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Dermatophytes Species Isolated of HIV-Infected Patients Identified by its-rflp and its Region Sequencing from Triangulo Mineiro, Minas Gerais State of Brazil

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Advances in Microbiology 2019年第9期9卷 790-803页

作者： Thatiana Bragine-Ferreira Luiz Sé rgio de Lima-Jú nior Larissa Beatriz Silva Leonardo Eurí pedes Andrade-Silva Delio José Mora Bruno Siqueira Prudente Kennio Ferreira-Paim Fabiana Almeida Araú jo Santos Luiz Ricardo Goulart Mario Leó n Silva-Vergara Infectious Diseases Unit Internal Medicine Department Triangulo Mineiro Federal University Uberaba Brazil Department of Microbiology Tri&acire ngulo Mineiro Federal University Uberaba Brazil Laboratory of Nanobiotechnology Institute of Biotechnology Federal University of Uberl&acire ndia Uberl&acire ndia Brazil

Dermatomycoses are a group of diseases worldwide distributed and affect skin, hair and nails. Several fungal species can be envolved and keratinophilic fungi belonging to the genera Trichophyton, Microsporum and Epidermophyton are very common. These infections are globally distributed and their incidence has progressively increased. Despite their high incidence, few studies have been carried out in HIV-infected patients, regarding frequency, clinical presentations, and species identification. This study aimed to evaluate some epidemiological and clinical aspects of dermatophytosis in HIV-infected patients and to attempt phenotypical and molecular characteristics of their agents. Of 398 patients included, 306 were HIV-infected. Clinical data and samples of skin, hair and nail lesions were simultaneously obtained. The dermatophytes yielded in culture were phenotypically identified and evaluated by its-rflp and its (Internal Transcribed Space) sequencing. Dermatophytes frequency in HIV-infected patients with cutaneous lesions was 11.76% similar to the 15.22% observed in non-HIV individuals. Trichophyton rubrum was the most common isolated species in both groups. Throught its-rflp, 29/32 (90.63%) of dermatophytes isolates were identified at the species level. From the 10 isolates randomly selected for its sequencing, seven confirmed the its-rflp results while three Trichophyton sp. were not identified as dermatophytes. The identification of these species in HIV-infected patients is highly desirable in order to improve the knowledge of their frequency, geographical distribution and relation to clinical presentation.

关键词： Dermatophytosis Dermatophytes its-rflp its-Sequencing HIV-Infected Patients Trichophyton rubrum

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基于ISSR与its-rflp的花生白绢病菌遗传多样性分析

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中国油料作物学报 2021年第4期43卷 724-730页

作者：宋万朵晏立英雷永淮东欣康彦平王志慧姜慧芳廖伯寿中国农业科学院油料作物研究所/油料作物生物学与遗传育种重点实验室武汉430062

本研究利用简单重复序列区间(Inter Simple Sequence Repeat,ISSR)和its-rflp技术,对采自我国12个省市的39个花生白绢病菌菌株进行遗传多样性分析。结果表明:从筛选出的17条ISSR引物共扩增出269条DNA谱带,其中多态性谱带266条,平均多态... 详细信息

本研究利用简单重复序列区间(Inter Simple Sequence Repeat,ISSR)和its-rflp技术,对采自我国12个省市的39个花生白绢病菌菌株进行遗传多样性分析。结果表明:从筛选出的17条ISSR引物共扩增出269条DNA谱带,其中多态性谱带266条,平均多态性百分率为98.9%,UPGMA聚类分析将这些菌株分为4个类群。限制性内切酶AluⅠ、RsaⅠ、HpaⅡ和MboⅠ作用内部转录间隔区(Internal Transcribed Spacer,its)PCR扩增产物产生的谱带,利用its-rflp分析遗传多样性,将39个菌株划分为7个组群。ISSR和its-rflp的结果均表明花生白绢病菌存在较高的遗传变异,但其遗传相似性与地理来源无明显相关。

关键词：花生白绢病 Sclerotium rolfsii ISSR its-rflp 遗传多样性

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甘肃小麦禾谷孢囊线虫rDNA-its和28SrDNA-D2/D3区序列特征及its-rflp分析

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植物保护 2010年第3期36卷 58-65页

作者：叶文兴徐秉良彭德良黄文坤甘肃农业大学草业学院兰州730070 中国农业科学院植物保护研究所植物病虫害生物学国家重点实验室北京100193

禾谷孢囊线虫是危害禾谷类作物的重要病原,严重威胁我国小麦主产区的小麦产量和品质。利用通用引物对甘肃、河南、安徽禾谷孢囊线虫群体28SrDNA-D2/D3区和rDNA-its区进行PCR扩增和序列测定,利用UPG-MA方法分析了甘肃省7个种群、河南1个... 详细信息

