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Study on Population Genetic diversity of Coelomactra antiquata(Bivalvia:Veneroida)

Study on Population Genetic diversity of Coelomactra antiqua...

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中国动物学会、中国海洋湖沼学会贝类学会分会第十四次学会研讨会

作者： Shu-Yin Chen+~(10),Xue-Na Zhang~*,Hong-Jiu Ji+,Han-Liang Cheng++, Xiao-Feng Xu~* (+Marine Fisheries Research Institute,Na(?)tong 226007,China ~* College of life Sciences, Nanjing Normal University,Nanjing 210097,China:++ Huaihai Institute of Technology,Key Lab of Marine Biotechnology of Jiangsu Province,Lianyungang 222005,China)

Coelomactra antiquata is native to the coastal area of China with great commercial *** nature resource reduced heavily during last two decades,and its distribution become restricted and highly fragmented in *** assess genetic subdivision in this species,the second internal transcribed spacer(its2)rdna was amplified by polymerase chain reaction (PCR)and sequenced from 134 *** amplified fragment were about 523-535 bp, spanning the partial sequences of 5.8S rRNA and 28S rRNA genes,revealing 38 haplotypes,and 22 haplotypes of which were unique to the Changle population(CLpop).The haplotype diversity was 0.893±***-joining tree and median-joining Network analysis indicated main two monophyletic clades:CLpop was significiantly seperated from the other four populations which located northern to the Yangzi River(Fst=0.637-0.647).We have scored the nucleotide polymorphism of a 450 bp long fragment of the mitocondrial 16S ribosomal RNA gene from the southern and northern *** 16S sequences were also used to construct the systemic tree,and the likely tree with the its2 were *** results obtained here show that:the CLpop is distinctly differentiated from the other populations,so that the population should be managed and conserved differently with *** findings revealed that its2 sequences could be an appropriate tool for population study of ***.

关键词： Coelomactra antiquata its2rdna 16s rRNA genetic diversity bivalve

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麇螨属系统发育与寄主专化性研究

麇螨属系统发育与寄主专化性研究

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作者：田维久贵州大学

学位级别：硕士

麇螨属Stigmaeopsis隶属于蛛形纲Arachnida,蜱螨亚纲Acari,叶螨科Tetranychidae。麇螨属物种分布于世界各地,是一类只寄生于竹类和芒草Miscanthus grasses等禾本科植物上的植食性害虫,该属物种具有相似的生态特征和形态特征,其分类与鉴... 详细信息

