检索结果-南通市图书馆

作者：王勇忠集美大学

学位级别：硕士

本文通过播种沙蚕和泥蚶等底栖动物对三沙湾滩涂底泥进行修复,并在室内进行沙蚕模拟修复试验。运用构建克隆文库、RFLP、DGGE、Biolog、以及高通量测序等技术研究底栖生物修复过程中底泥中细菌的群落结构、活性及动态变化,结果如下：1... 详细信息

本文通过播种沙蚕和泥蚶等底栖动物对三沙湾滩涂底泥进行修复,并在室内进行沙蚕模拟修复试验。运用构建克隆文库、RFLP、DGGE、Biolog、以及高通量测序等技术研究底栖生物修复过程中底泥中细菌的群落结构、活性及动态变化,结果如下：1、对三沙湾和集美区海边滩涂底泥的理化指标进行了检测和评价：三沙湾滩涂底泥中OrgC未超标,OrgN、T P和OrgS均超标,且TP、OrgS远超出参考值。集美滩涂底泥中OrgN、OrgC和TP也未超标,OrgS为严重超标,但低于三沙湾。播种底栖动物后,两个海区滩涂底泥中理化指标的变化均未达到显著水平。2、运用高通量测序技术研究了三沙湾滩涂底泥中微生物的群落结构及动态变化：沙湾滩涂底泥中共检测到50个门类的微生物,优势类群为变形杆菌门细菌。其他较丰富的类群包括,拟杆菌门(Bacteroidetes)、酸杆菌门(Acidobacteria)、浮霉状菌门(Planctomycetes)等。微生物群落结构对生物修复的扰动和季节变化响应迅速,播种大型底栖动物明显改变了微生物的群落结构。播种底栖动物后一些有重要生态功能的属丰度上升,如腐败螺旋菌属(Saprospiraceae)、黄杆菌科的Robiginitalea属、亚硝化球菌属(Nitrosococcus)等;丰度下降的属有Marinicella属、Halioglobus属、Haliea属、Deferrisoma属等。3、运用克隆文库技术对三沙湾滩涂底泥中氨氧化细菌的群落结构及其动态变化进行了研究：三沙湾氨氧化细菌的主要类群是亚硝化单胞菌属和亚硝化螺菌属。氨氧化细菌群落结构对底栖动物修复的扰动及季节变化响应迅速,在冬季多样性最低,播种底栖动物后氨氧化细菌群落多样性及亚硝化单胞菌所占比例均有降低的趋势。4、对室内模拟修复样品中微生物的群落结构及其在修复过程中的动态变化进行了研究：illumina测序共检测到48个门类的微生物,优势类群为变形杆菌门细菌。其它丰度较高的类群包括拟杆菌门(Bacteroidetes)、绿弯菌门(Chloroflexi)、奇古菌门(Thaumarchaeota)等。室内沙蚕修复试验各底泥样品中微生物群落结构未见明显的变化规律。播种沙蚕后丰度上升的属有亚硝化球菌属(Nitrosococcus)、螺旋体属(Spirochaeta)等。不同播种密度对一些属的丰度变化影响不同。5、运用Biolog-ECO微孔板方法对室内模拟沙蚕修复过程中细菌群落的活性及其动态变化进行研究：集美滩涂底泥细菌对碳水化合物类、氨基酸类、聚合物类的利用率要比羧酸类、胺类以及其他化合物的利用率高。播种沙蚕可以增强底泥中细菌群落的代谢活性,在一定播种密度范围内,高播种密度对细菌群落活性的影响更大。6、与环境理化指标相比,微生物群落结构对季节变化和播种底栖动物的扰动响应迅速、明显。微生物群落结构与pH和OrgN有显著相关,与采样时间有极显著相关。

关键词：三沙湾滩涂底泥细菌群落结构生物修复 16S rRNA基因克隆文库 Biolog illumina测序

母猪血清外泌体miRNAs作为妊娠早期诊断标志物的研究

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母猪血清外泌体miRNAs作为妊娠早期诊断标志物的研究

作者：周臣华南农业大学

学位级别：硕士

母猪早期妊娠诊断有利于缩短未孕母猪空怀期,提高母猪繁殖力和生产效益,因此寻找并开发一种新型妊娠生物标志物十分重要。外泌体（Exosome）是一种内含各类核酸蛋白脂质的一种胞外囊泡,可作为细胞交流的通讯因子。其中携带的micro RNA... 详细信息

