检索结果-南通市图书馆

检索条件"主题词=Illumina测序"

共 101 条记录，以下是71-80 订阅

全选清除本页清除全部题录导出标记到"检索档案"

详细简洁

排序：

绝经后骨质疏松症及补肾方治疗后全基因组微小RNA表达谱研究

绝经后骨质疏松症及补肾方治疗后全基因组微小RNA表达谱研究

引用

作者：赵清广州中医药大学

学位级别：硕士

绝经后骨质疏松症(Postmenopausal osteoporosis,PMOP)是一种发生于绝经后妇女的全身性骨代谢疾病,以骨脆易于发生骨折为特点。随着人类寿命的延长,妇女绝经后仍然有数十年的生命过程,但骨质疏松症当前已是中老年女性退行性疾病中一常... 详细信息

绝经后骨质疏松症(Postmenopausal osteoporosis,PMOP)是一种发生于绝经后妇女的全身性骨代谢疾病,以骨脆易于发生骨折为特点。随着人类寿命的延长,妇女绝经后仍然有数十年的生命过程,但骨质疏松症当前已是中老年女性退行性疾病中一常见病、多发病,严重威胁其生存质量、身心健康。因此,预防和治疗绝经后骨质疏松是我们需要共同面对的健康问题。补肾方是中医临床对肾虚型绝经后骨质疏松症主要的、常用的、有效的治疗方法,广州中医药大学第三附属医院院内制剂骨康方是治疗PMOP的验方,温补肾阳、强筋壮骨、益气健脾、活血通络;中医传统经方六味地黄丸和金匮肾气丸分别是偏补肾阴虚和肾阳虚的的常用方和基础方,但这些补肾方的分子机制和靶点治疗尚不清楚,有待阐明。微小RNA (microRNA,miRNA)是一些短小的非编码RNAs,能介导基因的转录后沉默,与细胞增殖分化迁移、疾病的发生和进展都有关系,骨组织的生长、代谢同样与miRNA密切相关。与骨代谢相关的miRNA表达水平变化会引起骨质代谢异常,导致骨质疏松等骨病的发生。miRNA广泛存在于人体体液中,因此,通过检测循环中miRNA的变化,可为疾病的诊断和治疗提供潜在的可能性。本研究应用高通量测序技术,对比正常和绝经后骨质疏松的动物模型血浆中miRNA的表达情况,对比PMOP模型与经补肾方灌胃治疗后的动物模型血浆中miRNA的表达变化,判断miRNA在PMOP发病机制及补肾方治疗中的作用;并对差异显著的miRNA进行生物信息学分析,为以其为靶点的基因治疗提供理论和实验基础。本研究将为绝经后骨质疏松症提供一个新的有潜力的预防诊断标记、预后标记和治疗靶点。目的：1.检测绝经后骨质疏松症动物模型与正常对照组血浆全基因表达谱,筛选差异表达的miRNAs,从中寻找起关键调控作用的差异表达的miRNAs,推测能够作为疾病生物标志物的miRNAs,为PMOP的病机研究和诊断提供理论依据。2.检测PMOP与三种补肾方治疗后PMOP动物血浆全基因表达谱,分别筛选差异表达的miRNAs,探讨补肾方治疗PMOP的可能机制及三种补肾方治疗机制的异同。3.对差异表达显著的miRNA进行生物信息学分析,明确miRNA表达水平的变化可能是骨质疏松发生的重要通路;探讨miRNA参与补肾方治疗PMOP的可能作用途径靶点。方法：1.将六月龄体质量180-220g的SD大鼠随机分为假手术(SHAM)和卵巢切除术(OVX)两组。SPF级实验室适应性喂养一周后,OVX组经背部切除双侧卵巢,SHAM组在卵巢附近切除等量脂肪组织。术后12周经骨密度检测等统计分析确定绝经后骨质疏松症动物模型建立成功。2.将PMOP模型组大鼠随机分为PMOP模型组(PMOP组)、骨康方治疗组(PMOP+GK组)、六味地黄丸治疗组(PMOP+ LW组)及金匮肾气丸治疗组(PMOP+JG组)。三组补肾方治疗组分别给予骨康方煎剂、六味地黄煎剂、金匮肾气丸煎剂按照中剂量生药4.8g/kg、12.6g/kg、12.6g/kg大鼠体质量灌胃,每天一次;SHAM组和PMOP组给予等量的生理盐水灌胃,每天一次。持续灌胃12周后,骨密度检测确定补肾方治疗有效,对各组大鼠进行腹主动脉采血,分离血浆备用。*** LS试剂提取各组血浆样本总RNA,总RNA在T4RNA连接酶的作用下加上3′、5′small RNA测序接头,所得产物经RT-PCR扩增以及聚丙烯酰胺凝胶电泳纯化生成small RNAs文库,并进行文库质量分析,使用illumina cBot簇生成系统进行测序文库的克隆扩增,应用illumina高通量测序仪对SHAM组、PMOP组、PMOP+GK组、PMOP+LW组和PMOP+JG组SD大鼠血浆样本中的miRNA进行全基因组表达谱检测,原始数据处理后分别比较其mi RNA表达的差异。4.运用三个目前最主要的mi RNA靶基因数据库：TargenScarumirbase 和miRanda对差异显著的miRNAs进行靶基因分析,筛选出数据库重叠的miRNA靶基因作为最终miRNA靶基因;基于GO数据库对miRNAs进行功能分类,将其归类至相应的生物过程、分子功能和细胞组分中;从GO注释中追踪KEGG信号通路的信息,继续富集这些表达差异显著的miRNAs至对应的信号通路。成果：***组样本与SHAM组对照样本之间差异表达的miRNA共829种,在PMOP组呈表达上调的有383种,其中17种显著上调,差异比值最大的miRNA为rno-miR-206-3p(比值4.5);呈表达下调的有446种,其中37种显著下调,差异比值最低的mi RNA为rno-miR-152-3p(比值0.2)。2. PMOP+GK组与PMOP组对照样本之间差异表达的miRNA共61

