检索结果-南通市图书馆

维普期刊数据库博看期刊

基于咽部分泌物蛋白质组学分析的术后咽痛机制研究

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

山西医科大学学报 2024年第6期55卷 740-745页

作者：李梦鸽张晨源赵子鑫苏学森苑昕田首元山西医科大学麻醉学院太原030001 山西医科大学第一临床医学院山西医科大学第一医院麻醉科中国医学科学院肿瘤医院山西医院

目的筛选术后咽痛(postoperative sore throat, POST)病理过程中的差异表达的蛋白质,探讨POST的发生机制。方法收集山西医科大学第一医院择期手术行全身麻醉气管插管患者的咽部分泌物20例,根据其术后24 h是否发生咽痛将其分为咽痛组(P... 详细信息

目的筛选术后咽痛(postoperative sore throat, POST)病理过程中的差异表达的蛋白质,探讨POST的发生机制。方法收集山西医科大学第一医院择期手术行全身麻醉气管插管患者的咽部分泌物20例,根据其术后24 h是否发生咽痛将其分为咽痛组(POST组)和非咽痛组(对照组),各10例,并进行蛋白定量分析,筛选出样本中的差异蛋白谱,对差异蛋白进行基因本体论(gene ontology, go)注释及京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG)通路分析。结果 POST组和对照组共同鉴定到3 419个蛋白,显著上调的蛋白有190个,显著下调的蛋白有16个。go注释提示差异蛋白主要参与细胞的代谢、生物调节过程、应激反应及免疫过程。KEGG富集分析提示差异蛋白主要富集于Wnt、泛素介导的蛋白水解及氧化磷酸化等信号通路。结论 POST涉及的生物学过程较多,其中Wnt信号通路与疼痛关系密切,因此POST可能是通过该通路介导的结果。

关键词：术后咽痛蛋白质组学 Wnt信号通路咽部分泌物 go注释 KEGG富集分析

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

大规模go注释的生物信息学流程

厦门大学学报（自然科学版） 2012年第1期51卷 139-143页

作者：黄子夏柯才焕陈军厦门大学海洋与环境学院福建厦门361005

随着新一代测序技术的不断发展,海量的序列数据将为生物学研究者挖掘基因信息提供巨大的资源.信息挖掘的一项重要工作是对序列进行功能注释,其中最重要的功能注释方式是基因本体论(Gene Ontology,go)的注释.利用生物信息学方法和软件工... 详细信息

随着新一代测序技术的不断发展,海量的序列数据将为生物学研究者挖掘基因信息提供巨大的资源.信息挖掘的一项重要工作是对序列进行功能注释,其中最重要的功能注释方式是基因本体论(Gene Ontology,go)的注释.利用生物信息学方法和软件工具集成了针对EST序列的大规模go注释流程(large-scale go annotation pipeline,LSGAP).该流程集合了BLAST、B2g4pipe以及Wego等软件和Swissprot、Nr或Interpro等常用蛋白数据库.用户可以将EST序列通过此流程最终获得可视化的go分类统计图表,直观地显示基因在不同过程中的参与情况.为了验证LSGAP的准确性,对2007年发表的美洲牡蛎(Crassostrea Virginica)的EST序列进行了LSGAP分析,结果表明go分析非常准确有效.通过与Blast2go和goBlast等go注释软件进行比较,LSGAP流程具有可以本地化运行BLAST、对硬件要求低和运行时间短等诸多优势,因此LSGAP流程是科研人员进行基因功能挖掘的有效工具.

关键词： LSGAP go注释基因功能生物信息学

基于转录组测序数据分析及高通量go注释理论的研究

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

安徽农业科学 2018年第31期46卷 88-91,100页

作者：刘粉香杨文国孙勤红南京工业职业技术学院江苏南京210023 三江学院江苏南京210012 南京中医药大学江苏南京210023

随着二代测序技术的快速发展,转录组测序在越来越多的动植物中完成,人们获得了大批量的转录组数据序列。如何从这些海量的序列数据中挖掘具有生物意义的信息已成为很多研究的关键所在,对未知基因的功能进行预测和注释就是其中一个重要... 详细信息

