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Global identification of gene networks and cis-regulatory elements for cold responses in zebrafish

Global identification of gene networks and cis-regulatory el...

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2014年中国水产学会学术年会

作者： Peng Hu Mingli Liu Shanghai Ocean University

Here we profiled transcriptional responses in eight tissues of zebrafish exposed to graded cold temperatures, from normal 28℃ to mild（18°C） and server cold（9°C） by RNA-seq. Tissues vary in the number of cold responsive genes in which kidney appeared mostly sensitive while brain the least. Fuzzy k-means clustering revealed 34 gene clusters of distinct expression patterns, demonstrated diverse tissue-specific responses in conjunction with multiple aspects of ubiquitous cross-tissue responses to cold. 31 GO terms are over-represented upon cold treatment, involving in basic cellular processes such as RNA splicing and proton transport as well tissue-specific processes such as ‘negative regulation of endopeptidase’ in kidney. To elucidate the cis-regulatory elements governing the concerted cold responses, promoters of genes that demonstrated strong co-regulation are analyzed by an enriched motif discovery program DREME. 11 motifs, 6 known and 5 novel, are identified which are born to genes involving in 16 GO terms identified above. Some known motifs, such as the AP-1 and STAT1 binding sites have known to be stress responsive. A novel motif, AGMAACCA, is experimentally verified to be the binding site of transcription regulator BCL6, responding to cold challenges through a de-depression mechanism.

关键词： Transcriptional Cold Temperatures RNA-seq distinct expression Cis-regulatory Elements Motifs

来源： cnki会议评论

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