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espl1基因在肺腺癌中的表达与预后分析

ESPL1基因在肺腺癌中的表达与预后分析

作者：何子蕊暨南大学

学位级别：硕士

研究背景肺腺癌是最常见的肺癌病理类型,约占所有肺癌的50%,且其发病率呈递增趋势。肺腺癌存在多种治疗手段,包括手术、化疗、放疗、免疫及靶向治疗,其中靶向治疗在临床中占据很重要的位置,患者在应用靶向治疗药物后,虽然生存质量有所提... 详细信息

研究背景肺腺癌是最常见的肺癌病理类型,约占所有肺癌的50%,且其发病率呈递增趋势。肺腺癌存在多种治疗手段,包括手术、化疗、放疗、免疫及靶向治疗,其中靶向治疗在临床中占据很重要的位置,患者在应用靶向治疗药物后,虽然生存质量有所提高,但生存率提高不明显。因此,临床需要新的基因及相应的靶向治疗药物来提高患者的生存率。外纺锤体极样-1(Extra spindle poles-like 1,espl1)基因在众多癌症发生发展中发挥重要作用。然而,espl1在肺腺癌中的作用尚不清楚。研究目的本研究拟通过生物信息学方法探讨基因espl1在肺腺癌中的作用及可能调控机制。研究方法通过TIMER数据库分析espl1在人类泛癌中的表达情况。从GEO(Gene Expression Omnibus)数据库下载肺腺癌基因芯片数据,从TCGA(The Cancer Genome Atlas Program)数据库下载肺腺癌RNA-seq数据,通过R软件验证espl1在肺腺癌中的表达情况以及在不同临床性状之间的表达。通过HPA(The Human Protein Atlas)数据库中的免疫组化验证espl1在肺腺癌中的蛋白表达并通过免疫荧光探讨espl1在细胞中的定位情况。通过XENA数据库探讨了 espl1的甲基化、基因拷贝数及突变情况。通过StarBase数据库、GEPIA(Gene Expression Profiling Interactive Analysis)数据库和 Kaplan-Meier plotter 数据库预测了 espl1上游可能的调控miRNA。接着,我们通过R软件评估了 espl1在肺腺癌中的诊断价值,通过KM(Kaplan-Meier)生存分析方法及Meta分析评估espl1在肺腺癌中的预后价值。单因素及多因素COX分析评估espl1在肺腺癌中的独立预后价值。GSEA(Gene Set Enrichment Analysis基因富集分析)分析肺腺癌中espl1可能的下游调控信号通路,并通过HPA数据库验证espl1与细胞周期调控之间的关系。最后,我们通过CellMiner数据库评估了 espl1与临床化疗药物之间的药物敏感性。研究结果espl1在15种癌症中高表达(包括肺腺癌),2种癌症中低表达。在TCGA及4个GEO数据集中,与癌旁正常组织相比,肺腺癌组织中espl1均呈现高表达,且随着T分期以及总TNM分期增加espl1表达增加,并具有较高的诊断价值。免疫组织化学染色结果也显示espl1蛋白在肺腺癌组织中呈现高表达。免疫荧光染色结果显示espl1主要表达于细胞核及囊泡。hsa-let-7b-5p的低表达可能负调控espl1的表达。在TCGA及5个GEO数据集中均显示espl1高表达的肺腺癌患者预后更差,Meta分析进一步验证了这一结果,且espl1可独立于其它临床性状成为肺腺癌患者预后的独立预测因子。GSEA分析及HPA数据库结果显示espl1高表达可能参与肿瘤细胞周期调控。药物敏感性分析结果显示Gefitinib(吉非替尼)和Lapatinib(拉帕替尼)可能成为espl1高表达肺腺癌患者靶向药物。研究结论我们研究表明espl1可作为肺腺癌临床诊断和预测预后的分子指标,且其有望成为肺腺癌的防治靶点。

关键词： espl1 肺腺癌诊断预后 Meta分析细胞周期药物敏感性

评估血清espl1对HBV相关肝细胞癌的诊断及预测复发的价值

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评估血清ESPL1对HBV相关肝细胞癌的诊断及预测复发的价值

