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杨树genomic-ssr与EST-ssr分子标记遗传差异性分析

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北京林业大学学报 2010年第5期32卷 1-7页

作者：宋跃朋江锡兵张曼王泽亮薄文浩安新民张志毅北京林业大学林木育种国家工程实验室林木花卉遗传育种教育部重点实验室国家林业局树木花卉育种与生物工程重点开放实验室西北农林科技大学园艺学院

利用16个杨树无性系对genomic-ssr和EST-ssr两种ssr标记的遗传差异性进行分析。统计分析结果表明,genomic-ssr平均检测到的等位基因数为4.1、Shannon指数为1.0646、观测杂合度为0.4427、期望杂合度为0.5523;EST-ssr平均检测到的等位基... 详细信息

利用16个杨树无性系对genomic-ssr和EST-ssr两种ssr标记的遗传差异性进行分析。统计分析结果表明,genomic-ssr平均检测到的等位基因数为4.1、Shannon指数为1.0646、观测杂合度为0.4427、期望杂合度为0.5523;EST-ssr平均检测到的等位基因数为2.8、Shannon指数为0.6985、观测杂合度为0.2330、期望杂合度为0.4684。聚类分析结果显示,EST-ssr相对genomic-ssr能更精准地鉴别基因型。研究结果表明,在标记多态性及基因型鉴别等方面EST-ssr与genomic-ssr均具有显著的遗传差异性。通过对两种分子标记遗传差异的比较分析,可为合理利用ssr标记进行物种遗传多样性等相关研究提供依据。

关键词：杨树 genomic-ssr EST-ssr 遗传差异性

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鹅掌楸genomic-ssr反应体系优化

林业科学研究 2013年第4期26卷 506-510页

作者：贾波徐海滨徐阳龙晓飞陈金慧施季森南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室江苏南京210037 中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所濒危药材繁育国家工程实验室北京100193

鹅掌楸属（Liriodendron L）,是木兰科（Magnoliaceae）植物,属古老属种之一。由于第三纪晚期气候剧变和更新世冰川作用,到目前为止仅剩中国马褂木（***（Hemsl.）Sarg.）和北美鹅掌楸（*** L.）两个残遗种[1]。鹅掌楸属植物在植物系统... 详细信息

鹅掌楸属（Liriodendron L）,是木兰科（Magnoliaceae）植物,属古老属种之一。由于第三纪晚期气候剧变和更新世冰川作用,到目前为止仅剩中国马褂木（***（Hemsl.）Sarg.）和北美鹅掌楸（*** L.）两个残遗种[1]。鹅掌楸属植物在植物系统学中有特殊地位,以及具有原始的花结构等,这使得它们成为研究植物进化、开花植物历史进程、群体结构以及交配系统等的理想材料[2-4]。此外,鹅掌楸植物具有重要的经济价值和生态价值[5]。除为生产提供优质木材外,还具较强抗性[6-7],内含丰富的医用化合物[8-9]以及生物质燃料的生[10-12]

关键词： genomic-ssr 鹅掌楸正交试验单因素梯度试验

Genetic diversity revealed by genomic-ssr and EST-ssr markers among common wheat, spelt and compactum

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Progress in Natural Science:Materials International 2005年第1期 25-34页

作者： YANG Xinquan, LIU Peng, HAN Zongfu, NI Zhongfu and SUN Qixin*(Department of Plant Genetics & Breeding, State Key Laboratory for Agrobiotechnology, China Agricultural University, Beijing 100094, China) Department of Plant Genetics & Breeding State Key Laboratory for Agrobiotechnology China Agricultural University Beijing 100094China

In this study, two ssr molecular markers, named genomic-ssr and EST-ssr, are used to measure the genetic diversity among three hexaploid wheat populations, which include 28 common wheat (Triticum aestivum L.), 13 spelt (Triticum spelta L.), and 11 compactum (Triticum compactum Host.). The results show that common wheat has the highest genetic polymorphism, followed by spelt and then compactum. The mean genetic distance between the populations is higher than that within a population, and similar tendency is detected for individual genomes A, B and D. Therefore, spelt and compactum can be used as potential germplasms for wheat breeding, especially for enriching the genetic variation in genome D. As compared with spelt, the genetic diversity between common wheat and compactum is much smaller, indicating a closer consanguine relationship between these two species. Although the polymorphism revealed by EST-ssr is lower than that by genomic-ssr, it can effectively differentiate diverse genotypes as well. Together with our present results, it is concluded that EST-ssr marker is an ideal marker for assessing the genetic diversity in wheat. Meanwhile, the origin and evolution of hexaploid wheat is also analyzed and discussed.

关键词： common wheat spelt compactum genomic-ssr EST-ssr genetic diversity.

