检索结果-南通市图书馆

计算机应用与软件 2023年第9期40卷 303-307,340页

作者：李荣远龙法宁广西师范大学计算机科学与工程学院广西桂林541004 玉林师范学院计算机科学与工程学院广西玉林537000

单细胞RNA测序技术将大量基因表达谱测序出来,识别细胞类型或转录标记成为研究重点。基于聚类方法假定聚类中所有细胞属于同一类型,因此可进行集群标记,但这种假设通常是错误的,集群中除了主要细胞类型外,还包含少量占比的多种细胞类型... 详细信息

单细胞RNA测序技术将大量基因表达谱测序出来,识别细胞类型或转录标记成为研究重点。基于聚类方法假定聚类中所有细胞属于同一类型,因此可进行集群标记,但这种假设通常是错误的,集群中除了主要细胞类型外,还包含少量占比的多种细胞类型,所以设计一种细胞类型分类器很有必要。基于此,提出一种基于特征选择的多核超图神经网络分类方法(hvg-mhgnn)。对单细胞数据进行预处理,选择高度变异基因(hvg);构造多种相似距离进行多核合并;构建超图学习模型;采用多类型scRNA-seq数据集验证该方法。实验结果表明,与主流分类方法scPred、原始超图HGNN和多核hvg-mhgnn对比,hvg-mhgnn在单细胞数据集上准确率及时间效率都有所提升。

关键词： scRNA-sq hvg-mhgnn 超图分类多核

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