随着二代测序技术的快速发展,转录组测序在越来越多的动植物中完成,人们获得了大批量的转录组数据序列。如何从这些海量的序列数据中挖掘具有生物意义的信息已成为很多研究的关键所在,对未知基因的功能进行预测和注释就是其中一个重要的问题。转录组序列的功能注释是功能基因组学研究的一项重要内容,基因本体论(gene ontology,go)注释目前是一种最重要的功能注释方式。介绍了利用生物信息学软件进行转录组测序数据分析过程,包括数据质量控制和过滤、从头拼接(De novo assembly)、同源比对以及大规模go注释,为从事转录组测序特别是非模式植物转录组测序研究者在数据分析方面提供参考。

关键词：二代测序转录组从头拼接 go注释

旋毛虫新生幼虫可溶性抗原的免疫蛋白组学分析

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

中国寄生虫学与寄生虫病杂志 2023年第2期41卷 176-182,191页

作者：郝会囡程永康张茹韩璐璐宋艳艳龙绍蓉刘若丹张玺王中全崔晶郑州大学基础医学院病原生物学系河南郑州450001

目的鉴定能被旋毛虫感染血清识别的新生幼虫蛋白,为抗新生幼虫疫苗筛选候选抗原。方法从感染旋毛虫的BALB/c小鼠肠道收集成虫,培养后收集新生幼虫,制备新生幼虫可溶性性抗原,通过蛋白质免疫印迹(Western blotting)筛选出能被旋毛虫感... 详细信息

目的鉴定能被旋毛虫感染血清识别的新生幼虫蛋白,为抗新生幼虫疫苗筛选候选抗原。方法从感染旋毛虫的BALB/c小鼠肠道收集成虫,培养后收集新生幼虫,制备新生幼虫可溶性性抗原,通过蛋白质免疫印迹(Western blotting)筛选出能被旋毛虫感染小鼠血清识别的新生幼虫可溶性抗原蛋白带进行液相色谱串联质谱(LC-MS/MS)鉴定,并与Uniprot数据库中的旋毛虫数据进行比对,利用生物信息学在线网站分析所鉴定的旋毛虫蛋白的理化性质,使用WEgo在线软件对匹配的蛋白进行基因本体(go)分类。收集旋毛虫肌幼虫、肠道感染性幼虫(感染后6 h)、成虫(感染后2 d)和新生幼虫等不同发育期的虫体,提取虫体总RNA,反转录为cDNA。qPCR扩增旋毛虫C型凝集素(CTL)、钙网蛋白(CRT)、锌指蛋白(ZFP)和丙酮酸激酶(PK)基因,以甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)基因为内参,以肌幼虫的相对转录水平为对照,比较4个旋毛虫基因在不同发育期的相对转录水平。不同发育期相对转录水平的比较采用单因素方差分析。结果 Western blotting结果显示,新生幼虫可溶性抗原的11条蛋白条带中有4条被旋毛虫感染血清识别,相对分子质量分别为Mr99 700、 79 600、 68 900和46 000;LC-MS/MS鉴定出353种旋毛虫蛋白,其中166种蛋白(47.0%)为Mr40 000~70 000, 182种蛋白(51.8%)的等电点为5~6, 31种蛋白有信号肽,58种蛋白有跨膜结构域。go分析结果显示,353种旋毛虫蛋白中,285种蛋白有功能注释,其中177种蛋白(62.1%)具有催化活性,192种蛋白(67.4%)具有结合活性,158种蛋白(55.4%)参与代谢过程,149种蛋白(52.3%)参与细胞转化过程。qPCR结果显示,以旋毛虫肌幼虫的相对转录水平为对照,肠道感染性幼虫、成虫和新生幼虫的CTL基因相对转录水平分别为140.99%、90.99%和65.71%(F=1 875.105,P?0.01), CRT基因分别为79.33%、 41.59%和58.58%(F=2 192.665, P?0.01), ZFP基因分别为64.93%、105.36%和126.74%(F=475.836, P?0.01), PK基因分别为73.93%、 98.09%和43.19%(F=1 373.743,P?0.01)。结论鉴定获得能被旋毛虫感染血清识别的新生幼虫蛋白353种,其参与了旋毛虫生长发育、免疫逃避及侵袭宿主等过程,有可能成为抗新生幼虫疫苗的候选靶分子。