关键词：中医中药绝经后骨质疏松症微小RNA illumina测序表达谱

来源：

同方学位论文库评论

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

多种蜘蛛体内细菌多样性研究

多种蜘蛛体内细菌多样性研究

引用

作者：张丽华湖北大学

学位级别：硕士

节肢动物体内存在大量的微生物,其体内细菌类群对宿主的生殖和发育具有重要的影响。蜘蛛属节肢动物门,蛛形纲,蜘蛛目,其种类繁多,分布广泛,是作物害虫的一类重要的捕食性天敌。目前对蜘蛛体内细菌类群的研究主要集中在内共生菌的检测及... 详细信息

节肢动物体内存在大量的微生物,其体内细菌类群对宿主的生殖和发育具有重要的影响。蜘蛛属节肢动物门,蛛形纲,蜘蛛目,其种类繁多,分布广泛,是作物害虫的一类重要的捕食性天敌。目前对蜘蛛体内细菌类群的研究主要集中在内共生菌的检测及其对宿主生殖行为的影响,而对蜘蛛整体内、肠道内菌群多样性的研究较少。本文主要利用高通量测序技术(High-throughput sequencing,HTS)研究野生、成熟的多种蜘蛛整体内、肠道内细菌类群的多样性,分析不同种蜘蛛体内不同细菌类群的分布及其相对丰富度的差异,预测肠道菌群的功能。本研究为进一步研究蜘蛛体内细菌类群与宿主的相互关系、更加有效地利用蜘蛛进行有害昆虫生物防治奠定了重要的理论基础。1.蜘蛛整体内细菌类群分析选取拟水狼蛛Pirata subpiaticus、白斑隐蛛Nurscia albofasciata、条纹嫡花皮蛛Dictis striatipes、迷宫漏斗蛛Agelena labyrinthica、机敏异漏斗蛛Agelena difficilis、二齿幽灵蛛Artema atlnta、食虫沟瘤蛛Ummeliata insecticeps、草间钻头蛛Hylyphantes graminicola,用Illurnina的Hiseq平台对以上8种蜘蛛整体内细菌的16S rRNA的高可变V3-V4区进行测序,检测蜘蛛整体内细菌类群的多样性(以相对丰富度值表示各细菌在不同分类水平上在整个菌群中所占的百分比)。结果表明,蜘蛛整体内的细菌类群的多样性高,共检测到221个属,隶属123个科,18个门。在门分类学水平上,变形菌门Proteobacteria、软壁菌门Tenericutes及拟杆菌门Bacteroidetes的细菌为蜘蛛整体内最主要的优势菌群,其在不同种蜘蛛体内的相对丰富度存在显著差异(Pillumina的Hiseq平台检测3种蜘蛛(沟渠豹蛛Pardosa laura、星豹蛛Pardosa astrigera、白斑隐蛛)肠道细菌的多样性。分析结果表明,蜘蛛肠道细菌类群的多样性高,共检测到348个属,隶属221个科,47个门。在门分类学水平上,变形菌门的细菌是蜘蛛

关键词：蜘蛛整体肠道 illumina测序细菌多样性

来源：

同方学位论文库评论

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

0-6个月婴儿在不同喂养方式下肠道菌群的建立及其影响

0-6个月婴儿在不同喂养方式下肠道菌群的建立及其影响

引用

作者：拉姆卓嘎吉林大学

学位级别：硕士

目的:婴儿期是肠道菌群关键定植时期,早期的菌群定植模式直接影响婴儿在生后肠道的生理发育及免疫系统,从而影响远期疾病的发生风险。同时婴儿期的不同喂养方式影响了婴儿期的肠道菌群的建立,母乳喂养是公认的最佳喂养方式,也是婴儿期... 详细信息

