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基于est-ssr标记的朱顶红种质资源鉴定

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分子植物育种 2024年第4期22卷 1123-1132页

作者：吕文涛娄文睿娄晓鸣宣继萍苏州农业职业技术学院园艺科技学院苏州215008 江苏省科技资源(农业种质)统筹服务平台球根花卉种质资源库(苏州农业职业技术学院) 苏州215008 江苏省中国科学院植物研究所南京210014

以历年引进的朱顶红种质资源为试验材料,将其按照近似花品种和同名品种进行分组,其中近似花品种包括12个组合45个品种,同名品种包括12个组合31个品种,从已开发的est-ssr标记中筛选多态性引物,对这些引进的朱顶红种质资源进行鉴定。结果... 详细信息

以历年引进的朱顶红种质资源为试验材料,将其按照近似花品种和同名品种进行分组,其中近似花品种包括12个组合45个品种,同名品种包括12个组合31个品种,从已开发的est-ssr标记中筛选多态性引物,对这些引进的朱顶红种质资源进行鉴定。结果表明:从朱顶红转录组开发的7对ssr标记中利用其中5对进行本次试验,通过近似花组合聚类结果分析得出,12个组合中,5个组合部分品种遗传相似系数较高,大部分组合及品种呈现错综复杂的亲缘关系;同名组合聚类结果为12个组合中有9个组合大部分品种聚在一起;‘橙色君主’、‘苹果花’和‘帆船’3个组合遗传背景复杂。部分组合亲缘关系可以看出,多组白色单瓣和红白条纹单瓣组合的遗传相似系数较高,多组重瓣和单瓣品种聚在一起。朱顶红具有丰富的遗传多样性,本研究为研究朱顶红品种间的亲缘关系,进行朱顶红种质资源鉴定提供参考。

关键词：朱顶红 est-ssr标记聚类分析资源鉴定

基于est-ssr标记鉴定猴耳环自由授粉的全同胞子代

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南京林业大学学报（自然科学版） 2022年第4期46卷 95-101页

作者：李丹丹翁启杰甘四明周长品黄世能李梅中国林业科学研究院热带林业研究所热带林业研究国家林业和草原局重点实验室广东广州510520 南京林业大学林学院江苏南京210037 中国林业科学研究院林木遗传育种国家重点实验室北京100091

【目的】猴耳环是重要的药用树种,具有较好的工业应用价值。利用est-ssr标记对猴耳环自然群体1株母树的自由授粉子代进行父本鉴定,从而确定全同胞子代,为基于全同胞家系的后续研究提供材料基础。【方法】以自然群体中母树ELS31自由授粉... 详细信息

【目的】猴耳环是重要的药用树种,具有较好的工业应用价值。利用est-ssr标记对猴耳环自然群体1株母树的自由授粉子代进行父本鉴定,从而确定全同胞子代,为基于全同胞家系的后续研究提供材料基础。【方法】以自然群体中母树ELS31自由授粉产生的1 489株子代及该群体内挂果的38株候选父本为材料,利用15个est-ssr标记检测子代多样性和标记多态性,基于最大似然法鉴定各子代的父本,母本父本均相同的子代即构成全同胞家系,并估算群体内花粉传播距离,检验各父本对应的全同胞家系的多样性,通过卡方检验判断标记是否合乎预期的孟德尔分离比。【结果】15个est-ssr标记的引物(对)共扩增出89个等位片段。子代群体期望杂合度(H)为0.525,表明群体多样性为中等水平;基于自然群体18株无亲缘关系的单株估算的标记平均多态性信息量(PIC)为0.736,表明标记多态性高。在1 489株自由授粉的子代中,确定了857株子代(57.6%)的34株父本。子代数最多的10个父本产生的子代数为26~184株,其他24个父本仅共产生子代139株。未发现自交子代,表明猴耳环是异交物种,自交的可能性极低。对子代数量20株以上的10个父本对应的全同胞家系观测杂合度(H)为0.502~0.693,H为0.417~0.544,各家系均是H大于H,表明存在一定程度的杂合子过剩。花粉传播的范围为10.0~559.1 m,平均119.2 m,但主要传播距离在150 m以内。716株子代(83.5%)的父本(10株)与母树距离在150 m以内。距离最远的父本ELS01 (559.1 m)和ELS02 (552.2 m)分别仅产生了9和12株子代。15个标记在子代20株以上的部分或全部全同胞家系中均有不同程度的偏分离,平均每家系的偏分离标记数为8.6个;偏分离最严重的是标记ARCessr141,在父本ELS30的全同胞家系中卡方(χ^(2))值为164.55。【结论】基于15个est-ssr标记鉴定了猴耳环自然群体1株母本的1 489株自由授粉子代的父本,获得了子代20株以上的10个父本的全同胞家系。这为后续遗传测定、遗传图谱构建和数量性状位点定位等研究提供了材料基础。