母猪早期妊娠诊断有利于缩短未孕母猪空怀期,提高母猪繁殖力和生产效益,因此寻找并开发一种新型妊娠生物标志物十分重要。外泌体（Exosome）是一种内含各类核酸蛋白脂质的一种胞外囊泡,可作为细胞交流的通讯因子。其中携带的micro RNA是一种内源性小分子非编码RNA,广泛存在于真核生物中并参与调控各类细胞进程。大量研究表明,外泌体及miRNA参与了胚胎生长发育、神经肌肉的增殖分化、性成熟及免疫应答等一系列生命活动,对哺乳动物妊娠早期胚胎发育及子宫内膜和子宫内环境发育变化等有重要调控作用。本论文研究了妊娠早期母猪血清外泌体miRNA差异表达情况及初步机理,探究外泌体miRNA在生产实践中作为诊断标志物的可能。也为解析妊娠早期胚胎和子宫的变化与机体循环体液的变化联系、妊娠早期miRNA在胚胎发育中的作用和改善母猪繁殖性能提供参考资料。本研究以发情期（假受精第9 d）、妊娠期（同步受精第9 d、12 d、15 d）的大白猪为研究对象,利用超速离心法分离了各时期母猪血清中的外泌体并用透射电镜分析、粒径分析、免疫印迹蛋白分析和纳米流式分析展现其相关特征。利用RNA-Seq分析miRNAs在各时期的表达谱,挑选差异表达miRNAs在扩增样本中通过RT-q PCR进一步验证,筛选出可靠的差异miRNAs作为妊娠早期标志物。然后对筛选出的miRNAs做靶基因预测,分析其生物学功能,结合miRNAs在各组织中的表达情况,探究其在妊娠早期的作用。具体研究结果如下:（1）通过超速离心法从母猪各时期中获得形态结构良好的外泌体,相对于用试剂盒分离外泌体的方法,超速离心法获得量更大、密度更纯的外泌体。同时,在妊娠早期分离获得的外泌体量无显著差异。（2）通过对妊娠早期母猪血清外泌体miRNA的建库测序获得较高评分的测序质量,在大量reads中含有包括miRNA的各种小RNA,在miRNA预测中也发现许多novel miRNA,这些小RNA和miRNA的变化可能与母猪妊娠早期机体和胚胎的发育调控有关。（3）通过测序展现出的miRNAs表达谱进行差异分析,以妊娠15天为基准共筛选出11个差异miRNAs,在独立群体中对这些差异miRNAs进一步使用RT-q PCR验证共筛选出ssc-miR-92b-3p和ssc-miR-17-5p两个miRNAs可作为早期妊娠诊断的生物标志物。（4）对所有miRNAs进行差异分析,并将所有测序结果显示出的差异miRNA进行靶基因预测及其功能解析发现其与多种生物学功能有关。ssc-miR-92b-3p和ssc-miR-17-5p两个显著差异表达的miRNA在妊娠早期的调控功能主要以作用于靶基因进行。主要靶向基因且在胚胎附植前期和繁殖力上起调控作用的有HAND1、HCRTR1、PFKM、BSG、ATF6B。综上所述,外泌体存在母猪血清中,妊娠期与发情期的外泌体差异主要体现在其内容物上,差异表达的miRNAs及其靶基因在妊娠早期有重要的调控作用,外泌体携带的miRNAs可作为早期妊娠的生物标志物。

关键词：母猪血清妊娠早期外泌体miRNA illumina测序妊娠标志物

Nanopore测序技术在呼吸道病原体发现与鉴定中的建立和应用

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Nanopore测序技术在呼吸道病原体发现与鉴定中的建立和应用

作者：薛智丰延安大学

学位级别：硕士

新发传染病（Emerging infectious diseases,EID）和再发传染病（reemerging infectious diseases,REID）在全球范围内呈上升流行趋势,其中急性呼吸道传染性疾病严重危害人类健康,是重要的社会公共卫生问题之一。对病原体进行快速精准... 详细信息