作者：邓德丽广西医科大学

学位级别：硕士

研究背景:乙型肝炎病毒(HBV)感染是世界范围内的一个主要卫生和健康问题,也是慢性肝炎、肝硬化(LC)和肝细胞癌(HCC)的主要原因。尽管NAs类药物治疗HBV感染具有抗病毒作用,但仍然有一部分的HBV感染患者在经过长期有效的NAs类药物治疗后,... 详细信息

研究背景:乙型肝炎病毒(HBV)感染是世界范围内的一个主要卫生和健康问题,也是慢性肝炎、肝硬化(LC)和肝细胞癌(HCC)的主要原因。尽管NAs类药物治疗HBV感染具有抗病毒作用,但仍然有一部分的HBV感染患者在经过长期有效的NAs类药物治疗后,仍发展为肝细胞癌。本团队前期系列研究显示,在80%(8/10)的HBV相关肝细胞癌患者的肝癌组织中检测到HBV S基因与人基因整合,而这部分检测到整合基因的患者中有75%(6/8)发生HBV S基因与人espl1基因的融合,形成HBV S-Human espl1融合基因;慢性肝炎组、非HBV S基因整合组、乙肝肝硬化组、HBV相关肝细胞癌组、HBV S基因整合组患者外周血清人磷酸化外纺锤体极样蛋白1(espl1)水平依次升高,HBV相关肝细胞癌切除前组血清espl1水平高于HBV相关肝细胞癌切除后组;提示在HBV相关肝细胞癌切除后,espl1基因表达逐渐下降,血清espl1水平也随之下降,跟病情进展一致。但是缺乏HBV相关肝细胞癌发生前以及术后患者外周血清espl1动态水平的观察研究,评估血清espl1诊断HBV相关肝细胞癌及预测HBV相关肝细胞癌复发的价值。目的:评估慢性HBV感染者血清espl1的消长对诊断HBV相关肝细胞癌以及预测HBV相关肝细胞癌复发的价值。方法:本研究从广西医科大学第一附属医院感染性疾病科本团队慢性HBV感染长期抗病毒治疗队列中选取HBV相关肝细胞癌患者作为实验组,慢乙肝和肝硬化作为对照组。符合实验组入组标准的患者59例,将研究对象分为首发HBV相关肝细胞癌术前组、HBV相关肝细胞癌术后未复发组、HBV相关肝细胞癌术后复发组。各组采用酶联免疫吸附试验(ELISA)检测各组血清中的espl1水平。1.比较外周血清espl1与AFP水平,以及作为首发HBV相关肝细胞癌的诊断指标的准确度;2.分析HBV相关肝细胞癌术前术后外周血清espl1和AFP水平的消长;***相关肝细胞癌病理分级与外周血清espl1水平的关系。结果:***相关肝细胞癌患者外周血清espl1与AFP水平均高于慢CHB患者和LC患者:(1)血清espl1水平:CHB vs LC(105.67±52.12 vs203.73±68.46,P=0.000),CHB vs HCC(105.67±52.12 vs 300.64±91.06,P=0.000),LC vs HCC(203.73±68.46 vs 300.64±91.06,P=0.000);(2)血清AFP水平:CHB vs LC(2.79±2.7 vs 3.27±2.6,P=0.174),CHB vs HCC(2.79±2.7 vs 22.48±380.6,P=0.000),LC vs HCC(3.27±2.6 vs 22.48±380.6,P=0.001)。2.外周血清espl1与AFP水平诊断HBV相关肝细胞癌的可靠性分析:诊断首发HBV相关肝细胞癌Cut-off值:血清espl1为212.62 ng/ml、AFP为11.33 ng/ml,血清espl1与AFP诊断HBV相关肝细胞癌曲线下面积(0.89vs 0.78),灵敏度(89.8%vs 55.9%,P=0.000),特异度(90.0%vs93.3%,P=0.509),一致率(89.9%vs 74.8%,P=0.000)。3.外周血清espl1与AFP的消长:(1)首发HBV相关肝细胞癌术前组:外周血清espl1水平从首发HBV相关肝细胞癌前5年开始逐渐上升,到发生HBV相关肝细胞癌前3年超过Cut-off值,直到首发HBV相关肝细胞癌时达高峰;外周血清espl1与时间相关性较AFP水平更高R(0.91 vs0.62)。(2)HBV相关肝细胞癌术后未复发组:外周血清espl1水平从HBV相关肝细胞癌切除术后逐渐下降,到术后4年下降到Cut-off值以下;术后外周血清espl1与时间相关性较AFP水平更高R(0.86 vs 0.30);外周血清AFP水平从HBV相关肝细胞癌切除术后1年下降到正常,但是有波动。(3)HBV相关肝细胞癌术后复发组:单次复发患者外周血清espl1消长呈现“持续高水平型”占76.9%,“V字型”19.2%,持续下降型”占4.0%;患者外周血清AFP消长情况规律性不明显。多次复发患者外周血清espl1消长呈现“持续高水平型”57.1%,“波浪型”42.9%;患者外周血清AFP消长情况规律性不明显。***相关肝细胞癌患者的病理分级与外周血清espl1水平呈现正相关:肝细胞癌I级vs肝细胞癌II级(218.0±104.2 vs 301.2±76.5,P=0.041);肝细胞癌I级vs肝细胞癌III级(218.0±104.2 vs 340.8±76.7,P=