目的:婴儿期是肠道菌群关键定植时期,早期的菌群定植模式直接影响婴儿在生后肠道的生理发育及免疫系统,从而影响远期疾病的发生风险。同时婴儿期的不同喂养方式影响了婴儿期的肠道菌群的建立,母乳喂养是公认的最佳喂养方式,也是婴儿期肠道菌群重要的来源。本研究通过illumina高通量测序技术对肠道菌群进行分析,来揭示不同喂养方式下0-6个月婴儿肠道微生物菌群的定植、演变、以及喂养方式对肠道菌群的影响,为探讨肠道菌群与疾病发生关系提供理论依据。方法:选择2015年4月-2015年10月在吉林大学第一院出生且符合入选标准的足月新生儿20例,母孕期身体情况良好、经阴道自然分娩、围产期未使用抗生素、婴儿及双亲均生活在长春市,气候环境,居住环境,饮食结构等相当。分母乳喂养组(10例)及配方奶粉喂养组(10例)两组。采集婴儿出生后第14天、2个月、4个月、6个月的粪便标本,母乳喂养组的分别设定为A-D组;配方奶粉喂养组的设定为E-H组;随后将冻存于-80℃冰箱中,并随访记录婴儿健康情况及喂养状况。采用MOBIO公司的MOBIO试剂盒提取粪便DNA,采用illumina高通量测序技术对16Sr DNA基因的V3-V4可变区引物通过PCR扩增,检测肠道菌群门、纲、目、科、属的鉴定。结果:1.入组婴儿20例,收集自生后14天,第2个月、4个月和6个月龄粪便标本,应收集粪便标本80份,实际收标本64份。其中1份粪便提取DNA失败,1份标本扩增失败。共计62份标本进入测序程序,经过滤筛查后共获得有效总序列为3641096,总碱基数为1524372983bp,平均长度418.23 bp。2.对62份粪便标本进行测序,测得459个门,430个纲、410个目、378个科、318个属。总测序量达100%以上的菌种共为5个,分别为不动杆菌属、肠杆菌科、韦荣氏球菌属、大肠杆菌/志贺菌属、肠杆菌属。婴儿粪便中微生物多样性很高,检测出491个物种。3.母乳喂养组主要优势菌:在门水平上以变形菌门为主要优势菌、其次是厚壁菌门、放线菌门。在纲水平上主要以γ-变形菌纲为主要优势菌、其次为梭菌纲及放线菌纲Negativicutes纲为主。在目水平上以肠杆菌目为主要优势菌、其次分别为梭菌目、双歧杆菌目、Selenomonadales目。在科水平上肠杆菌科为主要优势菌,其次为双歧杆菌科、韦荣球菌科及毛螺旋菌科。在属水平上大肠杆菌-志贺菌属为优势菌,其次为双歧杆菌属、克雷伯氏菌属及韦荣氏球菌属。4.配方奶喂养组主要优势菌:在门水平上以厚壁菌门为主要优势菌、其次是变形菌门、放线菌门、拟杆菌门。在科水平上韦荣球菌科为主要优势菌,其次为肠杆菌科、梭菌科、双歧杆菌科、及红蝽杆菌科。在纲、目、属水平上的优势菌与母乳喂养组基本相似。但菌群丰度及多样性比母乳喂养组丰富。不同喂养方式间肠道菌群存在显著差异。5.0-6个月母乳喂养组中肠道菌群变化:厚壁菌门、梭菌纲、韦荣氏球菌科、梭菌目、韦荣氏球菌属从生后至4个月逐渐增多,6个月时有下降趋势。变形菌门、γ-变形菌纲、肠杆菌科、肠杆菌目、大肠杆菌属/志贺菌属从出生后至4个月逐渐下降,6个月时上升趋势。放线菌门从出生后至4个月逐渐下降、6个月时上升趋势;放线菌纲从出生后至6个月逐渐上升趋势;双歧杆菌科、双歧杆菌目、双歧杆菌属从出生后的8.5%上升至2个月的15.5%,4个月时下降至11.0%,6个月时上升至27.0%。6.0-6个月配方奶粉组肠道菌群变化:厚壁菌门、梭菌纲、韦荣氏球菌科、梭菌目、韦荣氏球菌属从生后至4个月逐渐下降,6个月时明显上升趋势。变形菌门、γ-变形菌纲、肠杆菌科、肠杆菌目、大肠杆菌属/志贺菌属从生后4个月逐渐增多,6个月时下降趋势。放线菌门、放线菌纲从生后至4个月下降、6个月时上升趋势;双歧杆菌科、双歧杆菌目、双歧杆菌属从生后的6.6%下降至2个月的4.1%,4个月上升至11.1%,6个月时下降至9.2%。结论:***高通量的16Sr DNA测序技术对婴儿肠道微生物群落的门、纲、目、科、属种类分析方法可靠、有效、准确性高。2.0-6个月足月健康婴儿,婴儿粪便中微生物多样性很高,最多检测出491个物种。配方奶喂养婴儿粪便微生物物种丰度高于母乳喂养组。母乳喂养组及配方奶喂养组间差异有统计学意义(P<0.05)。3.在肠道菌群的门水平上主要以变形杆菌门、后壁菌门、放线菌门为优势菌。在纲、科、目、属水平上优势菌组成基本相似。母乳喂养婴儿早期肠道中双歧杆菌科、双歧杆菌目、双歧杆菌属增高明显。而配方奶喂养婴儿肠道内以上菌群增高不明显。

关键词：肠道菌群婴儿不同喂养 illumina测序

来源：

同方学位论文库评论

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

益生菌添加配方奶粉对生命早期肠道菌群建立的影响

益生菌添加配方奶粉对生命早期肠道菌群建立的影响

引用

作者：聂瑶吉林大学

学位级别：硕士

目的:应用illumina高通量测序技术对采用益生菌添加的配方奶粉喂养的婴儿粪便菌群进行分析,研究益生菌添加配方奶粉对生命早期肠道菌群建立及演变过程的影响,为益生菌的合理应用及婴儿配方奶粉的研制提供理论依据。方法:选择在吉林大学... 详细信息

目的:应用illumina高通量测序技术对采用益生菌添加的配方奶粉喂养的婴儿粪便菌群进行分析,研究益生菌添加配方奶粉对生命早期肠道菌群建立及演变过程的影响,为益生菌的合理应用及婴儿配方奶粉的研制提供理论依据。方法:选择在吉林大学第一医院出生且符合入组要求的正常足月儿12例,分为普通配方奶粉喂养组、益生菌F19添加配方奶粉喂养组,分别收集婴儿生后第14天、第2月、第4月、第6月、第8月、第10月、第12月的粪便样品,并根据粪便收集时间将普通配方奶粉喂养组分为A0-A12组,将益生菌F19添加配方奶粉喂养组分为B0-B12组;将粪便样品存放于-80℃的冰箱中,应用illumina高通量测序技术对16S rDNA基因的可变区(V3-V4)进行PCR扩增,进一步在门、纲、目、科、属水平上检测肠道菌群进行分析。结果:(1)菌群的多样性:普通配方奶粉喂养组检测出645个物种,覆盖100%样品的微生物组是韦荣球菌属;粪便样品中门水平主要菌群为厚壁菌门、变形菌门,纲水平主要菌群为γ-变形菌纲、拟杆菌纲,目水平主要菌群为肠杆菌目、拟杆菌目,科水平主要菌群为肠杆菌科、韦荣球菌科,属水平主要菌群为韦荣球菌属、拟杆菌属。益生菌F19添加配方奶粉喂养组检测出793个物种,覆盖100%样品的微生物组是链球菌属、韦荣球菌属、大肠杆菌/志贺氏杆菌属,门水平主要菌群为厚壁菌门、变形菌门,纲水平主要菌群为γ-变形菌纲、梭菌纲,目水平主要菌群为肠杆菌目、梭菌目,科水平主要菌群为肠杆菌科、韦荣球菌科,属水平主要菌群为双歧杆菌属、韦荣球菌属。(2)菌群的变化趋势婴儿生后14天、2月、4月、6月、8月、10月、12月双歧杆菌属在普通配方奶粉喂养组和益生菌F19添加配方奶粉喂养组相对丰度比例分别为(7.78%vs 0.59%,7.98%vs 1.69%,12.32%vs 21.91%,22.11%vs 22.96%,22.22%vs 20.70%,3.16%vs 27.95%,6.54%vs 31.38%),大肠杆菌/志贺氏菌属在普通配方奶粉喂养组和益生菌F19添加配方奶粉喂养组相对丰度比例分别为(1.13%vs 4.36%,19.15%vs 22.77%,16.62%vs 24.26%,10.84%vs 1.47%,3.61%vs 11.70%,3.76%vs 3.85%,8.42%vs 5.28%),梭菌属在普通配方奶粉喂养组和益生菌F19添加配方奶粉喂养组相对丰度比例分别为(2.60%vs 12.11%,1.14%vs 1.42%,10.45%vs 1.38%,0.99%vs 1.51%,4.05%vs 12.64%,4.52%vs 0.95%,1.01%vs 0.95%)。结论:(1)普通配方奶粉喂养组婴儿肠道菌群物种丰度低于益生菌F19添加配方奶粉喂养组;随婴儿生长益生菌F19添加配方奶粉喂养组肠道菌群中双歧杆菌属基本呈上升趋势,相对丰度整体高于普通配方奶粉喂养组,推测益生菌F19能促进双歧杆菌属的生长、繁殖。(2)婴儿肠道菌群多样性很高,但普通配方奶粉喂养组与益生菌F19添加配方奶粉喂养组组内随年龄变化肠道菌群多样性差异无统计学意义(P<0.05)。(3)普通配方奶粉喂养组与益生菌F19添加配方奶粉喂养组在门、纲、目、科、属水平上优势菌群大致相似,均以专性厌氧菌和兼性厌氧菌为主。

