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基于indel标记的大白菜育种材料分子身份证构建

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中国蔬菜 2019年第2期 34-41页

作者：刘栓桃张志刚王荣花王立华李巧云赵智中山东省农业科学院蔬菜花卉研究所国家蔬菜改良中心山东分中心山东省设施蔬菜生物学重点实验室山东济南250100

以105份大白菜育种材料为试材,精选20对均匀分布于大白菜基因组、且只能检测出2个等位基因的共显性indel标记引物进行分子标记检测,构建分子身份证。结果表明:20对引物中有16对引物在所有材料中均扩增出单一条带,另外各有2对引物在部分... 详细信息

以105份大白菜育种材料为试材,精选20对均匀分布于大白菜基因组、且只能检测出2个等位基因的共显性indel标记引物进行分子标记检测,构建分子身份证。结果表明:20对引物中有16对引物在所有材料中均扩增出单一条带,另外各有2对引物在部分材料中存在缺失和加倍现象。将所有标记引物按其所处染色体编号由小(A01)到大(A10)排列,同一染色体上的标记则按照物理位置从小到大排列,按顺序对标记赋值,构建了105份大白菜材料的分子身份证。所筛选的20对引物对未知新种质的身份证构建具有通用性和兼容性,表明indel标记技术可以作为大白菜鉴定和分子身份证构建的有效技术手段。

关键词：大白菜育种材料 indel标记分子身份证

一个与花生含油量相关的indel标记的开发

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花生学报 2017年第4期46卷 1-6,14页

作者：徐平尹亮石延茂任艳王效华李双铃袁美山东省花生研究所/农业部花生生物学重点实验室山东青岛266100

为了开发与含油量紧密相关、能用于分子辅助高油育种的分子标记,本研究根据与花生含油量相关的位点设计了29对引物,并在7份品种中进行初步筛选。结果显示,有一对引物ID14-3表现出多态性,可以分别扩增出278bp(ID14-3a)和272bp(ID14-3b)... 详细信息

为了开发与含油量紧密相关、能用于分子辅助高油育种的分子标记,本研究根据与花生含油量相关的位点设计了29对引物,并在7份品种中进行初步筛选。结果显示,有一对引物ID14-3表现出多态性,可以分别扩增出278bp(ID14-3a)和272bp(ID14-3b)的片段。进一步用该引物对171份品种组成的自然群体进行扩增,含ID14-3b的品种平均含油量为48%,含ID14-3a的品种平均含油量为46%。ID14-3b与花生品种的高含油量相关,可以用于花生含油量的分子标记辅助选择育种和高油种质鉴定。

关键词：花生含油量 indel标记分子标记辅助育种

利用indel标记构建甘蓝型油菜的分子身份证

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分子植物育种 2020年第14期18卷 4671-4679页

作者：倪西源柳寒黄吉祥石江华赵坚义浙江省农业科学院作物与核技术利用研究所杭州310021

由于甘蓝型油菜品种数量的增多和品种间的遗传多样性水平较低,仅根据农艺性状对品种进行鉴别的难度逐渐增大。为准确快速地区分油菜品种,本研究从186个indel标记中筛选出19个indel标记,这19个In Del标记来自甘蓝型油菜的不同染色体上,... 详细信息

由于甘蓝型油菜品种数量的增多和品种间的遗传多样性水平较低,仅根据农艺性状对品种进行鉴别的难度逐渐增大。为准确快速地区分油菜品种,本研究从186个indel标记中筛选出19个indel标记,这19个In Del标记来自甘蓝型油菜的不同染色体上,并且每个indel标记在品种(系)间均只有2种等位变异;通过对19个In Del标记在品种中的等位变异进行数字化赋值,构建了76份甘蓝型品种(系)和2份白菜型油菜品种的分子标记身份证。利用indel标记构建甘蓝型油菜分子身份证的操作简便可行,并且品种(系)的标记信息数据更加简洁直观,有助于油菜品种资源的有效区分和利用,可以在油菜品种的纯合度鉴定、真实性鉴定和品种权益保护等方面提供帮助。

