检索结果-南通市图书馆

Microbiome Diversity Analysis of the Bacterial Community in Idah River, Kogi State, Nigeria

Advances in Microbiology 2022年第5期12卷 343-362页

作者： Deborah Ebunoluwa Adedire Adijat Ozohu Jimoh Zainab Kashim-Bello Bilyaminu Adam Wase Shuaibu Oluwabukola Atinuke Popoola Kabiru Isa Pate Onyinye Stainless Uzor Eno Etingwa Jumoke Florence Joda Oyetola Olanrewaju Opaleye Victoria Adejoke Ogunlowo Kehinde Rukayyat Adeniran Oyekanmi Nashiru Genetics Genomics and Bioinformatics Department National Biotechnology Development Agency Abuja Nigeria Aquatic Bioresources Training Center National Biotechnology Development Agency Idah Kogi Nigeria Aquatic Bioresources Training Center National Biotechnology Development Agency Tunari Taraba Nigeria Center for Genomics Research and Innovation National Biotechnology Development Agency Abuja Nigeria

The analysis of bacterial diversity in aquatic systems particularly in rivers, lakes, and streams can provide useful data on the effect of anthropogenic activities on such water bodies to humans and fishes. Idah River, the focal point of this study, is an offshoot of the two major Nigerian rivers characterized by observed human activities and pollution sources. Water samples were collected from four designated sites and assessed for their bacterial assemblages and structure, using PacBio Single-Molecule Real-Time (SMRT) sequencing technology. The full length of the 16S rRNA gene was sequenced, and Amplicon Sequence Variants were generated using the dada2 workflow optimised for PacBio long-read amplicons in Rstudio. A total of 8751 high-quality reads obtained were taxonomically classified as 24 phyla, 42 classes, 84 orders, 125 families, 156 genera, and 106 species. Taxonomical composition revealed Proteobacteria as the most abundant phyla across all sample sites. At the genera level, Azospira (57.03%) was the most dominant ASV in Docking Point A, while Acinetobacter (66.67%) was the most abundant ASV in Docking Point B. In Idah Axis Confluence, hgcl clade (65.66%) was the most prevalent ASV, whereas Holophaga (42.86%) was the most common ASV in Idah Axis Midstream. Genera analysis also revealed that 12.9% of the total ASVs were discovered across all sample sites. Among these were pathogenic bacteria, reducers, and degraders of domestic and animal wastes. Observed results provide evidence that sampled sites of Idah River are contaminated, most likely through constant human activities and thus, could have an impact on resident fishes as well. This study, therefore, agrees with a previous report from the river, which used standard microbial procedures. However, next-generation sequencing techniques employed revealed more bacterial community than the former, including unresolved taxonomic sequences that may be novel.

关键词： Idah River dada2 PacBio Sequencing Bacterial Diversity Amplicon Sequence Variants

来源：

维普期刊数据库评论

在线全文

维普期刊数据库

学校读者我要写书评

暂无评论

肠道菌群与高脂血症相关性研究

肠道菌群与高脂血症相关性研究

引用

作者：牟菲中央民族大学

学位级别：硕士

研究目的收集2015年1月-10月中央民族大学校医院慢性病体检人员的临床生化检测信息和粪便生物样本,采用二代测序技术检测粪便样本中肠道菌群ASV(arnplicon sequence variant)的丰度,通过倾向性评分匹配法控制性别、年龄、高血压、糖尿... 详细信息