禾谷孢囊线虫是危害禾谷类作物的重要病原,严重威胁我国小麦主产区的小麦产量和品质。利用通用引物对甘肃、河南、安徽禾谷孢囊线虫群体28SrDNA-D2/D3区和rDNA-its区进行PCR扩增和序列测定,利用UPG-MA方法分析了甘肃省7个种群、河南1个种群、安徽1个种群的禾谷孢囊线虫群体D2/D3区和its区的系统发育关系;用9种限制性内切酶对7个甘肃禾谷孢囊线虫群体的rDNA-its区进行了rflp分析。结果表明:中国甘肃的禾谷孢囊线虫rDNA-D2/D3区片段长度约为780bp,rDNA-its片段长度约为1040bp。7个甘肃禾谷孢囊线虫群体、1个河南安阳群体、1个安徽蚌埠群体的D2/D3区和新西兰的***群体亲缘关系很近;其its区同澳大利亚的***、北京通州的***(AY148382)的亲缘关系很接近。rflp分析表明,9种限制性内切酶酶切禾谷孢囊线虫群体的rDNA-its共产生了22个酶切片段,不同酶切的rflp分布型在7个种群间没有差异。甘肃省禾谷孢囊线虫群体的rDNA-its区具有高度的保守性,与中国的C型群体相近,但不同于欧洲的A型群体和印度的B型群体。这是首次报道甘肃CCN种群分子特征。

关键词：禾谷孢囊线虫核糖体基因D2/D3区核糖体基因its区 its-rflp 序列分析

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草本纤维提取用菌株的PCR-16S rDNA及its-rflp分析

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湖北农业科学 2009年第9期48卷 2052-2054,2098页

作者：段盛文刘正初郭刚冯湘沅郑科成莉凤中国农业科学院麻类研究所长沙410205

通过分析从沤麻水中分离到的8株草本纤维提取用菌株的16S rDNA以及its序列,鉴定并构建其聚类图,明确草本纤维提取用菌株的遗传关系。通过BLAST比对16S rDNA并用限制性内切酶酶切16～23S的its保守序列,对参试菌株的16S rDNA及its酶切片... 详细信息

通过分析从沤麻水中分离到的8株草本纤维提取用菌株的16S rDNA以及its序列,鉴定并构建其聚类图,明确草本纤维提取用菌株的遗传关系。通过BLAST比对16S rDNA并用限制性内切酶酶切16～23S的its保守序列,对参试菌株的16S rDNA及its酶切片段进行聚类分析。结果表明,8株菌株分别属于地衣芽孢杆菌、梭状芽孢杆菌、蜡状芽孢杆菌、短小芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌以及多粘类芽孢杆菌;基于16S rDNA序列与its-rflp所获得的聚类结果基本一致,菌株1251与菌株1172-1聚为一类,其余聚为一类,但种内聚类存在一定的差异,可能与不同类型的序列进化程度有关,8株菌株的16SrDNA序列的相似性为78.66%;AluⅠ、HinfⅠ、Sau3AⅠ、TaqⅠ4种限制性内切酶对参试的8株草本纤维提取用产芽孢菌株的its进行酶切,各获得0～4条100～440bp的酶切产物。

关键词：草本纤维产芽孢菌株 PCR-16S rDNA its-rflp

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秀珍菇种质资源的its-rflp分析

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福建农林大学学报（自然科学版） 2009年第2期38卷 186-191页

作者：朱坚刘新锐谢宝贵刘福阳邓优锦熊芳福建农林大学菌物研究中心福建福州350002

对36个命名为秀珍菇的菌株进行its特异性扩增,结果显示菌株间没有多态性.根据its-rflp及its序列,将36个菌株分为两类,第1类菌株包括Pl.g 0003、Pl.g 0006、Pl.g 0009、Pl.g 0016和Pl.g 0026,是糙皮侧耳,不是秀珍菇;余下31个菌株归入第2... 详细信息

对36个命名为秀珍菇的菌株进行its特异性扩增,结果显示菌株间没有多态性.根据its-rflp及its序列,将36个菌株分为两类,第1类菌株包括Pl.g 0003、Pl.g 0006、Pl.g 0009、Pl.g 0016和Pl.g 0026,是糙皮侧耳,不是秀珍菇;余下31个菌株归入第2类,是凤尾菇,也不是秀珍菇.its-rflp可应用于商业秀珍菇种性的鉴定.