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鸭茅基因组genomic-ssr标记开发

分子植物育种 2017年第10期15卷 4071-4079页

作者：李季黄琳凯金梦雅冯光燕赵欣欣聂刚潘玲唐露张新全四川农业大学动物科技学院成都611130

鸭茅是重要的冷季型禾本科牧草,而优质分子标记的缺乏制约了鸭茅分子育种的进程。本研究从鸭茅基因组序列中鉴定出78 984个ssr位点,其中单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸的ssr类型共占98.1%。共鉴定出212种重复基元,A/T、AG/CT、CCG/CGG、A... 详细信息

鸭茅是重要的冷季型禾本科牧草,而优质分子标记的缺乏制约了鸭茅分子育种的进程。本研究从鸭茅基因组序列中鉴定出78 984个ssr位点,其中单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸的ssr类型共占98.1%。共鉴定出212种重复基元,A/T、AG/CT、CCG/CGG、AGAT/ATCT、AAAAG/CTTTT和AGAGAT/ATCTCT分别为各重复类型中最丰富的重复基元。通过鉴定出的ssr位点开发出67 216对genomic-ssr引物,选取50对进行验证试验,其扩增成功率达94%,多态性比例44%。通过开发的genomic-ssr引物和EST-ssr引物在20个鸭茅品种(系)中进行试验,得到其引物多态性信息含量(PIC)平均值为0.370,分子标记指数(MI)为2.86。以上数据均高于通过鸭茅转录组开发的EST-ssr标记。证明本试验所开发的大量genomic-ssr标记是扩增成功率高、多态性强且高效率的分子标记,有望在鸭茅分子育种中发挥重要作用。

关键词： ssr标记基因组鸭茅 genomic-ssr EST-ssr

西花蓟马EST-ssr信息分析、标记筛选及其与genomic-ssr的多态性比较

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昆虫学报 2012年第6期55卷 634-640页

作者：段惠生张安盛赵传志于毅褚栋青岛农业大学农学与植物保护学院山东青岛266109 山东省农业科学院植物保护研究所济南250100 山东省农业科学院高新技术研究中心济南250100

西花蓟马Frankliniella occidentalis是一种世界性入侵昆虫,近年来传入我国并不断扩散蔓延。基于简单重复序列(simple sequence repeats,ssrs)的西花蓟马种群遗传结构研究对于揭示其传播途径等具有重要的指导价值。本研究对来源于西花... 详细信息

西花蓟马Frankliniella occidentalis是一种世界性入侵昆虫,近年来传入我国并不断扩散蔓延。基于简单重复序列(simple sequence repeats,ssrs)的西花蓟马种群遗传结构研究对于揭示其传播途径等具有重要的指导价值。本研究对来源于西花蓟马的13839条EST序列进行了uni-EST组装、EST-ssr信息分析以及标记筛选,并比较了EST-ssr与genomic-ssr在分析遗传多样性方面的差异。结果表明:在7707个singlets中共找到2623个ssr位点,分布于1930个uni-EST中,平均每2.21kb就出现一个ssr位点。重复单元中,以单碱基重复单元为主(83.00%),其次是四碱基重复单元(11.17%),而二、三、五和六碱基重复单元所占比例较低(分别为1.41%,0.80%,2.02%和0.91%)。设计出的22对EST-ssr引物中,4对引物能稳定扩增出清晰的目的条带;荧光标记毛细管电泳发现3对引物表现出多态性。西花蓟马EST-ssr与genomic-ssr多态性分析表明,这3对多态性EST-ssr引物揭示的多态信息含量(PIC)为0.48～0.69,比5对多态性genomic-ssr引物揭示的PIC(0.88～0.92)略低。本研究结果可为今后更深入开展西花蓟马的种群遗传结构分析提供帮助。

关键词：西花蓟马分子标记 EST-ssr genomic-ssr 荧光标记毛细管电泳多态性

梅花EST-ssr与genomic-ssr的比较研究

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西北农业学报 2011年第10期20卷 120-125页

作者：吴根松张启翔程汉武孙丽丹贺丹北京林业大学园林学院国家花卉工程技术研究中心北京100083 中国梅花研究中心武汉430074

利用EST-ssr与genomic-ssr标记技术对中国12个梅花品种的遗传多样性进行比较分析。结果表明,EST-ssr检测到的等位基因数、有效等位基因数、Shannon指数和PIC指数的平均值分别是3.9、2.4、0.9和0.4;genomic-ssr检测到的等位基因数、有效... 详细信息

利用EST-ssr与genomic-ssr标记技术对中国12个梅花品种的遗传多样性进行比较分析。结果表明,EST-ssr检测到的等位基因数、有效等位基因数、Shannon指数和PIC指数的平均值分别是3.9、2.4、0.9和0.4;genomic-ssr检测到的等位基因数、有效等位基因数、Shannon指数和PIC指数的平均值分别是6.0、4.1、1.5和0.7,聚类结果表明,EST-ssr和genomic-ssr均能有效鉴别所有的品种材料。这为梅花ssr分子标记的开发和应用奠定基础。

