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应用diversilab分型系统对奶制品中的阪崎肠杆菌进行同源性分析

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中国乳品工业 2012年第6期40卷 11-14页

作者：郑晶唐中伟陈彬黄晓蓉林杰吴谦张体银福建出入境检验检疫局福州350001 福建农林大学福州350002

为研究奶制品污染中阪崎肠杆菌的同源性关系,并建立起阪崎肠杆菌基于重复序列的分型技术。对2005-2006年福建省出入境检验检疫局从各类奶制品中分离出的阪崎肠杆菌先进行API鉴定,然后进行diversilab分型。其中diversilab分型包括:DNA提... 详细信息

为研究奶制品污染中阪崎肠杆菌的同源性关系,并建立起阪崎肠杆菌基于重复序列的分型技术。对2005-2006年福建省出入境检验检疫局从各类奶制品中分离出的阪崎肠杆菌先进行API鉴定,然后进行diversilab分型。其中diversilab分型包括:DNA提取,rep-PCR和微电泳芯片分离检测。rep-PCR条件为:94℃预变性2 min;94℃变性30 s,55℃退火30 s,70℃延伸90 s,35个循环;最后70℃延伸3 min。结果表明:31株阪崎肠杆菌被API分成了5种不同的生物型,diversilab分型能将阪崎肠杆菌分为不同的亚型,但它们之间没有必然的联系。部分同一企业来源的菌株具有同源性,样品的同源性与采样地无关。diversilab分型系统是一种快速,高效,易于操作,高重复性,高分辨率的基因分型方法,可作为食源性污染的同源性分型工具。

关键词： diversilab分型系统阪崎肠杆菌同源性分析

南疆地区结核分枝杆菌复合群耐药性及同源性分析

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临床检验杂志 2014年第2期32卷 144-147页

作者：吴会丽张朝霞黄艳春新疆医科大学附属肿瘤医院检验科乌鲁木齐830011 新疆医科大学第一附属医院医学检验中心乌鲁木齐830054

目的了解新疆南疆地区的结核分枝杆菌复合群耐药情况及各菌株间的同源性。方法用改良罗氏培养基培养分离菌株及初步鉴定菌种;用比例法对分离菌株进行药物敏感实验;随机抽取50株耐药结核分枝杆菌复合群菌株,用diversilab系统进行分型及... 详细信息

目的了解新疆南疆地区的结核分枝杆菌复合群耐药情况及各菌株间的同源性。方法用改良罗氏培养基培养分离菌株及初步鉴定菌种;用比例法对分离菌株进行药物敏感实验;随机抽取50株耐药结核分枝杆菌复合群菌株,用diversilab系统进行分型及同源性分析。结果共分离出371株分枝杆菌,结核分枝杆菌314株,牛型结核分枝杆菌55株,非结核分枝杆菌2株。371株中119株(32.1%)有耐药性。根据diversilab系统同源性的判断,以相似性95%为分割点,50株耐药结核分枝杆菌复合群分成27个群。其中,初治患者耐药菌同源率为41.2%(7/17),复治患者耐药菌同源率为18.8%(3/16);喀什市的耐药菌同源率为33.3%(5/15),莎车县的耐药菌同源率为41.2%(7/17)。结论南疆地区结核分枝杆菌获得性耐药仍处于较高水平,不同患者群分离的耐药菌均有一定的同源性。

关键词：结核分枝杆菌复合群耐药 diversilab分型系统同源性分析

禽肉制品中单增李斯特菌的diversilab分型

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食品科学 2015年第24期36卷 220-223页

作者：郑晶唐中伟陈彬黄晓蓉林杰张体银福建省检验检疫技术研究重点实验室福建福州350001 福建农林大学食品科学学院福建福州350002

目的:研究从同一类食品中分离出的单增李斯特菌间的同源性关系,为预测预警保障食品安全和食源性疾病溯源提供科学依据和技术支持。方法:应用Diversi Lab分型系统对2001—2010年福建出入境检验检疫局从各类禽肉制品中分离出的25株单增李... 详细信息