关键词： espl1 AFP 乙型肝炎病毒肝细胞癌融合基

血清espl1作为HBV S基因整合相关肝癌血清标志物的探讨

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血清ESPL1作为HBV S基因整合相关肝癌血清标志物的探讨

作者：臧伟伟广西医科大学

学位级别：硕士

研究背景:与肝癌发生有关的危险因素包括丙型肝炎病毒(hepatitis C virus,HCV)感染、乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)感染、酗酒、非酒精性脂肪性肝炎、长期食用被黄曲霉毒素污染的食物、有肝癌家族史以及其他原因引起的肝硬化等... 详细信息

研究背景:与肝癌发生有关的危险因素包括丙型肝炎病毒(hepatitis C virus,HCV)感染、乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)感染、酗酒、非酒精性脂肪性肝炎、长期食用被黄曲霉毒素污染的食物、有肝癌家族史以及其他原因引起的肝硬化等。其中,HBV感染是肝癌发生的主要危险因素。在HBV慢性感染期间,HBV可以通过DNA整合来影响整合位点周围基因功能,破坏或促进对细胞生长和分化至关重要基因的表达,从而促进肝细胞恶性转化。目前检测肝组织整合通常需要肝穿刺活检获得肝组织,然而,临床上肝穿刺活组织检查为有创检查,存在一定的风险和禁忌症。本课题组前期研究显示,发生HBV感染的肝癌患者,其肝癌组织中检测到80%(8/10)HBV S基因与宿主基因整合,而这部分患者中有75%(6/8)发生HBV S基因与人类espl1基因的融合,形成融合基因HBV S-Human espl1。因此,我们推测,乙肝相关性感染患者发生HBV基因与宿主基因整合之后更容易发生肝癌,这可说能与形成融合基因HBV S-Human espl1有关,但尚无相关报道。HBV S基因和宿主基因发生整合的患者形成的HBV S-Human espl1融合基因,可能会改变espl1基因表达的espl1仅存于细胞核内的特性从而能够被分泌到细胞外,并在血清中检测到espl1基因的过表达。是否血清espl1基因表达物可以作为筛查HBV S基因整合的相关肝癌以及肝癌高危人群的血清标记物?目的:探讨血清espl1水平作为肝癌以及肝癌高发人群的血清标志物的可行性。方法:本研究从慢性HBV感染的抗病毒治疗队列中选取符合入组标准的患者152例,将研究对象分为HBV S基因整合组、肝癌组、乙肝肝硬化组、非HBV S基因整合组以及慢性肝炎组。另外,本研究选择无HBV感染的健康人群作为正常对照组。采用酶联免疫吸附试验(ELISA)检测各组血清中的espl1水平。1.采用单因素方差分析方法比较HBV S基因整合组、非HBV S基因整合组以及正常对照组血清中的espl1水平;2.采用单因素方差分析方法比较HBV S基因整合组、肝癌组、乙肝肝硬化组、非HBV S基因整合组以及慢性肝炎组的espl1水平;3.采用配对样本T检验比较HBV相关肝癌患者在肝癌切除前与肝癌切除后血清中的espl1水平有无差异。结果:1.前期预实验结果显示:HBV S基因整合组血清espl1水平显著高于非HBV S基因整合组(385.1ng/ml vs 199.6ng/ml,P=0.000)和正常对照组(385.1ng/ml vs 31.1ng/ml,P值=0.000);非HBV S基因整合组血清espl1水平显著高于正常对照组,(199.6ng/ml vs 31.1ng/ml,P值=0.000);2.慢性HBV感染各组之间两两比较结果显示:(1)HBV S基因整合组血清espl1水平高于肝癌组(385.1ng/ml vs 282.4 ng/ml,P=0.008)、乙肝肝硬化组(385.1ng/ml vs 268.2ng/ml,P=0.004)、慢性肝炎组(385.1ng/ml vs95.8ng/ml,P=0.000);(2)肝癌组血清espl1水平高于慢性肝炎组(282.4vs 95.8 ng/ml,P=0.000)和非HBV S基因整合组(282.4 ng/ml vs 199.6ng/ml,P=0.048);非HBV S基因整合组血清espl1水平高于慢性肝炎组(199.6ng/ml vs 95.8ng/ml,P=0.003);(3)乙肝肝硬化组血清espl1水平高于非HBV S基因整合组(268.2 ng/ml vs 199.6 ng/m,P=0.048)和慢性肝炎组(268.2 ng/ml vs 95.8ng/ml,P=0.000);3.肝癌切除前组血清espl1水平高于肝癌切除后组,(261.6 ng/ml vs 176.4 ng/ml,T=3.816,P=0.001)。P值均espl1水平高于乙肝肝硬化组,(282.4 ng/ml vs 268.2ng/ml,P=0.666),P值>0.05,差异无统计学意义。结论:1.高水平的血清espl1与HBV S基因整合相关肝癌可能有一定的相关性;2.血清espl1是肝癌以及肝癌高发人群筛选和辅助诊断潜在的血清标志物

