%，较培养法高，可实现非培养标本的快速检测。 2.纳米金辅助snPCR方法用于假丝酵母属的检测 snPCR具有快速、特异、敏感等优点。本研究以GAPDH（glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase）为靶基因，设计假丝酵母属特异性引物，建立了snPCR方法，用于鉴定假丝酵母属。但snPCR受引物、dNTP、模板DNA纯度等影响有时会出现非特异性扩增条带。本研究在snPCR体系中，加入了纳米金粒子（gold nanoparticles, AuNPs）。实验结果显示，加入4nM AuNPs（粒径13nm）后，仅有约360bp的目的条带产生，且其产量增加，表明AuNPs可消除非特异性条带扩增，增加目的条带产量。且与未加AuNPs的snPCR比较，该反应的灵敏度提高10倍，表明AuNPs可提高反应的扩增效率。利用该方法扩增临床假丝酵母属常见种，均可产生约360bp的特异性条带，其它临床常见病原菌未见扩增，检测灵敏度达30fg，并可在6h内完成。该方法可特异的鉴定假丝酵母属，灵敏度高、反应快速。另外，利用该方法检测白假丝酵母感染小鼠的血液、组织标本，检出率达80%-90%，明显高于培养法。综上所述，本研究针对烟曲霉和假丝酵母属，成功建立了lamp和纳米金辅助snPCR方法。这两种方法可特异性的鉴定烟曲霉和假丝酵母属，灵敏度高，并均可实现非培养标本的快速检测，较培养法检出率高，检测时间短（可在3-6h内完成），为临床早期和痕量标本DNA的快速检测提供借鉴。

关键词：病原真菌 lamp 半巢式PCR 纳米金快速检测