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TripletGO: Integrating Transcript Expression Profiles with Protein Homology Inferences for gene function Prediction

Genomics, Proteomics & Bioinformatics 2022年第5期20卷 1013-1027页

作者： Yi-Heng Zhu Chengxin Zhang Yan Liu Gilbert S.Omenn Peter L.Freddolino Dong-Jun Yu Yang Zhang School of Computer Science and Engineering Nanjing University of Science and TechnologyNanjing 210094China Department of Computational Medicine and Bioinformatics University of MichiganAnn ArborMI 48109USA Departments of Internal Medicine and Human genetics and School of Public HealthUniversity of MichiganAnn ArborMI 48109USA Department of Biological Chemistry University of MichiganAnn ArborMI 48109USA

gene Ontology(GO)has been widely used to annotate functions of genes and gene ***,we proposed a new method,Triplet GO,to deduce GO terms of protein-coding and noncoding genes,through the integration of four complementary pipelines built on transcript expression profile,genetic sequence alignment,protein sequence alignment,and naīve *** GO was tested on a large set of 5754 genes from 8 species(human,mouse,Arabidopsis,rat,fly,budding yeast,fission yeast,and nematoda)and 2433 proteins with available expression data from the third Critical Assessment of Protein function annotation challenge(CAFA3).Experimental results show that Triplet GO achieves function annotation accuracy significantly beyond the current state-of-the-art *** analyses show that the major advantage of Triplet GO lies in the coupling of a new triplet network-based profiling method with the feature space mapping technique,which can accurately recognize function patterns from transcript expression ***,the combination of multiple complementary models,especially those from transcript expression and protein-level alignments,improves the coverage and accuracy of the final GO annotation *** standalone package and an online server of Triplet GO are freely available at https://***/Triplet GO/.

关键词： gene function annotation gene Ontology Transcript expression profile Triplet network Protein-level alignment

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