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单增李斯特菌内化素基因inla多态性分析

中国人兽共患病学报 2023年第3期39卷 240-248页

作者：李玲玲纪顺师王艳毛盼陈晋妮刘凌云叶长芸中国疾病预防控制中心传染病预防控制所传染病预防控制国家重点实验室北京102206 贵州医科大学基础医学院病原生物学重点实验室贵阳550004

目的分析全球不同地区单增李斯特菌内化素A编码基因inla的多态性,及其与菌株家系、血清群和序列型(sequence types,ST)之间的相关性。方法收集不同国家的4115株单增李斯特菌基因组信息,分析inla基因的序列多态性,确定其等位基因型,构建... 详细信息

目的分析全球不同地区单增李斯特菌内化素A编码基因inla的多态性,及其与菌株家系、血清群和序列型(sequence types,ST)之间的相关性。方法收集不同国家的4115株单增李斯特菌基因组信息,分析inla基因的序列多态性,确定其等位基因型,构建基于inla基因的系统进化树。结果4115株单增李斯特菌基因组中,除3株菌外均携带inla基因,根据基因序列分为370个inla等位基因型。编码完整inla的等位基因型有292种(3164株菌),因点突变出现提前终止密码子(premature stop codon,PMSC)的截短型inla等位基因型有78种(948株菌),其中84种新的编码完整inla的等位基因型和16种PMSC类型为首次报道。系统发育分析显示,单增李斯特菌inla基因与菌株家系、CC克隆群及ST型具有相关性。发生PMSC突变的inla序列型也呈现多态性,尤其家系II菌株截短的inla编码基因多样性更高。截短的inla多见于血清群IIa和IIc菌株中,较少见于临床菌株常见的IVb血清群菌株中。结论inla基因在单增李斯特菌中普遍存在且序列型呈现多态性,部分inla的等位基因型与单增李斯特菌ST型具有较强的相关性,可作为特定型别菌株快速筛查的靶标。单增李斯特菌家系I和家系II菌株中截短的inla编码基因的提前终止位点具有多样性,截短的inla常见于IIa和IIc血清群菌株中。

关键词：单增李斯特菌内化素 inla 等位基因型 PMSC

单核细胞增生李斯特菌inla、InlB和InlJ基因缺失株构建及对MBMEC细胞骨架与细胞紧密连接的影响

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中国兽医学报 2016年第6期36卷 950-956页

作者：魏丽陈云飞王鹏雁马勋蒋建军石河子大学动物科技学院新疆石河子832000 家畜疫病病原生物学国家重点实验室甘肃兰州730000

为探究inla、InlB和InlJ对单核细胞增生李斯特菌(LM)毒力及在其侵袭MBMEC过程中对细胞骨架与细胞紧密连接的影响,本试验以致绵羊脑炎分离株LM90为亲本株,构建单基因缺失株LM90-△inla、LM90-△InlB和LM90-△InlJ,通过LD50、溶血试验、MB... 详细信息

为探究inla、InlB和InlJ对单核细胞增生李斯特菌(LM)毒力及在其侵袭MBMEC过程中对细胞骨架与细胞紧密连接的影响,本试验以致绵羊脑炎分离株LM90为亲本株,构建单基因缺失株LM90-△inla、LM90-△InlB和LM90-△InlJ,通过LD50、溶血试验、MBMEC黏附侵袭、胞内增殖及细胞免疫荧光染色方法,研究LM缺失株和亲本株的差异。结果显示,inla、InlB和InlJ基因缺失株的LD50分别比LM90高出101.5,101.3,101.33倍;对MBMEC的黏附率、侵袭率及胞内增殖都显著下降,且侵袭率差异显著(Pinla缺失株细胞骨架重排不明显,InlJ缺失株与亲本株则使细胞骨架完全破坏;LM90与inla、InlB和InlJ缺失株都使MBMEC细胞间紧密连接蛋白呈不连续分布,而阴性对照则呈连续分布。结果表明,inla、InlB和InlJ与LM毒力密切相关,且在LM侵袭MBMEC过程中,InlB影响MBMEC细胞骨架重排,inla对其影响弱于InlB,InlJ则影响微弱或者不影响。LM可引起细胞间紧密连接改变,但inla、InlB和InlJ在该过程中几乎不发挥作用。

关键词： LM inla InlB InlJ MBMEC

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基于inla的时空分析方法研究与应用

基于INLA的时空分析方法研究与应用

作者：董文钱中国计量大学

学位级别：硕士

时空分析方法的发展为处理复杂时空数据集、构建复杂时空模型提供了更多可能。在这一过程中,随着贝叶斯近似计算方法的丰富,贝叶斯框架下的时空数据分析实践也不断增多。本研究基于时空点过程分析理论,将西北某市P区数字城管系统中累积... 详细信息

