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大白猪及巴马香猪ghrh基因的SNPs筛选及其与体尺的相关性分析

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吉林农业大学学报 2019年第3期41卷 346-351页

作者：李常红孙安琪刘号义程云云白城师范学院生命科学学院白城137000 华南农业大学动物科学学院广州510642

为了解影响猪生长和体尺的重要候选基因(ghrh基因)多态性与猪体尺的相关性,选取大白猪为大型猪的代表,巴马香猪为小型猪的代表,利用测序法筛查了两猪种间ghrh基因上存在的SNPs,统计了各个SNP在2个猪种的基因型频率及等位基因频率,然后... 详细信息

为了解影响猪生长和体尺的重要候选基因(ghrh基因)多态性与猪体尺的相关性,选取大白猪为大型猪的代表,巴马香猪为小型猪的代表,利用测序法筛查了两猪种间ghrh基因上存在的SNPs,统计了各个SNP在2个猪种的基因型频率及等位基因频率,然后基于基因型频率对每个SNP与猪体型的相关性进行分析,并将筛选到的与猪体型相关的SNPs进行连锁不平衡及单倍型分析。结果表明:共有7个SNPs存在于两猪种间,分别为g.1874A>C、g.2276A>G、g.4165C>-、g.4238T>C、g.8079I>-(GTGCTGGCGTGAG缺失)、g.8114A>G及g.8178A>G,且这些SNPs均与猪体尺性状显著相关,其中g.2276A>G和g.4165C>-存在连锁效应,并且大白猪形成的优势单倍型为AC,而巴马香猪为G-型,单倍型频率在两猪种间存在极显著差异(P基因内含子4的3个位点(g.8079I>-、g.8114A>G及g.8178A>G)在大白猪中形成的单倍型为-GA,而巴马香猪为IAG,单倍型频率在两猪种间存在极显著差异(Pghrh基因上存在的SNPs与猪体尺相关,可作为猪种遗传性状及育种的筛选标记,将为提高养猪经济效益及猪育种提供理论依据。

关键词： ghrh基因猪体尺单核苷酸多态性连锁不平衡

SST和ghrh基因与高血压、脑卒中关系及IGF1信号通路多基因交互作用研究

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SST和GHRH基因与高血压、脑卒中关系及IGF1信号通路多基因交互作...

作者：朱汇皖南医学院

学位级别：硕士

第一部分:SST和ghrh基因与高血压及脑卒中的关系目的:本研究旨在探讨SST和ghrh基因单核苷酸多态性在中国汉族人群中与高血压及脑卒中遗传易感性的关联。方法:本研究采用流行病学整群抽样的方法,在江苏省宜兴市开展了人群流行病学调查。... 详细信息