新发传染病（Emerging infectious diseases,EID）和再发传染病（reemerging infectious diseases,REID）在全球范围内呈上升流行趋势,其中急性呼吸道传染性疾病严重危害人类健康,是重要的社会公共卫生问题之一。对病原体进行快速精准发现和鉴定是有效控制传染病疫情的关键,目前宏基因组测序是发现病原体的最有效手段。牛津纳米孔测序技术（Oxford nanopore sequencing,ONT）是一种利用电信号来进行测序的新一代技术,具有超长读长、仪器便携、实时分析等优点,在病原体的变异分析与鉴定方面已经显示出巨大潜力。测序数据的质量和数据分析的便捷性决定了新技术的应用前景。咽拭子是呼吸道病原体检测的常见标本,往往含有一定量的正常微生物,这些微生物基因为测序数据带来了高背景,干扰了病原体的检测。因此,如何排除背景干扰、高效获得致病微生物的测序数据是宏基因组测序技术数据分析的重要挑战。此外,宏基因组测序数据的生物信息学分析大都依赖于Linux系统,对操作者的要求较高,限制了其广泛应用,迫切需要研发便捷的可视化分析技术平台。本研究通过自然语言处理技术（NLP）从Genbank中筛选了人类相关的病原体的基因序列数据库,并建立了可视化数据分析平台—Genostack。Genostack实现了后台数据的本地化,具有“零基础”操作的优势,既减少了数据比对时间,又降低传统的数据分析难度。同时,我们通过纳米孔测序技术初步分析了正常人咽拭子中微生物本底基因,从而可以更有效的分析临床咽拭子样本中的潜在病原体。最后,我们利用纳米孔测序技术结合illumina测序技术从患者咽拭子样本中发现和鉴定了人冠状病毒229e（HCo V-229E）,成功拼接出全基因组并初步分析了该病毒株的变异特征,为国内监测HCo V-229E的流行情况提供了可靠数据。研究目的:1.建立人相关病原体基因序列数据库,基于该数据库搭建简单、高效的可视化生物信息学分析平台Genostack。2.基于Nanopore测序技术初步建立正常人咽拭子中微生物基因组的本底数据。3.利用Nanopore测序技术和Genostack分析平台检测鉴定临床呼吸道样本的病原体。方法与结果:1.通过自然语言处理技术（NLP）从Genbank数据库中筛选出9755种人相关病原体基因组序列构建人相关病原体数据库,利用html语言、Dreamweaver、Microsoft Front Page、acess和一些动态语言等建立Genostack分析平台。该数据库包含1600种细菌、657种真核生物和7498种病毒;目前Genostack平台可以实现RNA、微生物和单细胞数据的各项基因功能分析。2.采集本单位的12个健康志愿者的咽拭子,通过非序列依赖单引物扩增（sequence independent single primer amplification,SISPA）方法进行样本处理,然后进行Nanopore测序,并对结果进行了序列比对和物种确定,初步明确了正常人咽拭子中存在的微生物基因组本底。通过计算,得出各细菌门的分布范围如下:拟杆菌门为29%～55%、变形菌门为12%～24%、厚壁菌门为4%～7%、梭杆菌门为2%～3%、放线菌门为0.3%～1.0%;细菌种属的分布范围如下:普雷沃氏菌（82%～93%）、黄杆菌（2%～9%）、γ-变形菌（61%～79%）、β-变形菌（5%～28%）、链球菌（35%～61%）、葡萄球菌（2%～7%）、韦荣氏球菌（17%～33%）、梭菌（2%～5%）、微单胞菌（0.6%～1%）、梭杆菌（54%～84%）、纤毛菌（9%～25%）、放线菌（19%～47%）。3.对来自临床患者的咽拭子首先通过宏基因组illumina测序分析潜在的病原体,然后用q-PCR的方法进一步确定病原体,最后通过靶向扩增（Targeted amplification）的方法并结合illumina测序和Nanopore测序平台的优势,利用Genostack平台拼接得到了人冠状病毒229e（HCOV-229E）的全基因组,并进行进一步分析。通过绘制其系统进化树,发现该HCo V-229E毒株在空间上与MW532103、MW532104、MN369046和MN306046密切相关。前两株毒株在我国广州报道,通过结合爆发时间与地点,我们初步推测本研究发现的HCo V-229E可能是来源于最近几年我流行的毒株;通过对其基因组注释功能分析,得到了HCo V-229E的1a、s、rep等基因。其中结构蛋白如S蛋白是其主要的抗原蛋白,N蛋白参与病毒粒子的准确组装,E蛋白在病毒装配时发挥重要作用。结论:1.与现有的公共数据库相比,人相关病原体数据库容量小而精,更适合于临床病原体的

关键词：病原体检测 Nanopore测序 illumina测序本底数据临床感染呼吸道病原体咽拭子

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常见大型真菌基因组研究

常见大型真菌基因组研究

作者：李慧颖昆明理工大学

学位级别：硕士

大型真菌即为有可观察到的子实体的真菌。许多物种的子实体通常被称为蘑菇,并被世界各地的人们作为食物和/或药物使用。大多数大型真菌属于担子菌和子囊菌,据估计其总共包含80,000多种。在这项研究中,我们使用illumina测序,组装了90种... 详细信息

大型真菌即为有可观察到的子实体的真菌。许多物种的子实体通常被称为蘑菇,并被世界各地的人们作为食物和/或药物使用。大多数大型真菌属于担子菌和子囊菌,据估计其总共包含80,000多种。在这项研究中,我们使用illumina测序,组装了90种大型真菌(83种担子菌和7种子囊菌)基因组草图。这些物种的基因组大小范围从27.4 Mb(Hygrophorus russula)到202.2 MB(Chroogomphus rutilus)。预测的蛋白质编码基因的数目在9,511 bp(Hygrophorus russula)至52,289bp(Craterellus lutescens)的范围内,平均基因长度在924 bp,741 bp之间。我们还对这些物种进行了进化分析(基因家族聚类、系统进化树的构建和分歧时间计算)和比较基因组学(CAZymes和Microsatellites鉴定)的分析。本研究为大型真菌种提供了大量的的基因组数据集。该资源将有助于人工种植食用菌和发现新的候选药物。这些结果还将为比较基因组学中的生理特征,形态差异,进化和代谢分析的研究提供资料,从而为许多真菌物种的群体遗传学提供证据。

