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刺纹车轮虫18S rDNA克隆与序列分析

重庆师范大学学报（自然科学版） 2015年第4期32卷 31-37页

作者：王琴唐发辉赵元莙重庆师范大学生命科学学院重庆市动物生物学重点实验室重庆401331

首次对刺纹车轮虫(Trichodina centrostrigata Basson,Van As&Paperna,1983)进行了18SrDNA的克隆测序并分析,研究结果显示:刺纹车轮虫是一种具有辐射状中央颗粒的淡水车轮虫,具有相对较高的gc含量而位于分子系统树的顶枝,它与海水环境... 详细信息

首次对刺纹车轮虫(Trichodina centrostrigata Basson,Van As&Paperna,1983)进行了18SrDNA的克隆测序并分析,研究结果显示:刺纹车轮虫是一种具有辐射状中央颗粒的淡水车轮虫,具有相对较高的gc含量而位于分子系统树的顶枝,它与海水环境中的车轮虫具有较高的序列相似性及较近的遗传距离从而聚为一枝。研究提示刺纹车轮虫具有较强的宿主适应性,在系统进化中分化较晚并与海水种类具有较近的亲缘关系;此外,车轮虫的同源性与18S rDNA序列相似性、遗传距离具明显相关性,gc含量与分子支序树分枝具有明显相关性。

关键词：刺纹车轮虫 18S rDNA 序列相似性遗传距离 gc含量支序树

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γ位加成丙烯海松酸的制备及表征

生物质化学工程 2016年第4期50卷 13-20页

作者：卢言菊张海波赵振东王迷霞王婧陈玉湘中国林业科学研究院林产化学工业研究所生物质化学利用国家工程实验室国家林业局林产化学工程重点开放性实验室江苏省生物质能源与材料重点实验室江苏南京210042 中国林业科学研究院林业新技术研究所北京100091

在微波辅助条件下以树脂酸和丙烯酸为原料,经Diels-Alder加成反应制备得到丙烯酸改性松香。以气相色谱(gc)跟踪不同反应条件下丙烯酸改性松香主要成分丙烯海松酸(APA)的gc含量,得出APA的gc含量最高的条件为:10 g树脂酸,反应温度230℃,... 详细信息

在微波辅助条件下以树脂酸和丙烯酸为原料,经Diels-Alder加成反应制备得到丙烯酸改性松香。以气相色谱(gc)跟踪不同反应条件下丙烯酸改性松香主要成分丙烯海松酸(APA)的gc含量,得出APA的gc含量最高的条件为:10 g树脂酸,反应温度230℃,微波功率400 W,反应时间90 min,n(丙烯酸)∶n(树脂酸)2∶1,在此条件下,APA的gc含量为78.4%,枞酸型树脂酸转化为APA的转化率达98.6%。将丙烯酸改性松香通过控制p H值和过柱子进行提纯,制备得到gc纯度为95.7%的γ位加成丙烯海松酸,并对产物结构进行gc、gc-MS、FT-IR、1H NMR和13C NMR的表征,采用二维核磁解析确证了产物结构的正确性;DSC结果表明产物具有玻璃化转变温度,为79.78℃;TG分析表明产物的热失重温度为335.9℃,具有较好的耐热性。

关键词：丙烯海松酸微波辅助 Diels-Alder反应 gc含量

植物基因组内含子与mRNA相互作用的保守性特征

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内蒙古大学学报（自然科学版） 2021年第1期52卷 41-48页

作者：张强赵小庆薄素玲曹艳娟苏文霞内蒙古农业大学理学院呼和浩特010018 内蒙古自治区农牧业科学院呼和浩特010031 内蒙古医科大学计算机信息学院呼和浩特010110

以拟南芥、葡萄和水稻3种植物的基因序列为研究样本,采用Smith-Waterman算法进行局域比对后,获得mRNA序列和相应内含子序列之间的最佳匹配片段。然后分析了mRNA序列上最佳匹配片段序列特征及匹配频率的分布规律,同时分析了这种相互作用... 详细信息

以拟南芥、葡萄和水稻3种植物的基因序列为研究样本,采用Smith-Waterman算法进行局域比对后,获得mRNA序列和相应内含子序列之间的最佳匹配片段。然后分析了mRNA序列上最佳匹配片段序列特征及匹配频率的分布规律,同时分析了这种相互作用分布的保守性。研究发现,UTR区与内含子存在较强的相互作用,低gc片段倾向与3′UTR区作用,而高gc片段倾向结合到5′UTR区;在外显子上游EJC结合区域的匹配频率出现极小值分布;翻译起始位点和翻译终止位点可以通过它们的最佳匹配频率分布被识别。研究表明,内含子序列与成熟mRNA序列是协同进化的,并通过相互作用完成应有的功能。