时空分析方法的发展为处理复杂时空数据集、构建复杂时空模型提供了更多可能。在这一过程中,随着贝叶斯近似计算方法的丰富,贝叶斯框架下的时空数据分析实践也不断增多。本研究基于时空点过程分析理论,将西北某市P区数字城管系统中累积的城管问题事件抽象为点模式事件,将城管问题事件的产生视为一个非均匀泊松随机过程。利用积分嵌套拉普拉斯逼近（inla）与随机偏微分方程（SPDE）计算方法在贝叶斯框架下构建时空LGCP模型对其进行建模分析。综合研究街面秩序、市容环境、宣传广告三类城管问题事件的时空分布模式与演化趋势,并对未来的时空分布模式进行预测预警。同时,还利用城市兴趣点（POI）数据来考量城市建成环境因素对城管问题事件的影响。研究发现,同一类别的城管问题事件在不同区域的分布有很大的区别,不同类别的城管问题事件在同一区域的分布也是不尽相同的,其时空分布具有临近重复发生模式。类似的还有城市建成环境因素对三类城管问题事件的影响:不同类别的POI对同一类别的城管问题事件存在不同的影响,同一类别的POI对不同类别的城管问题事件的影响也不尽相同。这些特殊的分异规律说明某种城管问题事件的产生及其时空分布模式的形成受到了具体城市环境的深刻影响,是多种因素共同作用的客观结果。研究中对时空LGCP模型与DBSCAN聚类方法和核密度估计方法进行了比较。实验结果表明基于inla与SPDE计算方法的时空LGCP模型在城管问题事件时空分布模式的规律提取和未来演化趋势的预测上有更加优异的综合表现。研究的结果能够为城管部门的管理工作提供更加科学的决策支持,提高城管部门管理资源的配置效率。这对加强现代化城市的治理能力,促进城市的善治具有重要意义。

关键词：时空分析时空点过程城管问题事件 inla SPDE

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基于inla的呼吸疾病时空贝叶斯建模

基于INLA的呼吸疾病时空贝叶斯建模

作者：吴文韬华东师范大学

学位级别：硕士

呼吸系统疾病是一类常发性疾病,其致死风险在城乡均排名前列。探究影响该类疾病发病因素,降低其死亡率已成为近些年的研究重点,但在诸多研究当中,包含时空效应分析的研究较少。本文使用广州市2016-2019年呼吸系统疾病门诊数据与51个环... 详细信息

呼吸系统疾病是一类常发性疾病,其致死风险在城乡均排名前列。探究影响该类疾病发病因素,降低其死亡率已成为近些年的研究重点,但在诸多研究当中,包含时空效应分析的研究较少。本文使用广州市2016-2019年呼吸系统疾病门诊数据与51个环境监测站获得的大气污染物数据,研究该地区呼吸疾病死亡病例与环境因子的关系,同时考量时空随机效应的影响,最终实现疾病制图。模型拟合基于贝叶斯框架,并使用inla算法进行参数估计与推断。首先以格点数据形式拟合网格模型,初步结论为SO可能存在非线性效应,并认为不存在非结构化的时空随机效应,而时空结构化随机效应较为明显。此外,本文设计了一种新的聚合方案,以空间点为聚合基点对数据进行聚合。该思路将数据聚合为地理统计数据形式并拟合SPDE模型。结果显示CO与PM2.5对该类疾病死亡风险的影响相对较大,NO、PM10、月均气压与月均温度均具有正向影响,而月均湿度与月均风速的效应估计值较低,且存在不显著的可能。对于时空随机效应部分,分隔距离的估计为0.647,即任意两空间点的空间距离大于0.647时几乎可认为其不存在空间相关性。另外,该模型进行了疾病制图,得到广州呼吸系统疾病的时空特征,结论为呼吸系统疾病致死多发于春夏季,其中1月、3月、7月、12月风险相对较高,整体的死亡病例也自2017年起逐年上升。从空间分布看,广州市中西部、中南部与东部为病例高发地,越秀、海珠、番禺等老中心城区仍为病例聚集点,效应以此为中心向外递减,广州市东部的从化区疾病风险也偏高。综合上述结果,本文为发展政策提出一些建议供参考。在人流密集的中心城区需要加大污染物防护力度,如越秀区、海珠区等居民、交通网密集地区,需要定时监控以CO、PM2.5为主的污染物浓度,提倡绿色出行。而对于从化区等正在开发的地区,需要及时跟进污染防护手段,同时做好居民养老保障,合理配置医疗资源。全市在春夏季时,居民注意通风,尤其在换季和盛夏时间,地区可适当增加医疗资源配置。

关键词：呼吸系统疾病时空效应 inla SPDE 地统计学

单核细胞增生李斯特菌inla、inlB、inlJ基因缺失株构建及对MBMEC细胞骨架与细胞紧密连接影响的研究

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单核细胞增生李斯特菌inlA、inlB、inlJ基因缺失株构建及对MBMEC...

