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The Role of RNA Structure in Posttranscriptional Regulation of Gene Expression

Journal of Genetics and Genomics 2012年第10期39卷 535-543页

作者： Elina Jacobs James D.Mills Michael Janitz College of Science and Engineering University of EdinburghEdinburgh EH9 3JRUnited Kingdom School of Biotechnology and Biomolecular Sciences University of New South WalesSydney NSW 2052Australia

As more information is gathered on the mechanisms of transcription and translation, it is becoming apparent that these processes are highly regulated. The formation of mRNA secondary and tertiary structures is one such regulatory process that until recently it has not been analysed in depth. Formation of these mRNA structures has the potential to enhance and inhibit alternative splicing of transcripts, and regulate rates and amount of translation. As this regulatory mechanism potentially impacts at both the transcriptional and translational level, while also potentially utilising the vast array of non-coding RNAs, it warrants further investigation. Currently, a variety of high- throughput sequencing techniques including parallel analysis of RNA structure （PARS）, fragmentation sequencing （FragSeq） and selective 2-hydroxyl acylation analysed by primer extension （SHAPE） lead the way in the genome-wide identification and analysis of mRNA structure formation. These new sequencing techniques highlight the diversity and complexity of the transcriptome, and demonstrate another regulatory mechanism that could become a target for new therapeutic approaches.

关键词： Transcriptome mRNA structure Parallel analysis of RNA structure fragmentation sequencing PARS FragSeq SHAPE-Seq

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