关键词：担子菌子囊菌纲大型真菌 illumina测序基因组组装

绝经后骨质疏松症及补肾方治疗后全基因组微小RNA表达谱研究

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绝经后骨质疏松症及补肾方治疗后全基因组微小RNA表达谱研究

作者：赵清广州中医药大学

学位级别：硕士

绝经后骨质疏松症(Postmenopausal osteoporosis,PMOP)是一种发生于绝经后妇女的全身性骨代谢疾病,以骨脆易于发生骨折为特点。随着人类寿命的延长,妇女绝经后仍然有数十年的生命过程,但骨质疏松症当前已是中老年女性退行性疾病中一常... 详细信息

绝经后骨质疏松症(Postmenopausal osteoporosis,PMOP)是一种发生于绝经后妇女的全身性骨代谢疾病,以骨脆易于发生骨折为特点。随着人类寿命的延长,妇女绝经后仍然有数十年的生命过程,但骨质疏松症当前已是中老年女性退行性疾病中一常见病、多发病,严重威胁其生存质量、身心健康。因此,预防和治疗绝经后骨质疏松是我们需要共同面对的健康问题。补肾方是中医临床对肾虚型绝经后骨质疏松症主要的、常用的、有效的治疗方法,广州中医药大学第三附属医院院内制剂骨康方是治疗PMOP的验方,温补肾阳、强筋壮骨、益气健脾、活血通络;中医传统经方六味地黄丸和金匮肾气丸分别是偏补肾阴虚和肾阳虚的的常用方和基础方,但这些补肾方的分子机制和靶点治疗尚不清楚,有待阐明。微小RNA (microRNA,miRNA)是一些短小的非编码RNAs,能介导基因的转录后沉默,与细胞增殖分化迁移、疾病的发生和进展都有关系,骨组织的生长、代谢同样与miRNA密切相关。与骨代谢相关的miRNA表达水平变化会引起骨质代谢异常,导致骨质疏松等骨病的发生。miRNA广泛存在于人体体液中,因此,通过检测循环中miRNA的变化,可为疾病的诊断和治疗提供潜在的可能性。本研究应用高通量测序技术,对比正常和绝经后骨质疏松的动物模型血浆中miRNA的表达情况,对比PMOP模型与经补肾方灌胃治疗后的动物模型血浆中miRNA的表达变化,判断miRNA在PMOP发病机制及补肾方治疗中的作用;并对差异显著的miRNA进行生物信息学分析,为以其为靶点的基因治疗提供理论和实验基础。本研究将为绝经后骨质疏松症提供一个新的有潜力的预防诊断标记、预后标记和治疗靶点。目的：1.检测绝经后骨质疏松症动物模型与正常对照组血浆全基因表达谱,筛选差异表达的miRNAs,从中寻找起关键调控作用的差异表达的miRNAs,推测能够作为疾病生物标志物的miRNAs,为PMOP的病机研究和诊断提供理论依据。2.检测PMOP与三种补肾方治疗后PMOP动物血浆全基因表达谱,分别筛选差异表达的miRNAs,探讨补肾方治疗PMOP的可能机制及三种补肾方治疗机制的异同。3.对差异表达显著的miRNA进行生物信息学分析,明确miRNA表达水平的变化可能是骨质疏松发生的重要通路;探讨miRNA参与补肾方治疗PMOP的可能作用途径靶点。方法：1.将六月龄体质量180-220g的SD大鼠随机分为假手术(SHAM)和卵巢切除术(OVX)两组。SPF级实验室适应性喂养一周后,OVX组经背部切除双侧卵巢,SHAM组在卵巢附近切除等量脂肪组织。术后12周经骨密度检测等统计分析确定绝经后骨质疏松症动物模型建立成功。2.将PMOP模型组大鼠随机分为PMOP模型组(PMOP组)、骨康方治疗组(PMOP+GK组)、六味地黄丸治疗组(PMOP+ LW组)及金匮肾气丸治疗组(PMOP+JG组)。三组补肾方治疗组分别给予骨康方煎剂、六味地黄煎剂、金匮肾气丸煎剂按照中剂量生药4.8g/kg、12.6g/kg、12.6g/kg大鼠体质量灌胃,每天一次;SHAM组和PMOP组给予等量的生理盐水灌胃,每天一次。持续灌胃12周后,骨密度检测确定补肾方治疗有效,对各组大鼠进行腹主动脉采血,分离血浆备用。*** LS试剂提取各组血浆样本总RNA,总RNA在T4RNA连接酶的作用下加上3′、5′small RNA测序接头,所得产物经RT-PCR扩增以及聚丙烯酰胺凝胶电泳纯化生成small RNAs文库,并进行文库质量分析,使用illumina cBot簇生成系统进行测序文库的克隆扩增,应用illumina高通量测序仪对SHAM组、PMOP组、PMOP+GK组、PMOP+LW组和PMOP+JG组SD大鼠血浆样本中的miRNA进行全基因组表达谱检测,原始数据处理后分别比较其mi RNA表达的差异。4.运用三个目前最主要的mi RNA靶基因数据库：TargenScarumirbase 和miRanda对差异显著的miRNAs进行靶基因分析,筛选出数据库重叠的miRNA靶基因作为最终miRNA靶基因;基于GO数据库对miRNAs进行功能分类,将其归类至相应的生物过程、分子功能和细胞组分中;从GO注释中追踪KEGG信号通路的信息,继续富集这些表达差异显著的miRNAs至对应的信号通路。成果：***组样本与SHAM组对照样本之间差异表达的miRNA共829种,在PMOP组呈表达上调的有383种,其中17种显著上调,差异比值最大的miRNA为rno-miR-206-3p(比值4.5);呈表达下调的有446种,其中37种显著下调,差异比值最低的mi RNA为rno-miR-152-3p(比值0.2)。2. PMOP+GK组与PMOP组对照样本之间差异表达的miRNA共61

