检索结果-南通市图书馆

动物医学进展 2022年第5期43卷 102-105页

作者：王战辉张素霞吴聪明沈建忠中国农业大学动物医学院北京100193

药物化学是发明新药、研究药物相互作用规律的领军学科。药物化学的学习过程具有分子互作理论繁杂、概念抽象,不易理解的特点。将discovery studio(DS)引入到动物药学专业的药物化学的学习中,应用DS对磺胺类药物靶标蛋白二氢蝶酸合成酶(... 详细信息

药物化学是发明新药、研究药物相互作用规律的领军学科。药物化学的学习过程具有分子互作理论繁杂、概念抽象,不易理解的特点。将discovery studio(DS)引入到动物药学专业的药物化学的学习中,应用DS对磺胺类药物靶标蛋白二氢蝶酸合成酶(dihydropteroate synthase,DHPS)进行同源建模,并与配体磺胺甲噁唑(sulfamethoxazole,SMZ)分子对接进行DHPS-SMZ的相互作用分析,阐明磺胺类药物的作用机制。实践表明,使用discovery studio软件辅助学习药物化学,有利于形象、直观的理解分子相互作用机制,明显提高学习效果,对于深化理解兽医学科药物化学的内涵具有重要的意义。

关键词： discovery studio 同源建模分子对接兽医药物化学

来源：

维普期刊数据库

同方期刊数据库评论

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

Screening of potential GCMS derived antimigraine compound from the leaves of Abrus precatorius Linn to target“calcitonin gene related peptide”receptor using in silico analysis

引用

Food Science and Human Wellness 2019年第1期8卷 34-39页

作者： V.Parthasarathy T.V Ajay Kumar Immunology Laboratory Department of PharmacyAnnamalai UniversityAnnamalai Nagar608002TamilnaduIndia

Calcitonin receptor-like receptor(CRLR)is a human protein,that produces a calcitonin gene-related peptide receptor(CGRP)when associates with human receptor activity-modifying protein-1(HRAMP1).CGRP is believed to be involved in triggering of *** strategies were employed to design antimigraine drug using various CGRP antagonist/ligands but most of them have failed due to their inability to reach the target“CGRP receptor”as they get metabolized before conferring their pharmacological action and exhibit toxic effect to the *** present study,evaluated the binding of 13 phyto-chemical compounds of“Abrus precatorius”identified through GCMS analysis against the protein CGRP using“discovery studio software”.The molecular docking study and ADME/T properties prediction were performed with the compounds using C-DOCKER *** results showed that five lead compounds of *** may act as good inhibitors for migraine headache and the compounds can be re-designed and synthesized for better antimigraine activity.

关键词： Calcitonin gene-related peptide Abrus precatorius Linn discovery studio Migraine C-DOCKER ADME properties

来源：

维普期刊数据库

同方期刊数据库评论

在线全文

学校读者我要写书评

暂无评论

3D Pharmacophore Model Construction of Selective DPP-IV Inhibitors and Subsequent Validation and in Silico Screening of New Hits

3D Pharmacophore Model Construction of Selective DPP-IV Inhi...

引用

2011年全国药物化学学术会议——药物的源头创新

作者： Tianjiao Han~1 Yueqing Li~(1,*) Junfeng Gu~2 Zhi Cao~1 Weijie Zhao~1 Xicheng Wang~2 (1 School of Pharmaceutical Science and Technology,Dalian University of Technology,Dalian 116024, China 2 State Key Laboratory of Structure Analyses for Industrial Equipment,Dalian University of Technology,Dalian,116024,China)

＜正＞The 3D pharmacophore model of DPP-Ⅳinhibitors was established using the discovery studio software with the training set of 20 selective DPP-Ⅳ*** best pharmacophore hypothesis（Hypol） consists of one hydrogen-bond acceptor,one hydrophobic point,one positive ionizable feature,one aromatic ring as well as five excluded ***’s validation clearly shows that proposed Hypol has highly predictive ability and can be efficiently used as a 3D query for virtual screening to retrieve potential inhibitors from ZINC *** hit compounds subsequently were docked into the DPP-Ⅳactive site and 21 compounds were obtained based on PLP2 scoring ***,this study will be helpful to screen selective DPP-Ⅳinhibitors and provide scientific basis for de novo design of DPP-Ⅳinhibitors.