关键词： mRNA序列内含子局域比对最佳匹配片段 gc含量

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罗汉果全基因组Survey分析

广西植物 2015年第6期35卷 786-791页

作者：唐其马小军莫长明潘丽梅韦荣昌赵欢湖南农业大学园艺园林学院长沙410128 广西药用植物园南宁530023 中国医学科学院药用植物研究所北京100193

罗汉果是广西特有药用及甜料植物,其主要成分之一甜苷V作为天然、非糖甜味剂,具有广阔的开发前景,但罗汉果目前完全来自于栽培,适生区狭窄,连作障碍严重,加之含量低导致甜苷V生产成本居高不下,严重限制了其应用。为了减少盲目性,在大规... 详细信息

罗汉果是广西特有药用及甜料植物,其主要成分之一甜苷V作为天然、非糖甜味剂,具有广阔的开发前景,但罗汉果目前完全来自于栽培,适生区狭窄,连作障碍严重,加之含量低导致甜苷V生产成本居高不下,严重限制了其应用。为了减少盲目性,在大规模全基因组深度测序之前,先做低覆盖度的基因组Survey测序,评价基因组的大小及复杂程度,以确定适合该植物全基因组的测序研究策略。该研究采用第二代高通量测序技术(Illumina Hiseq TM 2000)首次测定了罗汉果基因组大小,并利用生物信息学方法估计罗汉果杂合率、重复序列和gc含量等基因组信息。结果表明:(1)获得了18.1 Gb罗汉果基因组测序数据,基因组大小估计为344.95 Mb左右,测序深度为52×;(2)从K-mer分布曲线发现罗汉果基因组有明显的杂合峰,杂合率达1.5%,基因组高杂合导致组装的结果中Contig N50和Scaffold N50的长度比预期的要短很多,还造成gc平均深度及含量分布明显异常,存在一个低深度分布区域。基因组主峰后面有微弱的重复峰,说明罗汉果存在较多的重复序列;(3)由于罗汉果存在高杂合率和重复序列较多的特点,该基因组测序分析仅采用全基因组鸟枪法(WGS)策略不合适,为了更好地对全基因组进行序列拼接和组装,可尝试结合采用Fosmid-to-Fosmid或BAC-to-BAC策略。该研究结果对于揭示罗汉果产量、有效成分含量、发育及抗病虫的分子机制,以及通过分子育种来提高甜苷V含量和降低生产成本具有重要意义,为全基因组测序策略的选择提供了依据。

关键词：罗汉果基因组测序杂合率 gc含量鸟枪法测序策略

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基于非线性支持向量机的原核生物基因识别

计算机应用 2009年第10期29卷 2748-2750页

作者：张继宏李小霞孙波西南科技大学信息工程学院四川绵阳621010

应用非线性最小二乘支持向量机对原核生物进行基因识别，通过寻找序列开放阅读框（ORF），并与可靠基因位点文件进行比较产生训练样本集，然后提取样本gc含量和Z曲线特征，并利用T检验方法检验各特征值所包含的信息量，设计出了非线性... 详细信息

应用非线性最小二乘支持向量机对原核生物进行基因识别，通过寻找序列开放阅读框（ORF），并与可靠基因位点文件进行比较产生训练样本集，然后提取样本gc含量和Z曲线特征，并利用T检验方法检验各特征值所包含的信息量，设计出了非线性最小二乘支持向量机分类器识别基因。结果表明非线性最小二乘支持向量机的识别率比Fisher判别和线性支持向量机在不同的特征组合下分别提高了7．09％-29．97％和10．97％-25．45％，并且在特征值信息量较小的情况下非线性最小二乘支持向量机更能表现其优越性。

关键词：基因识别非线性最小二乘支持向量机原核生物 gc含量 Z曲线 T检验

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文心兰叶绿体基因组密码子使用的相关分析

广东农业科学 2012年第10期39卷 61-65页

作者：李冬梅吕复兵朱根发操君喜孙映波刘海林王真广东省农科院花卉研究所/广东省园林花卉种质创新与利用重点实验室广东广州510640

通过对文心兰叶绿体基因组全序列密码子的研究,利用Mobyle在线软件分析了文心兰叶绿体42个基因密码子的使用模式。结果表明,文心兰叶绿体基因组密码子gc3含量为28.59%,明显低于gc1和gc2含量,说明密码子第3位富含AT。gc1与gc2极显著相关(... 详细信息

通过对文心兰叶绿体基因组全序列密码子的研究,利用Mobyle在线软件分析了文心兰叶绿体42个基因密码子的使用模式。结果表明,文心兰叶绿体基因组密码子gc3含量为28.59%,明显低于gc1和gc2含量,说明密码子第3位富含AT。gc1与gc2极显著相关(r=0.572**),gc3与gc1(r=-0.051)和gc2(r=-0.08)均未达到显著水平。对应性分析表明第一向量轴上基因的位置坐标与该基因的表达水平(CAI)极显著负相关(r=-0.556**),与gc3和ENC的相关系数分别为0.025和0.281,均未达到显著水平;gc含量与ENC、CAI以及第一向量轴上基因位置坐标的相关系数分别为0.228、0.381*和-0.354*。将高表达优越密码子分析法和高频密码子分析法相结合,确定了17个为文心兰叶绿体基因组的最优密码子。