关键词：中医中药绝经后骨质疏松症微小RNA illumina测序表达谱

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多种蜘蛛体内细菌多样性研究

多种蜘蛛体内细菌多样性研究

作者：张丽华湖北大学

学位级别：硕士

节肢动物体内存在大量的微生物,其体内细菌类群对宿主的生殖和发育具有重要的影响。蜘蛛属节肢动物门,蛛形纲,蜘蛛目,其种类繁多,分布广泛,是作物害虫的一类重要的捕食性天敌。目前对蜘蛛体内细菌类群的研究主要集中在内共生菌的检测及... 详细信息

节肢动物体内存在大量的微生物,其体内细菌类群对宿主的生殖和发育具有重要的影响。蜘蛛属节肢动物门,蛛形纲,蜘蛛目,其种类繁多,分布广泛,是作物害虫的一类重要的捕食性天敌。目前对蜘蛛体内细菌类群的研究主要集中在内共生菌的检测及其对宿主生殖行为的影响,而对蜘蛛整体内、肠道内菌群多样性的研究较少。本文主要利用高通量测序技术(High-throughput sequencing,HTS)研究野生、成熟的多种蜘蛛整体内、肠道内细菌类群的多样性,分析不同种蜘蛛体内不同细菌类群的分布及其相对丰富度的差异,预测肠道菌群的功能。本研究为进一步研究蜘蛛体内细菌类群与宿主的相互关系、更加有效地利用蜘蛛进行有害昆虫生物防治奠定了重要的理论基础。1.蜘蛛整体内细菌类群分析选取拟水狼蛛Pirata subpiaticus、白斑隐蛛Nurscia albofasciata、条纹嫡花皮蛛Dictis striatipes、迷宫漏斗蛛Agelena labyrinthica、机敏异漏斗蛛Agelena difficilis、二齿幽灵蛛Artema atlnta、食虫沟瘤蛛Ummeliata insecticeps、草间钻头蛛Hylyphantes graminicola,用Illurnina的Hiseq平台对以上8种蜘蛛整体内细菌的16S rRNA的高可变V3-V4区进行测序,检测蜘蛛整体内细菌类群的多样性(以相对丰富度值表示各细菌在不同分类水平上在整个菌群中所占的百分比)。结果表明,蜘蛛整体内的细菌类群的多样性高,共检测到221个属,隶属123个科,18个门。在门分类学水平上,变形菌门Proteobacteria、软壁菌门Tenericutes及拟杆菌门Bacteroidetes的细菌为蜘蛛整体内最主要的优势菌群,其在不同种蜘蛛体内的相对丰富度存在显著差异(Pillumina的Hiseq平台检测3种蜘蛛(沟渠豹蛛Pardosa laura、星豹蛛Pardosa astrigera、白斑隐蛛)肠道细菌的多样性。分析结果表明,蜘蛛肠道细菌类群的多样性高,共检测到348个属,隶属221个科,47个门。在门分类学水平上,变形菌门的细菌是蜘蛛

关键词：蜘蛛整体肠道 illumina测序细菌多样性

雪柑根系缺镁响应microRNA分离和鉴定

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雪柑根系缺镁响应microRNA分离和鉴定

作者：梁玮玮福建农林大学

学位级别：硕士

缺镁(Mg)多发生在强酸性的沙质土壤中,而柑橘主要生长在酸性或强酸性的土壤当中。缺镁会降低一些柑橘园的果实品质和产量。基于此,我们率先采用illumina sequencing对缺Mg和供Mg充足的雪柑根系构成的2个RNA文库进行了高能量测序,旨在获... 详细信息