关键词：益生菌添加配方奶粉婴儿肠道菌群 illumina测序

来源：

同方学位论文库评论

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

条纹斑竹鲨再生肝脏中差异RNA的研究

条纹斑竹鲨再生肝脏中差异RNA的研究

引用

作者：陆聪儿浙江理工大学

学位级别：硕士

条纹斑竹鲨,是一种比较有代表性的软骨鱼类,其肝脏比重占到内脏比重的3/4的。据研究报道,鲨鱼肝脏体内含有许多生物活性物质,包括了多种肝再生相关的刺激因子,但没有肝脏micro RNA的相关报道。由于micro RNA和基因组信息的缺乏,也影响... 详细信息

条纹斑竹鲨,是一种比较有代表性的软骨鱼类,其肝脏比重占到内脏比重的3/4的。据研究报道,鲨鱼肝脏体内含有许多生物活性物质,包括了多种肝再生相关的刺激因子,但没有肝脏micro RNA的相关报道。由于micro RNA和基因组信息的缺乏,也影响了对鲨鱼肝再生调节的分子机制的深入研究。本研究构建了条纹斑竹鲨1/3肝切除模型,提取正常和再生3 h肝组织的RNA,应用illumina测序平台对条纹斑竹鲨正常和再生肝脏进行micro RNA测序以及转录组测序,通过micro RNA测序,鉴定出670条micro RNAs(290条known micro RNAs和380条PC micro RNAs),这些micro RNA隶属于145个基因簇;通过转录组测序获得339998条Unigenes,其中有60047条Unigenes,能注释到基因信息。对测序结果进行初步分析,主要筛选肝再生过程中差异表达的基因和micro RNAs,进一步阐释肝再生的调控网络。主要筛选依据是正常和再生3 h肝组织中micro RNA和Unigene的Fold Change的比值,共筛选到119条差异表达的micro RNAs以及4754个差异表达的Unigenes。一方面以注释上基因信息的Unigenes作为靶基因库,利用mi Randa和Targetscan对119条差异micro RNAs进行靶基因预测,将这些候选靶基因进行GO功能以及KEGG富集分析,以P测序数据此外,并通过实验方法验证了部分micro RNAs以Unigenes在正常和再生3 h肝组织中差异表达情况,以及上述差异表达的micro RNAs和Unigenes的靶向性,这对深入研究肝再生调控机理,具有积极的意义。

关键词：条纹斑竹鲨肝再生 micro RNA 转录组 illumina测序

来源：

同方学位论文库评论

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

武夷山森林-溪流连续体微生物群落组成和多样性研究

武夷山森林-溪流连续体微生物群落组成和多样性研究

引用

作者：刘渤然南京林业大学

学位级别：硕士

森林-溪流连续体作为森林流域的重要组成成分,是联通陆地生态系统和水生生态系统的关键枢纽。森林-溪流连续体作为众多河流、湖泊等大型内陆水体的发源地,其动态变化显著影响下游水体的物质循环与微生物群落组成与多样性。微生物群落作... 详细信息