关键词：旋毛虫新生幼虫免疫蛋白组学 LC-MS/MS go注释

基于SNP基因分型的宁夏野生酸枣抗旱性状QTL定位

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

基于SNP基因分型的宁夏野生酸枣抗旱性状QTL定位

作者：张悦宁夏大学

学位级别：硕士

野生酸枣(Zizyphus jujuba Mill.***.spinosa)喜光、耐旱、耐贫瘠、易成活,生态适应性良好,但由于人们对野生酸枣缺乏认识,导致野生酸枣种质资源的保护与开发利用不足。本研究以宁夏5个野生酸枣种群的150棵野生酸枣树的叶片为试验材料,... 详细信息

野生酸枣(Zizyphus jujuba Mill.***.spinosa)喜光、耐旱、耐贫瘠、易成活,生态适应性良好,但由于人们对野生酸枣缺乏认识,导致野生酸枣种质资源的保护与开发利用不足。本研究以宁夏5个野生酸枣种群的150棵野生酸枣树的叶片为试验材料,研究了宁夏野生酸枣的9个抗旱性状的遗传多样性及相关性,并利用全基因组关联分析(GWAS),对与宁夏野生酸枣抗旱性状相关功能基因进行了 QTL定位,为开发宁夏野生酸枣种质资源奠定了基础。主要的研究结果如下:(1)对宁夏野生酸枣的9个抗旱性状进行统计与遗传多样性分析,结果表明,9个抗旱性状的数值呈正态或偏正态分布,变异系数在14.76%～62.17%之间,遗传多样性指数在1.55～2.06之间,广义遗传力在0.835～0.990之间,各性状之间存在一定的相关性,9个抗旱性状的相关系数在-0.489～0.425 之间。(2)遗传结构分析表明,在K=9时,可以将150棵酸枣树分为5个类群,9个亚群,其中第一、三个亚群的野生酸枣均来自于灵武白芨滩种群,第二个亚群的野生酸枣来自于中卫日照山种群,第四、五个亚群的野生酸枣来自于贺兰山滚钟口种群,第六、七个亚群来自于中宁牛首山种群,在第九个亚群中有一株野生酸枣来自于中卫日照山种群,其余的第八、九个亚群的野生酸枣均来自于吴忠红寺堡种群。(3)通过GWAS分析,共定位出与宁夏野生酸枣叶片抗旱性状相关的12个QTL位点与162个基因,12个QTL位点分别位于第1,2,6,8,12号染色体以及染色体骨架790上,这些QTL位点的表型解释率在20.743%～50.365%之间。在1号染色体上存在2个与丙二醛含量相关的QTL位点qMDA1-14073170、qMDA1-14278147,其表型解释率分别为28.826%与24.920%,在2号染色体上存在1个与脯氨酸含量相关的QTL位点qPRO2-3598885,其表型解释率为42.204%,在6号染色体上存在3个与叶绿素相关的QTL位点,分别为qCHL6-1529704、qCHL6-1529745、qCHL6-1548799,表型解释率分别为21.222%、21.222%、20.743%;在8号染色体上存在1个与叶刺长相关的QTL位点qLTL8-12185053、2个与丙二醛含量相关的QTL位点qMDA8-19635461、qMDA8-19686893,其表型解释率分别为26.965%、25.517%、27.635%;在12号染色体上存在2个与SOD活性相关的QTL位点qSOD12-17851535与qSOD12-17851881,表型解释率分别为48.335%与50.365%;在染色体骨架790上存在1个与细胞膜透性相关的QTL位点qRELS790-71987,其表型解释率为26.539%。(4)通过基因的go功能注释,共筛选出5个可能与宁夏野生酸枣抗旱性状相关的关键基因,分别为ZjMYB44、ZjUCLOC107419974、ZjDnaJ50、ZjUCHL22 与ZjHSTFB-2b基因,根据生信分析,ZjDnaJ50基因具有一个信号肽与两个跨膜区域,而其它基因均没有信号肽与跨膜区域;且5个基因在5个野生酸枣种群的表达量均存在一定的差异。