缺镁(Mg)多发生在强酸性的沙质土壤中,而柑橘主要生长在酸性或强酸性的土壤当中。缺镁会降低一些柑橘园的果实品质和产量。基于此,我们率先采用illumina sequencing对缺Mg和供Mg充足的雪柑根系构成的2个RNA文库进行了高能量测序,旨在获得一些可能与雪柑根系耐缺Mg相关的miRNA。通过高能量测序,本研究从缺Mg雪柑根系中分离得到了 101个上调和69个下调miRNA。分析结果表明,雪柑根系对缺Mg的适应性响应可能有以下几个方面:(a)抑制根系呼吸,以及通过诱导miR158和miR2919的表达抑制呼吸相关基因的表达;(b)通过下调相关miRNA的表达来提高其抗氧化系统(miR780、miR6190、miR1044、miR5261和miR1151)和对低磷的适应性(miR6190);(c)通过改变miR6190、miR6485、miR1044、miR5029和miR3437来激活与运输相关基因的表达;(d)降低miR394、miR1044、miR5261、iR1151和miR5029的表达,从而提高蛋白泛素化;(e)通过下调miR5261和miR6485和上调miR158的表达来维持根部的生长;(f)通过调控miR5176和miR6485(miR6028、miR190、miR6485、miR5621、miR160和miR7708)启动DNA修复(转录调节)。此外,与根信号传导相关的一些缺Mg响应miRNA也可能在雪柑对缺Mg的适应性响应中起作用。缺Mg响应miRNA可能在根信号传导中起作用,从而提高雪柑对缺Mg适应性。总之,本研究分离鉴定了一些与缺Mg耐性相关的新的缺Mg响应 miRNA(miR5261、miR158、miR6190、miR6485、miR1151 和 miR1044)。这些结果揭示了在植物营养缺乏的适应性方面miRNAs发挥作用的一些新的线索。

关键词：雪柑 illumina测序缺镁 microRNA 根系

益生菌添加配方奶粉对生命早期肠道菌群建立的影响

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益生菌添加配方奶粉对生命早期肠道菌群建立的影响

作者：聂瑶吉林大学

学位级别：硕士

目的:应用illumina高通量测序技术对采用益生菌添加的配方奶粉喂养的婴儿粪便菌群进行分析,研究益生菌添加配方奶粉对生命早期肠道菌群建立及演变过程的影响,为益生菌的合理应用及婴儿配方奶粉的研制提供理论依据。方法:选择在吉林大学... 详细信息

目的:应用illumina高通量测序技术对采用益生菌添加的配方奶粉喂养的婴儿粪便菌群进行分析,研究益生菌添加配方奶粉对生命早期肠道菌群建立及演变过程的影响,为益生菌的合理应用及婴儿配方奶粉的研制提供理论依据。方法:选择在吉林大学第一医院出生且符合入组要求的正常足月儿12例,分为普通配方奶粉喂养组、益生菌F19添加配方奶粉喂养组,分别收集婴儿生后第14天、第2月、第4月、第6月、第8月、第10月、第12月的粪便样品,并根据粪便收集时间将普通配方奶粉喂养组分为A0-A12组,将益生菌F19添加配方奶粉喂养组分为B0-B12组;将粪便样品存放于-80℃的冰箱中,应用illumina高通量测序技术对16S rDNA基因的可变区(V3-V4)进行PCR扩增,进一步在门、纲、目、科、属水平上检测肠道菌群进行分析。结果:(1)菌群的多样性:普通配方奶粉喂养组检测出645个物种,覆盖100%样品的微生物组是韦荣球菌属;粪便样品中门水平主要菌群为厚壁菌门、变形菌门,纲水平主要菌群为γ-变形菌纲、拟杆菌纲,目水平主要菌群为肠杆菌目、拟杆菌目,科水平主要菌群为肠杆菌科、韦荣球菌科,属水平主要菌群为韦荣球菌属、拟杆菌属。益生菌F19添加配方奶粉喂养组检测出793个物种,覆盖100%样品的微生物组是链球菌属、韦荣球菌属、大肠杆菌/志贺氏杆菌属,门水平主要菌群为厚壁菌门、变形菌门,纲水平主要菌群为γ-变形菌纲、梭菌纲,目水平主要菌群为肠杆菌目、梭菌目,科水平主要菌群为肠杆菌科、韦荣球菌科,属水平主要菌群为双歧杆菌属、韦荣球菌属。(2)菌群的变化趋势婴儿生后14天、2月、4月、6月、8月、10月、12月双歧杆菌属在普通配方奶粉喂养组和益生菌F19添加配方奶粉喂养组相对丰度比例分别为(7.78%vs 0.59%,7.98%vs 1.69%,12.32%vs 21.91%,22.11%vs 22.96%,22.22%vs 20.70%,3.16%vs 27.95%,6.54%vs 31.38%),大肠杆菌/志贺氏菌属在普通配方奶粉喂养组和益生菌F19添加配方奶粉喂养组相对丰度比例分别为(1.13%vs 4.36%,19.15%vs 22.77%,16.62%vs 24.26%,10.84%vs 1.47%,3.61%vs 11.70%,3.76%vs 3.85%,8.42%vs 5.28%),梭菌属在普通配方奶粉喂养组和益生菌F19添加配方奶粉喂养组相对丰度比例分别为(2.60%vs 12.11%,1.14%vs 1.42%,10.45%vs 1.38%,0.99%vs 1.51%,4.05%vs 12.64%,4.52%vs 0.95%,1.01%vs 0.95%)。结论:(1)普通配方奶粉喂养组婴儿肠道菌群物种丰度低于益生菌F19添加配方奶粉喂养组;随婴儿生长益生菌F19添加配方奶粉喂养组肠道菌群中双歧杆菌属基本呈上升趋势,相对丰度整体高于普通配方奶粉喂养组,推测益生菌F19能促进双歧杆菌属的生长、繁殖。(2)婴儿肠道菌群多样性很高,但普通配方奶粉喂养组与益生菌F19添加配方奶粉喂养组组内随年龄变化肠道菌群多样性差异无统计学意义(P<0.05)。(3)普通配方奶粉喂养组与益生菌F19添加配方奶粉喂养组在门、纲、目、科、属水平上优势菌群大致相似,均以专性厌氧菌和兼性厌氧菌为主。