关键词： espl1 乙型肝炎病毒 HBV S基因整合融合基因

Hsa-let-7e靶向espl1调控结肠癌细胞的增殖、侵袭和凋亡的实验研究

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Hsa-let-7e靶向ESPL1调控结肠癌细胞的增殖、侵袭和凋亡的实验研究

作者：马诗扬中国医科大学

学位级别：硕士

目的:观察hsa-let-7e-5p通过调控espl1对结肠癌细胞增殖、侵袭和凋亡的作用,并初步探讨其机制。方法:采用TCGA数据库来分析hsa-let-7e-5p在结肠癌细胞和正常结肠细胞间表达水平的差异;并采用RT-PCR来观察hsa-let-7e-5p在结肠癌细胞系（S... 详细信息

目的:观察hsa-let-7e-5p通过调控espl1对结肠癌细胞增殖、侵袭和凋亡的作用,并初步探讨其机制。方法:采用TCGA数据库来分析hsa-let-7e-5p在结肠癌细胞和正常结肠细胞间表达水平的差异;并采用RT-PCR来观察hsa-let-7e-5p在结肠癌细胞系（SW480、HCT-116、HT-29）以及正常结肠细胞系（NCM460）中表达水平的差异;将hsa-let-7e-5p-mimcis转染至结肠癌细胞系内并检测转染后hsa-let-7e-5p的表达水平,采用CCK8、Transwel和流式细胞术实验检测过表达hsa-let-7e-5p结肠癌细胞系的增殖、侵袭和凋亡水平;采用Targetscan预测hsa-let-7e-5p与espl1的靶向关系;以TCGA数据库分析espl1在结肠癌细胞和正常结肠细胞间表达水平的差异;并以WB和RT-PCR实验分析espl1在结肠癌细胞系与正常结肠细胞系间蛋白和m RNA表达水平的差异;通过双荧光素酶报告分析hsa-let-7e-5p对espl1的靶向关系;以WB和RT-PCR实验观察hsa-let-7e-5p的表达水平对espl1在蛋白和m RNA表达水平上的影响;将外源性的espl1转入过表达hsa-let-7e-5p的结肠癌细胞系内并检测hsa-let-7e-5p的表达水平,采用CCK8试验、Transwel和流式细胞术实验观察转入外源性的espl1对过表达hsa-let-7e-5p的结肠癌细胞系增殖、侵袭和凋亡的影响。结果:TCGA数据库分析显示,与正常结肠细胞相比,结肠癌细胞中hsa-let-7e-5p低表达;RT-PCR显示,与正常结肠细胞系相比,结肠癌细胞系中hsa-let-7e-5p的表达水平显著降低（P＜0.05）,其中SW480细胞系中hsa-let-7e-5p的表达水平最低（P＜0.01）;与阴性对照组相比,转染hsa-let-7e-5p-mimcis的SW480细胞系中hsa-let-7e-5p的表达量显著升高（P＜0.01）,CCK8实验显示hsa-let-7e-5p可显著抑制SW480细胞系的增殖能力（P＜0.01）,Transwell实验显示hsa-let-7e-5p可显著抑制SW480细胞系的侵袭能力（P＜0.01）,流式细胞术凋亡实验显示hsa-let-7e-5p可显著促进SW480细胞系的凋亡（P＜0.01）;Targetscan预测显示hsa-let-7e-5p与espl1存在碱基互补配对的靶向关系;TCGA数据库分析显示与正常结肠细胞相比,结肠癌细胞中espl1高表达;WB和RT-PCR实验显示,与NCM460细胞系相比SW480细胞系中espl1的蛋白和m