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Genetic differentiation of grain, fodder and pod vegetable type cowpeas (Vigna unguiculata L.) identified through single nucleotide polymorphisms from genotyping-by-sequencing

引用

Molecular Horticulture 2022年第1期2卷 101-115页

作者： Xingbo Wu Andrés JCortés Matthew W.Blair Department of Agricultural and Environmental Sciences Tennessee State UniversityNashvilleTN 37209USA Tropical Research and Education Center Department of Environmental HorticulturalUniversity of Florida18905 SW 280th StHomesteadFL 33031USA Corporación Colombiana de Investigación Agropecuaria AGROSAVIA C.I.La SelvaKm 7 vía Rionegro–Las PalmasRionegroColombia Universidad Nacional de Colombia–Sede Medellín Facultad de Ciencias Agrarias–Departamento de Ciencias ForestalesMedellínColombia

The species Vigna unguiculata L.(Walp),commonly known as cowpea,is a multi-purpose legume that has been selected into three subspecies that are divided into grain,fodder and pod(yardlong bean)***,genetic bases for distinctions are not well *** purpose of this study was to apply genotyping-by-sequencing(gbs)and current reference genome for *** to distinguish three subspecies and identify signatures of *** collection of 130 accessions included 128 cultivated from:1)***,fodder type;2)***,pod vegetable type;and 3)***,grain *** wilds genotypes from *** and ***,were used to anchor phylogeny.A total of 11,083 highly informative single nucleotide polymorphisms(snps)were *** accessions showed distinct genetic fingerprints and were separated from cultivated *** component analysis showed closer relationship between *** and *** compared to *** differentiation of cultivated subspecies(with Fixation Index,FST)indicated the existence of discrete signatures of *** work clarifies the population structure,phylogeny,and domestication of cultivated ***,significant genetic differences between grain and pod vegetable types can provide valuable information for future breeding in three cowpea groups.

关键词： Genomic landscape of divergence Relative differentiation FST gbs-derived snp markers

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