检索结果-南通市图书馆

De novo sequencing and comparative analysis of three red algal species of Family Solieriaceae to discover putative genes associated with carrageenan biosysthesis

引用

Acta Oceanologica Sinica 2014年第2期33卷 45-53页

作者： SONG Lipu WU Shuangxiu SUN Jing WANG Liang LIU Tao CHI Shan LIU Cui LI Xingang YIN Jinlong WANG Xumin YU Jun CAS Key Laboratory of Genome Sciences and Information Beijing Key Laboratory of Genome and Precision Medicine TechnologiesBeijing Institute of GenomicsChinese Academy of Sciences Beijing Key Laboratory of Functional Genomics for Dao-di Herbs Beijing Institute of GenomicsChinese Academy of Sciences University of Chinese Academy of Sciences College of Marine Life Science Ocean University of China

Betaphycus gelatinus, Kappaphycus alvarezii and eucheuma denticulatum of Family Solieriaceae, Order Gi-gartinales, Class Rhodophyceae are three important carrageenan-producing red algal species, which pro-duce different types of carrageenans, beta （β）-carrageenan, kappa （κ）-carrageenan and iota （ι）-carrageenan. So far the carrageenan biosynthesis pathway is not fully understood and few information is about the So-lieriaceae genome and transcriptome sequence. Here, we performed the de novo transcriptome sequencing, assembly, functional annotation and comparative analysis of these three commercial-valuable species using an Illumina short-sequencing platform Hiseq 2000 and bioinformatic software. Furthermore, we compared the different expression of some unigenes involved in some pathways relevant to carrageenan biosynthe-sis. We finally found 861 different expressed KEGG orthologs which contained a glycolysis/gluconeogenesis pathway （21 orthologs）, carbon fixation in photosynthetic organisms （16 orthologs）, galactose metabolism （5 orthologs）, and fructose and mannose metabolism （9 orthologs） which are parts of the carbohydrate me-tabolism. We also found 8 different expressed KEGG orthologs for sulfur metabolism which might be impor-tantly related to biosynthesis of different types of carrageenans. The results presented in this study provided valuable resources for functional genomics annotation and investigation of mechanisms underlying the biosynthesis of carrageenan in Family Solieriaceae.

关键词： Betaphycus gelatinus Kappaphycus alvarezii eucheuma denticulatum Solieriaceae de novo transcriptome sequencing carrageenan

来源：

维普期刊数据库

同方期刊数据库评论

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

欢迎您,

建议与咨询留下您的常用邮箱和电话号码，以便我们向您反馈解决方案和替代方法

时间限定

文献类型

馆藏选择

核心期刊

语言

文献类型

帮助

文字说明：

检索规则说明：

检索范例：

分类表

所选分类

限定检索结果

文献类型

馆藏范围

日期分布

学科分类号

主题

机构

作者

语言

在线全文

请选择保存的检索档案：

请选择收藏分类：

通借通还

欢迎您,

建议与咨询 留下您的常用邮箱和电话号码，以便我们向您反馈解决方案和替代方法

时间限定

文献类型

馆藏选择

核心期刊

语言

文献类型

帮助

文字说明：

检索规则说明：

检索范例：

分类表

所选分类

限定检索结果

文献类型

馆藏范围

日期分布

学科分类号

主题

机构

作者

语言

在线全文

请选择保存的检索档案： 新增检索档案 确定 取消

请选择收藏分类： 新增自定义分类 确定 取消

通借通还

建议与咨询留下您的常用邮箱和电话号码，以便我们向您反馈解决方案和替代方法

请选择保存的检索档案：

请选择收藏分类：