关键词：野生酸枣抗旱性 GWAS分析 QTL定位 go注释

基于网络药理学探讨黄芪治疗糖尿病肾病作用机制

同方学位论文库评论

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

中草药 2020年第11期51卷 2988-2996页

作者：宋建波廖晖李元平山西省人民医院药学部山西太原030012

目的利用网络药理学方法研究黄芪治疗糖尿病肾病(DN)的作用机制。方法以化合物的口服生物利用度(OB)和类药性(DL)为标准,依据中药药理学技术平台(TCMSP)数据库、小分子靶点预测平台(Swiss Target Prediction)、人类基因组注释数据库(Gen... 详细信息

目的利用网络药理学方法研究黄芪治疗糖尿病肾病(DN)的作用机制。方法以化合物的口服生物利用度(OB)和类药性(DL)为标准,依据中药药理学技术平台(TCMSP)数据库、小分子靶点预测平台(Swiss Target Prediction)、人类基因组注释数据库(Genecards)预测和筛选黄芪的活性成分及治疗DN的作用靶点。采用Metascape数据库对作用靶点的基因本体(go)注释和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路进行富集分析和蛋白功能归属。结果从黄芪中筛选得到槲皮素、山柰酚、异鼠李素、芒柄花素、黄芪皂苷I^IV等24个活性成分,作用于172个DN靶点,筛选出表皮生长因子受体、血管内皮生长因子受体、丝裂原活化蛋白激酶、白细胞介素-6、肿瘤坏死因子等18个关键靶点。调节晚期糖基化终末产物及其受体(AGEs-RAGE)介导的信号通路、磷酯酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B/叉头框转录因子O(PI3K/Akt/Fox O)信号通路、核转录因子-κB(NF-κB)信号通路、Janus激酶/信号转导子和转录激活因子信号通路等关键代谢通路。参与物质代谢、氧化还原、信号转导、炎症反应等多种生物过程。结论黄芪及其活性成分通过多个靶点、多条通路发挥治疗DN的作用。

关键词：黄芪糖尿病肾病网络药理学富集分析作用机制口服生物利用度类药性 go注释 KEGG通路富集分析槲皮素黄芪皂苷山柰酚异鼠李素芒柄花素内皮生长因子受体丝裂原活化蛋白激酶

大白菜与结球甘蓝多态性EST-SSRs标记筛选及其EST序列分析

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

农业生物技术学报 2015年第8期23卷 1040-1048页

作者：石丽娟许愿超秦艳梅顾爱侠赵建军申书兴王彦华王玉海河北农业大学河北省蔬菜种质创新与利用重点实验室河北省农林科学院经济作物研究所

为了实现大白菜遗传背景下结球甘蓝染色体、染色体片段的准确鉴定,探索结球甘蓝遗传物质的添加对大白菜的影响,本研究以不同类型大白菜(Brassica rapa,AA)和结球甘蓝(Brassica oleracea,CC)为材料,对来自结球甘蓝的797个表达序列标签简... 详细信息

为了实现大白菜遗传背景下结球甘蓝染色体、染色体片段的准确鉴定,探索结球甘蓝遗传物质的添加对大白菜的影响,本研究以不同类型大白菜(Brassica rapa,AA)和结球甘蓝(Brassica oleracea,CC)为材料,对来自结球甘蓝的797个表达序列标签简单序列重复(expressed sequence tag SSR,EST-SSRs)标记进行筛选,获得了269个结球甘蓝相对于大白菜具有多态性的标记。选取其中扩增产物清晰稳定和多态性差异明显的176个EST-SSRs,对其对应的EST序列进行BLAST分析,将EST序列与基因本体(Gene Ontology,go)、京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)数据库比对,获得EST序列的注释信息,其中属于细胞组件C有124条,占总数的12.29%,属于分子功能F有184条,占总数的18.24%,属于生物学途径P有688条占总数的68.19%,未知功能N有13条,占总数的1.29%。EST序列参与的生物学过程方面的功能主要集中在细胞过程、代谢过程、生物调节和刺激应答、系统形态构成、信号转导与信号传递系统、免疫系统等方面。结球甘蓝相对于大白菜多态性的EST-SSRs标记的获得,为大白菜—结球甘蓝异附加系、易位系中附加的结球甘蓝染色体及染色体片段的鉴定奠定了基础。本研究建立了EST-SSRs标记靶向基因的功能注释,为进一步推断结球甘蓝遗传物质的添加对大白菜性状的影响提供参考。

