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GITAR: An Open Source Tool for Analysis and Visualization of hi-c data

Genomics, Proteomics & Bioinformatics 2018年第5期16卷 365-372页

作者： Riccardo calandrelli Qiuyang Wu Jihong Guan Sheng Zhong Department of Bioengineering University of California San Diego Department of computer Science and Technology Tongji University

Interactions between chromatin segments play a large role in functional genomic assays and developments in genomic interaction detection methods have shown interacting topological domains within the genome. Among these methods, hi-c plays a key role. Here, we present the Genome Interaction Tools and Resources(GITAR), a software to perform a comprehensive hi-c data analysis, including data preprocessing, normalization, and visualization, as well as analysis of topologically-associated domains(TADs). GITAR is composed of two main modules:(1)hictool, a Python library to process and visualize hi-c data, including TAD analysis; and(2)processed data library, a large collection of human and mouse datasets processed using *** leads the user step-by-step through a pipeline, which goes from the raw hi-c data to the computation, visualization, and optimized storage of intra-chromosomal contact matrices and TAD coordinates. A large collection of standardized processed data allows the users to compare different datasets in a consistent way, while saving time to obtain data for visualization or additional analyses. More importantly, GITAR enables users without any programming or bioinformatic expertise to work with hi-c data. GITAR is publicly available at http://*** as an open-source software.

关键词： chromatin interaction Pipeline hi-c data normalization Topologically-associated domain Processed hi-c data library

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