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The phylogenetic and evolutionary history of kokobera virus

Asian Pacific Journal of Tropical Medicine 2016年第10期9卷 945-950页

作者： Aletheia Blasi Alessandra Lo Presti Eleonora Cella Silvia Angeletti Massimo Ciccozzi Unit of Clinical Pathology and Microbiology University Campus Bio-Medico of Rome Department of Infectious Parasitic and Immunomediated Diseases Istituto Superiore di Sanità Public Health and Infectious Diseases Sapienza University

Objective: To estimate the genetic diversity of kokobera virus, the date of origin and the spread among different viruses in the endemic regions of Australia. Methods: Two datasets were built. The first consisting of 29 sequences of the NS5/3' UTR region of kokobera group downloaded from Gen Bank, the second including only 24 sequences of kokobera viruses, focus is on this group. Results: Bayesian time analysis revealed two different entries in Australia of kokobera virus in the 50 s years with the dated ancestor in 1861 year. Clade A and B showed a clear separation of the kokobera sequences according to the geographic region. Conclusions: Data from the study showed as kokobera virus, despite of its ancient origin and its circulation before the European colonization, remained limited to the Australian Country and nowadays limited mostly to the regions were Australian marsupials are mostly found.

关键词： kokobera virus Phylogeny Date of origin Evolution

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