研究目的收集2015年1月-10月中央民族大学校医院慢性病体检人员的临床生化检测信息和粪便生物样本,采用二代测序技术检测粪便样本中肠道菌群ASV(arnplicon sequence variant)的丰度,通过倾向性评分匹配法控制性别、年龄、高血压、糖尿病等混杂因素的影响,筛选出高脂血症与非高脂血症人群的差异ASV,再利用WGCNA及概率图模型(贝叶斯网络)模拟差异ASV与高脂血症的因果作用关系,为核心菌群预防与治疗高脂血症提供科学依据。研究方法菌群测序与结构分析提取各粪便样本肠道菌群总DNA,根据细菌V3-V4区设计引物(上游引物为5’-ACTCCTACGGGAGGCAGCA-3’,下游引物为5’-GGACTACHVGGGTWTCTAAT-3’),扩增16S rRNA基因,在illumina Hiseq2500平台上进行高通量测序,生成FASTQ格式的下机数据。运用R软件dada2包过滤,去重复,嵌合体识别和合并双端读取,完成物种注释;用R软件vegan包分析a多样性、β多样性,初步探索两组样品间的菌群结构差异。差异筛选与富集分析为了控制混杂因素对实验结果的影响,运用R软件MatchIT包按1:1的比例将高脂血症组与非高脂血症组进行倾向性评分匹配。再利用R软件DESeq包筛选倾向性评分匹配后的高脂血症组与非高脂血症组的差异ASV;按照界、门、纲、目、科、属、种的分类结构绘制差异ASV的分类树,并对每个分类进行富集分析。功能聚类与因果模拟运行R语言WGCNA包进行差异ASV的共表达分析,寻找差异ASV功能聚类模块与高脂血症及其生化指标(CHO、TG、HDL-C、LDL-C)的关系;对与高脂血症临床指标有显著性关联的功能模块中差异ASV进行贝叶斯网络分析,推测高脂血症与ASV的相互作用关系,确定高脂血症核心菌群。研究结果本研究共收集133例体检人员的临床生化信息和粪便生物样本。其中,高脂血症样本87例,非高脂血症样本46例。菌群测序与结构分析通过dada2包对数据前处理,生成20295个ASV。87份非高脂血症粪便样品,在门水平上共23个,含量最高的四个细菌门依次是Bacteroidetes(46.7%)、Firmicute(44.2%)、Actinobacteria(8.0%)和Proteobacteria(0.3%);在属水平上,共有368个属,有18个相对丰度大于1.0%细菌属。相对丰度>5%属,依次为Bacteroides(33.32%)、Prevotella(7.68%)、Bifidobacterium(6.74%)、Faecalibacteriu(5.77%)。在相对丰度大于1.0%的细菌属中,属于拟杆菌门有Bacteroides、Prevotella;属于放线菌门为Bifidobacterium;属于厚壁菌门有Lachnospira(3.64%)、Agathobacter(3.46%)、Lachnoclostridium(3.39%)、Blautia(1.93%)等。46份非高脂血症粪便样品,在门水平上共19个,含量最高的四个细菌门依次是Firmicute(50.67%)、Bacteroidetes(42.88%)、Actinobacteria(5.84%)和Verrucomicrobia(0.26%)。在属水平上共有297个属,有18个相对丰度大于1.0%细菌属。相对丰度>5%属,依次为Bacteroides(33.75%)、Faecalibacteriu(9.40%)、Prevotella 9(5.23%)。在相对丰度大于1.0%的细菌属中,属于拟杆菌门的有Bacterokides(33.75%)、Prevotell9(5.23%)、Alistipes(1.51%)、Parabacteroide(1.17%);属于放线菌门为Bifidobacterium(4.77%);属于厚壁菌门的有Lachnospira(3.54%)、Agathobacter(3.77%)、Lachnoclostridium(2.78%)、Blautia(1.665)、Lachnoclostridium(9.40%)等。高脂血症组与非高脂血症组Alpha多样性(Chao 1 p=0.64,Observed species p=0.75,Simpsonp=0.6,Shannon p=0.71)、Beta多样性(Bray-Curtis distance(R2=0.007,p=0.52),jaccard distance(R2=0.07,p=0.48))均没有显著性差异(p>0.05)。差异筛选与富集分析采用PSM法(匹容差为0.2)将高脂血症组与非高脂血症组按1:1的比例配对,共匹配出44对。匹配后的人群基本特征除了暴露因素(CHO、TG、H

关键词：高脂血症肠道菌群 dada2 PSM WGCNA

来源：

同方学位论文库评论

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

欢迎您,

建议与咨询留下您的常用邮箱和电话号码，以便我们向您反馈解决方案和替代方法

时间限定

文献类型

馆藏选择

核心期刊

语言

文献类型

帮助

文字说明：

检索规则说明：

检索范例：

分类表

所选分类

限定检索结果

文献类型

馆藏范围

日期分布

学科分类号

主题

机构

作者

语言

在线全文

在线全文

请选择保存的检索档案：

请选择收藏分类：

通借通还

欢迎您,

建议与咨询 留下您的常用邮箱和电话号码，以便我们向您反馈解决方案和替代方法

时间限定

文献类型

馆藏选择

核心期刊

语言

文献类型

帮助

文字说明：

检索规则说明：

检索范例：

分类表

所选分类

限定检索结果

文献类型

馆藏范围

日期分布

学科分类号

主题

机构

作者

语言

在线全文

在线全文

请选择保存的检索档案： 新增检索档案 确定 取消

请选择收藏分类： 新增自定义分类 确定 取消

通借通还

建议与咨询留下您的常用邮箱和电话号码，以便我们向您反馈解决方案和替代方法

请选择保存的检索档案：

请选择收藏分类：