目的:研究从同一类食品中分离出的单增李斯特菌间的同源性关系,为预测预警保障食品安全和食源性疾病溯源提供科学依据和技术支持。方法:应用Diversi Lab分型系统对2001—2010年福建出入境检验检疫局从各类禽肉制品中分离出的25株单增李斯特菌进行分型,其中包括:DNA提取、重复序列-聚合酶链式反应(repetitivesequence-basedpolymerasechainreaction,rep-PCR)、微电泳芯片分离检测及数据分析。结果:Diversi Lab分型中,相似系数为95%时,25株菌被分为了6组(G);相似系数为97%时,25株菌被分为11组(P)。结论:Diversi Lab分型结果较准确地揭示了25株菌株间的亲缘性关系。基于rep-PCR的Diversi Lab分型系统,是一种操作简单、分辨率高、重复性好且高效快速的基因分型方法,可作为食源性病原体检测及食源性疾病溯源的工具。

关键词： diversilab分型系统单增李斯特菌同源性分析

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新疆喀什地区结核耐药性及同源性分析

新疆喀什地区结核耐药性及同源性分析

作者：吴会丽新疆医科大学

学位级别：硕士

目的：了解新疆喀什地区的结核耐药情况及用diversilab System DNA指纹分型系统(diversilab系统)绘制结核分枝杆菌DNA指纹图谱,分析各菌株间的同源性,为我区结核流行病学调查提供依据。方法：收集2011年12月至2012年12月新疆喀什地区初... 详细信息

目的：了解新疆喀什地区的结核耐药情况及用diversilab System DNA指纹分型系统(diversilab系统)绘制结核分枝杆菌DNA指纹图谱,分析各菌株间的同源性,为我区结核流行病学调查提供依据。方法：收集2011年12月至2012年12月新疆喀什地区初治及复治结核病患者痰液标本,用改良酸性罗氏培养基对结核分枝杆菌进行分离培养,用对硝基苯甲酸(PNB)和噻吩-2-羧酸肼(TCH)对菌种进行初步鉴定,采用比例法对分离菌株进行耐药性检测,用diversilab System DNA指纹分型系统(diversilab系统)绘制结核分枝杆菌DNA指纹图谱分析菌株间同源性。结果：1.共分离出371株分枝杆菌,人结核分枝杆菌314株,牛结核分枝杆菌55株,非结核分枝杆菌2株;2.371株分枝杆菌中共有119株(32.07%)对药物有耐药性。其中初治组145例,44例(30.34%)耐药;复治组226例,75例(33.18%)耐药。3.根据diversilab系统同源性的判断,以相似性95%为分割点,将随机抽取的50株耐药结核分枝杆菌分成27个群。初治耐药菌同源率41.18%,复治耐药菌同源率18.75%;来自喀什市的耐药菌同源率为33.33%,来自莎车县的耐药菌同源率41.18%。结论：新疆喀什地区获得性耐药仍处于较高水平,且初始耐药菌株之间,获得性耐药菌株之间,以及初始耐药菌株与获得性耐药菌株之间均有一定的同源性。

关键词：结核分枝杆菌耐药 diversilab分型系统同源性分析

食品中单增李斯特菌分型技术的研究及其在溯源中的应用

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食品中单增李斯特菌分型技术的研究及其在溯源中的应用

作者：唐中伟福建农林大学

学位级别：硕士

本文首先应用微生物鉴定仪(Vitek-2 Compact)对实验室分离的104株单增李斯特菌和1株标准李斯特菌菌株共105株实验菌株进行了确认鉴定,结果与预期一致,均为单增李斯特菌。分型技术是根据菌株的生化特征或基因碱基组成的不同,而区分不同... 详细信息