关键词：秀珍菇同名异物 its-rflp

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its-rflp分析花生白绢病原菌遗传多样性

ITS-RFLP分析花生白绢病原菌遗传多样性

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中国植物病理学会2019年学术年会

作者：宋万朵晏立英康彦平雷永淮东欣王志慧廖伯寿中国农业科学院油料作物研究所油料作物生物学与遗传育种重点实验室

花生白绢病（Southern stem rot）是花生上重要的枯萎性真菌病害,由齐整小核菌（Sclerotium rolfsii Sacc.）引起。该病害在我国各大花生产区都有发生,对花生生产造成了严重的危害和经济损失。rflp （Restriction Fragment Length Polym... 详细信息

花生白绢病（Southern stem rot）是花生上重要的枯萎性真菌病害,由齐整小核菌（Sclerotium rolfsii Sacc.）引起。该病害在我国各大花生产区都有发生,对花生生产造成了严重的危害和经济损失。rflp （Restriction Fragment Length Polymorphism,限制性内切酶片段长度多态性）技术可用于在不同环境中微生物多样性的研究,本研究应用its-rflp技术分析花生白绢病原菌遗传多样性,以期了解我国不同地区花生白绢病菌地理居群的遗传变异情况,为该病害的防治提供理论依据。提取39个菌株的菌丝体总DNA,使用its1和its4引物对rDNA-its区进行PCR扩增,用4种限制性内切酶对扩增产物进行酶切。结果显示,所有菌株均扩增出了一条约750bp大小的片段,用AluⅠ、RsaⅠ酶切后,均产生了2种酶切表型,HpaⅡ酶切产生了3种酶切表型,MboⅠ则酶切产生了5种酶切表型。对酶切结果进行聚类分析,这些菌株分为了4个类群,多数地理来源相同的菌株都聚在同一类群,但也有同一地理来源的菌株分布在不同的2个或3个类群。该研究结果说明我国不同地区间的白绢病原菌之间存在着关联与差异,为花生白绢病的科学防治提供了指导意义。

关键词：花生白绢病 Sclerotium rolfsii its-rflp 遗传多样性

来源： cnki会议评论

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its-rflp在白灵菇种质资源鉴定中的应用

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菌物研究 2013年第1期11卷 33-37页

作者：刘新锐何仲辉谢宝贵熊芳朱坚福建农林大学菌物研究中心福州350002

为快速鉴别白灵菇种质资源的真伪,对58个供试菌株进行its特异性扩增,根据遗传差异选择菌株进行its克隆测序,经its-rflp分析和its序列分析得知:58个供试菌株中,Pl.n0010、Pl.n0020、Pl.n0025、Pl.n0041这4个菌株为杏鲍菇;菌株Pl.n0037是... 详细信息

为快速鉴别白灵菇种质资源的真伪,对58个供试菌株进行its特异性扩增,根据遗传差异选择菌株进行its克隆测序,经its-rflp分析和its序列分析得知:58个供试菌株中,Pl.n0010、Pl.n0020、Pl.n0025、Pl.n0041这4个菌株为杏鲍菇;菌株Pl.n0037是糙皮侧耳;余下53个菌株为白灵菇。结果表明:its-rflp可应用于白灵菇与杏鲍菇菌株间的鉴定。

关键词：白灵菇 its-rflp 种质资源鉴定

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柑桔半穿刺线虫与短体线虫rDNA的its-rflp研究

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莱阳农学院学报 2004年第2期21卷 151-153页

作者：王扬喻盛甫李娅琼胡先奇浦卫琼云南农业大学云南省植物病理重点实验室云南昆明650201

利用its-rflp技术对柑桔寄生线虫半穿刺线虫和短体线虫rDNA中的its区进行了研究,2个属的7个线虫种群均能扩增出相同的400bp的its1片段和1100bp的完整its区片段;分别用AluⅠ、HaeⅢ和SauAⅠ对its区的PCR产物进行酶切,各线虫种群its区扩... 详细信息

利用its-rflp技术对柑桔寄生线虫半穿刺线虫和短体线虫rDNA中的its区进行了研究,2个属的7个线虫种群均能扩增出相同的400bp的its1片段和1100bp的完整its区片段;分别用AluⅠ、HaeⅢ和SauAⅠ对its区的PCR产物进行酶切,各线虫种群its区扩增片段的AluⅠ、Sau3AⅠ酶切消化图谱完全一致,而HaeⅢ酶切后能将短体线虫种群与半穿刺线虫种群区分开。