森林-溪流连续体作为森林流域的重要组成成分,是联通陆地生态系统和水生生态系统的关键枢纽。森林-溪流连续体作为众多河流、湖泊等大型内陆水体的发源地,其动态变化显著影响下游水体的物质循环与微生物群落组成与多样性。微生物群落作为森林-溪流连续体中重要的生物类群,是生物地球化学循环中关键节点。之前对微生物的研究主要集中在冰川溪流、江、河与海洋,对森林溪流中微生物群落组成和多样性的研究较少。因此,本研究以武夷山典型亚热带森林-溪流连续体中微生物群落为研究对象,结合溪流分级、环境指标实时测定、室内实验和微生物测序方法,分别在旱季(11-12月)和雨季(7-8月)两个季节分两次对武夷山森林-溪流连续体中微生物群落时空的动态变化进行研究,得到以下主要研究结果:(1)在森林-溪流连续体中,不同季节条件下土壤微生物群落结构和多样性具有显著差异(P<0.05)。距离溪流不同距离的旱季土壤中,微生物的多样性和丰富度具有显著差异(P<0.05),而在雨季土壤中则具有高度的相似性。影响土壤微生物群落的环境因子主要是:土壤中硝态氮含量、土壤含水量、土壤中铵态氮含量、土壤p H、土壤中可溶性有机碳;其中旱季土壤硝态氮含量是影响细菌多样性的主要因素且为正效应,重要性为68.55%,氨态氮含量是影响土壤真菌多样性的主要因素且为正效应,重要性为37.73%;雨季土壤p H对细菌群落为正效应,重要性为50.99%,而对细菌丰富度为负效应,重要性为84.10%,与此同时p H对真菌群落的多样性影响为正效应,重要性占53.34%,土壤中磷的含量对真菌丰富度位负效应,重要性占了78.87%。我们的结果强调了不同季节为系统中土壤微生物群落组成和多样性的变异做出巨大贡献;离溪流不同距离的水平差异是空间尺度上微生物群落组成和多样性变异的驱动因子;不同的环境因子也分别对微生物群落组成复杂性和多样性做出了解释。(2)在森林-溪流连续体中,不同季节条件下溪流微生物群落结构和多样性表现出显著的异质性(P<0.05)。旱季溪流中,微生物的丰富度分别在不同梯级溪流中存在显著差异,微生物群落的组成在低阶溪流(1,2级溪流)和高阶溪流(3,4,5级溪流)中存在显著差异(P<0.05);在雨季溪流中,不同溪流梯级中微生物群落的多样性和丰富度具有相似性,细菌群落的组成具有异质性,而真菌群落展现出高的相似性。影响溪流微生物群落的环境因子主要是:水温、p H、电阻率、溶解氧浓度以及可溶性有机碳浓度,在旱季溪流中,细菌群落多样性增加主要受水温增加的影响(相对重要性28.70%),细菌群落丰富度增加主要受水中TDS增加的影响(67.29%),真菌群落多样性的减少主要是由水中TDS增加导致的(47.29%),真菌群落丰富度的增加是由水温增加导致的(56.08%);在雨季水体中,细菌群落多样性增加主要受水温增加的影响(相对重要性34.62%),细菌群落丰富度降低主要受水中TDS增加的影响(58.05%),真菌群落多样性的减少主要是由水中DOC增加导致的(35.03%),真菌群落丰富度的增加是由p H增加导致的(68.58%)。我们的研究表明森林-溪流连续体中不同梯级溪流中细菌和真菌群落组成多样性具有异质性,温度较高的水中呈现出高的群落多样性和结构的复杂性,此外由于季节的改变,使得雨季水体p H成为了驱动真菌群落多样性和丰富度变化的重要环境因子,展现了触发流域内水体微生物群落动态变化的重要作用。(3)旱季的森林-溪流连续体中,溪流中细菌群落的多样性与丰富度显著高于土壤,溪流中真菌群落的多样性与丰富度显著低于土壤(P<0.05);溪流中的细菌群落组成与河岸带土壤中细菌群落组成具有差异性,溪流中的真菌群落组成与河岸带土壤中真菌群落组成具有相似性。雨季的森林-溪流连续体中,溪流中细菌群落的多样性与丰富度显著高于土壤,溪流中真菌群落的多样性与丰富度显著高于土壤(P<0.05);溪流中的细菌群落组成与河岸带土壤中细菌群落组成具有差异性,溪流中的真菌群落组成与河岸带土壤中真菌群落组成具有相似性。我们研究表明土壤中微生物群落可能是溪流中微生物群落的一个来源,两者之间存在相关性,与此同时流域内森林-溪流连续体微生物群落的动态变化模式在溪流与土壤中具有一定的相似性,其过程在溪流与土壤中无法割裂,这为之后研究流域内生物地球化学循环过程及元素迁移机制提供了新的见解。综上所述,森林-溪流连续体中,微生物的多样性和丰富度存在显著差异,细菌群落的结构具有显著差异性,真菌群落的结构具有相似性。土壤中,微生物群落的空间变异来源是距离溪流的距离,溪流中微生物空间变异来源是不同溪流梯级,随着季节的变化,降雨量的增加,森林-溪流连续体中细菌群落的多样性和丰富度显著降低;真菌群落的多样性显著增加,丰富度显著降低。降雨量的变化致使系统中微生物群落结构发

关键词：微生物群落动态溪流分级 illumina测序森林-溪流连续体

来源：

同方学位论文库评论

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

母猪血清外泌体miRNAs作为妊娠早期诊断标志物的研究

母猪血清外泌体miRNAs作为妊娠早期诊断标志物的研究

引用

作者：周臣华南农业大学

学位级别：硕士

母猪早期妊娠诊断有利于缩短未孕母猪空怀期,提高母猪繁殖力和生产效益,因此寻找并开发一种新型妊娠生物标志物十分重要。外泌体（Exosome）是一种内含各类核酸蛋白脂质的一种胞外囊泡,可作为细胞交流的通讯因子。其中携带的micro RNA... 详细信息

