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Species of Lasiodiplodia associated with mango in Brazil

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Fungal Diversity 2013年第4期61卷 181-193页

作者： Marília W.Marques Nelson B.Lima Marcos Antônio de Morais Jr Maria Angélica G.Barbosa Breno O.Souza Sami J.Michereff Alan J.L.Phillips Marcos P.S.Câmara Departamento de Agronomia Universidade Federal Rural de Pernambuco52171-900 RecifeBrazil Departamento de Genética Universidade Federal de Pernambuco50732-970 RecifeBrazil Embrapa Semi-Árido 56302-970 PetrolinaBrazil Centro de Recursos Microbiológicos Departamento de Ciências da VidaFaculdade de Ciências e TecnologiaUniversidade Nova de Lisboa2829-516 CaparicaPortugal

Mango(Mangifera indica)is a major tropical fruit species cultivated in *** objective of this study was to identify species of Lasiodiplodia associated with dieback and stem-end rot of mango in the semi-arid region of Northeastern Brazil,and compare the species in relation to mycelial growth,pathogenicity and virulence.A total of 120 isolates of Lasiodiplodia were used and identifications were made using a combination of morphology and phylogenetic analysis based on partial translation elongation factor 1-αsequence(ef1-α)and internal transcribed spacers(ITS).The following species were identified:Lasiodiplodia crassispora,***,***,***,***,*** and Lasiodiplodia sp..Lasiodiplodia theobromae was the most frequently isolated species,which represented 41%of all the *** this species had been previously reported on mango in Brazil,while the other species represent the first report associated with mango tree diseases in this *** crassispora is reported for the first time associated with mango diseases *** were significant differences in mycelial growth rates among the Lasiodiplodia species and also in the optimum temperature for *** species of Lasiodiplodia were pathogenic on mango *** were significant differences in virulence among the species,wherein *** and Lasiodiplodia *** the most virulent,while the least virulent were ***,***,*** and ***.

关键词： Botryosphaeriaceae Mangifera indica ITS ef1-α Phylogeny Virulence

Species of Lasiodiplodia associated with papaya stem-end rot in Brazil

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Fungal Diversity 2014年第4期67卷 127-141页

作者： Mariote S.B.Netto Iraíldes P.Assuncao Gaus S.A.Lima Marília W.Marques Waléria G.Lima Jean H.A.Monteiro Valdir de Queiroz Balbino Sami J.Michereff Alan J.L.Phillips Marcos P.S.Camara Departamento de Agronomia Universidade Federal Rural de Pernambuco52171-900 RecifePernambucoBrazil Centro de Ciencias Agrárias Universidade Federal de Alagoas57100-000 Rio LargoAlagoasBrazil Departamento de Genética Universidade Federal de Pernambuco50732-970 RecifeBrazil Centro de Recursos Microbiológicos Departamento de Ciencias da VidaFaculdade de Ciencias e TecnologiaUniversidade Nova de Lisboa2829-516 CaparicaPortugal

This study aims to identify and characterize species of Lasiodiplodia associated with stem-end rot of papaya in six different populations in the Northeast of *** identifications were made using a combination of morphology together with a phylogenetic analysis based on partial translation elongation factor 1-αsequence(ef-1α)and internal transcribed spacers(ITS).Five species of Lasiodiplodia were identified:Lasiodiplodia brasiliense ***.,***,*** ***.,*** and *** *** had previously been reported in papaya,while all the other species are reported for the first time in association with this host in Brazil and *** theobromae was the most prevalent *** species of Lasiodiplodia were pathogenic on papaya fruit,with *** being the most virulent.

关键词： Botryosphaeriaceae Carica papaya Fruit rot ef1-α ITS Phylogeny Virulence

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蓝莓茎溃疡病病原菌鉴定及品种抗病性研究

植物病理学报 2017年第6期47卷 721-729页

作者：李媛石凌波费诺亚孟婷婷傅俊范严雪瑞沈阳农业大学植物保护学院沈阳110866

在浙江及福建蓝莓产区发现一种蓝莓茎部病害,病斑呈棕黄色至棕黑色,严重时引起蓝莓整株枯死。对病样进行分离得到具有致病性的36个分离株。通过对菌株的形态学研究及系统发育分析,将致病菌鉴定为Diaporthe hongkongensis,本文系国内外... 详细信息