关键词：梅花 EST-ssr genomic-ssr

普通小麦genomic-ssr和EST-ssr分子标记遗传差异

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安徽农业科学 2007年第26期35卷 8173-8175,8183页

作者：李建明李洪杰柴守诚李秀全李立会西北农林科技大学农学院陕西杨凌712100 中国农业科学院作物科学研究所

[目的]探讨国内外的24份普通小麦品种间的遗传差异。[方法]以改进的酚-氯仿法提取国内外24份普通小麦品种基因组DNA,采用genomic-ssr和EST-ssr标记技术分析24份小麦品种的遗传多样性,并对2种评价方法进行分析比较。[结果]采用37对Genomi... 详细信息

[目的]探讨国内外的24份普通小麦品种间的遗传差异。[方法]以改进的酚-氯仿法提取国内外24份普通小麦品种基因组DNA,采用genomic-ssr和EST-ssr标记技术分析24份小麦品种的遗传多样性,并对2种评价方法进行分析比较。[结果]采用37对genomic-ssr引物对24份小麦基因型的38个位点进行扩增,24个位点共扩增出152个多态性片段,每个位点上平均片段数为5.85。采用67对EST-ssr引物对24个小麦基因型的78个位点进行扩增,37个位点共扩增出120个多态性片段,每个位点平均片段数为3.24.24份小麦品种的综合遗传距离为0.1541～0.7820,平均为0.4231。[结论]EST-ssr标记能更准确地反映出不同小麦基因型之间遗传差异和亲缘关系。

关键词：普通小麦遗传差异 genomic-ssr EST-ssr

genomic-ssr和EST-ssr在柱花草种间的遗传差异

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广东农业科学 2015年第14期42卷 106-113页

作者：丁西朋罗小燕邵辰光张龙王文强白昌军中国热带农业科学院热带作物品种资源研究所海南儋州571737 云南农业大学动物科学技术学院云南昆明650201

为了探讨genomic-ssr与EST-ssr标记在柱花草种间的遗传差异,利用两种ssr标记技术,对来自不同种的12份柱花草种质进行了遗传分析,并对两种不同标记进行比较。结果表明:EST-ssr标记相比genomic-ssr在柱花草不同种间具有更好的通用性,EST-... 详细信息

为了探讨genomic-ssr与EST-ssr标记在柱花草种间的遗传差异,利用两种ssr标记技术,对来自不同种的12份柱花草种质进行了遗传分析,并对两种不同标记进行比较。结果表明:EST-ssr标记相比genomic-ssr在柱花草不同种间具有更好的通用性,EST-ssr检测到的等位基因数和PIC指数平均值分别是4.6和0.610,genomic-ssr检测到的等位基因数和PIC指数平均值分别是5.6和0.702。聚类结果表明,genomic-ssr和EST-ssr均能有效鉴别所有供试柱花草种质。

关键词：柱花草 EST-ssr genomic-ssr 遗传差异

刺槐genomic-ssr与EST-ssr遗传差异性分析

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中国农学通报 2019年第19期35卷 49-57页

作者：董黎张江涛文彦忠牛东升田书勇孙宇涵李云林木育种国家工程实验室/北京林业大学生物科学与技术学院北京100083 河南省林业科学研究院郑州450008 吉县林木良种繁育场山西吉县042200 国有冠县苗圃山东冠县252500

为在刺槐育种研究中合理选用不同来源的ssr分子标记,选取12个刺槐个体,试剂盒提取DNA后分别利用9对genomic-ssr引物和9对EST-ssr引物进行扩增,并采取毛细管电泳检测扩增产物。利用所得条带信息及相关软件对2种ssr分子标记进行多态性、... 详细信息

为在刺槐育种研究中合理选用不同来源的ssr分子标记,选取12个刺槐个体,试剂盒提取DNA后分别利用9对genomic-ssr引物和9对EST-ssr引物进行扩增,并采取毛细管电泳检测扩增产物。利用所得条带信息及相关软件对2种ssr分子标记进行多态性、遗传相似系数相关性以及聚类等方面的比较分析。结果显示,刺槐genomic-ssr平均检测到的条带数为6、Shannon多样性指数为1.3833、观测杂合度为0.5749、期望杂合度为0.6832;EST-ssr平均检测到的条带数为5.1、Shannon多样性指数为1.2711、观测杂合度为0.5648、期望杂合度为0.6526。由genomic-ssr计算得到的个体间的遗传相似系数以及聚类结果与2种ssr标记综合计算得到的遗传相似系数和聚类结果更为相似。结果表明,刺槐genomic-ssr与EST-ssr存在一定的遗传差异性,但差异并不显著;刺槐genomic-ssr能更加准确地揭示基因型之间的遗传关系;刺槐EST-ssr具有相对较强的保守性。

关键词：刺槐 genomic-ssr EST-ssr 遗传相似系数遗传差异性