第一部分:SST和ghrh基因与高血压及脑卒中的关系目的:本研究旨在探讨SST和ghrh基因单核苷酸多态性在中国汉族人群中与高血压及脑卒中遗传易感性的关联。方法:本研究采用流行病学整群抽样的方法,在江苏省宜兴市开展了人群流行病学调查。共招募4222例研究对象,其中高血压病例2012例,按年龄(5岁)和性别进行匹配的健康对照2210例。基线调查后,对研究对象进行了平均5.01年的随访调查。按照r2>0.8、最小等位基因频率>0.05的标准筛选标签单核苷酸多态性(Tagging single nucleotide polymorphism,tag SNP)。最终选择ghrh基因rs6032470和SST基因rs7624906和rs3755792进行分析。采用二分类Logistical回归模型比较病例组和对照组基因变异与高血压遗传关联,随访研究中运用Cox回归模型分析基因变异与高血压及脑卒中发病之间的关联。结果:高血压病例对照研究结果显示SST基因和ghrh基因位点变异与高血压的遗传易感性未见显著关联;进一步根据年龄、性别、吸烟、饮酒进行亚组分析后也未发现关联。随访研究发现,新发高血压病例为613例,新发缺血性脑卒中病例为171人,发病率分别为65.68人/1000人年和8.05人/1000人年。Cox回归分析在总人群中未发现SST和ghrh基因多态性与高血压及缺血性脑卒中发病存在关联。亚组分析发现在饮酒人群中,SST基因rs3755792(G>A)位点变异降低高血压发病风险,GG、GA、AA基因型携带者发病密度分别为8.49、5.76、3.97(/100人年),HR(95%CI)为0.580(0.385-0.874),P为0.009;Bonferroni校正后,关联仍有统计学意义,P值为0.027。在吸烟亚组人群中,SST基因rs3755792(GA+AA ***)和rs7624906(TC+CC ***)位点变异与高血压发病显著关联,HR(95%CI)分别为0.634(0.413-0.973)和1.803(1.198-2.712),P值分别为0.037和0.005,经Bonferroni校正后rs7624906与高血压发病仍有显著性关联(校正后的P=0.015)。在吸烟人群中携带ghrh基因rs6032470(T>C)C等位基因增加缺血性脑卒中的风险,HR(95%CI)为1.625(1.002-2.635),P值为0.049,但经Bonferroni校正后关联不显著(校正后的P=0.147)。结论:SST基因位点变异与中国高血压人群的发病风险增加相关,吸烟和饮酒可能对SST基因的作用起到修饰效应。吸烟人群中ghrh基因rs6032470位点变异与缺血性脑卒中发病风险增加存在关联,相关结果有待于进一步在其他人群中加以验证。第二部分:IGF1信号通路多基因交互作用对脑卒中发病的影响目的:胰岛素样生长因子(Insulin-like growth factor 1,IGF1)信号通路基因参与动脉粥样硬化和血管疾病的发病机制。本研究旨在探讨IGF1信号通路多基因交互作用对脑卒中发病的影响。方法:本研究纳入了2070例脑卒中住院患者和2243例按年龄(5岁)、性别匹配的对照。选取了IGF1信号通路的7个候选基因,按照r2>0.8、最小等位基因频率(29)0.05的标准筛选标签单核苷酸多态性(Tagging single nucleotide polymorphism,tag SNP),最终纳入26个tag SNPs进行了基因分型。采用二分类Logistic回归模型评估基因单核苷酸多态性与脑卒中遗传易感性的关联,计算比值比(Odds Ratio,OR)及95%可信区间(Confidence interval,CI)。采用相对超额风险(relative excess risk due to interaction,RERI)、交互作用的归因比例(attributable proportion due to interaction,AP)、协同指数(synergy index,S)以及95%可信区间(95%CIs)来评价基因之间的相加交互作用。应用基于模型的多因素降维方法(model-based multifactor dimensionality reduction method,MB-MDR)和对数似然比检验(log-likelihood ratio test,LRT)评估基因相乘交互作用对脑卒中遗传易感性的作用。根据每个SNP风险等位基因数(0/1/2)加权计算遗传危险评分(genetic risk score,GRS),运用二分类Logistic回归分析评估GRS与脑卒中的关联。采用定量实时聚合酶链反应(Quantitative

关键词： SST基因 ghrh基因单核苷酸多态性高血压脑卒中 IGF1信号通路

Calsarcin-1、ghrh基因多态性与4个中国黄牛品种生长及肉质性状的关联分析

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Calsarcin-1、GHRH基因多态性与4个中国黄牛品种生长及肉质性状的...

作者：杨大鹏西北农林科技大学

学位级别：硕士

本试验以485头秦川牛（QC）、120头鲁西牛（LX）、110头南阳牛（NY ）以及95头郏县红牛（ JXR ） 4个中国黄牛品种为研究对象,采用PCR-SSCP分子标记方法对Calsarcin-1基因和ghrh基因进行了群体多态性分析,并结合测序对其目标基因的部分... 详细信息

