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Viral integration detection strategies and a technical update on Virus-Clip

BIOCELL 2021年第6期45卷 1495-1500页

作者： DANIEL WAI-HUNG HO XUEYING LYU IRENE OI-LIN NG Department of Pathology The University of Hong KongHong KongChina State Key Laboratory of Liver Research The University of Hong KongHong KongChina

Oncovirus infection is crucial in human *** oncoviruses can lead to structural variations in the human genome known as viral genomic integration,which can contribute to *** viral integration detection tools differ in their underlying algorithms pinpointing different aspects or features of viral integration *** discuss about major procedures in performing viral integration *** importantly,we provide a technical update on Virus-Clip to facilitate its usage on the latest human genome builds(hg19 and hg38)and the adoption of multi-thread mode for faster initial read *** comparing the execution of Virus-Clip using single-thread and multi-thread modes of read alignment on targeted-panel sequencing data of HBV-associated hepatocellular carcinoma patients,we demonstrate the marked improvement of multi-thread mode in terms of significantly reduced execution time,while there is negligible difference in memory *** together,with the current update of Virus-Clip,it will continue supporting the in silico detection of oncoviral integration for better understanding of various human malignancies.

关键词： Oncovirus Viral genomic integration in silico detection Tumorigenesis Human malignancies

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