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白芍总苷对系统性红斑狼疮CD4＋T细胞itgal基因表达和启动子甲基化修饰的影响

中南大学学报（医学版） 2012年第5期37卷 463-468页

作者：赵明梁功平罗双艳陆前进中南大学湘雅二医院皮肤科医学表观基因组学湖南省重点实验室长沙410011

目的:探讨白芍总苷(total glucosides of peony,TGP)对系统性红斑狼疮(SLE)患者外周血CD4+T细胞甲基化敏感基因itgal(CD11a)表达及启动子甲基化修饰的影响。方法:利用磁珠分选获得外周血CD4+T细胞,用不同浓度TGP(0,62.5,312.5和1562.5 m... 详细信息

目的:探讨白芍总苷(total glucosides of peony,TGP)对系统性红斑狼疮(SLE)患者外周血CD4+T细胞甲基化敏感基因itgal(CD11a)表达及启动子甲基化修饰的影响。方法:利用磁珠分选获得外周血CD4+T细胞,用不同浓度TGP(0,62.5,312.5和1562.5 mg/L)处理SLE患者CD4+T细胞,48 h后收集细胞。MTT法检测处理后CD4+T细胞的活力。定量PCR检测itgal基因mRNA表达水平。流式细胞术检测CD4+T细胞表面CD11a分子表达水平。亚硫酸盐测序法分析itgal基因启动子甲基化水平。结果:TGP处理48 h后,各浓度组CD4+T细胞活力无明显差异。与对照组相比,高浓度组(1562.5 mg/L)itgal基因mRNA表达水平显著降低(Pitgal基因启动子甲基化水平较对照组显著升高(Pitgal基因启动子甲基化水平降低SLE患者外周血CD4+T细胞中CD11a表达水平,初步揭示了TGP抑制SLE自身免疫反应的分子机制。

关键词：白芍总苷系统性红斑狼疮 CD4+T细胞 itgal DNA甲基化

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基于TCGA数据挖掘分析itgal在肺腺癌预后与免疫微环境中的作用及意义

基于TCGA数据挖掘分析ITGAL在肺腺癌预后与免疫微环境中的作用及...

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作者：万家鸣中国医科大学

学位级别：硕士

目的:探究RANK/RANKL信号通路相关基因itgal在肺腺癌预后的临床意义及在免疫微环境中的作用。方法:利用KEGG数据库收集RANK/RANKL相关通路基因。基于TCGA肺腺癌数据库进行基因差异表达分析。根据Kaplan-Meier曲线和临床相关特征确定最... 详细信息

目的:探究RANK/RANKL信号通路相关基因itgal在肺腺癌预后的临床意义及在免疫微环境中的作用。方法:利用KEGG数据库收集RANK/RANKL相关通路基因。基于TCGA肺腺癌数据库进行基因差异表达分析。根据Kaplan-Meier曲线和临床相关特征确定最终筛选基因为itgal。利用Cox风险回归模型对总生存期(OS)进行单因素和多因素分析。再对itgal基因进行通路富集分析。最后使用CIBERSORT和TIMER的相关模块探讨了itgal与肿瘤免疫浸润的相关性。结果:KEGG数据库收集RANK/RANKL相关通路基因618个。对TCGA数据库中肺腺癌样本进行生物信息学分析并且结合临床筛选出itgal基因。itgal在肿瘤组织中的表达量明显增高(Pitgal的高表达与较好的OS相关(Pitgal可以作为肺腺癌患者的独立预后因素(Pitgal高表达的样本主要富集于免疫相关信号通路。而itgal低表达的样本则主要富集以代谢通路为主的通路。进而利用CIBERSORT和TIMER数据库对itgal进行分析,提示itgal与肿瘤浸润性免疫细胞如CD8+T细胞、CD4+T细胞、Treg细胞等有很强的相关性,进而影响肺腺癌的免疫微环境。结论:itgal是肺腺癌预后的生物标志物,能够影响肺腺癌的免疫浸润,可能是RANK/RANKL信号通路上肺腺癌免疫治疗的潜在预测因子。

关键词： itgal 肺腺癌免疫浸润生物标志物

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系统性红斑狼疮患者单个核细胞(PBMC)中itgal的表达及意义