在浙江及福建蓝莓产区发现一种蓝莓茎部病害,病斑呈棕黄色至棕黑色,严重时引起蓝莓整株枯死。对病样进行分离得到具有致病性的36个分离株。通过对菌株的形态学研究及系统发育分析,将致病菌鉴定为Diaporthe hongkongensis,本文系国内外首次报道***危害蓝莓。对代表菌株的生物学特性进行研究表明:菌落生长最适温度为25℃;最适培养基为PDA;菌落生长对光照不敏感。采用菌饼刺伤接种活体枝条的方法对10个蓝莓主栽品种进行抗病性测定,结果显示:不同蓝莓品种对该病菌表现出敏感差异,其中‘爱国者’、‘瑞卡’、‘日出’、‘奥林匹亚’、‘都克’、‘托柔’、‘蓝丰’相对抗病;‘北陆’、‘埃利奥特’、‘达柔’相对感病。

关键词：蓝莓间座壳生物学特性 ITS ef1-α

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苹果树腐烂病病原种类及其亲缘关系分析

新疆农业科学 2022年第3期59卷 700-706页

作者：李亚鹏张王斌仪子博塔里木大学植物科学学院新疆阿拉尔843300 塔里木大学南疆农业有害生物综合治理重点实验室新疆阿拉尔843300

【目的】研究苹果树腐烂病菌的种类及其亲缘关系,为有效防治苹果树腐烂病提供理论依据。【方法】以阿克苏地区不同区域苹果树腐烂病病样为材料,采用常规组织分离法和枝条烫伤接种法分离和鉴定菌株,记录形态学特征和发病情况;利用分子生... 详细信息

【目的】研究苹果树腐烂病菌的种类及其亲缘关系,为有效防治苹果树腐烂病提供理论依据。【方法】以阿克苏地区不同区域苹果树腐烂病病样为材料,采用常规组织分离法和枝条烫伤接种法分离和鉴定菌株,记录形态学特征和发病情况;利用分子生物学方法获得β-tubulin与ef1-α序列,在NCBI网站对比分析Blast同源性,采用邻接法构建系统发育树分析同源性。【结果】菌丝生长最适温度20~30℃,最适pH值为5~6,最适碳氮源分别是葡萄糖和蛋白胨;共分离出11个菌株,将菌株接种到健康苹果枝条上均可发病且能分离出相同的菌株,各菌株分别与Valsa mali和Valsa ceratosperma具有较近的亲缘关系。【结论】阿克苏地区苹果树腐烂病菌为黑腐皮壳属***(无性型***)和***(无性型***),其中***为阿克苏地区的主要致病种,在PDA上存在不同类型的培养性状。

关键词：苹果树腐烂病菌 β-tubulin ef1-α 培养性状

基于DNA序列分析的中国灵芝遗传多样性与群体遗传分化研究

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基于DNA序列分析的中国灵芝遗传多样性与群体遗传分化研究

作者：刘雪莹北京林业大学

学位级别：硕士

灵芝(Ganoderma lingzhi)是我国沿用两千多年的药用真菌,具有丰富的药理活性和巨大的药用价值,能够抗氧化、抗衰老、镇静、强心、降血糖血脂、调节免疫系统,多年来一直是医药领域的研究热点。目前我国灵芝的人工栽培已形成规模,但野生... 详细信息