RNA表达水平显著升高（P＜0.001）,（P＜0.01）;双荧光素酶报告提示,hsa-let-7e-5p在转录后水平直接靶向espl1（P＜0.01）;WB和RT-PCR显示,过表达hsa-let-7e-5p的SW480细胞系中espl1的蛋白和m RNA表达水平均下降（P＜0.01）;与对照组相比,转入外源性espl1的过表达hsa-let-7e-5p的SW480细胞系中hsa-let-7e-5p的表达水平显著降低（P＜0.01）,CCK8试验、Transwell和流式细胞凋亡实验显示,转入外源espl1可挽救hsa-let-7e-5p对SW480细胞系的增殖和侵袭能力的抑制,并挽救其对凋亡的促进（P＜0.01）。结论:hsa-let-7e-5p在结肠癌细胞中低表达,espl1在结肠癌细胞中高表达。hsa-let-7e-5p对espl1具有负向靶向调控作用,并且hsa-let-7e-5p通过负向调控espl1的表达水平进而抑制结肠癌细胞的增殖和侵袭,并促进细胞凋亡。提示hsa-let-7e-5p通过靶向espl1从而在结肠癌中发挥抑癌作用。

关键词：结肠癌 miRNA hsa-let-7e-5p espl1 增殖侵袭凋亡

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espl1基因在卵巢癌中的表达及意义

医药论坛杂志 2023年第9期44卷 25-30页

作者：饶玉梅郑州大学第一附属医院妇科郑州450052

目的探讨分离酶(espl1)基因在卵巢癌中的表达及意义。方法利用GEPIA数据库,对比相应正常组织,分析espl1在泛癌及卵巢癌中的表达。运用The Human Protein Atlas数据库,分析espl1蛋白在卵巢及卵巢癌组织中表达及定位;应用String数据库绘... 详细信息

目的探讨分离酶(espl1)基因在卵巢癌中的表达及意义。方法利用GEPIA数据库,对比相应正常组织,分析espl1在泛癌及卵巢癌中的表达。运用The Human Protein Atlas数据库,分析espl1蛋白在卵巢及卵巢癌组织中表达及定位;应用String数据库绘制espl1基因的相关蛋白网络图,并进行基因功能富集分析。使用Kaplan-Meier Plotter网站,对espl1表达影响不同临床特征患者预后指标及化疗药物疗效进行分析。结果 espl1在14种恶性肿瘤中表达明显上调,而在食管癌中表达量下调;与正常卵巢组织相比,在卵巢癌中espl1基因在mRNA及蛋白质水平的表达显著升高,在卵巢癌中表达定位于细胞膜或浆及核中。与espl1基因相互作用蛋白有SMC3、KIF11、PTTG1等10个,主要富集在细胞周期、卵母细胞减数分裂等信号通路。Kaplan-Meier生存分析显示,espl1高表达的卵巢癌患者总生存时间明显短于espl1低表达者,且临床I+II期患者总生存期较短(Pespl1高表达组较低表达组总生存期下降,有显著差异(Pespl1基因在多种肿瘤组织及卵巢癌组织中高表达;其相互作用的网络蛋白主要富集在细胞周期信号通路;高表达espl1基因的卵巢癌患者预后差,特别是早期卵巢癌患者,化疗药物不宜选择多西他赛。该基因也许可作为卵巢癌预后及一线化疗药物选择潜在参考指标。

