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A novel genome-wide full-length kinesin prediction analysis reveals additional mammalian kinesins

Chinese Science Bulletin 2006年第15期51卷 1836-1847页

作者： XUE Yu LIU Dan FU Chuanhai DOU Zhen ZHOU Qing YAO Xuebiao Laboratory of Cellular Dynamics University of Science & Technology of China/Hefei National Laboratory Hefei 230027 China College of Agriculture Zhejiang University Hangzhou 310003 China

Kinesin superfamily of microtubule- based motor orchestrates a variety of cellular proc- esses. Recent availability of mammalian genomes has enabled analyses of kinesins on the whole ge- nome. Here we present a novel full-length kinesin prediction program (fkpp) for mammalian kinesin gene discovery based on a comparative genomics approach. Contrary to previous predictions of 94 kinesins, we identify a total of 134 potentially kinesin genes from mammalian genomes, including 45 from mouse, 45 from rat and 44 from human. In addition, fkpp synthesizes 25 potentially full-length mam- malian kinesins based on the partial sequences in the database. Surprisingly, fkpp reveals that full-length human CENP-E contains 2701 aa rather than 2663 aa in the database. Experimentation using sequence specific antibody and cDNA sequencing of human CENP-E validates the accuracy of fkpp. Given the remarkable computing efficiency and accuracy of fkpp, we reclassify the mammalian kinesin super- family. Since current databases contain many in- complete sequences, fkpp may provide a novel approach for molecular delineation of kinesins and other protein families.

关键词：驱动蛋白基因组 CENP-E fkpp

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