本试验以485头秦川牛（QC）、120头鲁西牛（LX）、110头南阳牛（NY ）以及95头郏县红牛（ JXR ） 4个中国黄牛品种为研究对象,采用PCR-SSCP分子标记方法对Calsarcin-1基因和ghrh基因进行了群体多态性分析,并结合测序对其目标基因的部分外显子和相邻内含子区域进行了序列分析,目的在于探索Calsarcin-1基因和ghrh基因对肉牛生长及肉质性状的影响,为改良我国地方良种黄牛生产性能提供一定的理论依据。研究结果如下: 在Calsarcin-1基因中,只在外显子3发现了多态,其余3个外显子在所研究的群体中未发现多态;在ghrh基因中,在内含子3和外显子5发现两处多态,其余位点均没有检测到多态。各位点的突变情况及不同基因型与生长和肉质性状的相关分析结果如下所示: 1. Calsarcin-1基因第3外显子多态性与胴体及肉质性状的关系目的片段PCR产物长度为320bp,在Calsarcin-1基因第三外显子检测到多态,表现为3种基因型AA、AC和CC型;测序结果显示,该处多态的产生是由于Calsarcin-1基因第16718bp处发生C→A碱基突变造成的,为色氨酸的同义突变;多态信息含量分析结果表明,4个群体均属于低度多态,X2检验结果显示,秦川牛偏离Hardy-Weinberg平衡状态,其他3个品种都处于Hardy-Weinberg平衡状态。相关分析结果发现,在秦川牛胴体性状上,AA型个体在胴体重、胴体胸深显著高于AC、CC型个体（P＜0.05）,AC型个体背部皮下脂肪厚显著高于CC型个体（P＜0.05）;在肉质性状方面,AC型个体的大理石花纹等级显著高于CC型个体（P＜0.05）,AA型和AC型个体的嫩度要显著优于CC型个体（P＜0.05）;对于其他3个黄牛品种:在背膘厚上,AC型个体显著优于CC型个体（P＜0.05）;在嫩度性状上,AC型个体和AA型个体显著优于CC型个体（P＜0.05）。 2. ghrh基因第3内含子多态性及序列分析在ghrh基因第3内含子处,检测到MM和MB两种基因型,其频率分别为0.8577,0.1423。测序结果显示,该基因在第4823bp处发生G→C突变。 3. ghrh基因第5外显子多态性与生长性状的关系通过PCR- SSCP检测发现3种基因型AA、AB和AC;测序结果显示,扩增片段中存在两处碱基突变,分别为9235bp处的C→A突变和9243bp处的T→C突变。该位点多态信息含量分析结果显示该位点为中度多态。相关分析结果表明:秦川牛群体中,AB型个体在1岁龄胸围、体重,2岁龄尻长、体重,3岁龄尻长指标上均值高于AA型个体（P＜0.05）;AC型个体在1岁龄体高,2岁龄体长、尻长,3岁龄体高指标上均值高于AA型个体（P＜0.05）。

关键词： Calsarcin-1基因 ghrh基因多态性生长性状肉质性状

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长江刀鲚ghrh基因克隆及序列分析

水产科技情报 2015年第6期42卷 297-299,304页

作者：邓平平施永海张之文严银龙谢永德刘永士上海市水产研究所上海市水产技术推广站上海200433

通过克隆长江刀鲚的ghrh基因片段并进行序列分析,旨在为长江刀鲚分子生物育种方面的进一步研究奠定基础。提取长江刀鲚组织中的总RNA,根据已知鱼类ghrh基因保守片段设计兼并引物,使用RT-PCR方法克隆长江刀鲚ghrh基因片段,对所得序列进... 详细信息

通过克隆长江刀鲚的ghrh基因片段并进行序列分析,旨在为长江刀鲚分子生物育种方面的进一步研究奠定基础。提取长江刀鲚组织中的总RNA,根据已知鱼类ghrh基因保守片段设计兼并引物,使用RT-PCR方法克隆长江刀鲚ghrh基因片段,对所得序列进行生物信息学分析。试验结果:克隆得到的基因片段长度为492 bp,推导出氨基酸残基为164个,其氨基酸序列与大西洋鲱鱼、斑马鱼和大西洋鳕的相似度分别为92%、79%和77%。系统进化树分析进一步表明,长江刀鲚与大西洋鲱的亲缘关系最近。

关键词：长江刀鲚 ghrh基因基因克隆序列分析

小尾寒羊ghrh基因的多态性与生长性状的关联分析

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当代畜禽养殖业 2022年第6期 34-36页

作者：樊红灯王龙威白俊艳韩志松何豫涵李静云卢小宁陈梦柯曾凡林王建华河南科技大学动物科技学院河南洛阳471023 洛阳市动物遗传育种重点实验室河南洛阳471023 辽宁省沙地治理与利用研究所辽宁阜新123000 内蒙古赤峰市元宝山区平庄镇人民政府内蒙古赤峰024076