麇螨属Stigmaeopsis隶属于蛛形纲Arachnida,蜱螨亚纲Acari,叶螨科Tetranychidae。麇螨属物种分布于世界各地,是一类只寄生于竹类和芒草Miscanthus grasses等禾本科植物上的植食性害虫,该属物种具有相似的生态特征和形态特征,其分类与鉴定通常以背毛长度和毛间距为依据,正是因其分类特征有限,麇螨属的分类地位一度存在争议。生物分类学为解决近似种形态鉴定的困难,分子生物学技术被越来越多地应用于物种鉴定。本文运用经典形态学方法对采自贵州、安徽、江苏、浙江、福建、北京等6个不同地区的麇螨物种进行鉴定,然后对其线粒体COI基因和核糖体28Srdna、its1rdna及its2rdna基因序列进行测序和分析,探索形态和分子证据相结合的麇螨属物种分类鉴定方法。主要研究结果如下:1麇螨属物种形态鉴定结果对采集于贵州各区县、安徽淮北、江苏南京、浙江丽水、福建福州以及北京昌平的102个麇螨属叶螨种群标本进行鉴定,获得11种,其中有4个新种。以芒草为寄主的3个种:芒麇螨*** Saito 1990,茵麇螨*** Saito,Kongchuensin&Sahara 2019,同麇螨*** Saito et Lin 2018。以竹类植物为寄主的8个种:食竹麇螨*** Banks 1917,南京麇螨*** Ma and Yuan 1980,短麇螨*** Zhang and Zhang 2000,撒氏麇螨*** Saito and Mori 2004,钢竹麇螨*** ***.,拟食竹麇螨*** ***.,拟马氏麇螨*** ***.,玉山麇螨*** ***.。2麇螨属线粒体COI序列特点及种间差异从麇螨属各物种获得101条长度在651-655bp之间的核苷酸序列,共含有保守位点339个,变异位点303个,简约信息位点208个,自裔位点95个。碱基A、G、C、T平均含量分别为27.4%、13.1%、12.2%、47.3%,AT含量74.7%远高于GC含量25.3%,碱基组成偏向于A和T。核苷酸多样性为0.111,共检测出70个单倍型,单倍型指数为0.985。芒麇螨、茵麇螨、食竹麇螨、拟食竹麇螨种内遗传距离均小于0.02,这与Hebert等人提出的种内遗传距离小于0.02的标准相符。同麇螨种内最大距离为0.1288,南京麇螨最大种内遗传距离为0.0825,短麇螨种群间最大距离为0.1019,钢竹麇螨种内最大遗传距离为0.0992,拟马氏麇螨种内遗传最大距离为0.1255。拟马氏麇螨部分种群与短麇螨的种间遗传距离较小,最大为0.0278;其余种间遗传距离均大于0.1,最大的种间遗传距离为0.2372。南京麇螨、食竹麇螨、拟食竹麇螨、钢竹麇螨、玉山麇螨、撒氏麇螨COI数据与形态鉴定结果一致,但COI数据不能对应芒麇螨、茵麇螨、同麇螨、短麇螨和拟马氏麇螨的形态分类地位。3麇螨属核糖体28S序列特点及种间差异从麇螨属各物种获得102条长度在900-908bp之间的核苷酸序列,共含有保守位点706个,变异位点172个,简约信息位点51个,自裔位点121个。碱基A、G、C、T平均含量分别为25.9%、25.6%、21.2%、27.3%,AT含量53.2%高于GC含量46.8%,碱基组成偏向于A和T。核苷酸多样性为0.009,共检测出30个单倍型,单倍型指数为0.786。所有物种种内遗传距离均小于0.02,但种间最大遗传距离为0.0323,内群与外群的属间最大遗传距离为0.1869。同时,ML树和NJ树的拓扑结构都比较混乱,物种间没有形成完整的独立分支,这说明28Srdna相对保守,在麇螨属物种间变异较低,不宜作为麇螨属物种间分类的分子标记。4麇螨属核糖体its1序列特点及种间差异从麇螨属各物种获得102条长度在478-493bp之间的核苷酸序列,共含有保守位点170个,变异位点271个,简约信息位点71个,自裔位点200个。碱基A、G、C、T平均含量分别为30.5%、19.3%、19.1%、31.1%,AT含量61.6%远高于GC含量38.4%,碱基组成偏向于A和T。核苷酸多样性为0.039,共检测出28个单倍型,单倍型指数为0.906。所有物种种内遗传距离均小于0.02;部分物种的种间差异小于0.02。南京麇螨、食竹麇螨、拟食竹麇螨、钢竹麇螨、玉山麇螨、撒氏麇螨等6个种的its1数据与形态鉴定结果一致,但its1数据也不能对应芒麇螨、茵麇螨、同麇螨、短麇螨、拟马氏麇螨的形态分类地位。5麇螨属核糖体its2序

关键词：麇螨属系统发育寄主专化 COI 28Srdna its1rdna its2rdna

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合叶蜂属分子系统学研究

合叶蜂属分子系统学研究

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作者：刘萌萌中南林业科技大学

学位级别：硕士

合叶蜂属(Tenthredopsis O. Costa,1859)除少量边缘种类外,大多数种类种间相似性较高,种内变异十分复杂,其分类学问题一直是研究的难点,并且合叶蜂属内的系统发育研究基本处于空白状态。因此,本研究借助于分子标记对合叶蜂属进行了系统... 详细信息