关键词：大白菜结球甘蓝 EST-SSRs 多态性标记 go注释 KEGG分析

在线全文

同方期刊数据库

学校读者我要写书评

暂无评论

玉米穗粒腐病差异表达基因的生物信息学分析

玉米科学 2013年第5期21卷 46-51页

作者：袁广胜杜娟高健张志明潘光堂四川农业大学玉米研究所四川雅安625014

结合基因功能分类体系(Gene Ontology,go)对筛选得到的玉米穗粒腐病差异表达基因片段进行全面生物学功能注释。以抗玉米穗粒腐病的自交系Bt-1为材料,接种串珠镰刀菌(Fusarium moniliforme),对接菌后96 h的玉米苞叶样品以玉米全基因组基... 详细信息

结合基因功能分类体系(Gene Ontology,go)对筛选得到的玉米穗粒腐病差异表达基因片段进行全面生物学功能注释。以抗玉米穗粒腐病的自交系Bt-1为材料,接种串珠镰刀菌(Fusarium moniliforme),对接菌后96 h的玉米苞叶样品以玉米全基因组基因芯片进行大规模筛选,利用分子注释系统(Molecular Annotation System,MAS)对筛选得到的基因片段进行go分子功能注释,分析特征基因的功能。结果表明,利用基因芯片从抗性材料Bt-1中获得的482条差异代表序列,go注释获得大量重要信息,对应的基因注释包括分子功能、生物过程和细胞组分3个层次。go能够准确预测与玉米穗粒腐病相关抗病基因的功能,对于了解表达基因之间的相互关系和深入挖掘、理解高通量数据等方面的具有重大帮助,是研究抗病基因不可或缺的生物学信息手段。

关键词：玉米穗粒腐基因芯片串珠镰刀菌 go注释

基于高密度大豆SNP遗传图谱的蛋白质和脂肪含量QTL定位及基因注释

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

大豆科学 2021年第2期40卷 149-158页

作者：刘家伶张君韩笑李雪莹姚丹宋阳张卓杨松楠吉林农业大学农学院吉林长春130118

为构建脂肪和蛋白含量上存在显著差异的大豆高密度遗传图谱,并对其进行基于SNP标记的QTL定位及定位区间内的基因注释,本研究以吉农45为母本、绥农76为父本杂交获得的F2代分离群体为基础,通过靶向测序基因型分型技术获得SNP标记,构建高... 详细信息

为构建脂肪和蛋白含量上存在显著差异的大豆高密度遗传图谱,并对其进行基于SNP标记的QTL定位及定位区间内的基因注释,本研究以吉农45为母本、绥农76为父本杂交获得的F2代分离群体为基础,通过靶向测序基因型分型技术获得SNP标记,构建高密度遗传图谱,结合群体籽粒脂肪和蛋白含量,采用复合区间作图法(CIM)和完备区间作图法(ICIM)进行QTL定位,并根据SNP标记提供的染色体物理位置信息确定QTL所在的物理区间,利用Soybase和Phytozome数据库对区间进行基因挖掘、注释和筛选。结果表明:共获得2399个多态性分子标记,构建了总图距为1020.5 cM、标记间平均距离为0.61 cM的遗传图谱。CIM法共检测到4个QTL,其中2个蛋白质含量位点分别为qPro-11-1和qPro-11-2,2个脂肪含量位点分别为qOil-7-1和qOil-19-1,贡献率为1.31%~21.69%。ICIM法共检测到3个QTL,其中2个蛋白质含量位点分别为qPro-11-3和qPro-14-1,1个脂肪含量位点为qOil-16-1,贡献率为8.41%~17.83%。通过基因注释,在6个物理区间内分别筛选到26,29,6,1,124和36个与脂肪和蛋白贮藏、油脂生物合成、油分代谢过程、脂肪酸生物合成、种子发育和种子萌发相关的基因。在定位的6个不同位点中,与脂肪含量相关的QTL分别位于7,16和19号染色体,与蛋白质含量相关的QTL分别位于11和14号染色体。有4个位点与前人定位结果相似,qPro-11-2和qPro-14-1为新位点。

关键词： SNP 蛋白质脂肪遗传图谱 QTL定位 go注释