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infiniumpurify: An R package for estimating and accounting for tumor purity in cancer methylation research

Genes & Diseases 2018年第1期5卷 43-45页

作者： Yufang Qin Hao Feng Ming Chen Hao Wu Xiaoqi Zheng College of Information Technology Shanghai Ocean UniversityShanghai201306PR China Key Laboratory of Fisheries Information Ministry of Agriculture Shanghai201306PR China Department of Biostatistics and Bioinformatics Rollins School of Public HealthEmory UniversityGeorgia 30322USA Department of Mathematics Shanghai Normal UniversityShanghai200234PR China

The proposition of cancer cells in a tumor sample,named as tumor purity,is an intrinsic factor of tumor samples and has potentially great influence in variety of analyses including differential methylation,subclonal deconvolution and subtype ***-Purify is an integrated R package for estimating and accounting for tumor purity based on DNA methylation Infinium 450 k array *** has three main functions getPurity,InfiniumDMC and InfiniumClust,which could infer tumor purity,differential methylation analysis and tumor sample cluster accounting for estimated or user-provided tumor purities,*** infiniumpurify package provides a comprehensive analysis of tumor purity in cancer methylation research.

关键词： Cancer subtype classification Differential methylation analysis DNA methylation Tumor purity infiniumpurify

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