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SPA: A Quantitation Strategy for MS Data in Patient-derived Xenograft Models

Genomics, Proteomics & Bioinformatics 2021年第4期19卷 522-533页

作者： Xi Cheng Lili Qian Bo Wang Minjia Tan Jing Li Department of Bioinformatics and Biostatistics School of Life Sciences and BiotechnologyShanghai Jiao Tong UniversityShanghai 200240China The Chemical Proteomics Center and State Key Laboratory of Drug Research Shanghai Institute of Materia MedicaChinese Academy of SciencesShanghai 201203China University of Chinese Academy of Sciences Beijing 100049China

With the development of mass spectrometry(MS)-based proteomics technologies,patient-derived xenograft(PDX),which is generated from the primary tumor of a patient,is widely used for the proteome-wide analysis of cancer mechanism and biomarker identification of a ***,the proteomics data interpretation is still challenging due to complex data deconvolution from the PDX sample that is a cross-species mixture of human cancerous tissues and immunodeficient mouse *** this study,by using the lab-assembled mixture of human and mouse cells with different mixing ratios as a benchmark,we developed and evaluated a new method,SPA(shared peptide allocation),for protein quantitation by considering the unique and shared peptides of both *** results showed that SPA could provide more convenient and accurate protein quantitation in human–mouse mixed *** validation on a pair of gastric PDX samples(one bearing fgfr2 amplification while the other one not)showed that our new method not only significantly improved the overall protein identification,but also detected the differential phosphorylation of fgfr2 and its downstream mediators(such as RAS and ERK)*** tool pdx SPA is freely available at https://***/LiLab-Proteomics/pdx SPA.

关键词： Patient-derived xenograft model Label-free Shared peptide fgfr2 amplification Biomarker

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