合叶蜂属(Tenthredopsis O. Costa,1859)除少量边缘种类外,大多数种类种间相似性较高,种内变异十分复杂,其分类学问题一直是研究的难点,并且合叶蜂属内的系统发育研究基本处于空白状态。因此,本研究借助于分子标记对合叶蜂属进行了系统发育分析。本文基于线粒体COI、16S基因及核基因its2,选取钝颊叶蜂属(Aglaostigma)和隐斑叶蜂属(Lagidina)为外群,采用邻接法(NJ法)、贝叶斯法(BI法)和最大似然法(ML法)分别构建了COI、16S、its2及COI&16S&its2四个数据集的系统发育树,并对其进行了分析,结果表明：(1)实验所得线粒体基因COI、16S及核基因its2的平均序列长度分别为845bp、383bp、694bp,保守位点比例分别为64.6%、65.5%、53.1%,表明三个基因序列均具有一定的保守性。碱基组成中COI、16S数据集的A+T含量分别为70.8%,79.6%,均明显高于G+C含量,其中COI基因密码子第三位A+T含量最高,达91.4%,此现象与昆虫线粒体基因中高A+T含量是一致的,将COI基因序列翻译为氨基酸后发现其在密码子使用频率上也具有一定的偏向性。its2数据集的A+T含量为45.0%,低于G+C含量,不同于昆虫线粒体基因中的高A+T含量。(2)COI、16S、its2三个基因数据集中转换比颠换值R分别为1.33、0.48、0.97,不同序列发生转换与颠换的碱基不同,且三个序列均存在不同程度的饱和趋势。通过对基因数据集的转换、颠换与P距离进行替换饱和作图发现,碱基突变未达到饱和,因此,这些基因数据集可以用于后续合叶蜂属的系统发育分析。(3)分别对四个基因数据集中合叶蜂属(除Tenthredopsis excisa)、 Tenthredopsis excisa、钝颊叶蜂属、隐斑叶蜂属属内及属间的遗传P距离进行了计算和统计。结果显示：合叶蜂属内部分类群间的P距离极小,甚至为0,表明这些类群亲缘关系极近,甚至可能为同一类群;合叶蜂属与欧洲种Tenthredopsisexcisa的距离明显大于合叶蜂属内的平均距离,略小于合叶蜂属与钝颊叶蜂属的P距离,合叶蜂属与隐斑叶蜂属的距离最远。(4)综合4个基因数据集的三种建树结果显示：A.欧洲种Tenthredopsis excisa始终自成一支,与合叶蜂属内其他种类的亲缘关系较远,表明合叶蜂属的欧洲种类与东亚种类存在明显分化。B.125Tenthredopsis auriculata与26Tenthredopsis carinata始终聚为一支,节点支持率都很高,并且二者的P距离也甚小,几乎为0。因此,Tenthredopsis carinata与Tenthredopsis auriculata之间可能存在着同物异名。C.合叶蜂属内部分类群亲缘关系极近且较稳定,遗传P距离也很小,甚至为0,推测其可能为同一类群,如138T. insularis wugang与145T. insularis wugangB聚为一个分支,节点支持率很高,且遗传P距离为0,二者可能为同一类群;0123T. insularis ruficornis A、041T. insularis ruficornis B、028T. insularis ruficornis B、042T. insularis ruficornis C、031T. insularis ruficornis C、059T. insularis ruficornis B在不同系统树中的位置虽然不同,但其都分属于同一分支下,表明其之间的亲缘关系较近,但仍不明确,需要进一步研究。(5)比较相应样本的雌雄外生殖器构造,其特点与分子数据结果基本一致。(6)由于部分种类缺少充足的样本,因此需进一步的研究来确定其系统关系。

