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The Specimen Data Refinery:A Canonical Workflow Framework and FAIR digital object Approach to Speeding up digital Mobilisation of Natural History Collections

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Data Intelligence 2022年第2期4卷 320-341页

作者： Alex Hardisty Paul Brack Carole Goble Laurence Livermore Ben Scott Quentin Groom Stuart Owen Stian Soiland-Reyes School of Computer Science and Informatics Cardiff UniversityCardiff CF243AAUK The Department of Computer Science The University of ManchesterManchester M139PLUK The Natural History Museum London SW75BDUK Meise Botanic Garden 1860 MeiseBelgium Informatics Institute Faculty of ScienceUniversity of Amsterdam1090 GH AmsterdamThe Netherlands

A key limiting factor in organising and using information from physical specimens curated in natural science collections is making that information computable,with institutional digitization tending to focus more on imaging the specimens themselves than on efficiently capturing computable data about *** data are traditionally manually transcribed today with high cost and low throughput,rendering such a task constrained for many collection-holding institutions at current funding *** show how computer vision,optical character recognition,handwriting recognition,named entity recognition and language translation technologies can be implemented into canonical workflow component libraries with findable,accessible,interoperable,and reusable(FAIR)*** libraries are being developed in a cloudbased workflow plaform-the Specimen Data Refinery'(SDR)-founded on Galaxy workflow engine,Common Workflow Language,Research object Crates(RO-Crate)and WorkflowHub *** SDR can be applied to specimens'labels and other artefacts,offering the prospect of greatly accelerated and more accurate data capture in computable *** kinds of FAIR digital objects(FDO)are created by packaging outputs of SDR workflows and workflow components as digital objects with metadata,a persistent identifier,and a specific type *** first kind of FDO are computable digital Specimen(DS)objects that can be consumed/produced by workflows,and other applications.A single DS is the input data structure submitted to a workflow that is modified by each workflow component in turn to produce a refined DS at the *** Specimen Data Refinery provides a library of such components that can be used individually,or in *** cofunction,each library component describes the fields it requires from the DS and the fields it will in turn populate or *** second kind of FDO,RO-Crates gather and archive the diverse set of digital and real-world resources,configurations,a

关键词： digital Specimen Workflow FAIR digital object RO-Crate

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Dpaper:An Authoring Tool for Extractable digital Papers

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Journal of Data and Information Science 2016年第1期1卷 86-97页

作者： Xiaoqiu Le Chenyu Mao Yuanbiao He Changlei Fu Liyuan Xu National Science Library the Chinese Academy of SciencesBeijing 100190China University of the Chinese Academy of Sciences Beijing 100049China

Purpose： To develop a structured, rich media digital paper authoring tool with an object- based model that enables interactive, playable, and convertible functions. Design/methodology/approach： We propose Dpaper to organize the content （text, data, rich media, etc.） of dissertation papers as XML and HTML5 files by means of digital objects and digital templates. Findings： Dpaper provides a structured-paper editorial platform for the authors of PhDs to organize research materials and to generate various digital paper objects that are playable and reusable. The PhD papers are represented as Web pages and structured XML files, which are marked with semantic tags. Research limitations： The proposed tool only provides access to a limited number of digital objects. For instance, the tool cannot create equations and graphs, and typesetting is not yet flexible compared to MS Word. Practical implications： The Dpaper tool is designed to break through the patterns of unstructured content organization of traditional papers, and makes the paper accessible for not only reading but for exploitation as data, where the document can be extractable and reusable. As a result, Dpaper can make the digital publishing of dissertation texts more flexible and efficient, and their data more assessable. Originality/value： The Dpaper tool solves the challenge of making a paper structured and object-based in the stage of authoring, and has practical values for semantic publishing.

关键词： Dpaper Extractable paper digital object Authoring tool

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复合数字对象研究

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图书馆学、信息科学、资料工作 2004年第10期 444-451页

作者：李春旺张晓林

本文在综合分析国外数字对象研究现状之后，讨论了复合数字对象的属性特征。在此基础上，提出了一个复合数字对象参考模型，介绍了其层次结构的划分原则以及各层功能组成。

关键词：信息组织知识组织数字对象复合数字对象特征参考模型 information organization knowledge organization digital object hybrid digital object characteristic reference model

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通用数字图书馆管理系统的设计和实现

通用数字图书馆管理系统的设计和实现

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第二十届全国数据库学术会议

作者：王勇李骅竞邢春晓周立柱清华大学计算机科学与技术系软件所

1引言目前,许多研究机构推出了开放源的数字图书馆系统,很多商业公司也推出了商用的数字图书馆系统。通过对这些系统的深入分析,我们发现这些系统存在着以下局限性:

关键词： digital library digital object Repository Personal virtual collection

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长期保存中的数字对象不变性研究

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图书馆学情报学 2015年第2期

作者：吴振新

［目的］研究在长期保存实践中如何应用不变性检查保障数字对象持久不变，指导可信赖保存系统研发工作。［方法］通过分析保存领域的相关标准规范，对比相关工具，总结保存实践，按照保存生命周期流程进行综合分析。［结果］在长期保存... 详细信息

［目的］研究在长期保存实践中如何应用不变性检查保障数字对象持久不变，指导可信赖保存系统研发工作。［方法］通过分析保存领域的相关标准规范，对比相关工具，总结保存实践，按照保存生命周期流程进行综合分析。［结果］在长期保存的整个生命周期的关键节点上(摄入、生成AIP、存储、分发)，可根据实际需求采用不同的不变性检查方法和策略实施不变性检查，同时总结不变性信息的存储方式和不变性功能的构建方式。［结论］有利于帮助保存系统的开发人员了解和掌握不变性检查的方法和策略，从而在实践中因地制宜地开发不变性检查功能和策略，有效保障数字对象的持久不变性。

关键词：不变性检查长期保存数字对象 Fixity check Long-term preservation digital object

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