关键词： espl1 卵巢癌 GEPIA Kaplan-Meier Plotter

基于生物信息学分析espl1基因在肺腺癌中表达与突变的临床意义

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分子诊断与治疗杂志 2021年第11期13卷 1756-1760页

作者：柳家翠黄奔程庆元蔡伟国段怡平陈梁玥马甜甜朱翠雯喻明霞武汉大学中南医院基因诊断中心湖北武汉430071 武汉大学中南医院影像科湖北武汉430071

目的研究espl1在肺腺癌中的表达及突变情况,探索espl1在肺腺癌中的预后价值及生物学功能。方法TCGA数据库中下载并整理肺腺癌中espl1基因表达数据及患者的临床病理信息,比较espl1在肺腺癌与正常组织中的表达差异。通过c Bioportal分析ES... 详细信息

目的研究espl1在肺腺癌中的表达及突变情况,探索espl1在肺腺癌中的预后价值及生物学功能。方法TCGA数据库中下载并整理肺腺癌中espl1基因表达数据及患者的临床病理信息,比较espl1在肺腺癌与正常组织中的表达差异。通过c Bioportal分析espl1基因突变率及突变患者的预后情况。Kaplan-Meier法分析espl1表达对患者预后的影响并利用GEPIA与Kaplan Meier-plotter在线工具对此进行验证。通过COX回归分析espl1表达与肺腺癌患者临床预后相关性,用STRING数据库探索与espl1共表达的蛋白互作网络。利用GSEA富集分析预测espl1在肺腺癌中参与的分子通路。结果espl1表达在肺腺癌中显著上调(Pespl1在TCGA数据库样本中突变率为1.6%且突变组患者生存率显著降低,差异有统计学意义(Pespl1高表达组患者的总体生存率低于低表达组,差异有统计学意义(Pespl1的表达水平与stage分期及远处转移显著相关(P1.122,95%CI:1.014~1.241,Pespl1主要富集在细胞周期、碱基切除修复及Wnt信号通路等。结论espl1在肺腺癌患者中高表达并具有一定突变率,可参与多种信号通路促进肺腺癌的发生发展并影响其预后,espl1有望成为评价肺腺癌预后及治疗靶点。

关键词： espl1 肺腺癌 TCGA 预后临床意义

肉鸡VVD全基因组甲基化差异分析及候选基因功能验证

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肉鸡VVD全基因组甲基化差异分析及候选基因功能验证

作者：马岩超河南农业大学

学位级别：硕士

现代育种技术的不断进步,快大型肉鸡实现了更快的生长速度和更高的饲料转化率。但定向选育使肉鸡养殖过程中腿病问题突出,严重影响了肉鸡养殖业的经济效益。肢体内外翻畸形(Valgus-varus deformity,VVD)是当前肉鸡养殖业中最常见的腿病... 详细信息