关键词：猴耳环 est-ssr标记全同胞家系子代多样性父本分析

基于est-ssr标记的青榨槭天然种群遗传多样性分析

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植物资源与环境学报 2022年第2期31卷 57-63页

作者：穆莹张梦璐白云海张睿鹂郑健窦德泉北京农学院园林学院城乡生态环境北京实验室北京102206

采用28对est-ssr引物对北京、河南、陕西、广东和浙江的青榨槭(Acer davidii Franch.)8个天然种群231株样株的基因组DNA进行扩增,在此基础上对供试种群的遗传多样性和遗传结构进行分析。结果表明:8个天然种群的观测等位基因数和有效等... 详细信息

采用28对est-ssr引物对北京、河南、陕西、广东和浙江的青榨槭(Acer davidii Franch.)8个天然种群231株样株的基因组DNA进行扩增,在此基础上对供试种群的遗传多样性和遗传结构进行分析。结果表明:8个天然种群的观测等位基因数和有效等位基因数较为接近,均值分别为3.2和1.6;Shannon’s多样性指数、观测杂合度、期望杂合度、Nei’s基因多样性指数和多态性信息含量均值分别为0.5127、0.2379、0.2769、0.2719和0.2436。总体来看,8个天然种群中,广东南岭国家森林公园(P7)种群的遗传多样性最高,河南嵩山地质公园(P5)种群的遗传多样性最低,且8个天然种群的观测杂合度小于期望杂合度。8个天然种群间的遗传分化系数为0.3345,基因流为0.5088,种群内和种群间的遗传变异贡献率分别为66.55%和33.45%。供试种群中,P7种群和浙江西天目山森林公园(P8)种群与其余6个种群间的遗传相似系数相对较小,而遗传距离却相对较大。Mantel检验结果显示:青榨槭种群间的遗传距离和地理距离存在极显著正相关(R^(2)=0.5686,P=0.002)。UPGMA聚类分析和STRUCTURE分析结果均表明:供试青榨槭8个天然种群被分成2个集群,其中,P7种群和P8种群为一个集群,其余6个种群为另一个集群。综合上述研究结果:青榨槭天然种群的遗传多样性水平较高,其遗传分化主要存在于种群内,种群间的基因交流较少。供试种群内均存在一定程度的自交或近交现象,种群容易衰退,故应加强对青榨槭天然种群的保护力度。

关键词：青榨槭 est-ssr标记遗传多样性遗传结构聚类分析

基于est-ssr标记的花楸树和少叶花楸杂交F_(1)代群体的杂种鉴定及遗传关系分析

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植物资源与环境学报 2022年第4期31卷 65-73页

作者：谷艳鹏张泽人孙涛韩庆军栗宁宁鲁仪增窦德泉郑健北京农学院园林学院北京102206 山东省林草种质资源中心山东济南250102

以花楸树〔Sorbus pohuashanensis(Hance)Hedl.〕为母本、少叶花楸〔S.hupehensis var.paucijuga(D.K.Zang et P.C.Huang)L.T.Lu〕为父本进行种间杂交,利用筛选出的9对扩增结果稳定且具多态性的est-ssr引物,对杂交F_(1)代群体进行杂种鉴定,并对亲本和杂交F_(1)代群体的基因分离规律以及遗传多样性和遗传关系进行分析。结果显示:共获得184株杂交F_(1)代,其中175株在9个est-ssr位点上均扩增出双亲条带,说明这些单株为真杂种,杂种率达95.1%;另9株在3~7个位点上呈现异常基因型,即缺失双亲条带或出现新条带。9对est-ssr引物中,仅sorsd29在亲本中的扩增结果为aa×bb型(纯合互补型),其他8对引物在亲本中的扩增结果为aa×bc型(父本型)、ab×cd型(双亲互补型)或ab×ac型(杂合互补型),因而,在175株真杂种中,仅sorsd29位点未出现基因分离,另8个位点均出现了基因分离,经χ^(2)检验,F_(1)代分离比与期望分离比均无显著(P>0.05)差异。用9对est-ssr引物从175株F_(1)代真杂种中共扩增出28个等位基因,观测等位基因数、有效等位基因数、多态性信息含量、Shannon s信息指数、观测杂合度和期望杂合度的均值分别为3.1、2.9、0.566、1.076、0.920和0.640。基于Nei s遗传距离,采用UPGMA法构建系统聚类图,结果显示:在Nei s遗传距离0.28处,少叶花楸单独成组Ⅰ,花楸树和175株F_(1)代单株聚为组Ⅱ;在Nei s遗传距离0.24处,组Ⅱ可进一步分为2个亚组,其中81株F_(1)代单株聚为亚组Ⅱ_(1),另94株F_(1)代单株与花楸树聚为亚组Ⅱ_(2)。综合分析结果表明:采用est-ssr分子标记法可对花楸树和少叶花楸的杂交F_(1)代群体进行有效的杂种鉴定;获得的杂交F_(1)代单株的基因分离情况符合孟德尔分离定律,且与母本花楸树有较近的遗传关系;总体上看,杂交F_(1)代群体中175株真杂种的遗传多样性较为丰富。