母猪早期妊娠诊断有利于缩短未孕母猪空怀期,提高母猪繁殖力和生产效益,因此寻找并开发一种新型妊娠生物标志物十分重要。外泌体（Exosome）是一种内含各类核酸蛋白脂质的一种胞外囊泡,可作为细胞交流的通讯因子。其中携带的micro RNA是一种内源性小分子非编码RNA,广泛存在于真核生物中并参与调控各类细胞进程。大量研究表明,外泌体及miRNA参与了胚胎生长发育、神经肌肉的增殖分化、性成熟及免疫应答等一系列生命活动,对哺乳动物妊娠早期胚胎发育及子宫内膜和子宫内环境发育变化等有重要调控作用。本论文研究了妊娠早期母猪血清外泌体miRNA差异表达情况及初步机理,探究外泌体miRNA在生产实践中作为诊断标志物的可能。也为解析妊娠早期胚胎和子宫的变化与机体循环体液的变化联系、妊娠早期miRNA在胚胎发育中的作用和改善母猪繁殖性能提供参考资料。本研究以发情期（假受精第9 d）、妊娠期（同步受精第9 d、12 d、15 d）的大白猪为研究对象,利用超速离心法分离了各时期母猪血清中的外泌体并用透射电镜分析、粒径分析、免疫印迹蛋白分析和纳米流式分析展现其相关特征。利用RNA-Seq分析miRNAs在各时期的表达谱,挑选差异表达miRNAs在扩增样本中通过RT-q PCR进一步验证,筛选出可靠的差异miRNAs作为妊娠早期标志物。然后对筛选出的miRNAs做靶基因预测,分析其生物学功能,结合miRNAs在各组织中的表达情况,探究其在妊娠早期的作用。具体研究结果如下:（1）通过超速离心法从母猪各时期中获得形态结构良好的外泌体,相对于用试剂盒分离外泌体的方法,超速离心法获得量更大、密度更纯的外泌体。同时,在妊娠早期分离获得的外泌体量无显著差异。（2）通过对妊娠早期母猪血清外泌体miRNA的建库测序获得较高评分的测序质量,在大量reads中含有包括miRNA的各种小RNA,在miRNA预测中也发现许多novel miRNA,这些小RNA和miRNA的变化可能与母猪妊娠早期机体和胚胎的发育调控有关。（3）通过测序展现出的miRNAs表达谱进行差异分析,以妊娠15天为基准共筛选出11个差异miRNAs,在独立群体中对这些差异miRNAs进一步使用RT-q PCR验证共筛选出ssc-miR-92b-3p和ssc-miR-17-5p两个miRNAs可作为早期妊娠诊断的生物标志物。（4）对所有miRNAs进行差异分析,并将所有测序结果显示出的差异miRNA进行靶基因预测及其功能解析发现其与多种生物学功能有关。ssc-miR-92b-3p和ssc-miR-17-5p两个显著差异表达的miRNA在妊娠早期的调控功能主要以作用于靶基因进行。主要靶向基因且在胚胎附植前期和繁殖力上起调控作用的有HAND1、HCRTR1、PFKM、BSG、ATF6B。综上所述,外泌体存在母猪血清中,妊娠期与发情期的外泌体差异主要体现在其内容物上,差异表达的miRNAs及其靶基因在妊娠早期有重要的调控作用,外泌体携带的miRNAs可作为早期妊娠的生物标志物。

关键词：母猪血清妊娠早期外泌体miRNA illumina测序妊娠标志物

来源：

同方学位论文库评论

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

川赤芍种质资源评价及其单萜糖苷化学成分生物合成通路分析

川赤芍种质资源评价及其单萜糖苷化学成分生物合成通路分析

引用

作者：曲别军长西南民族大学

学位级别：硕士

川赤芍为毛茛科芍药属川赤芍Paeonia veitchii Lynch多年生草本植物,为中国的特有植物;《中国药典》2020年版所收载“赤芍”的基原植物之一,具有清热凉血、散瘀止痛的功效。化学成分分析表明,以芍药苷为主的单萜苷类化合物是川赤芍中的... 详细信息

川赤芍为毛茛科芍药属川赤芍Paeonia veitchii Lynch多年生草本植物,为中国的特有植物;《中国药典》2020年版所收载“赤芍”的基原植物之一,具有清热凉血、散瘀止痛的功效。化学成分分析表明,以芍药苷为主的单萜苷类化合物是川赤芍中的主要活性化学成分,芍药苷也是《中国药典》里“赤芍”的质控指标成分。目前,重要活性天然产物生物合成通路解析是药用植物研究的前沿和热点方向,而川赤芍中芍药苷类成分的生物合成通路研究较少。因此,本研究拟开展川赤芍野生资源调查、资源质量评价、转录组测序、内参基因筛选以及单萜糖苷类成分生物合成关键基因的挖掘,以期为其资源保护、质量评价、单萜糖苷生物合成途径解析和优良川赤芍的分子育种提供科学依据。主要研究内容如下:(1)收集了22份川西高原上的野生川赤芍种质资源。建立了可用于分析川赤芍中主要化合物的HPLC方法,基于该方法,建立了野生川赤芍根和地上部分的HPLC指纹图谱,二者均标定了19个相同的共有峰,并指认出其中的7个(没食子酸、氧化芍药苷、儿茶素、芍药内酯苷、芍药苷、苯甲酸、丹皮酚)。HPLC分析结果表明,川西高原野生川赤芍药材质量均符合《中国药典》要求,但不同产地川赤芍的化学成分存在一定差异且存在明显的区域一致性特征,康定市老榆林、雅江县相格宗、阿坝县查理加油站和若尔盖县巴西乡的川赤芍药材质量相对较好;川赤芍根和地上部分中化学成分的种类和含量相近,地上部分具有开发利用的潜力。基于该HPLC方法,测定了川赤芍不同生长时期、不同组织部位的主要单萜苷含量,发现川赤芍不同生长阶段以及组织中均有一定量的芍药苷,但不同组织间有显著性差异,最终筛选出了表皮、木质部、茎、叶柄、叶和子房等6个组织中芍药苷等单萜糖苷含量差异显著,可用于后期的转录组测序分析。(2)利用PACBIO测序平台,对不同生长时期的川赤芍混合样品进行了三代转录组测序,获得了30827条非冗余全长序列。利用illumina测序平台对上述6个组织部位进行了二代转录组测序,获得了60914条非冗余拼接序列。对PACBIO和illumina获取的unigenes,分别在NR、COG/KOG、GO、Swissprot、egg NOG、KEGG和Pfam数据库中注释分析。随后,利用illumina获得的reads,对SMRT获取的全长unigenes进行定量分析,计算各unigene在各样本中的FPKM表达量,根据各组织中基因的表达量,分析各组织间存在差异表达的基因,并对显著差异表达的基因进行了GO和KEGG注释分析。该章节通过对川赤芍的主要组织部位进行转录组测序,建立了一个大规模转录组数据库,为进一步研究川赤芍和了解青藏高原植物的遗传信息提供了宝贵的数据支持。(3)从川赤芍的全长转录组数据中选取肌动蛋白(Actin)和甘油醛-3-磷酸-脱氢酶基因(glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase,GAPDH)作为候选基因,利用实时荧光定量技术(q RT-PCR)检测2个候选基因在川赤芍的不同组织(韧皮部、木质部、茎、叶、叶柄、子房)的表达水平,然后利用ge Norm、Norm Finder、Best Keeper、ΔCT和Ref Finder综合分析2个基因表达的稳定性,结果表明在川赤芍的不同组织中,Actin和GAPDH 2个基因表达模式稳定。该研究发现Actin和GAPDH可作为川赤芍不同组织基因表达研究的内参基因。基于Actin和GAPDH内参基因,使用q RT-PCR验证了上述转录组数据的可靠性。(4)基于Pac Bio测序所得的30827个全长转录序列,分别根据Pfam注释和本地BLAST识别了18个萜烯合成酶(TPS)、126个细胞色素P450氧化酶(CYP)、53个糖基转移酶(UGT)以及14个酰基转移酶(BAHD)基因。根据CYPs和UGTs基因家族的系统命名法,并参考拟南芥CYPs和UGTs的分类,对川赤芍CYPs和UGTs进行了系统命名。结合基因家族分析、系统发育树分析、加权基因共表达网络分析(WGCNA)等方法,系统筛选了潜在参与川赤芍中单萜糖苷生物合成的TPSs、CYPs、UGTs和BAHDs基因,最终获得了8个Pv TPSs、23个CYPs、7个UGTs和2个BAHDs候选基因,8个Pv TPSs中包括了已在芍药中验证能催化芍药苷单萜骨架“α-蒎烯”形成的基因,佐证了该研究的可靠性。该章节的研究结果将有助于揭示川赤芍中单萜糖苷生物合成途径的机制,为其今后的异源生合成和分子辅助育种提供科学依据。