现代育种技术的不断进步,快大型肉鸡实现了更快的生长速度和更高的饲料转化率。但定向选育使肉鸡养殖过程中腿病问题突出,严重影响了肉鸡养殖业的经济效益。肢体内外翻畸形(Valgus-varus deformity,VVD)是当前肉鸡养殖业中最常见的腿病之一。VVD是一种肉鸡和火鸡常见的长骨畸形病,以胫跗骨和跗跖骨之间内翻或外翻为特征,严重影响了肉鸡的运动能力和肉品质。然而,目前对VVD肉鸡发生的遗传病因尚不清楚,制约了针对该病的遗传选育,目前尚未有效的防治方法。本研究以科宝肉鸡VVD为研究对象,运用全基因组甲基化测序技术,构建甲基化图谱,筛选关键致病基因,进一步在细胞水平上进行功能验证,主要结果如下:研究一:VVD肉鸡软骨组织全基因组DNA甲基化研究1、以35日龄科宝肉鸡软骨组织为材料(VVD组和正常组肉鸡各3只),进行全基因组甲基化测序,共获得219.8 Gb数据。2、VVD组和正常组肉鸡软骨组织的全基因组甲基化图谱显示:在CG序列环境中,VVD组筛选出相对更多的高甲基化水平的差异甲基化区域(DMR),而正常组筛选出相对更多的低甲基化水平的DMRs。VVD肉鸡的总体甲基化水平高于健康组。3、通过分析VVD组和正常组肉鸡软骨组织的全基因组甲基化测序数据,筛选得到4315个DMRs。从这些DMRs中共鉴定出2326个差异甲基化基因(DMG),其中1159个基因存在甲基化水平上调的DMRs,936个基因存在甲基化水平下调的DMRs,231个基因存在两种类型DMRs。这些DMGs主要富集在细胞发育、细胞分化、胚胎发育和骨骼发育等相关通路。研究二:VVD肉鸡腿肌组织全基因组DNA甲基化研究1、以35日龄科宝肉鸡腿肌组织为材料(VVD组和正常组肉鸡各3只),进行全基因组甲基化测序,共获得217.9 Gb数据。2、VVD组和正常组肉鸡腿肌组织的全基因组甲基化图谱显示:正常组筛选出相对更多的高甲基化水平DMRs,而VVD组筛选出相对更多的低甲基化水平的DMRs。3、通过分析VVD组和正常组肉鸡腿肌组织的全基因组甲基化测序数据,筛选得到2609个DMRs,从这些DMRs中共鉴定出1555个DMGs,其中768个基因的存在甲基化水平上调的DMRs,613个基因存在甲基化水平下调的DMRs,174个基因存在两种类型DMRs。这些DMGs主要富集在蛋白质降解、肌肉萎缩、骨骼肌合成与分解失调等相关通路。研究三:VVD肉鸡软骨组织致病基因筛选及功能验证1、VVD肉鸡软骨组织甲基化数据与转录组数据的联合分析结果显示:在CG序列环境中,基因前后2 Kb区域甲基化水平和mRNA表达水平呈负相关;在CHG和CHH序列环境中基因前后2 Kb区域甲基化水平和mRNA表达水平呈正相关。差异甲基化基因和差异表达基因联合分析结果显示,63个基因存在交集。63个基因的蛋白互作分析结果显示,espl1、PRC1、MELK、KIF2C、MK167、CDK1和NCAPG蛋白存在互作关系。2、相关性分析结果表明,候选基因espl1启动子区的DNA甲基化水平与mRNA表达水平呈负相关关系(r=-0.6073,P=0.2011)。espl1基因启动子区差异甲基化区域显示了19个潜在的转录结合位点。3、甲基转移酶抑制剂5-氮杂胞苷(5-AzaC)对软骨细胞活性影响的结果显示,当添加不同浓度5-AzaC作用12 h的时候,只有1000μmol/L 5-AzaC组的软骨细胞活性受到抑制(P10μmol/L和1000μmol/L时,实验组软骨细胞活性极显著低于对照组(P1);当添加浓度为10μmol/L 5-AzaC时,实验组软骨细胞活性显著低于对照组(P10μmol/L 5-AzaC组达到显著水平(P1000μmol/L 5-AzaC组达到极显著水平(P100μmol/L 5-AzaC组未达到显著水平。48 h的时候,仅有1000μmol/L 5-AzaC组的软骨细胞活性显著低于对照组(P100μmol/L甲基转移酶抑制剂作用12 h,试验组中的espl1的mRNA表达量极显著高于对照组的表达量(P1),DNMT1的mRNA表达量极显著低于对照组(P1),DNMT3A的mRNA表达量显著低于对照组(P1、VVD肉鸡腿肌组织甲基化数据与转录组数据的联合分析结果显示:在CG序列环境中,基因前后2 Kb区域甲基化水平和mRNA表达水平呈负相关;在CHG和CHH序列环境中,基因前后2

关键词：肉鸡 VVD 甲基化 espl1 MYL9