关键词：花楸树少叶花楸 est-ssr标记杂种鉴定遗传多样性遗传关系

黄秆乌哺鸡竹转录组est-ssr分子标记开发与应用

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植物科学学报 2022年第3期40卷 355-364页

作者：娄永峰甘然朱成磊肖复明高志民江西省林业科学院江西省植物生物技术重点实验室南昌330032 国际竹藤中心国家林业和草原局/北京市竹藤科学与技术重点开放实验室北京100102

基于黄秆乌哺鸡竹(Phyllostachys vivax McClure f.aureocaulis N.X.Ma)转录组数据,利用生物信息学方法分析其ssr位点分布特征,同时针对“黄秆”和“绿秆”两种类型差异表达基因序列中的ssr位点设计引物,并利用刚竹属(Phyllostachys)材... 详细信息

基于黄秆乌哺鸡竹(Phyllostachys vivax McClure f.aureocaulis N.X.Ma)转录组数据,利用生物信息学方法分析其ssr位点分布特征,同时针对“黄秆”和“绿秆”两种类型差异表达基因序列中的ssr位点设计引物,并利用刚竹属(Phyllostachys)材料验证其通用性。结果显示,从黄秆乌哺鸡竹89874个Unigenes序列中,共鉴定出12651个ssr位点,分布频率为14.07%;其中单核苷酸重复基序最多(51.02%)、其次为3核苷酸(25.61%)和2核苷酸(21.94%);共发现80种重复基序,其中出现频率最高的为A/T(46.60%),其次是AG/CT(13.97%)和CCG/CGG(9.90%)。在设计的51对引物中,44对(86.27%)能有效扩增,在刚竹属材料中平均通用性为92.41%,其中39对具有多态性,多态性est-ssr标记能区分同属的不同种,但不能有效区分种内种质资源。

关键词：黄秆乌哺鸡竹转录组 est-ssr标记通用性

萱草est-ssr分子标记开发及开花性状的连锁分析

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分子植物育种 2023年

作者：叶远俊周熠玮谭健俊刘金梅王茜茜金红徐晔春深圳市城管宣教和发展研究中心广东省农业科学院环境园艺研究所广东省园林花卉种质创新与利用重点实验室深圳市仙湖植物园

萱草是国内外广泛栽种的园林花卉，观赏价值极高。本研究利用转录组测序大量开发est-ssr标记，对收集的60份萱草属种质资源进行聚类分析，同时调查花色、花葶高度、花朵直径、开花早晚、开花天数和连续开花特性等6个表型性状，对主要观... 详细信息

萱草是国内外广泛栽种的园林花卉，观赏价值极高。本研究利用转录组测序大量开发est-ssr标记，对收集的60份萱草属种质资源进行聚类分析，同时调查花色、花葶高度、花朵直径、开花早晚、开花天数和连续开花特性等6个表型性状，对主要观赏性状与est-ssr标记进行了连锁分析。结果表明，转录组共鉴定出7 335个est-ssr位点，三碱基重复位点数量最多，有3 991个，占总量的54.4%，其次是两碱基重复，占总量的38.8%。随机合成的300对est-ssr引物中，212对(70.1%)引物能扩增出预期大小的片段，67对(22.3%)引物在萱草不同品种间存在多态性。20对多态性引物利用共扩增出159个多态性位点，平均每个标记7.950个多态性位点。多态信息含量(PIC)分布范围为0.365～0.811，平均值0.640，表明供试群体遗传多样性较丰富。聚类分析和遗传结构分析结果基本一致，将整个群体分为3个类群，体现了萱草不同品种之间的亲缘关系和特异性。基于20个est-ssr标记和6个表型性状进行连锁分析，发现标记HF19与花朵直径极显著相关(P标记HF41和HF47与花朵直径和开花持续特性显著相关(P<0.05)，分别解释了11.27%和12.83%的表型变异。研究结果将加快推进萱草种质资源的分子辅助育种进程，为今后培育更多的优良萱草新品种提供理论依据。

关键词：萱草开花性状 est-ssr标记遗传多样性连锁分析

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同方期刊数据库

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用est-ssr标记对茶树种质资源的研究

遗传 2007年第1期29卷 103-108页

作者：金基强崔海瑞龚晓春陈文岳忻雅浙江大学原子核农业科学研究所杭州310029 杭州市农业科学院杭州310024

采用16对est-ssr引物对42份茶树品种资源进行了分析。在这些引物中，有13对可扩增出清晰条带，其中10对引物具有多态性，占76．9％。各多态性引物的PIC值变化范围为0．522～0．866，平均PIC值为0．730。10对多态性引物共检测到84种等位... 详细信息

