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4份临床样品中羊口疮病毒F1L、B2L和gif基因的进化分析

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福建农业学报 2022年第6期37卷 748-753页

作者：林裕胜刘维巍张龙江锦秀张靖鹏刘庆华胡奇林福建省农业科学院畜牧兽医研究所福建福州350013 福建农林大学动物科学学院福建福州350002

【目的】研究2021年福建省部分羊场羊口疮病毒(Orf virus,ORFV)分子流行病学情况。【方法】对2021年采集的4份病料经PCR鉴定ORFV阳性的临床样品分别克隆其F1L、B2L和gif基因,将获得的克隆质粒送往测序公司进行测序,将测序拼接后的序列... 详细信息

【目的】研究2021年福建省部分羊场羊口疮病毒(Orf virus,ORFV)分子流行病学情况。【方法】对2021年采集的4份病料经PCR鉴定ORFV阳性的临床样品分别克隆其F1L、B2L和gif基因,将获得的克隆质粒送往测序公司进行测序,将测序拼接后的序列上传至GenBank数据库中,利用生物信息学软件进行对比分析。【结果】4份临床样品中ORFV的F1L、B2L和gif基因核苷酸序列相似性分别为98.0%~98.8%、98.4%~99.5%和97.2%~99.6%;与国内流行毒株核苷酸序列相似性分别为97.4%~99.4%、97.4%~99.9%和95.7%~99.0%;与国外流行毒株核苷酸序列相似性分别为97.5%~98.6%、97.9%~98.9%和95.6%~98.0%;与德国D1701弱毒株核苷酸序列相似性分别为96.5%~96.8%、98.0%~98.7%和96.0%~96.4%,与NZ2参考株核苷酸序列相似性分别为97.7%~98.1%、97.5%~98.1%和95.9%~96.1%。遗传进化树结果显示4份临床样品中ORFV与吉林(NA17、SY17和CL18株)、福建SJ1株和印度MP株亲缘关系较近;与美国OV-IA82株、德国D1701弱毒株、新西兰NZ2参考株和中国疫苗株亲缘关系较远;表明当前流行毒株可能是本省毒株、国内吉林GZ18株和国外印度MP株的重组毒株。【结论】获得4份临床样品中ORFV B2L、F1L和gif基因序列并上传至GenBank数据库中,丰富了ORFV相关基因序列的数据库,同时阐明福建省部分羊场当前ORFV的流行特征,为福建省今后有效防控Orf提供理论依据。

关键词：羊口疮病毒 F1L基因 B2L基因 gif基因进化分析

羊传染性脓疱病毒疫苗株和野毒株gif基因比较分析

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畜牧与兽医 2020年第3期52卷 91-96页

作者：张大俊卢炳州闫鸣昊郝军红郑海学刘湘涛张克山中国农业科学院兰州兽医研究所家畜疫病病原生物学国家重点实验室/国家口蹄疫参考实验室甘肃兰州730046

羊传染性脓疱(orf)是由羊传染性脓疱病毒(orf virus,ORFV)感染引起的绵羊和山羊的一种接触性人兽共患病。粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子(GM-CSF)/白细胞介素(IL-2)抑制因子(gif)基因为ORFV编码中晚期病毒基因,它能够与GM-CSF、IL-2结合... 详细信息

羊传染性脓疱(orf)是由羊传染性脓疱病毒(orf virus,ORFV)感染引起的绵羊和山羊的一种接触性人兽共患病。粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子(GM-CSF)/白细胞介素(IL-2)抑制因子(gif)基因为ORFV编码中晚期病毒基因,它能够与GM-CSF、IL-2结合并且抑制二者的活性,从而抑制宿主抗病毒作用。为了比较疫苗毒株和流行毒株间gif的差异,本试验扩增并测定了ORFV疫苗株和野毒株的gif基因序列,比较分析了ORFV疫苗弱毒株和野毒株gif基因的核酸水平和氨基酸水平的差异情况,以及二、三级蛋白结构。结果表明:本次测定的ORFV疫苗株与野毒gif基因核苷酸序列相似性为94.3%,氨基酸序列相似性为92.5%,两者的蛋白三级结构预测上也有差异。本研究结果为该病的防控提供了参考依据。