关键词：益生菌添加配方奶粉婴儿肠道菌群 illumina测序

0-6个月婴儿在不同喂养方式下肠道菌群的建立及其影响

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0-6个月婴儿在不同喂养方式下肠道菌群的建立及其影响

作者：拉姆卓嘎吉林大学

学位级别：硕士

目的:婴儿期是肠道菌群关键定植时期,早期的菌群定植模式直接影响婴儿在生后肠道的生理发育及免疫系统,从而影响远期疾病的发生风险。同时婴儿期的不同喂养方式影响了婴儿期的肠道菌群的建立,母乳喂养是公认的最佳喂养方式,也是婴儿期... 详细信息

目的:婴儿期是肠道菌群关键定植时期,早期的菌群定植模式直接影响婴儿在生后肠道的生理发育及免疫系统,从而影响远期疾病的发生风险。同时婴儿期的不同喂养方式影响了婴儿期的肠道菌群的建立,母乳喂养是公认的最佳喂养方式,也是婴儿期肠道菌群重要的来源。本研究通过illumina高通量测序技术对肠道菌群进行分析,来揭示不同喂养方式下0-6个月婴儿肠道微生物菌群的定植、演变、以及喂养方式对肠道菌群的影响,为探讨肠道菌群与疾病发生关系提供理论依据。方法:选择2015年4月-2015年10月在吉林大学第一院出生且符合入选标准的足月新生儿20例,母孕期身体情况良好、经阴道自然分娩、围产期未使用抗生素、婴儿及双亲均生活在长春市,气候环境,居住环境,饮食结构等相当。分母乳喂养组(10例)及配方奶粉喂养组(10例)两组。采集婴儿出生后第14天、2个月、4个月、6个月的粪便标本,母乳喂养组的分别设定为A-D组;配方奶粉喂养组的设定为E-H组;随后将冻存于-80℃冰箱中,并随访记录婴儿健康情况及喂养状况。采用MOBIO公司的MOBIO试剂盒提取粪便DNA,采用illumina高通量测序技术对16Sr DNA基因的V3-V4可变区引物通过PCR扩增,检测肠道菌群门、纲、目、科、属的鉴定。结果:1.入组婴儿20例,收集自生后14天,第2个月、4个月和6个月龄粪便标本,应收集粪便标本80份,实际收标本64份。其中1份粪便提取DNA失败,1份标本扩增失败。共计62份标本进入测序程序,经过滤筛查后共获得有效总序列为3641096,总碱基数为1524372983bp,平均长度418.23 bp。2.对62份粪便标本进行测序,测得459个门,430个纲、410个目、378个科、318个属。总测序量达100%以上的菌种共为5个,分别为不动杆菌属、肠杆菌科、韦荣氏球菌属、大肠杆菌/志贺菌属、肠杆菌属。婴儿粪便中微生物多样性很高,检测出491个物种。3.母乳喂养组主要优势菌:在门水平上以变形菌门为主要优势菌、其次是厚壁菌门、放线菌门。在纲水平上主要以γ-变形菌纲为主要优势菌、其次为梭菌纲及放线菌纲Negativicutes纲为主。在目水平上以肠杆菌目为主要优势菌、其次分别为梭菌目、双歧杆菌目、Selenomonadales目。在科水平上肠杆菌科为主要优势菌,其次为双歧杆菌科、韦荣球菌科及毛螺旋菌科。在属水平上大肠杆菌-志贺菌属为优势菌,其次为双歧杆菌属、克雷伯氏菌属及韦荣氏球菌属。4.配方奶喂养组主要优势菌:在门水平上以厚壁菌门为主要优势菌、其次是变形菌门、放线菌门、拟杆菌门。在科水平上韦荣球菌科为主要优势菌,其次为肠杆菌科、梭菌科、双歧杆菌科、及红蝽杆菌科。在纲、目、属水平上的优势菌与母乳喂养组基本相似。但菌群丰度及多样性比母乳喂养组丰富。不同喂养方式间肠道菌群存在显著差异。5.0-6个月母乳喂养组中肠道菌群变化:厚壁菌门、梭菌纲、韦荣氏球菌科、梭菌目、韦荣氏球菌属从生后至4个月逐渐增多,6个月时有下降趋势。变形菌门、γ-变形菌纲、肠杆菌科、肠杆菌目、大肠杆菌属/志贺菌属从出生后至4个月逐渐下降,6个月时上升趋势。放线菌门从出生后至4个月逐渐下降、6个月时上升趋势;放线菌纲从出生后至6个月逐渐上升趋势;双歧杆菌科、双歧杆菌目、双歧杆菌属从出生后的8.5%上升至2个月的15.5%,4个月时下降至11.0%,6个月时上升至27.0%。6.0-6个月配方奶粉组肠道菌群变化:厚壁菌门、梭菌纲、韦荣氏球菌科、梭菌目、韦荣氏球菌属从生后至4个月逐渐下降,6个月时明显上升趋势。变形菌门、γ-变形菌纲、肠杆菌科、肠杆菌目、大肠杆菌属/志贺菌属从生后4个月逐渐增多,6个月时下降趋势。放线菌门、放线菌纲从生后至4个月下降、6个月时上升趋势;双歧杆菌科、双歧杆菌目、双歧杆菌属从生后的6.6%下降至2个月的4.1%,4个月上升至11.1%,6个月时下降至9.2%。结论:***高通量的16Sr DNA测序技术对婴儿肠道微生物群落的门、纲、目、科、属种类分析方法可靠、有效、准确性高。2.0-6个月足月健康婴儿,婴儿粪便中微生物多样性很高,最多检测出491个物种。配方奶喂养婴儿粪便微生物物种丰度高于母乳喂养组。母乳喂养组及配方奶喂养组间差异有统计学意义(P<0.05)。3.在肠道菌群的门水平上主要以变形杆菌门、后壁菌门、放线菌门为优势菌。在纲、科、目、属水平上优势菌组成基本相似。母乳喂养婴儿早期肠道中双歧杆菌科、双歧杆菌目、双歧杆菌属增高明显。而配方奶喂养婴儿肠道内以上菌群增高不明显。