关键词： TypeⅡdiabetes Dipeptidyl-peptidaseⅣ discovery studio Pharmacophore model Database searching

来源： cnki会议评论

在线全文

cnki会议

学校读者我要写书评

暂无评论

基于半理性设计改造腈水合酶对己二腈的亲和力

基于半理性设计改造腈水合酶对己二腈的亲和力

引用

作者：崔宝程大连理工大学

学位级别：硕士

腈水合酶(NHase)是一种能将氰基转化为酰胺基的金属酶,它以反应条件温和、专一性强和环境友好等优点已经用于工业规模催化生产精细化学品。但是天然NHase仍然存在底物亲和力低和热稳定性差等不足,因此需要对酶进行适当改造。定向进化技... 详细信息

腈水合酶(NHase)是一种能将氰基转化为酰胺基的金属酶,它以反应条件温和、专一性强和环境友好等优点已经用于工业规模催化生产精细化学品。但是天然NHase仍然存在底物亲和力低和热稳定性差等不足,因此需要对酶进行适当改造。定向进化技术的发展极大促进了人工改造酶催化性能的进程。半理性设计策略作为定向进化的一种,将酶的结构和功能信息与高通量筛选方法相结合大大减少了酶改造的工作量并提高了改造效率。使用半理性设计的方法对Rhodococcus erythropolis CCM2595来源腈水合酶(Re NHase)的底物亲和力进行改造,提高Re NHase与己二腈分子的底物亲和力,这将为NHase或其他酶底物亲和力的改造提供一定的实验和理论依据,同时也增加了该酶工业应用的可能性。本研究首先对Re NHase进行Protein Blast分析搜索同源氨基酸序列,选取合适模板用SWISS-MODEL网站进行同源建模。然后,使用discovery studio(DS)软件进行分子对接、丙氨酸扫描和计算结合能,找到亲和力提高的虚拟突变位点。接下来根据虚拟氨基酸结果构建突变体重组质粒并进行异源表达。优化Re NHase纯化方法获得纯度较高的Re NHase,然后在不同温度和p H下探究突变体Re NHase的酶学性质以及酶动力学分析。最后对突变体Re NHase进行分子动力学模拟并分析其与己二腈的相互作用力。主要研究结果如下:(1)通过Ramanchandran Plot和Profile-3D评估证明本研究构建了质量可靠的Re NHase 3D模型。使用DS软件虚拟氨基酸突变计算获得七个底物亲和力可能提高的突变体,并且成功构建突变体Re NHase重组质粒。(2)弱阴离子层析纯化得到的Re NHase比酶活是181.443±6.879 U/mg,是His标签纯化的2.5倍。(3)酶学性质分析表明Re NHase、Re NHase、Re NHase和Re NHase的最适p H和最适温度与野生型Re NHase相比没有较大的变化,但是Re NHase、Re NHase和Re NHase具有较好的碱性环境耐受性。酶动力学分析表明,相较于野生型Re NHase,Re NHase的Km为5.717±0.316 mmol.L,底物亲和力比Re NHase提高36.35%,另外Re NHase的催化效率比Re NHase提高10.11%。(4)分子动力学模拟显示Re NHase的氨基酸骨架稳定性与Re NHase相比没有改变,但Re NHase在突变位点附近的氨基酸灵活性有所增加,其与己二腈形成氢键的氨基酸位点由A:V138变为B:A186,并且键长由原来的2.62?缩短为2.03?。突变位点附近氨基酸灵活性的增加以及氢键键长的缩短可能是Re NHase底物亲和力和催化效率提高的原因。结论:基于半理性设计策略使用discovery studio软件对Re NHase进行虚拟氨基酸突变得到突变体Re NHase,其底物亲和力比Re NHase提高36.35%,催化效率提高10.11%。以上结果将增加该酶工业应用的可能性,并为后续NHase的改造提供理论依据和实验依据。