采用16对est-ssr引物对42份茶树品种资源进行了分析。在这些引物中，有13对可扩增出清晰条带，其中10对引物具有多态性，占76．9％。各多态性引物的PIC值变化范围为0．522～0．866，平均PIC值为0．730。10对多态性引物共检测到84种等位基因型和74个等位变异，每对引物可检测到基因型和等位基因数分别为4—12和3～10种。42份供试材料间遗传距离为0．074～0．667，平均遗传距离为0．363，说明本实验所测试的材料具有较广的遗传变异。在相似系数为0．55的水平可将这些材料聚为3类，多数材料包含在第一类中。本研究表明，利用est-ssr标记进行茶树资源评价是有效的。

关键词：茶树 est-ssr标记种质资源分析

胡枝子叶片转录组特征分析及其est-ssr标记开发（英文）

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应用与环境生物学报 2018年第6期24卷 1338-1349页

作者：李林霖高信芬李诗琦陈金元郭丽娜何海徐波重庆师范大学生命科学学院重庆401331 中国科学院成都生物研究所中国科学院山地生态恢复与生物资源利用重点实验室成都610041 兰州大学生命科学学院兰州730000 六盘水师范大学生命科学与技术学院六盘水553004

胡枝子(Lespedeza bicolor)系豆科胡枝子属植物,性耐旱,是防风固沙及水土保持的优良植物.报道胡枝子的转录组序列,对其进行注释,并开发一系列est-ssr标记用于进化研究.主要研究结果如下:(1)采用二代测序技术对胡枝子叶片进行转录组测序... 详细信息

胡枝子(Lespedeza bicolor)系豆科胡枝子属植物,性耐旱,是防风固沙及水土保持的优良植物.报道胡枝子的转录组序列,对其进行注释,并开发一系列est-ssr标记用于进化研究.主要研究结果如下:(1)采用二代测序技术对胡枝子叶片进行转录组测序,得到120 913 unigenes,其平均长度为608 bp,N50的长度是978 bp.(2)分别在KEGG和KOG等数据库中对unigenes进行注释,总共注释72 613(60.05%)unigenes的功能.(3)筛选识别13 551个潜在的est-ssr标记;根据重复单位的核苷酸数目以及重复次数的多少,从中选择173个est-ssr标记进行引物设计.(4)对胡枝子和其他9种近缘种植物进行PCR扩增实验,最后得到56对引物可全部成功扩增出条带并表现出一定的多态性.本研究获得了较高质量的胡枝子转录组数据库,可进一步用于比较和功能基因组研究以及胡枝子及其近缘类群的基因表达研究;开发的est-ssr标记将提供一个强大的工具,可用于研究遗传多样性和种群结构、构建DNA指纹图谱数据库、生成遗传图谱、预测分子标记辅助育种和保存遗传信息.

关键词：胡枝子转录组功能注释 est-ssr标记

基于est-ssr标记的南方型黑杨主栽无性系鉴定及亲缘关系分析

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植物研究 2019年第5期39卷 770-778页

作者：袁佳秋田野洑香香南方现代林业协同创新中心南京林业大学林学院

以南方型黑杨引进后主栽区重点推广栽植的12个无性系为研究对象,利用est-ssr分子标记进行多态性分析,并建立无性系鉴定的指纹图谱,为优良黑杨无性系的推广提供依据。用est-trimmer对NCBI数据库中的est序列进行分析、MISA软件找出ssr位... 详细信息

以南方型黑杨引进后主栽区重点推广栽植的12个无性系为研究对象,利用est-ssr分子标记进行多态性分析,并建立无性系鉴定的指纹图谱,为优良黑杨无性系的推广提供依据。用est-trimmer对NCBI数据库中的est序列进行分析、MISA软件找出ssr位点后运用primer3在线设计获得的30对est-ssr引物,对12个黑杨无性系进行PCR扩增。经过筛选获得18对多态性引物,对12个黑杨无性系进行扩增获得88个等位基因,多态率为70.5%,平均观察等位基因数为2.1463,平均Shannon’s多样性指数为0.5927。通过5对引物组合(EU147、EU43、EU11、EU164和EU81)可以将12个黑杨无性系进行区分,并在此基础上构建指纹图谱。亲缘关系分析发现无性系间的遗传相似系数为0.6020~0.9040,平均值为0.7691;无性系间的遗传距离较近,与其均来源于美洲黑杨和欧美杨的相似遗传背景有关。总之,est-ssr标记可以对南方型黑杨主栽无性系进行有效鉴定。

关键词：南方型杨树 est-ssr标记无性系鉴定多态性