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Osdof28: A New Member of the dof Transcription Factor Family from Rice

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Tsinghua Science and Technology 2005年第4期10卷 454-460页

作者：陈峰陈瑜董毅翔李鑫许濛张超闫永彬张贵友 Department of Biological Sciences and Biotechnology Tsinghua University Beijing 100084 China State Key Laboratory of Biomembrane and Membrane Biotechnology Tsinghua University Beijing 100084 China

dof is a novel family of plant-specific proteins that share a unique and highly conserved DNA binding domain with one CX2CX21CX2C zinc finger motif. In this study, the Osdof28 gene, which codes a characteristic amino acid sequence of the dof transcription factor family, was screened from rice （Oryza sativa japonica） using a yeast one-hybrid assay. Great amounts of the Osdof28 transcripts were found to accumulate in stems and leaves, with less in the roots, and no detectable transcription found in the germs. Osdof28 can be induced by salicylic acid and INA, which suggests that it may be related to the plant systemic acquired resistance （SAR）. The relationship was confirmed through biological induction of SAR using Xanthomonascampestrispv. oryzae, with more expression of Osdof28 observed in the systemic tissues after infection.

关键词： dof transcription factor salicylic acid yeast one-hybrid systemic acquired resistance (SAR)

高加索三叶草全长转录组测序及dof转录因子家族分析

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草地学报 2023年第11期31卷 3343-3354页

作者：牟丹赵啟军刘玉英李长慧谢久祥青海大学省部共建三江源生态与高原农牧业国家重点实验室青海西宁810016 青海大学农牧学院青海西宁810016

为探究面临长时间低温胁迫的高加索三叶草(Trifolium ambiguum Bieb.)的转录特征,本研究通过PacBio Sequel平台进行全长转录组测序,获得70590条全长转录本(isoforms)。Isoforms的功能注释结果为:与红三叶的同源相似率最高,涉及信号转导... 详细信息

为探究面临长时间低温胁迫的高加索三叶草(Trifolium ambiguum Bieb.)的转录特征,本研究通过PacBio Sequel平台进行全长转录组测序,获得70590条全长转录本(isoforms)。Isoforms的功能注释结果为:与红三叶的同源相似率最高,涉及信号转导机制、刺激响应、淀粉和蔗糖代谢通路、植物激素信号转导通路的Isoforms较多。Isoforms的结构分析结果为:预测到19693个SSR、2668条LncRNA、2788个AS和2917条TFs序列,TFs中的ERF,C3H,dof等家族含序列数量较多。dof转录因子家族的生物信息学分析结果为:42个dof家族成员全部为亲水蛋白,大部分定位于细胞核;系统进化树分析将高加索三叶草与拟南芥dof蛋白聚类为11个亚族;保守基序Motif1和Motif2出现的频率较高。以上发现可为下一步抗寒基因挖掘和功能验证提供数据支撑,并为解析高加索三叶草耐受长时间低温胁迫的生理生化机制奠定理论基础。

关键词：高加索三叶草低温全长转录组 dof

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植物dof基因家族功能研究进展

植物生理学报 2013年第1期49卷 1-12页

作者：蔡晓锋张余洋张俊红李汉霞叶志彪华中农业大学园艺植物生物学教育部重点实验室作物遗传改良国家重点实验室武汉430070

dof(DNA-binding with one finger)蛋白是植物特有的一类转录因子,在植物生长发育过程中起着重要的作用。在其N-末端有一个52氨基酸残基组成的高度保守的C2-C2单锌指结构,称为dof保守域,能够特异性的识别植物启动子序列中的AAAG/CTTT作... 详细信息

dof(DNA-binding with one finger)蛋白是植物特有的一类转录因子,在植物生长发育过程中起着重要的作用。在其N-末端有一个52氨基酸残基组成的高度保守的C2-C2单锌指结构,称为dof保守域,能够特异性的识别植物启动子序列中的AAAG/CTTT作用元件,从而激活或抑制植物基因的表达;其C-末端的转录调控结构域,氨基酸序列较为多变,不具有保守性,是dof蛋白在植物中功能多样性的基础;同时dof蛋白也具有和蛋白相互作用的功能。在过去的十几年里,大量的dof基因被克隆鉴定或从基因组数据库中预测出来,dof蛋白在植物生长发育中的作用也受到更多关注。本文就dof转录因子的特点,各物种中已经报道的dof转录因子的数目、系统进化关系和分类及其生物学功能的进展进行了综述。