灵芝(Ganoderma lingzhi)是我国沿用两千多年的药用真菌,具有丰富的药理活性和巨大的药用价值,能够抗氧化、抗衰老、镇静、强心、降血糖血脂、调节免疫系统,多年来一直是医药领域的研究热点。目前我国灵芝的人工栽培已形成规模,但野生灵芝相对栽培灵芝更具有遗传学上的意义。研究灵芝的遗传多样性和遗传变异能够为灵芝的种质资源保护和良种筛选提供重要的理论依据。本研究收集了全国各地168个灵芝样本,按采集地生境划分为8个地理群体,采用内转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)和翻译延长因子1-α(ef1-α)两种基因片段分子标记方法,基于种群和地理群体两个层面研究了我国野生灵芝的遗传多样性和群体遗传分化。基于ITS序列对中国8个不同地理群体灵芝的分子变异、遗传多样性、群体遗传分化程度进行了分析。结果表明:(1)168个灵芝样品中共检测到39个单倍型(H1-H39),表现出高单倍型多样性、低核苷酸多样性(Hd=0.867±0.018,Pi=0.00304±0.00024),遗传多样性水平较低,各地理群体的遗传多样性水平相差不大。(2)TCS单倍型网络图和基于ML、NJ法构建的单倍型系统发育树显示,种群发生过局部扩张,各地理群体的遗传距离与地理距离之间没有形成对应关系,二者没有明显的相关性。(3)AMOVA分析结果显示不同地理群体间的遗传变异占4.33%,群体内的变异占95.67%,遗传分化主要来自于不同地理群体内部。总体和各地理群体的中性检验结果显示,群体扩张遵循中性进化,种群经历过瓶颈效应后部分地理群体发生过扩张,总体上种群大小保持相对稳定。(4)整体的遗传分化指数Fst为0.04331,基因流Nm=2.99,表明各地理群体间存在频繁的基因交流,群体遗传分化较小。基于ef1-α序列对中国8个不同地理群体灵芝的分子变异、遗传多样性和群体遗传分化的研究结果表明:(1)110个灵芝样品中共检测到14个单倍型(h1-h14),表现出较低的遗传多样性水平(Hd=0.502±0.051,Pi=0.00287±0.00035),各群体的遗传多样性水平有相对较大的差距。(2)TCS单倍型网络图和基于ML、NJ法构建的单倍型系统发育树显示,种群没有发生过扩张,各地理群体的遗传距离与地理距离之间没有形成对应关系,二者没有明显的相关性。(3)AMOVA分析结果显示不同地理群体间的遗传变异占5.92%,群体内的变异占94.08%,遗传分化主要来自于各地理群体内部。总体和各地理群体的中性检验结果显示,没有发生明显的群体扩张,群体大小稳定的动态平衡。(4)整体的遗传分化指数Fst为0.05919,基因流Nm=5.98,表明各地理群体间存在非常频繁的基因交流,群体遗传分化较小。基于ITS和ef1-α两种基因分子标记的灵芝遗传多样性、群体遗传分化和种群动态历史分析得到的结果相似。我国野生灵芝的遗传多样性较低,地理群体间的遗传距离、遗传分化程度低,绝大部分的遗传分化来自于个体的差异,推测原因可能为种群扩张历史较短,分布范围较窄,造成遗传多样性偏低,各群体间遗传分化不大。

关键词： ITS ef1-α 分子标记单倍型药用菌

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中国境内东方蜜蜂群体亚分化研究

中国境内东方蜜蜂群体亚分化研究

作者：田嵩浩山西农业大学

学位级别：硕士

本研究采用公开的引物对中国境内19个地区的东方蜜蜂线粒体基因tRNAIle～ND2和16S rRNA,以及核基因ef1-a的部分序列进行了扩增、测序,并与其它地区东方蜜蜂的相应序列进行了比对分析,以进一步了解我国境内东方蜜蜂群体的亚分化状况。结... 详细信息