关键词：川赤芍质量评价单萜糖苷 illumina测序 PacBio测序萜烯合成酶细胞色素P450氧化酶糖基转移酶酰基转移酶

来源：

同方学位论文库评论

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

油茶林地土壤微生物多样性研究

油茶林地土壤微生物多样性研究

引用

作者：吴泽龙中南林业科技大学

学位级别：硕士

油茶是我国特有的重要木本食用油料树种,粗放经营导致油茶林地地力退化日益严重,因此维持和提升油茶林地土壤质量显得尤为重要。土壤微生物是土壤生态系统变化的预警及敏感指标,开展油茶林土壤微生物研究对于深入了解油茶林地土壤生态... 详细信息

油茶是我国特有的重要木本食用油料树种,粗放经营导致油茶林地地力退化日益严重,因此维持和提升油茶林地土壤质量显得尤为重要。土壤微生物是土壤生态系统变化的预警及敏感指标,开展油茶林土壤微生物研究对于深入了解油茶林地土壤生态功能、防止地力衰退及健康管理具有重要意义。本研究以油茶林地自然生草、林下养鸡、人工种草等3种不同经营模式下4个季节的土壤样品为实验研究材料,利用基因测序技术对真菌的ITS1和细菌的V3+V4高变区域分别进行DNA序列测定,经Uparse等软件整理和统计样品序列数目和OTU数量,分析不同经营模式、不同季节油茶林地土壤遗传多样性和群落结构,并通过亢余分析探讨温度对油茶林地土壤微生物群落的影响,主要研究结果如下：(1)通过将OTU中的序列比对到Silva和UNITE数据库,注释到相应的微生物种类,在油茶林地土壤中共检测到担子菌门(Zygomycota)、接合菌门(Basidiomycota)、子囊菌门(Ascomycota)等6个门、27个纲、66个目、126个科、被孢霉属(Mortierella)、青霉属(Penicillium)等176个属、228种土壤真菌;共检测到酸杆菌门(Acidobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)等24个门、53个纲、101个目、196个科、热酸菌属(Acidothermus)、 Bryobacter等331个属、411种土壤细菌。(2)对自然生草、林下养鸡、人工种草等3种不同经营模式下土壤微生物多样性进行研究,结果表明：自然生草、人工种草和养鸡土壤分别含有193、192、190种真菌和393、380、408种细菌。土壤真菌Ace、Chao和Shannon指数均以自然生草最高,分别为：751.40、755.32和4.919;林下养鸡最低,分别为623.64、626.06和3.738。土壤真菌Simpson指数以林下养鸡最高,为0.060;自然生草最低,为0.028。土壤细菌Ace、Chao指数均以自然生草最高,分别为1578.6和1595.7;人工种草最低,分别为1523.0和1537.4;Simpson和Shannon指数以自然生草最高,分别为0.00944和5.7239;林下养鸡最低,分别为0.02219和5.6018。(3)对土壤微生物多样性随季节变化规律的研究发现,土壤真菌和细菌种类均表现表现为：秋>夏>春>冬;秋季和夏季Ace、Chao和Shannon指数大于冬季和春季,且都以秋季最大夏季次之;Simpson指数结果与Ace、Chao和Shannon指数结果相反。(4)通过对油茶林地土壤真菌和细菌群落结构及物种丰度分析,结果表明：油茶林地自然生草土壤中,真菌以被孢霉属(Mortierella)相对丰度最高,为12.17%;细菌以热酸菌属(Acidothermus)相对丰度最高,为4.63%。人工种草土壤中真菌以竹荪属(Dictyophora)相对丰度最高,为7.86%;细菌以热酸菌属(Acidothermus)相对丰度最高,为4.32%。林下养鸡土壤中真菌以锥盖伞属(Conocybe)相对丰度最高,为5.13%;细菌以类芽胞杆菌属(Paenibacillus)相对丰度最高,为6.69%。(5)RDA分析发现土壤真菌以Clitopilus与温度呈最大正相关,Eocronartium与温度呈最大负相关;土壤细菌以Burkholderia与温度呈最大正相关,Pseudolabrys与温度呈最大负相关;综上所述,不同经营模式、不同季节油茶林地土壤微生物多样性均表现出明显差异。3种经营模式中以自然生草土壤微生物多样性最高,四个季节中以秋季微生物多样性最高。