EpiMix:A novel method to estimate effective reproduction number

中国畜牧兽医学会动物微生态学分会第十一次全国学术研讨会暨第五届会员代表大会

作者：蒋建军魏丽石河子大学动物科技学院

为探究inla、InlB、InlJ对LM毒力及在其侵袭MBMEC过程中对细胞骨架与细胞紧密连接影响,本试验以致绵羊脑炎分离株LM90为亲本株,构建单基因缺失株LM90-△inla、LM90-△inlB、LM90-△inlJ,通过LD50、溶血试验、MBMEC黏附侵袭、胞内增殖及... 详细信息

为探究inla、InlB、InlJ对LM毒力及在其侵袭MBMEC过程中对细胞骨架与细胞紧密连接影响,本试验以致绵羊脑炎分离株LM90为亲本株,构建单基因缺失株LM90-△inla、LM90-△inlB、LM90-△inlJ,通过LD50、溶血试验、MBMEC黏附侵袭、胞内增殖及细胞免疫荧光染色方法,研究LM缺失株和野生株的差异。结果显示,inla、inlB、inlJ基因缺失株的LD分别比LM90高出10、10和10倍;对MBMEC的黏附率、侵袭率及胞内增殖都显著下降,且侵袭率差异显著(Pinla缺失株细胞骨架重排不明显,inlJ缺失株与野生株则使细胞骨架完全破坏;LM和inla、inlB和inlJ缺失株都使MBMEC细胞间紧密连接蛋白呈不连续分布,而阴性对照则呈连续分布。结果表明,inla、InlB、InlJ与LM毒力密切相关,且在LM侵袭MBMEC过程中,InlB影响MBMEC细胞骨架重排,lnlA对其影响弱于InlB,InlJ则影响微弱或者不影响。LM可引起细胞间紧密连接改变,但inla、InlB和InlJ在该过程中可能不发挥作用。

关键词： LM inla inlB inlJ 毒力 MBMEC

来源： cnki会议评论

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Infectious Disease Modelling 2023年第3期8卷 704-716页

作者： Shihui Jin Borame Lee Dickens Jue Tao Lim Alex R.Cook Saw Swee Hock School of Public Health National University of Singapore and National University Health SystemSingapore Lee Kong Chian School of Medicine Nanyang Technological UniversitySingapore Department of Statistics and Data Science National University of SingaporeSingapore

Transmission potential of a pathogen,often quantified by the time-varying reproduction number R t,provides the current pace of infection for a disease and indicates whether an emerging epidemic is under *** this study,we proposed a novel method,EpiMix,for R t estimation,wherein we incorporated the impacts of exogenous factors and random effects under a Bayesian regression *** Integrated Nested Laplace Approx-imation,EpiMix is able to efficiently generate reliable,deterministic R t *** the simulations and case studies performed,we further demonstrated the method's robust-ness in low-incidence scenarios,together with other merits,including its flexibility in selecting variables and tolerance of varying reporting *** these make EpiMix a potentially useful tool for real-time R t estimation provided that the serial interval distri-bution,time series of case counts and external influencing factors are available.

关键词： Epidemics inla Regression Reproduction number SARS-CoV-2 Transmission dynamics

二烯丙基二硫醚对单增李斯特菌毒力基因表达的影响

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中国食品学报 2020年第1期20卷 83-90页

作者：魏丽娜吴虹燕李鑫鑫郝洪顺万锈琳高美玲侯红漫张公亮大连工业大学食品学院辽宁大连116034 大连工业大学纺织与材料工程学院辽宁大连116034 辽宁省水产品加工质量安全与控制重点实验室辽宁大连116034

二烯丙基二硫醚(DADS)是一种典型的硫醚类香料。该类香料在抗菌消炎,提高机体免疫力,预防和治疗心血管疾病等保健及药理作用方面具有显著效果。而对其在食源性致病菌中的抑制作用及相关机理研究较少。四大食源性致病菌之一单增李斯特菌(... 详细信息

