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Acta Genetica Sinica 2002年第10期29卷 865-870,T001页

作者：廖成赵慕钧李载平中国科学院上海生命科学院生物化学与细胞生物学研究所分子生物学国家重点实验室上海200031

利用est拼接技术、RT PCR及DNA序列测定 ,首次成功克隆了小鼠新基因mLPTS。获得的mLPTS基因片段长 12 4 4bp ,编码了一个由 332个氨基酸组成的蛋白质。该蛋白质与人的LPTS蛋白有 78%的同源性 ,LPTS基因是本实验室通过定位候选克隆策略... 详细信息

利用est拼接技术、RT PCR及DNA序列测定 ,首次成功克隆了小鼠新基因mLPTS。获得的mLPTS基因片段长 12 4 4bp ,编码了一个由 332个氨基酸组成的蛋白质。该蛋白质与人的LPTS蛋白有 78%的同源性 ,LPTS基因是本实验室通过定位候选克隆策略获得的一个新的肝癌相关基因。它在肝癌组织中不表达或低表达 ,并参与细胞生长的负调控。小鼠mLPTS基因在小鼠的各个组织中都有表达 ,与人LPTS基因的表达组织分布相同。分析比较了LPTS蛋白在不同物种间的序列同源性 ,发现LPTS在进化上是高度保守的 ,是一个具有重要功能的基因。将mLPTS基因与绿色荧光蛋白EGFP融合构建真核表达载体 ,在中国仓鼠卵CHO细胞中表达 ,发现mLPTS基因表达产物位于细胞核仁中 ,为进一步研究该基因的功能及作用途径提供了重要信息。

关键词：小鼠新基因 mLPTS 克隆表达 est拼接组织分布进化树亚细胞定位

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雷蒙德氏棉和亚洲棉SSR重复序列类型和丰度差异比较

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棉花学报 2008年第6期20卷 418-424页

作者：董薇杜雄明赖童飞中国农业科学院棉花研究所农业部棉花遗传改良重点开放实验室河南安阳455000

利用生物信息学相关方法对NCBI数据库中39277条亚洲棉(Gossypium arboretum L.)及63588条雷蒙德氏棉(Gossypium raimondiiL.)的est序列共计64.08Mb(约相当于基因组的6.02%)分别进行拼接,比较分析了两棉种简单重复序列的重复类型及丰度... 详细信息

利用生物信息学相关方法对NCBI数据库中39277条亚洲棉(Gossypium arboretum L.)及63588条雷蒙德氏棉(Gossypium raimondiiL.)的est序列共计64.08Mb(约相当于基因组的6.02%)分别进行拼接,比较分析了两棉种简单重复序列的重复类型及丰度差异。结果表明:拼接后的一致性序列中,亚洲棉比雷蒙德氏棉存在较高比例的单条序列簇;亚洲棉一至六碱基6种重复类型的SSR间隔距离分别比雷蒙德氏棉的大;亚洲棉中二到六碱基等5种重复类型的比例高于雷蒙德氏棉,但单碱基重复类型比例低于雷蒙德氏棉;两棉种的单碱基、四碱基和六碱基重复类型的优势重复基序和丰度也不同。因此,认为利用四、五、六碱基三种重复类型设计的SSR引物可以有效地鉴定亚洲棉和雷蒙德氏棉的基因组差异。对四倍体棉种的A、D亚组供体棉种中SSR的差异分析,为SSR标记开发、棉种起源和进化的深入研究提供更多有用的信息。

关键词：雷蒙德氏棉亚洲棉 est拼接 SSR丰度

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