关键词：柑桔半穿刺线虫短体线虫 rDNA its-rflp 鉴定

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木霉菌属its PCR-rflp及抗病多样性差异分析

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生物技术通报 2012年第8期28卷 146-153页

作者：丁德娟李世贵唐顺明顾金刚江苏科技大学生物与化学工程学院镇江212018 农业部微生物资源收集与保藏重点实验室北京100081 中国农业科学院农业资源与农业区划研究所北京100081

采用its PCR-rflp方法对供试116株木霉属菌株进行多样性分析,对其中22株抗病优良菌株进行抗病多样性差异分析,用NTSYS-PC生物软件对DNA条带进行聚类分析,结果显示,HaeIII酶切共获得11个条带,可将供试菌株分为12种基因型;Hinf I共获得13... 详细信息

采用its PCR-rflp方法对供试116株木霉属菌株进行多样性分析,对其中22株抗病优良菌株进行抗病多样性差异分析,用NTSYS-PC生物软件对DNA条带进行聚类分析,结果显示,HaeIII酶切共获得11个条带,可将供试菌株分为12种基因型;Hinf I共获得13个条带,可将供试菌株分为15种基因型。由116株木霉菌株的聚类图表明,木霉属菌株遗传相似系数变异范围为0.72-1.00。由22株抗病优良菌株的聚类图表明,在遗传相似系数为0.66处可将22株菌分为2类,其中ACCC 30371由于其酶切图谱的特异性在遗传相似系数为0.66处同其他菌株完全分开;在遗传相似系数为0.73处可将剩余21株菌分为2类,第一类中对9种病原菌全部表现抗性的菌株有6株,第二类中对9种病原菌全部表现抗性的菌株有2株。结果证明,本研究方法基本可将木霉属真菌归类,但所获数据在分析本属的抗病差异性这一现象上不够充分,对于其中可能存在的原因予以分析探讨。

关键词：木霉属 its-rflp 内切酶抗病性多样性

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甘肃小麦禾谷孢囊线虫(Heterodera avenae)核糖体its和D2D3区序列特征及rflp分析

甘肃小麦禾谷孢囊线虫(Heterodera avenae)核糖体ITS和D2D3区序列...

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中国植物病理学会第九届全国会员代表大会暨2010年学术年会

作者：叶文兴徐秉良彭德良黄文坤甘肃农业大学草业学院中国农业科学院植物保护研究所植物病虫害生物学国家重点实验室

禾谷孢囊线虫是为害禾谷类作物的重要病原,严重威胁我国小麦主产区的小麦产量和品质。利用通用引物对甘肃、河南、安徽禾谷孢囊线虫群体28S rDNA-D2/D3区和rDNA-its区进行PCR扩增和序列测定,利用UPGMA方法分析了甘肃省7个种群、河南1个... 详细信息

禾谷孢囊线虫是为害禾谷类作物的重要病原,严重威胁我国小麦主产区的小麦产量和品质。利用通用引物对甘肃、河南、安徽禾谷孢囊线虫群体28S rDNA-D2/D3区和rDNA-its区进行PCR扩增和序列测定,利用UPGMA方法分析了甘肃省7个种群、河南1个种群、安徽1个种群的禾谷孢囊线虫群体D2/D3区和its区的系统发育关系;用9种限制性内切酶对7个甘肃禾谷孢囊线虫群体的rDNA-its区进行了rflp分析。结果表明:中国境内禾谷孢囊线虫rDNA-D2/D3区片段长度约为780 bp,rDNA-its片段长度约为1040 bp。7个甘肃禾谷孢囊线虫群体、1个河南安阳群体、1个安徽蚌埠群体的D2/D3区和新西兰的***群体亲缘关系很近;其its区同澳大利亚的***、中国通州的***(AY148382)的亲缘关系很接近。rflp分析表明,9种限制性内切酶酶切禾谷孢囊线虫群体的rDNA-its共产生了22个酶切片段,不同酶切的rflp分布型在七个种群间没有差异。甘肃省禾谷孢囊线虫群体的rDNA-its区具有高度的保守性,与中国的C型群体相近,但不同于欧洲的A型群体和印度的B型群体。

关键词：禾谷孢囊线虫核糖体基因D2/D3区核糖体基因its区 its-rflp 序列分析

来源： cnki会议评论

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