二烯丙基二硫醚(DADS)是一种典型的硫醚类香料。该类香料在抗菌消炎,提高机体免疫力,预防和治疗心血管疾病等保健及药理作用方面具有显著效果。而对其在食源性致病菌中的抑制作用及相关机理研究较少。四大食源性致病菌之一单增李斯特菌(Listeria monocytogenes,LM)容易感染食物而引发脑膜炎、败血症及孕妇流产等一系列恶性疾病。本研究以如何高效抑制单增李斯特的生长为出发点,以DADS为研究对象,采用微量肉汤稀释法初步筛选出其对单增能李斯特菌的最小抑菌浓度(MIC),利用RT-qPCR技术考察其对单增李斯特菌毒力基因inla、hlyA、prfA表达的影响。结果表明:亚抑菌浓度下DADS均可显著抑制毒力基因inla、hlyA、prfA的表达,且抑制作用呈现一定的浓度依赖性,hlyA及prfA对其作用更敏感。

关键词：二烯丙基二硫醚单增李斯特菌 inla hlyA prfA

Spatio-Temporal Variation of HIV Infection in Kenya

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Open Journal of Statistics 2018年第5期8卷 811-830页

作者： Benard Tonui Samuel Mwalili Anthony Wanjoya Department of Mathematics & Computer Science University of Kabianga Kericho Kenya Department of Statistics & Actuarial Science Jomo Kenyatta University of Agriculture & Technology Juja Kenya

Disease mapping is the study of the distribution of disease relative risks or rates in space and time, and normally uses generalized linear mixed models (GLMMs) which includes fixed effects and spatial, temporal, and spatio-temporal random effects. Model fitting and statistical inference are commonly accomplished through the empirical Bayes (EB) and fully Bayes (FB) approaches. The EB approach usually relies on the penalized quasi-likelihood (PQL), while the FB approach, which has increasingly become more popular in the recent past, usually uses Markov chain Monte Carlo (McMC) techniques. However, there are many challenges in conventional use of posterior sampling via McMC for inference. This includes the need to evaluate convergence of posterior samples, which often requires extensive simulation and can be very time consuming. Spatio-temporal models used in disease mapping are often very complex and McMC methods may lead to large Monte Carlo errors if the dimension of the data at hand is large. To address these challenges, a new strategy based on integrated nested Laplace approximations (inla) has recently been recently developed as a promising alternative to the McMC. This technique is now becoming more popular in disease mapping because of its ability to fit fairly complex space-time models much more quickly than the McMC. In this paper, we show how to fit different spatio-temporal models for disease mapping with inla using the Leroux CAR prior for the spatial component, and we compare it with McMC using Kenya HIV incidence data during the period 2013-2016.

关键词： HIV inla McMC Leroux CAR Prior Disease Mapping Spatio-Temporal Models

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基于贝叶斯时空模型的城管事件时空变化分析

地球信息科学学报 2020年第5期22卷 1073-1082页

作者：董文钱董良向琳陶海军赵传虎曲寒冰中国计量大学信息工程学院杭州310018 北京市科学技术研究院北京100089 北京市新技术应用研究所北京100094 河北工业大学人工智能与数据科学学院天津300401

城市管理事件具有显著的地域特征和周期性特征,挖掘城管事件中隐含的时空规律和潜在影响因子对城市管理具有重要指导意义。然而,目前针对城管事件时空变化及影响因素驱动效应的研究仍较为少见。本文基于贝叶斯时空模型,针对西北某地H市... 详细信息

城市管理事件具有显著的地域特征和周期性特征,挖掘城管事件中隐含的时空规律和潜在影响因子对城市管理具有重要指导意义。然而,目前针对城管事件时空变化及影响因素驱动效应的研究仍较为少见。本文基于贝叶斯时空模型,针对西北某地H市P区的街面秩序类、市容环境类以及宣传广告类城管事件在一周之中的时空演变特征进行建模分析,并探究了影响城管事件案发风险的潜在影响因子。研究发现:①在空间上,3类城管事件的相对风险分布存在差异,街面秩序类事件集中在城市的居住功能区和商业功能区,而市容环境类集中在城市的居住功能区,宣传广告类主要集中在城市的商业功能区,空间风险后验概率估计表明,以上2个区域是城管事件的热点区域。②在时间上,每逢周二、周五以及周六,城管事件的相对风险较为突出,但总体上没有明显的单调性。每天的8-10时和14-15时是城管事件高发的时段,其相对风险远高于其他时段。③城市建成环境对城管事件的潜在影响存在差异。研究区域内餐饮、交通、生活服务等城市基础设施与城管事件的关联最为紧密,且都表现为正相关。④城管事件的案发风险呈现出明显的时空异质性,渐进性的建模过程表明在分析城管事件数据时考虑空间与时间效应的影响是合理且有必要的。研究表明,贝叶斯时空模型的分析结果满足城管部门日常工作中关于城管事件智能分析与重点管控的需求。

关键词：城管事件贝叶斯时空模型结构效应非结构效应相对风险时空变化冷热点 inla