关键词：肠道菌群婴儿不同喂养 illumina测序

生长素和赤霉素诱导棉花纤维起始发育的转录组学和蛋白质组学研究

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生长素和赤霉素诱导棉花纤维起始发育的转录组学和蛋白质组学研究

作者：姚良玉南京农业大学

学位级别：硕士

棉花是世界纺织工业的重要原料,具有重要的经济价值。其发育可以分为起始、延伸、次生壁加厚和成熟四个时期。起始期是决定棉花纤维数量的关键时期,同时这一时期植物激素的调控起到关键作用。因此从转录水平和蛋白质水平同时研究激素对... 详细信息

棉花是世界纺织工业的重要原料,具有重要的经济价值。其发育可以分为起始、延伸、次生壁加厚和成熟四个时期。起始期是决定棉花纤维数量的关键时期,同时这一时期植物激素的调控起到关键作用。因此从转录水平和蛋白质水平同时研究激素对于纤维起始发育的调控对于揭示纤维起始发育的分子机制具有重要意义。本试验以陆地棉徐州142开花前1天胚珠为起始材料,分别将胚珠培养在不加任何激素、添加0.5μMGA3、5μMIAA口0.5μM GA3+5μM IAA的BT液体培养基(Beasley and Ting's Medium)培养1天和3天。以无激素培养胚珠为对照,采用高通量illumina测序技术进行转录组测序,筛选(p1.3或Ratio<0.7,FDR<0.05)后共获得显著差异表达蛋白1,299个。GO功能注释和代谢路径的分析表明,差异表达蛋白主要参与核糖体组装、氧化磷酸化作用、次生代谢、脂肪酸代谢、三羧酸循环及碳固定代谢路径(p<0.05,q<0.05)。利用蛋白网络分析软件Pathway studio5.0预测激素诱导下差异表达蛋白间的相互作用,根据构建蛋白相互作用网络调节图发现,激素诱导下差异蛋白间的相互作用主要集中在：蛋白质合成/折叠/分解、RNA生物进程、翻译起始/延伸调控、电子传递、糖酵解、应激反应和运输。通过KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)分析鉴定细胞骨架蛋白类蛋白15个,其中肌动蛋白3个、肌动蛋白结合蛋白4个、微管蛋白2个、微管蛋白结合蛋白2个、膜联蛋白4个;细胞色素P450类蛋白5个,包括CYP73A家族2个,CYP75B家族2个,CYP98A家族1个;蛋白激酶类蛋白13个,包括5'-AMP活化蛋白激酶-催化α亚基1个、钙依赖型蛋白激酶2个、酪蛋白激酶1个、酪蛋白激酶Ⅱ-α亚基6个、细胞外信号调节激酶1个、丝裂原活化蛋白激酶1个、调节激酶1个。

关键词：棉花纤维植物激素 illumina测序 iTRQ技术网络调节