关键词：甘蓝型油菜(Brassica napus) 分子身份证 indel标记

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基于重测序番茄indel标记的开发

分子植物育种 2019年第14期17卷 4692-4697页

作者：张国儒唐亚萍杨涛帕提古丽王柏柯李宁王娟李晓琴余庆辉杨生保新疆农业科学院园艺作物研究所

番茄基因组测序的完成为indel标记的开发提供了很多的研究基础。为了鉴别渐渗系‘IL71’和栽培种‘M82’之间的差异,本研究经过前期对栽培种‘M82’和野生型潘那利渐渗系‘IL71’进行重测序结果比较,结果表明,这两份番茄材料在12号染色... 详细信息

番茄基因组测序的完成为indel标记的开发提供了很多的研究基础。为了鉴别渐渗系‘IL71’和栽培种‘M82’之间的差异,本研究经过前期对栽培种‘M82’和野生型潘那利渐渗系‘IL71’进行重测序结果比较,结果表明,这两份番茄材料在12号染色体上存在较大差异。因此从存在较大差异的12号染色体上设计了1980对indel标记引物,以便用分子标记的方法区别两份材料。本研究从中筛选出400对引物进行indel标记检测,最终检测出40对特异性引物,检出率为10%。本研究结果为今后的杂交种检测提供依据。

关键词：番茄(Lycopersicon esculentum) 重测序 indel标记

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甘蓝型油菜白花基因indel连锁标记开发

作物学报 2022年第3期48卷 759-769页

作者：王瑞陈雪郭青青周蓉陈蕾李加纳西南大学农学与生物科技学院重庆400715 重庆市油菜工程技术研究中心重庆400715

碱基插入/缺失(indel)是基因组上广泛分布的遗传变异形式。但甘蓝型油菜白花基因indel连锁标记还未见有关研究报道。本研究以甘蓝型油菜双单倍体(doubled haploid,DH)纯系黄花Y05和甘蓝型油菜纯系白花W01杂交构建F_(2)群体。在F_(2)群... 详细信息

碱基插入/缺失(indel)是基因组上广泛分布的遗传变异形式。但甘蓝型油菜白花基因indel连锁标记还未见有关研究报道。本研究以甘蓝型油菜双单倍体(doubled haploid,DH)纯系黄花Y05和甘蓝型油菜纯系白花W01杂交构建F_(2)群体。在F_(2)群体中选取30株极端纯白花和30株极端纯黄花构建叶片DNA子代池,对亲本和DNA子代池进行30×重测序。以法国甘蓝型油菜Darmor-bzh为参考序列,QTL-seq流程和PoPoolation2流程相互结合鉴定白花基因候选区间,2种方法均将白花基因定位于法国甘蓝型油菜Darmor-bzh C03染色体52~54 Mb区间。利用IGV软件可视化白花基因候选区间插入缺失(indel)变异位点,依据候选区间序列信息设计indel引物,聚丙烯酰胺凝胶电泳筛选到8个与白花基因连锁共分离的indel标记。上述研究为甘蓝型油菜白花基因精细定位和分子标记辅助选育以及白花基因功能标记开发奠定了研究基础和工作思路。

关键词：甘蓝型油菜重测序白花基因 indel标记

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基于重测序的芥蓝(Brassica alboglabra)全基因组indel标记开发

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分子植物育种 2021年第4期19卷 1190-1201页

作者：洪晓如吴智明陈汉才黎庭耀沈卓张艳仲恺农业工程学院园艺园林学院广州510225 广东省农业科学院蔬菜研究所广州510640 广东省蔬菜新技术研究重点实验室广州510640

碱基插入/缺失(indel)在基因组中的分布密度仅次于SNP且易于基因型分型,成为分子标记开发的主要来源。为了开发芥蓝品种间有多态性的分子标记,本研究利用2份芥蓝自交系重测序数据鉴定的indel位点,在全基因组范围内设计了367对indel候选... 详细信息