本研究采用公开的引物对中国境内19个地区的东方蜜蜂线粒体基因tRNAIle～ND2和16S rRNA,以及核基因ef1-a的部分序列进行了扩增、测序,并与其它地区东方蜜蜂的相应序列进行了比对分析,以进一步了解我国境内东方蜜蜂群体的亚分化状况。结果如下： 1.扩增获得的tRNAIle～ND2基因的部分序列大小为471bp-474bp,序列中共有13个变异位点,其中转换位点14个,颠换位点2个,碱基插入和缺失位点3个。序列相似性分析结果显示：19个地区tRNAIle～ND2基因序列中,海南海口与福建福州的相似性最低,为92.7%;云南昆明与云南西双版纳的相似性最高,为97.9%。ND2基因部分蛋白比对结果显示,仅山西沁源东方蜜蜂有一个位点发生变异,由Q（谷氨酰胺）→K（赖氨酸）。基于tRNAIle～ND2基因部分序列所构建的系统发育树显示,共有4个大的分支,其中沙巴蜂、泰国东方蜜蜂、海南东方蜜蜂各为一个分支,越南东方蜜蜂、尼泊尔东方蜜蜂和我国其它18个地区的东方蜜蜂为一大分支。 2.16S rRNA基因的部分序列大小为581bp-585bp,序列中共有6个变异位点,其中转换位点1个,碱基插入和缺失位点5个。序列相似性分析结果显示：19个地区中,四川宜宾、吉林安图和吉林桦甸的相似性最低,为97.9%,福建福州、广东广州、甘肃天水、广西钦州、山西沁水和山西沁源与其他大部分地区的相似性为100%。基于本研究所获得的16S rRNA部分基因序列所构建的系统发育树显示,共出现2个大的分支,其中海南海口的东方蜜蜂为一个单独的分支,其余18个地区的东方蜜蜂为一个分支。 ***1-α基因部分序列片段大小均为306bp,序列中共3个变异位点,其中碱基转换位点1个,碱基颠换位点2个。序列相似性分析结果显示：19个地区efl-α基因序列中,广东广州、四川九寨和四川宜宾的相似性最低,为99.3%;除广东广州、四川九寨和四川宜宾3个地区外的其它地区间的序列相似性均为100%。基于ef1-α基因非编码区序列所构建的系统发育树显示,共出现4个大的分支,其中黑小蜜蜂和小蜜蜂、大蜜蜂、西方蜜蜂各为一个分支,我国19个地区东方蜜蜂、沙巴蜂和绿努蜂为一个大的分支。 4.本研究测序结果已在美国国家生物信息中心（NCBI）网站GenBank上登录,登录号为：KF663574～KF663592、KF572594～KF572612和KF663570～KF663573。 5.基于线粒体两基因的系统发育分析表明,海南东方蜜蜂明显区别于其它地区的东方蜜蜂,支持其作为一个新亚种的结论;阿坝地区的东方蜜蜂可能属于高海拔地区的一种生态型,未支持其单独作为一个亚种的结论;吉林3个地区的东方蜜蜂之间亲缘关系较近,可能是一个生态型;云南东方蜜蜂的变异比较丰富。 6.基于ef1-α基因的系统发育分析表明,我国19个地区东方蜜蜂ef1-α基因非编码区部分序列与印度尼西亚、斯里兰卡和马来西亚的东方蜜蜂相应序列高度相似。聚类分析结果表明,ef1-α基因不能很好地用于东方蜜蜂的亚种分类,但是在蜜蜂高阶元的分类上是一个很好的分子标记。

关键词：东方蜜蜂 tRNAIle~ND2 16S rRNA ef1-α 序列分析系统发育

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一株寄生茶大灰象甲的棒束孢菌的分子鉴定

茶叶学报 2019年第2期60卷 80-84页

作者：王定锋李良德李慧玲张辉王庆森吴光远福建省农业科学院茶叶研究所

分子标记作为一种快速、有效、精准的鉴定工具,在昆虫病原真菌新种的鉴定中发挥重要的作用。为明确一株分离自茶大灰象甲的棒束孢If410的具体分类归属,我们对该菌株的rDNA-ITS,ef1-α和β-tubulin等3个分子标记基因进行了PCR扩增、测序... 详细信息

分子标记作为一种快速、有效、精准的鉴定工具,在昆虫病原真菌新种的鉴定中发挥重要的作用。为明确一株分离自茶大灰象甲的棒束孢If410的具体分类归属,我们对该菌株的rDNA-ITS,ef1-α和β-tubulin等3个分子标记基因进行了PCR扩增、测序和系统发育树构建,最终明确了其为玫烟色棒束孢Isariafumosorosea。本研究结果将为今后更好地利用玫烟色棒束孢来防治茶大灰象甲和其它鞘翅目害虫奠定基础。

关键词：棒束孢菌茶大灰象甲分子鉴定 rDNA-ITS ef1-α β-tubulin

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一株茶籽象甲寄生真菌的分子鉴定

茶叶学报 2020年第2期61卷 90-94页

作者：王定锋李良德李慧玲张辉王庆森曾明森吴光远福建省农业科学院茶叶研究所福建福州350012

分子标记是一种快速、有效和精准的鉴定工具,在虫生真菌新种的鉴定中发挥重要的作用。为明确一株分离自茶籽象甲的寄生真菌的具体分类归属,我们对该菌株的ef1-α和Bloc两个分子标记基因进行了PCR扩增、测序和系统进化树构建,最终明确了... 详细信息

分子标记是一种快速、有效和精准的鉴定工具,在虫生真菌新种的鉴定中发挥重要的作用。为明确一株分离自茶籽象甲的寄生真菌的具体分类归属,我们对该菌株的ef1-α和Bloc两个分子标记基因进行了PCR扩增、测序和系统进化树构建,最终明确了该寄生真菌为球孢白僵菌Beauveria bassiana。本研究结果将为今后更好地利用球孢白僵菌来防治茶园鞘翅目害虫提供参考。

关键词：茶籽象甲球孢白僵菌分子鉴定 ef1-α Bloc