本文首先应用微生物鉴定仪(Vitek-2 Compact)对实验室分离的104株单增李斯特菌和1株标准李斯特菌菌株共105株实验菌株进行了确认鉴定,结果与预期一致,均为单增李斯特菌。分型技术是根据菌株的生化特征或基因碱基组成的不同,而区分不同来源的菌株,从而实现对食品污染源或某次疾病暴发的追踪溯源。基于rep-PCR的自动化的diversilab分型系统是一种最近才发展起来的分型方法,具有快捷、方便和高效等优点。本文应用血清分型方法与diversilab分型技术,对105株供试单增李斯特菌进行分型分析。主要结果如下:血清分型分析结果表明,所有供试的105株菌被分为了 1/2a、1/2b、1/2c、3b、4b、1/2等6种血清型,全部为致病型血清型,主要血清型为1/2a、1/2b和1/2c共3种,占菌株总数的93.33%。应用diversilab分型系统对所有供试的105株单增李斯特菌进行分型,建立了单增李斯特菌的diversilab分型方法,其分型步骤包括DNA提取,rep-PCR扩增,灌胶,芯片电泳和图谱评估等;并且建立了 105株供试菌株基于diversilab系统软件平台的diversilab数据库。根据diversilab数据进行聚类分析:在相似系数低于70%时,所有105株供试菌株被分成了 2大类(Ⅰ和Ⅱ),有69株菌被聚类在平均相似系数在70%以上的Ⅱ类里,有36株菌被聚类在平均相似系数在80%以上的Ⅰ类里;当相似系数为95%时,所有供试菌株被分成了 18大类,各大类内的菌株之间都具有相关性;当相似系数为97%时,所有供试菌株被分为了 34组,每一组内的菌株之间都不可区分。聚类分析结果表明,来自同一食品生产企业且血清型相同的菌株一般都具有相关性或不可区分,这说明它们可能是来自同一污染源。同时,也有从不同地方或不同食品生产企业分离的某些菌株间具有高度的相似性,这可能是该基因型的菌株具有流行性。菌株的diversilab数据聚类分析结果与其血清型密切相关,血清型为1/2b、3b、4b、1/2的4种菌株都被聚类在Ⅰ大类里,血清型1/2a和1/2c的2种菌株都被聚类在Ⅱ大类里。diversilab分型的分辨率比血清分型要高,能将相同的血清型分为不同的类型。在相似系数为95%时,血清型为1/2a的菌株被分成了13个组(包括xviii,xvii,xvi,xv,xiv,xiii,xii,xi,x,ix,vii,vi,v),血清型为 1/2c 的菌株被分为了 3组(包括xvi,ix,viii),血清型为1/2b的菌株被分成了 4组(包括iv,iii,ii,i),血清型为4b的菌株被分为了 2组(包括iv,iii)。在Ⅱ大类里,有5株(L110、L037、L042、L038和L036)单增李斯特菌是进口来源的菌株,其血清型表现与国内来源的菌株不一致。最后对diversilab分型系统进行了一个展望性的应用,以HACCP体系为基础,建立起了烘烤肉制品、冷冻烤鳗、虾/仁(养殖)的加工工艺的溯源框架,为将来企业出现有单增李斯特菌污染后指明了基于diversilab分型的溯源方向。该成果的应用对企业经济利益、食品安全与人民身体健康的保障具有重要意义。

关键词： diversilab分型系统单增李斯特菌溯源框架 rep-PCR 血清分型 HACCP体系

对同一地区分离的单增李斯特菌进行diversilab分型及同源性分析

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中国卫生检验杂志 2016年第1期26卷 9-11,15页

作者：郑晶唐中伟陈彬黄晓蓉林杰张体银福建省检验检疫技术研究重点实验室福建福州350001 福建农林大学食品科学学院福建福州350002

目的对同一地区食品污染中分离出的单增李斯特菌进行diversilab分型,研究其同源性关系,为保障食品安全和进行食源性疾病溯源提供科学依据。方法应用diversilab分型系统对2005年-2007年从哈尔滨地区食品样品中分离出的21株单增李斯特菌... 详细信息

目的对同一地区食品污染中分离出的单增李斯特菌进行diversilab分型,研究其同源性关系,为保障食品安全和进行食源性疾病溯源提供科学依据。方法应用diversilab分型系统对2005年-2007年从哈尔滨地区食品样品中分离出的21株单增李斯特菌进行分型,其中分型流程包括DNA提取、rep-PCR、微电泳芯片分离检测和数据分析。结果经diversilab分析软件聚类分析,相似度为97%时,21株菌被分成了11组,这11组中的菌株在遗传水平不可区分;相似度为95%时,21株菌被分成了9组,这9组中的菌株在遗传水平具有相关性。结论 diversilab分型结果较准确地揭示了21株菌株间的遗传特征和亲缘性关系;自动化的diversilab分型是一种分辨率高、重复性好、操作简单的基因分型方法,可以作为食源性疾病同源性分析的分型工具。

关键词： diversilab分型系统单增李斯特菌重复序列PCR 同源性分析