关键词：羊传染性脓疱病毒野毒株疫苗株 gif基因

羊传染性脓疱病毒gif基因的克隆及序列分析

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羊传染性脓疱病毒GIF基因的克隆及序列分析

作者：鲁燕内蒙古农业大学

学位级别：硕士

根据已发表的羊传染性脓疱病毒NZ2株的基因序列,应用计算机程序设计合成一对针对羊传染性脓疱病毒gif基因的特异性引物,对羊传染性脓疱病毒内蒙分离株OV-nm-05进行PCR扩增,扩增产物与pEASY—T1载体连接,转化至感受态大肠杆菌DH5a中,成... 详细信息

根据已发表的羊传染性脓疱病毒NZ2株的基因序列,应用计算机程序设计合成一对针对羊传染性脓疱病毒gif基因的特异性引物,对羊传染性脓疱病毒内蒙分离株OV-nm-05进行PCR扩增,扩增产物与pEASY—T1载体连接,转化至感受态大肠杆菌DH5a中,成功得到gif基因的阳性克隆,送测序公司进行测序得到该病毒gif的基因序列。该病毒gif基因序列长约1280bp左右,其中包括gif基因的编码区和左右两边的非编码区。应用计算机软件将测定的基因序列及其推导的氨基酸序列与7株参考毒株进行比较。结果表明,内蒙古分离株0V-nm-05碱基序列与OV-NZ2、OV-D1701、OV-IA82、 OV-SAOO、OV-F07.808R、OV-MUK59/05、 OV-F94.848R的同源性分别为95.7%、98.2%、96.7%、95.5%、95.9%、95.5%、95.1%;氨基酸序列同源性分别为95.1%、90.2%、95.1%、94.7%、94.7%、95.1%、93.6%。说明羊传染性脓疱内蒙古分离毒株0V-nm-05的gif基因与7株参考毒株之间差异不大。

关键词：羊传染性脓疱病毒 gif基因 PCR 克隆序列分析

滇水金凤花距发育相关基因gif的克隆及表达分析

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植物生理学报 2023年第6期59卷 1117-1124页

作者：蔡斌魏春梅刘婕李新艺李洋黄海泉黄美娟西南林业大学园林园艺学院国家林业和草原局西南风景园林工程技术工程研究中心云南省功能性花卉资源及产业化技术工程研究中心西南林业大学园林园艺花卉研发中心昆明650224

gif(GRF-interacting factor)是植物体内特有的转录共激活因子之一,对植物生长发育调控具有重要作用。本研究以滇水金凤(Impatiens uliginosa)花距为材料,采用RT-PCR等技术克隆得到gif基因的2个拷贝,命名为Iugif1和Iugif2,其cDNA序列全... 详细信息

gif(GRF-interacting factor)是植物体内特有的转录共激活因子之一,对植物生长发育调控具有重要作用。本研究以滇水金凤(Impatiens uliginosa)花距为材料,采用RT-PCR等技术克隆得到gif基因的2个拷贝,命名为Iugif1和Iugif2,其cDNA序列全长分别为591和540 bp,分别编码196和179 aa。对其编码蛋白进行生物信息学分析,发现2个gif蛋白均属于亲水性不稳定蛋白,且均具有SSXT超家族典型的保守结构域。多序列比对发现,Iugif1和Iugif2所编码的氨基酸序列与烟草、松蒿以及茶树等物种的同源性达54%左右。系统进化分析表明,Iugif1基因和Iugif2基因单独分为两支,其中Iugif1与林烟草亲缘关系最近,而Iugif2与松蒿亲缘关系最近,推测两者为旁系同源关系。qRT-PCR分析表明,随着花距发育,Iugif1和Iugif2基因在花距距部的表达量均呈下降趋势,且Iugif1在两个部位的表达均高于Iugif2,推测Iugif1对促进花距檐部和距部细胞生长作用强于Iugif2基因。此外,Iugif1在始花期尖部的表达量最高,随着花距的发育逐渐降低,可能与Iugif1在花距尖部的发育中发挥重要作用有关;而Iugif2在始花期花距弯部中表达量最高,随着花距的发育逐渐降低,可能与Iugif2在花距弯部的发育中发挥重要作用有关。综上表明,Iugif1基因对花距发育的作用强于Iugif2基因;Iugif1主要在花距尖部发育中发挥着重要作用,而Iugif2基因主要对花距弯部发育起重要作用。

关键词：滇水金凤花距发育 gif基因基因克隆表达分析