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OrthoGNC:A Software for Accurate Identi?cation of Orthologs Based on Gene Neighborhood Conservation

genomics, Proteomics & Bioinformatics 2017年第6期15卷 361-370页

作者： Soheil Jahangiri-Tazehkand Limsoon Wong Changiz Eslahchi Department of Computer Science Shahid Beheshti UniversityTehran ***Iran School of Computing National University of SingaporeSingapore 117417Singapore

Orthology relations can be used to transfer annotations from one gene （or protein） to another. Hence, detecting orthology relations has become an important task in the post-genomic era. Various genomic events, such as duplication and horizontal gene transfer, can cause erroneous assignment of orthology relations. In closely-related species, gene neighborhood information can be used to resolve many ambiguities in orthology inference. Here we present OrthoGNC, a software for accurately predicting pairwise orthology relations based on gene neighborhood conservation. Analyses on simulated and real data reveal the high accuracy of OrthoGNC. In addition to orthol- ogy detection, OrthoGNC can be employed to investigate the conservation of genomic context among potential orthologs detected by other methods. OrthoGNC is freely available online at http：//***/softwares/orthognc and http：//***/orthoGNC.

关键词： Orthotogy Homology Gene neighborhood conser-vation genomic context Comparative genomics

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