关键词：合叶蜂属 COI基因 16Srdna its2rdna 分子系统学

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侧跗叶蜂属分子系统研究

侧跗叶蜂属分子系统研究

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作者：尚亚飞中南林业科技大学

学位级别：硕士

侧跗叶蜂属Siobla Cameron,隶属于膜翅目Hymenoptera,叶蜂科Tenthredinidae,叶蜂亚科Tenthredininae,是叶蜂科第九大属。该属目前全世界已报道110种,其中中国纪录种81种。对该属的研究至今已有130余年的历史,在形态分类学方向的研究以... 详细信息

侧跗叶蜂属Siobla Cameron,隶属于膜翅目Hymenoptera,叶蜂科Tenthredinidae,叶蜂亚科Tenthredininae,是叶蜂科第九大属。该属目前全世界已报道110种,其中中国纪录种81种。对该属的研究至今已有130余年的历史,在形态分类学方向的研究以趋于成熟。但其中还存在一些问题：该属绝大多数种类的亲缘关系已明确,但一些物种的鉴定较为困难;Siobla venusta有丰富的种下阶元,可能存在隐种或者半种。本研究采用分子系统学方法中的DNA序列分析法来对Siobla属的系统发育学作以研究并探索了Siobla venusta种下阶元的问题。具体为：使用DNA试剂盒法提取了Siobla属31种49个昆虫样本(30种30个样本用于Siobla属的系统发育学研究;5种17个样本用于Siobla venusta group的系统发育学研究)以及3外群(叶蜂科的Conaspidia indistincta、Dimorphopteryx tianmunicus和Corymbas glabrifrons)共52个样本的基因组DNA,选取线粒体蛋白编码基因COI和核糖体基因间隔区its2为目的基因,PCR成功获得了获得了50条COI基因序列和27条its2rdna序列,在MEGA5.0软件中对序列进行比对及序列特征等分析,使用PAUP*4.0beta和MrBayes V3.1.2基于ML法、MP法、NJ法及BI法对COI序列数据、its2rdna序列数据以及COI&its2rdna联合数据集构建Siobla属的系统发育树;同时构建了基于COI基因序列数据的Siobla venusta group的ML树、NJ树、BI树。分析后得出以下结论：1、Siobla属：S. grahami group内的系统发育关系为((S. grahami+S. mooreana)+(S. trilineata+S. turneri)),与形态分类学结果一致;S. formosanaG.的部分种的系统发育关系较为确定,具体为：(S. parallela+S. pseudoplesia),符合形态学将其划分为同一种团的结果;S. parallela与S. acutiscutella G.中的***有较近的亲缘关系;S. sturmii G.中S. vulgania、S. chengi和S. kanba聚在一起是确定的;S. reficornis和S. liui关系较近;S. ferox G.中各种并没有聚在一起,与形态学研究有不一致,所以该种团的系统关系仍需寻找足够证据去探明;S. venusta G.中,各种的关系不确定,也反映了S. venusta G.内的关系复杂,这也体现了形态学上该属较为复杂的特点;S. metallica G.内的***、S. obtusiscutellatia、S. zenadia、S. shennongjiana、S. sinica没能聚在一起,其中的进化关系还需进一步探索;S. acutiscutella G.中的S. acutiserrula与S. formosana G.中的S. acutiserrula关系较近。2、S. venusta group:S. venusta group中S. nigrocacudalia进化最早,其次为S. venusta (Korea)、S. zhengi和S. curvata构成的一支;其余的进化关系不能确定;S. venusta group中种内个体间的关系与地理位置有一定的关系,至于明确的系统发育关系,还需搜寻更多的数据才能下最终结论;分布于韩国的S. venusta可能进化较早。在S. venusta complex中可能存在地理种,比如：韩国的S. venusta可能为地理种。

关键词： COI基因 its2rdna 分子系统学系统发育树侧跗叶蜂属叶蜂科

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