关键词：油茶林地土壤 illumina测序真菌多样性细菌多样性

来源：

同方学位论文库评论

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

多种核酸扩增技术研究及其在线粒体DNA检测中的应用

多种核酸扩增技术研究及其在线粒体DNA检测中的应用

引用

作者：姚贝东南大学

学位级别：硕士

人类线粒体基因组DNA分子为一个16569bp的双链环状DNA分子,该基因组与核基因组相互独立又互相依存,线粒体有13个编码基因,22个tRNA和2个rRNA,许多疾病都与线粒体基因组相关。线粒体又有独特的母系遗传特性,是研究生物起源和进化的重要... 详细信息

人类线粒体基因组DNA分子为一个16569bp的双链环状DNA分子,该基因组与核基因组相互独立又互相依存,线粒体有13个编码基因,22个tRNA和2个rRNA,许多疾病都与线粒体基因组相关。线粒体又有独特的母系遗传特性,是研究生物起源和进化的重要材料。K562细胞是人类慢性髓系白血病细胞,该细胞容易获取,具有各种分化特性,是实验室研究的重要材料。随着人类基因组计划的完成,各种测序手段相继出现,人们在获取遗传序列信息方面更加方便,利用测序手段研究线粒体基因组,对其进行正确的拼接和后续的功能注释在诊断线粒体疾病,保护生物学和群体遗传学,以及确定线粒体在进化上的地位都有重要作用意义。本论文以K562细胞线粒体基因组为研究对象,通过实验的方法设计了一组对比实验,分别用基于PCR的方法和基于多重置换扩增的全基因组等温扩增来获得线粒体基因组,然后利用一代Sanger测序方法和二代illumina测序方法对我们获取的线粒体基因组进行测序,最终获得了K562细胞线粒体基因组序列信息。1、我们利用基于PCR的扩增方法,通过文献综述和预实验最终确定了45对线粒体扩增引物,对线粒体环状DNA分子的全长进行无缝扩增,每一个扩增片段长度不超过1000bp,每一个扩增片段的上下游都有一段的overlap。然后对这些扩增片段利用ABI的3730测序仪进行测序,获取每一个扩增片段的序列信息。对于一代测序下机数据,我们使用NCBI数据库的blast在线比对工具将我们的每一个扩增fragment与人类线粒体标准参考基因组(NC12920.1)进行比对,然后手动对这些比对后的片段进行手动拼接,最终获得了K562细胞线粒体的完整基因组。2、我们利用基于多重置换扩增的线粒体基因组等温扩增方法对我们的K562细胞线粒体基因组进行扩增。我们使用QIAGEN公司的REPLI-g Mitochondrial DNA kit对我们的K562核酸样本进行扩增,一般地线粒体DNA在提取过程中往往与核DNA很难分开,所以我们选择对K562全基因组中线粒体DNA进行特异性扩增。实验过程中我们对样本进行了不同程度的稀释,发现将样本稀释到0.1个核DNA的单倍量级时(即3.3pg/uL),再进行线粒体基因组扩增后10组平行样本中只有3个样本扩增出。根据我们的全基因组稀释样本的测序数据发现,在0.1个gDNA单倍量级时,线粒体DNA与gDNA的reads覆盖度之比在4-16倍之间,这与我们的实验结果比较类似,说明该线粒体基因组扩增试剂盒满足我们实验的要求。利用该试剂盒得到的线粒体基因组进行了二代illumina测序。3、一代测序数据在比对过程中,我们发现了39个单碱基突变位点和一个短片段缺失,这些突变位点分布在线粒体基因组的全长,包括rRNA、tRNA、D-Loop以及基因编码区。我们将这些突变位点分为编码区和非编码区两部分,对于编码区的突变位点分为错义突变和无义突变分别讨论相关的功能意义。我们利用的是NCBI基因数据库、MITOMAP线粒体基因数据库以及UniprotKB蛋白数据库对我们的突变位点进行查找,我们发现大多数突变位点都已经存在于这些数据库之中,我们根据查找到的信息对每个位点进行了功能注释,分析总结了各位点的生物学意义。对于少量数据库中查找不到的位点,我们利用Jpred蛋白质结构预测在线分析软件分析了这些位点改变造成的氨基酸改变进而可能对整个蛋白质结构造成的影响,并且分析了这种影响可能引起的功能变化。对于两种不同方法获得的线粒体基因组我们利用了二代illumina测序方法进行了测序,并对两种方法得到的测序结果进行了初步的比较,并且对一代测序数据分析时得到的几个具有异议性的位点进行了二代测序方法的进一步分析。

关键词：线粒体基因组 PCR 全基因组扩增 Sanger测序 illumina测序单碱基突变注释

来源：

同方学位论文库评论

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

全选清除本页清除全部题录导出标记到“检索档案”

共11页 << < 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 > >> 跳转到页

回到顶部

执行限定条件

欢迎您,

建议与咨询留下您的常用邮箱和电话号码，以便我们向您反馈解决方案和替代方法

时间限定

文献类型

馆藏选择

核心期刊

语言

文献类型

帮助

文字说明：

检索规则说明：

检索范例：

分类表

所选分类

限定检索结果

文献类型

馆藏范围

日期分布

学科分类号

主题

机构

作者

语言

在线全文

在线全文

在线全文

在线全文

在线全文

在线全文

在线全文

在线全文

在线全文

在线全文

请选择保存的检索档案：

请选择收藏分类：

通借通还

欢迎您,

建议与咨询 留下您的常用邮箱和电话号码，以便我们向您反馈解决方案和替代方法

时间限定

文献类型

馆藏选择

核心期刊

语言

文献类型

帮助

文字说明：

检索规则说明：

检索范例：

分类表

所选分类

限定检索结果

文献类型

馆藏范围

日期分布

学科分类号

主题

机构

作者

语言

在线全文

在线全文

在线全文

在线全文

在线全文

在线全文

在线全文

在线全文

在线全文

在线全文

请选择保存的检索档案： 新增检索档案 确定 取消

请选择收藏分类： 新增自定义分类 确定 取消

通借通还

建议与咨询留下您的常用邮箱和电话号码，以便我们向您反馈解决方案和替代方法

请选择保存的检索档案：

请选择收藏分类：