为了分析小尾寒羊群体中ghrh基因的多态性,以及ghrh基因多态性与生长性状的关联性,试验利用PCR-SSCP技术检测ghrh基因在小尾寒羊群体的多态性,利用SPSS统计学软件分析ghrh基因的多态性与生长性状和肉质性状之间的关联性。结果表明:在小... 详细信息

为了分析小尾寒羊群体中ghrh基因的多态性,以及ghrh基因多态性与生长性状的关联性,试验利用PCR-SSCP技术检测ghrh基因在小尾寒羊群体的多态性,利用SPSS统计学软件分析ghrh基因的多态性与生长性状和肉质性状之间的关联性。结果表明:在小尾寒羊群体中检测到ghrh基因的2种基因型即DD基因型和Ⅱ基因型,DD基因型频率为0.4375,Ⅱ基因型频率为0.5625。ghrh不同基因型对胸围、尻高、前肢高、颈长和腹围等5个生长性状有显著影响(P基因型小尾寒羊胸围、腹围的影响显著大于DD基因型(P基因型对小尾寒羊前肢高、尻高和颈长的影响显著大于Ⅱ基因型(Pghrh基因与小尾寒羊生长发育的相关性,其可以作为本土小尾寒羊遗传杂交改良的重要功能候选基因,对于研究小尾寒羊的遗传多样性具有重要意义。

关键词：小尾寒羊 ghrh基因关联分析生长性状

信阳水牛ghrh基因第二外显子的SNPs检测

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中国牛业科学 2012年第4期38卷 1-5页

作者：徐永杰吴海港姚瑾刘英梁小娟马云信阳师范学院生命科学学院河南信阳464000 信阳农业高等专科学校河南信阳464000 江苏大学生命科学学院江苏镇江212013

[目的]检测信阳水牛群体ghrh基因的SNP多态性。[方法]以56头信阳水牛为材料,采集血样,提取基因组DNA,以GenBank公布的牛ghrh基因(gi:194719389)序列作为参照序列,设计PCR引物,采用PCR-SSCP和DNA测序方法对该基因第二外显子的进行突变检... 详细信息

[目的]检测信阳水牛群体ghrh基因的SNP多态性。[方法]以56头信阳水牛为材料,采集血样,提取基因组DNA,以GenBank公布的牛ghrh基因(gi:194719389)序列作为参照序列,设计PCR引物,采用PCR-SSCP和DNA测序方法对该基因第二外显子的进行突变检测。[结果]经SSCP分析发现,这些个体总共出现六种不同的带型。测序结果表明:位于ghrh基因的4 461bp、4 529bp、4 845bp、5 053bp和5 058bp处分别存在C→T、T→G、G→A、G→A和G→T五个单核苷酸突变。[结论]表明该基因在信阳水牛群体中单核苷酸多态较为丰富。

关键词：信阳水牛 ghrh基因 SNPs PCR-SSCP

萨×哈杂交母羊ghrh基因与生长性状关联分析

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畜牧与饲料科学 2018年第6期39卷 22-23,39页

作者：袁晓峰俞银江赵博邵焱焱曾献存石河子大学动物科技学院新疆石河子832003 新疆塔城165团畜牧兽医站新疆塔城834609

为探讨ghrh基因作为绵羊生长性状候选基因的可能性,寻找与绵羊生长性状相关的分子标记,对萨福克羊与哈萨克羊杂交成年母羊ghrh基因rs400079090和rs419322328位点的多态性及其与生长性状的关联性进行了研究。结果表明:rs400079090位点检... 详细信息

为探讨ghrh基因作为绵羊生长性状候选基因的可能性,寻找与绵羊生长性状相关的分子标记,对萨福克羊与哈萨克羊杂交成年母羊ghrh基因rs400079090和rs419322328位点的多态性及其与生长性状的关联性进行了研究。结果表明:rs400079090位点检测到3个基因型,rs419322328位点TT基因型缺失;rs419322328位点GG基因型个体胸宽显著大于GT基因型个体(P基因型个体(Pghrh基因2个SNP位点多态性对萨福克羊与哈萨克羊杂交成年母羊生长性状有一定的影响,可以作为进行绵羊生长性状分子标记辅助选择的候选基因。