关键词：腈水合酶半理性设计氨基酸热点突变 discovery studio 底物亲和力

来源：

同方学位论文库评论

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

针对N-甲基-D-天冬氨酸受体（NMDAR）的新型天然拮抗剂的模拟探索

针对N-甲基-D-天冬氨酸受体（NMDAR）的新型天然拮抗剂的模拟探索

引用

作者：葛俊良吉林大学

学位级别：硕士

背景与目的:癫痫是一种全球性流行的脑部疾病,全球有7000多万人受其困扰。药物治疗是主要治疗方法,但约三分之一患者为药物难治性癫痫,因此新型抗发作药(Anti-Seizure Medicine,ASM)的开发是十分必要的。在癫痫发作期间,谷氨酸水平升高... 详细信息

背景与目的:癫痫是一种全球性流行的脑部疾病,全球有7000多万人受其困扰。药物治疗是主要治疗方法,但约三分之一患者为药物难治性癫痫,因此新型抗发作药(Anti-Seizure Medicine,ASM)的开发是十分必要的。在癫痫发作期间,谷氨酸水平升高,谷氨酸受体的激活被认为在癫痫发作中发挥重要作用。NMDAR作为促离子型谷氨酸能受体,在癫痫发作的起始和持续中起着重要作用。当前已上市的NMDAR拮抗剂在癫痫治疗中的表现尚不理想,因此在新型NMDAR拮抗剂ASM的开发中具有潜力。目前,天然产物及其衍生物因其独特的分子结构和潜在的生物功能,为医药的设计和改进做出了巨大贡献。本研究将从药物库(ZINC15数据库)中筛选并确定对NMDAR具有潜在抑制作用的理想先导化合物,以促进药物设计和开发,从而改善癫痫药物治疗。材料与方法:本研究通过一系列计算机辅助结构和化学虚拟筛选技术,确定NMDAR的潜在抑制剂。通过基于结构的虚拟筛选计算出Lib Dock分数,然后分析其吸收、分布、代谢、排泄和毒性,预测分析候选化合物的理化、药理、毒性性质进一步筛选,随后利用分子对接揭示了所选化合物与NMDAR的结合亲和力及化学键分布,最后利用分子动力学模拟用于评估配体-NMDAR复合物在自然环境下的稳定性。结果:发现ZINC15数据库中的两种新型天然化合物ZINC000096085903和ZINC000027646086具有较低的啮齿动物致癌性、无Ames诱变性和发育毒性,且其他各方面理化性质较为理想。其中,ZINC000096085903较高的结合亲和力和更有利的相互作用能,ZINC000096085903-NMDAR复合物比NMDAR与参考配体氯胺酮之间的复合物具有更有利的势能。此外,分子动力学模拟分析表明,ZINC000096085903-NMDAR复合物能在体内环境中稳定存在,能够像参考物氯胺酮一样对NMDAR起抑制作用。结论:1、ZINC000096085903是抑制NMDAR的理想先导化合物。2、ZINC000096085903与NMDAR蛋白结合的亲和力和稳定性更高,代谢更慢,在癫痫的长期药物治疗中更有潜力。

关键词：癫痫 discovery studio N-甲基-D-天冬氨酸受体(NMDAR) 拮抗剂

来源：

同方学位论文库评论

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

欢迎您,

建议与咨询留下您的常用邮箱和电话号码，以便我们向您反馈解决方案和替代方法

时间限定

文献类型

馆藏选择

核心期刊

语言

文献类型

帮助

文字说明：

检索规则说明：

检索范例：

分类表

所选分类

限定检索结果

文献类型

馆藏范围

日期分布

学科分类号

主题

机构

作者

语言

在线全文

在线全文

在线全文

在线全文

在线全文

请选择保存的检索档案：

请选择收藏分类：

通借通还

欢迎您,

建议与咨询 留下您的常用邮箱和电话号码，以便我们向您反馈解决方案和替代方法

时间限定

文献类型

馆藏选择

核心期刊

语言

文献类型

帮助

文字说明：

检索规则说明：

检索范例：

分类表

所选分类

限定检索结果

文献类型

馆藏范围

日期分布

学科分类号

主题

机构

作者

语言

在线全文

在线全文

在线全文

在线全文

在线全文

请选择保存的检索档案： 新增检索档案 确定 取消

请选择收藏分类： 新增自定义分类 确定 取消

通借通还

建议与咨询留下您的常用邮箱和电话号码，以便我们向您反馈解决方案和替代方法

请选择保存的检索档案：

请选择收藏分类：