关键词：文心兰叶绿体基因组密码子使用对应分析 gc含量最优密码子

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乳酸菌作为DNA疫苗载体的研究进展

中国兽医杂志 2016年第7期52卷 67-69页

作者：刘晶杨桂连王春凤姜延龙吉林农业大学动物科学技术学院吉林省动物微生态制剂工程研究中心吉林长春130118

乳酸菌（lactic acid bacteria,LAB）属于革兰阳性、兼性厌氧菌,其基因组中gc含量较低,是一类可以利用碳水化合物发酵产生乳酸的一类菌的总称,包括肠球菌、乳杆菌、乳球菌、明串珠菌、片球菌、链球菌和双歧杆菌等众多种属,被广泛地应用... 详细信息

乳酸菌（lactic acid bacteria,LAB）属于革兰阳性、兼性厌氧菌,其基因组中gc含量较低,是一类可以利用碳水化合物发酵产生乳酸的一类菌的总称,包括肠球菌、乳杆菌、乳球菌、明串珠菌、片球菌、链球菌和双歧杆菌等众多种属,被广泛地应用于食品发酵、医药生产、保健药物及饲料添加剂等工业,美国食品和药品监督管理局（FDA）将乳酸菌认定为安全的食品级微生物[1]。

关键词： DNA疫苗载体乳酸菌食品发酵兼性厌氧菌碳水化合物饲料添加剂 gc含量明串珠菌

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香合欢全基因组Survey分析

分子植物育种 2022年

作者：欧汉彪韦铄星王智慧高风广西壮族自治区林业科学研究院中南林业科技大学林学院

香合欢(Albizia odoratissima)是南方优良的乡土用材树种，其生长迅速，木材利用价值高，具有广阔的推广前景。目前，香合欢全基因组未见研究报道，为了避免盲目性，在全面深度测序之前采用高通量测序 (Illumina Hiseq?2000)技术，基于K... 详细信息

香合欢(Albizia odoratissima)是南方优良的乡土用材树种，其生长迅速，木材利用价值高，具有广阔的推广前景。目前，香合欢全基因组未见研究报道，为了避免盲目性，在全面深度测序之前采用高通量测序 (Illumina Hiseq?2000)技术，基于K-mer分析方法来研究香合欢基因组的大小、杂合率等基因组信息，便于确定全基因组深度测序的研究策略。研究结果表明：(1)香合欢基因组长度约729.45 Mb；(2)预估该物种为2倍体，基因组的gc含量约34.39%，杂合率约1.86%，重复序列含量约45.87%；(3) NT文库比对发现Acacia ligulata和大豆为香合欢的近缘物种；(4)基因组分析推荐测120×的三代数据，构建350 bp小文库，测50×的Illumina数据，有利于香合欢基因组的序列拼接和组装。本研究结果对于揭示香合欢速生性、抗旱性、心材形成、发育及抗病虫的分子机制具有重要意义，为进一步绘制香合欢全基因组图谱，研究其遗传机制和品种选育提供科学依据。

关键词：基因组大小香合欢杂合率 gc含量

捕食性真菌Duddingtonia flagrans基因组DNA的提取及基因组survey分析

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同方期刊数据库

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中国兽医学报 2017年第11期37卷 2090-2094页

作者：张伟王瑞杨晓野祝晓蕊王新芳梁萌杨莲茹李军燕罗晓平内蒙古农业大学兽医学院/农业部动物疾病临床诊疗技术重点实验室内蒙古呼和浩特010018 内蒙古农牧业科学院内蒙古呼和浩特010031

采用透析膜培养法结合DNA柱式提取法进行基因组DNA提取,同时利用第2代高通量测序技术,分析了捕食性真菌Duddingtonia flagrans基因组概况。结果显示:透析膜培养结合DNA柱式提取法所提取的基因组DNA质量及浓度均能达到测序标准;捕食性真... 详细信息

采用透析膜培养法结合DNA柱式提取法进行基因组DNA提取,同时利用第2代高通量测序技术,分析了捕食性真菌Duddingtonia flagrans基因组概况。结果显示:透析膜培养结合DNA柱式提取法所提取的基因组DNA质量及浓度均能达到测序标准;捕食性真菌Duddingtonia flagrans基因组约为37.6 Mb,gc含量为44.95%,基因组杂合度较低。结果表明:透析膜培养法结合柱式法提取其基因组DNA的方法简便可行,为丝状真菌DNA提取,提供了新的思路;基因组survey分析为捕食性真菌Duddingtonia flagrans全基因组精细图谱的绘制奠定了基础。

关键词：捕食性真菌 Duddingtonia flagrans 13NA提取基因组测序 gc含量杂合度