关键词：绵羊 ghrh基因多态性生长性状关联分析

黄牛PTHRP、ghrh和ghrhR基因SNP及其与生长性状关联分析

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黄牛PTHRP、GHRH和GHRHR基因SNP及其与生长性状关联分析

作者：张存芳西北农林科技大学

学位级别：硕士

本研究采用PCR-SSCP和DNA测序技术,检测了南阳牛、秦川牛和郏县红牛3个群体共476个个体的3个与生长发育相关基因(PTHRP、ghrh和ghrhR)的遗传变异,分析了其遗传结构和遗传多样性,并将多态位点与南阳牛、秦川牛和郏县红牛群体的生长性状... 详细信息

本研究采用PCR-SSCP和DNA测序技术,检测了南阳牛、秦川牛和郏县红牛3个群体共476个个体的3个与生长发育相关基因(PTHRP、ghrh和ghrhR)的遗传变异,分析了其遗传结构和遗传多样性,并将多态位点与南阳牛、秦川牛和郏县红牛群体的生长性状进行了相关分析,以检验这些基因的多态对3个黄牛群体生长发育的遗传效应,以期发现对重要经济性状具有显著效应的遗传标记,为中国黄牛的高效选育和分子标记数据库的建立、种质资源保存及利用提供遗传学依据。本研究获得了以下结果: 1. PTHRP基因多态性分析研究了3个群体PTHRP基因5’UTR、外显子1、外显子2和3’UTR共四个位点,这四个区域相对于内含子来说非常保守,PTHRP基因本身也是一个保守基因,因此在这四个位点上未检测到多态。 2. ghrh基因多态性及其与南阳牛、秦川牛和郏县红牛生长性状关联分析研究了3个群体的ghrh基因ghrh1～ghrh4共4个基因座,在ghrh2和ghrh4基因座首次检测到3个SNP(4984G>C9282C>A和9290T>C与AF242855对照),全部位于非编码区。各群体这3个SNP的多态信息含量小于0.25,属于低度多态。基因型分布卡方独立性检验显示,在ghrh2基因座三个肉牛品种间的差异不显著,在ghrh4基因座三个肉牛品种之间的差异极显著(Pghrh基因ghrh2多态位点与3个群体生长性状相关分析表明:与郏县红牛和秦川牛生长性状无显著相关,与南阳牛6月龄体重、体斜长和胸围和0～6月龄平均日增重显著相关,GG型个体高于GC型个体(Pghrh4基因座在秦川牛群体中未检测到多态,该多态位点与郏县红牛生长性状之间无显著相关,与南阳牛生长性状显著相关,AB型个体在6月龄体高和胸围、12月龄体重、胸围和体斜长、18月龄体斜长和24月龄体重、体高、18-24月龄平均日增重、胸围和体斜长指标上均值高于AA型个体(PghrhR基因多态性及其与南阳牛、秦川牛和郏县红牛生长性状关联分析共研究了3个群体ghrhR基因4个基因座。3’侧翼区和外显子4区共发现2个新的SNP (265678G>A和261155G>T),在内含子3和内含子7区共发现8个新的SNP(261285C>T、261309C>A、261338 A>G、258908G>A、258914T>A、258975G>C、258988G>A和259000G>A与NW01494911对照)。基因型分布卡方独立性检验显示,在GR1基因座三个肉牛品种间的差异不显著,在GR3基因座三个肉牛品种之间的差异显著(PghrhR基因GR1多态位点与3个群体生长性状的相关分析表明,该多态与秦川牛生长性状无显著相关,与郏县红牛管围显著相关,GG型个体高于GA型个体(P基因座只在南阳牛群体中检测到多态,该多态位点在6月龄指标上BC型个体的胸围均值高于BB型个体的均值(P<0.05),在18月龄AB型个体体高指标高于AC型个体,体斜长和坐骨端宽指标上BC型个体高于AB型个体(P<0.05);AC型个体在18-24月龄平均日增重指标上高于AB型、BB型和BC型个体(P<0.05)。