碱基插入/缺失(indel)在基因组中的分布密度仅次于SNP且易于基因型分型,成为分子标记开发的主要来源。为了开发芥蓝品种间有多态性的分子标记,本研究利用2份芥蓝自交系重测序数据鉴定的indel位点,在全基因组范围内设计了367对indel候选标记。通过PCR检测比较8个芥蓝自交系的多态性,发现284对标记在至少2个芥蓝自交系间有多态性,阳性率为77.4%。本研究利用重测序技术开发芥蓝品种间indel标记效率较高,为种质资源分析、基因定位、分子标记辅助育种等提供了便捷工具。

关键词：芥蓝(Brassica alboglabra) 重测序 indel标记

基于辣椒基因组重测序的indel标记开发及应用

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江苏农业学报 2015年第6期31卷 1400-1406页

作者：郭广君孙茜刘金兵潘宝贵刁卫平戈伟高长洲王述彬江苏省农业科学院蔬菜研究所/江苏省高效园艺作物遗传改良重点实验室江苏南京210014

基于全基因组重测序进行分子标记开发是一种新的方法和趋势。本研究基于辣椒全基因组重测序数据鉴定出的indel位点,在2号染色体上随机选择并设计了40个indel标记,以24份辣椒种质验证其有效性。结果显示:40个标记可获得扩增产物,其中具... 详细信息

基于全基因组重测序进行分子标记开发是一种新的方法和趋势。本研究基于辣椒全基因组重测序数据鉴定出的indel位点,在2号染色体上随机选择并设计了40个indel标记,以24份辣椒种质验证其有效性。结果显示:40个标记可获得扩增产物,其中具有多态性的标记35个,多态率为87.5%,同时35个标记可以有效地区分24份辣椒种质的多样性和特异性。以上结果表明,基于重测序数据开发辣椒indel标记切实可行。

关键词：辣椒重测序 indel标记种质鉴定

利用indel标记量化中国栽培水稻微核心种质的籼粳成分

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湖北农业科学 2014年第16期53卷 3741-3745页

作者：姚国新盛继群李长春黄文超湖北工程学院生命科学技术学院湖北孝感432000 武汉大学生命科学学院武汉430072

利用34对鉴定籼粳指数的indel标记对184份栽培稻微核心种质的籼粳指数进行量化与评价。结果表明,微核心种质中典型籼稻、籼稻、偏籼、中间型、偏粳、粳稻和典型粳稻的比例分别为53.26%、9.24%、1.63%、1.09%、3.26%、9.78%和21.74%,偏... 详细信息

利用34对鉴定籼粳指数的indel标记对184份栽培稻微核心种质的籼粳指数进行量化与评价。结果表明,微核心种质中典型籼稻、籼稻、偏籼、中间型、偏粳、粳稻和典型粳稻的比例分别为53.26%、9.24%、1.63%、1.09%、3.26%、9.78%和21.74%,偏籼粳中间型的材料较少。

关键词：栽培水稻微核心种质籼粳指数 indel标记

利用籼粳稻特异indel标记分析云南糯稻品种的籼粳特性

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云南农业大学学报（自然科学版） 2010年第3期25卷 333-337页

作者：王明军王云月陆春明杨慧王云涛云南农业大学植物保护学院农业生物多样性应用技术国家工程研究中心云南昆明650201

利用籼粳杂种优势是实现水稻超高产育种目标的重要途径之一。利用根据粳稻日本晴和籼稻93-11基因组序列设计的34对特异性插入/缺失(Insertion/Deletion,indel)引物,对采自云南省7个地州17个县的181份糯稻品种进行籼粳性分析。通过对这... 详细信息

利用籼粳杂种优势是实现水稻超高产育种目标的重要途径之一。利用根据粳稻日本晴和籼稻93-11基因组序列设计的34对特异性插入/缺失(Insertion/Deletion,indel)引物,对采自云南省7个地州17个县的181份糯稻品种进行籼粳性分析。通过对这些糯稻品种DNA样品在这34个indel位点上的籼型或粳型基因频率,确定各个糯稻品种的籼、粳性。结果表明:141份测试品种被鉴定为典型籼稻,18份为籼稻,8份为典型粳稻,13份为粳稻,1份为偏粳稻。主成分分析表明,云南糯稻籼粳分化明显。

关键词：籼粳分化 indel标记糯稻