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A multi-locus phylogenetic evaluation of Diaporthe (Phomopsis)

Fungal diversity 2012年第5期56卷 157-171页

作者： Dhanushka Udayanga Xingzhong Liu Pedro W.Crous Eric H.C.McKenzie Ekachai Chukeatirote Kevin D.Hyde Institute of Excellence in Fungal Research Mae Fah Luang UniversityChiang Rai 57100Thailand School of Science Mae Fah Luang UniversityChiang Rai 57100Thailand State Key Laboratory of Mycology Institute of MicrobiologyChinese Academy of SciencesNo 31st West Beichen RoadChaoyang DistrictBeijing 100101People’s Republic of China CBS-KNAW Fungal Biodiversity Centre Uppsalalaan 83584 CTUtrechtThe Netherlands Landcare Research Private Bag 92170AucklandNew Zealand

The genus Diaporthe(Phomopsis)includes important plant pathogenic fungi with wide host ranges and geographic *** the present study,phylogenetic species recognition in Diaporthe is re-evaluated using a multi-locus phylogeny based on a combined data matrix of rDNA ITS,and partial sequences from the translation elongation factor 1-α(EF 1-α),βtubulin(TUB)and calmodulin(CAL)molecular *** sequences of available extype cultures have been included,providing a multi-locus backbone tree for future studies on *** utilizable loci were analyzed individually and in combination,and ITS,EF 1-αand multi-locus phylogenetic trees are *** phylogenetic tree inferred by combined analysis of four loci provided the best resolution for species as compared to single gene *** are provided for nine species previously known in Phomopsis that are transferred to Diaporthe in the present *** unraveling of cryptic species complexes of Diaporthe based on Genealogical Concordance Phylogenetic Species Recognition(GCPSR)is emphasized.

关键词： Ex-type culture host diversity Mating types Molecular systematics New combination Phytopathogen Species recognition Taxonomy

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