关键词：黄牛 ghrh基因 ghrhR基因多态性生长性状

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秦川牛和南阳牛生长发育性状的分子标记研究

秦川牛和南阳牛生长发育性状的分子标记研究

作者：赵高锋西北农林科技大学

学位级别：硕士

本研究采用PCR-SSCP和DNA测序技术,以136头秦川牛和105头南阳牛为研究对象,首次研究了GHR基因、ghrh基因、TG基因、TG基因5’端区4个基因位点上的遗传变异,分析了其遗传结构和遗传多样性,并以体尺性状作为衡量牛生长发育性状的指标,对... 详细信息

本研究采用PCR-SSCP和DNA测序技术,以136头秦川牛和105头南阳牛为研究对象,首次研究了GHR基因、ghrh基因、TG基因、TG基因5’端区4个基因位点上的遗传变异,分析了其遗传结构和遗传多样性,并以体尺性状作为衡量牛生长发育性状的指标,对所检测到的多态位点与生长发育性状的关系进行了分析,探讨了GHR基因、ghrh基因、TG基因、TG基因5’端区作为影响牛生长发育性状候选基因的可能性,所得结果如下: 1. GHR基因位点多态及其与生长发育性状关系分析发现了GHR基因第10外显子上一个多态性位点,该位点有A、B、C 3个等位基因,秦川牛3个等位基因频率依次是0.5956/0.2905/0.1140,南阳牛的3个等位基因频率依次是0.5619/0.3000/0.1381,所研究的两种牛群体处于哈代-温伯格平衡状态。纯合基因型测序表明:AA型个体在7419位存在A>C的突变,在7471位存在T>C的突变;BB型个体在6931位存在C>T的突变,在7419位存在A>C的突变,在7471位存在T>C的突变;CC型个体在6931位存在C>T的突变,在6970位存在C>T的突变,在7152位存在G>T的突变,在7264位存在A>T的突变,在7319位存在C>T的突变,在7471位存在T>C的突变。分析了GHR基因多态性与生长发育性状的关系。分析结果表明,秦川牛AB基因型个体在体重、腰角宽、尻长3项指标上高于BC型个体(P基因型高于BC型(P基因型与BC基因型差异达极显著水平(P基因型亦高于AA型、BB型、AC型(Pghrh基因位点多态及其与生长发育性状关系分析发现了ghrh基因上一个多态位点,该位点有A、B 2个等位基因,秦川牛2个等位基因的频率依次为0.8778/0.1222,南阳牛2个等位基因的频率依次为0.8476/0.1524。所研究的秦川牛和南阳牛群体处于哈代-温伯格平衡状态。对检测到的不同基因型个体分别进行测序,测序结果表明,AB基因型的4308位存在T>C的突变。分析了ghrh基因多态性与生长发育性状的关系。分析结果未发现秦川牛两种基因型与生长发育性状有显著差异。而南阳牛6月龄坐骨端宽、体重、12月龄体重、18月龄体重、体斜长、24月龄体重指标上AB型高于AA型(P基因5’端区位点多态及其与生长发育性状关系分析发现了TG基因5’端区存在一个多态位点,该位点有A、B 2个等位基因,秦川牛2个等位基因的频率依次为0.3015/0.6985,南阳牛2个等位基因的频率依次为0.2714/0.7286。所研究的秦川牛群体处于哈代-温伯格不平衡状态,而南阳牛处于哈代-温伯格平衡状态。测序发现:AA型在355存在G>C的突变,在630存在G>T的突变,671位存在C>T突变;AB型在390存在G>T的突变、513存在T>A的突变、671位存在C>T的突变。分析了TG基因5’端区多态性与生长发育性状的关系。研究表明秦川牛群体中,在体高、十字部高、坐骨端宽三项指标上,BB型群体高于AB型群体(P基因型群体高于BB型群体、AB型群体(P基因5’端区不同基因型对南阳牛不同年龄阶段多项性状影响显著,BB基因型在6月龄坐骨端宽指标上高于AA型(P基因型在6月龄的体高、体斜长、胸围、体重,12月龄胸围、18月龄体斜长、胸围,24月龄体斜长、胸围指标上高于AA型和AB型(P基因位点多态及其与生长发育性状关系分析发现了TG基因一个多态位点,该位点有A、B 2个等位基因,秦川牛2个等位基因的频

关键词：秦川牛南阳牛 GHR基因 ghrh基因 TG基因