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当代医学 2011年第34期17卷 20-21页

作者：胡南吕晓雅温云鹏江一帆饶宗建深圳市宝安区人民医院皮肤科 518101

目的探讨itgal基因在系统性红斑狼疮(SLE)患者外周血单个核细胞(PBMC)中的表达及其意义。方法分离SLE患者及正常人群PBMC,采用Qiagen RNA/DNA mini kit提取RNA,实时-定量PCR检测itgal mRNA的表达,对SLE患者的itgal表达与红斑狼疮疾病活... 详细信息

目的探讨itgal基因在系统性红斑狼疮(SLE)患者外周血单个核细胞(PBMC)中的表达及其意义。方法分离SLE患者及正常人群PBMC,采用Qiagen RNA/DNA mini kit提取RNA,实时-定量PCR检测itgal mRNA的表达,对SLE患者的itgal表达与红斑狼疮疾病活动指数(采用SLEDAI评分)进行相关分析。结果活动性SLE患者中itgal mRNA表达较正常对照组明显升高,两组比较有统计学意义(Pitgal mRNA表达明显上升,其变化与疾病活动程度呈正相关,itgal表达可能与SLE发病有关。

关键词：系统性红斑狼疮 itgal PBMC

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生物信息学方法挖掘急性髓系白血病的生物标志物和相关药物

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白血病．淋巴瘤 2024年第5期33卷 288-293页

作者：林丹霞胡嘉升福建医科大学研究生院福州350100 厦门大学附属中山医院血液科厦门361001

目的筛选急性髓系白血病(AML)潜在的生物标志物和药物,以期提高白血病的治愈率。方法从基因表达综合(GEO)数据库下载包括AML患者和健康供者的基因芯片GSE90062数据集(包括3个白血病干细胞样本和3个正常骨髓造血干细胞样本)和GSE17054数... 详细信息

目的筛选急性髓系白血病(AML)潜在的生物标志物和药物,以期提高白血病的治愈率。方法从基因表达综合(GEO)数据库下载包括AML患者和健康供者的基因芯片GSE90062数据集(包括3个白血病干细胞样本和3个正常骨髓造血干细胞样本)和GSE17054数据集(包括9个白血病干细胞样本和4个正常骨髓造血干细胞样本)。通过GEO2R软件分析GEO数据库两数据集AML患者和健康供者骨髓之间的共同差异表达基因(DEG)。利用DAVID在线软件对共同DEG进行基因本体(GO)生物功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,利用STRING数据库构建蛋白相互作用(PPI)网络,借助CytoHubba插件筛选相关强度前10的关键基因。应用基因表达谱交互分析(GEPIA)数据库从10个关键基因中再次确认关键基因;采用Kaplan-Meier生存曲线评估10个关键基因不同水平AML患者的预后,比较采用log-rank检验;利用药物-基因相互作用数据库(DGIdb)筛选关键基因相关药物。结果从GEO数据库筛选出AML患者骨髓中较健康供者骨髓上调的共同DEG 75个和下调的共同DEG 61个。在GO富集分析中,共同DEG主要与细胞凋亡、细胞迁移相关;在KEGG通路分析中,这些基因主要与细胞凋亡、造血通路相关。经PPI网络筛选出的强相关性前10个关键基因是ITGA4、itgal、HNRNPA3、CDC42、PRF1、SRSF3、HNRNPD、GTPBP4、CXCR4、RPL35A,其中6个基因(ITGA4、itgal、HNRNPA3、GTPBP4、CXCR4、RPL35A)通过GEPIA2数据库再次确认。Kaplan-Meier生存曲线分析显示,与itgal低表达患者相比,itgal高表达AML患者总生存不佳,差异有统计学意义(P=0.010);其余9个关键基因高表达与低表达患者间总生存差异均无统计学意义(均P>0.05)。从DGIdb筛选出4种可能与itgal相关的药物,分别为efalizumab、odulimomab、lifitegrast、rovelizumab。结论itgal在AML患者骨髓中过表达,是AML患者的不利预后因素。筛选出的靶向itgal的潜在药物efalizumab、odulimomab、lifitegrast、rovelizumab为AML的治疗提供了新思路。

关键词：白血病,髓样,急性肿瘤标记,生物学分子靶向疗法计算生物学 itgal

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