关键词： dof 转录因子植物锌指结构顺式元件基因组

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甜瓜dof家族全基因组鉴定与表达分析

园艺学报 2019年第11期46卷 2176-2187页

作者：张焕欣李国权杨惠栋曹娜朱方红江西省农业科学院园艺研究所

基于甜瓜全基因组数据信息,利用生物信息学方法对甜瓜dof家族基因进行了全面鉴定和系统发育分析,并通过Real-time PCR方法检测了Cmdof家族成员对模拟干旱(PEG6000)、盐和低温胁迫的应答。结果表明:在甜瓜中存在34个dof基因,除1、5和7号... 详细信息

基于甜瓜全基因组数据信息,利用生物信息学方法对甜瓜dof家族基因进行了全面鉴定和系统发育分析,并通过Real-time PCR方法检测了Cmdof家族成员对模拟干旱(PEG6000)、盐和低温胁迫的应答。结果表明:在甜瓜中存在34个dof基因,除1、5和7号染色体外其余染色体均有分布,发生11次染色体片段重复事件和2次串联重复事件,外显子数在1~3之间,其蛋白质等电点在4.95~9.59之间;蛋白序列系统发育分析显示Cmdof蛋白可分为9个进化亚群;组织表达模式分析发现该家族基因具有一定的时空表达特异性;多数Cmdof基因对PEG6000、盐和低温胁迫有响应,其中Cmdof3/Cmdof5/Cmdof10/Cmdof17、Cmdof3/Cmdof5/Cmdof10和Cmdof3/Cmdof5/Cmdof32分别响应PEG6000、盐和低温胁迫。

关键词：甜瓜 dof 基因家族进化分析表达特性

dof transcription factors in developing peanut (<i>Arachis hypogaea</i>) seeds

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American Journal of Molecular Biology 2012年第1期2卷 60-71页

作者： Haiyan Yan Jiaquan Huang Boshou Liao Xianqing Lan Qiuting Luo Junlong Tang Life Sciences College South-Central University for Nationalities Wuhan China Oil Crops Research Institute of Chinese Academy of Agricultural Sciences Key Laboratory of Oil Crop Biology of the Ministry of Agriculture Wuhan China

DNA binding with one finger (dof) transcription factors play important roles in storage material accumulation and morphogenesis of developing seeds. Oil and protein contents varied in different cultivars in important oil crop peanut. dof proteins have not been studied in this crop. In this paper, we analyzed all the dof genes expressed in developing seeds from a cDNA library with 20,000 transcripts, cloned and compared similar genes of GW391729 from eight peanut cultivars, and analyzed similar genes expressed in root and leave with control and inoculated with Ralstonia solanacearum. The results indicate that total eight types of dof genes were expressed in developing seeds of cultivar 063103. Most of dof transcription factors expressed involved in developmental process in a complicated way. Among them, GW391729 is possible related to the seed number in fruit, and also is possible related to leafspot resistance. Detailed function of these dof proteins need to be further studied.

关键词： dof Leafspot Peanut Seed Development Seed Number

9个玉米dof基因对逆境胁迫的响应模式分析

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西北植物学报 2020年第8期40卷 1347-1355页

作者：贾利强赵秋芳陈曙贵州师范学院贵阳550018 中国热带农业科学院广东湛江524091

植物dof(DNA-binding with one zinc finger)锌指蛋白是植物特有的一类转录因子,在植物生长发育及代谢途径中发挥着重要作用。该研究采用qRT-PCR方法分析了玉米应答逆境(盐、干旱、硝态氮缺乏和铵态氮缺乏)胁迫条件下9个Zmdofs基因的表... 详细信息

植物dof(DNA-binding with one zinc finger)锌指蛋白是植物特有的一类转录因子,在植物生长发育及代谢途径中发挥着重要作用。该研究采用qRT-PCR方法分析了玉米应答逆境(盐、干旱、硝态氮缺乏和铵态氮缺乏)胁迫条件下9个Zmdofs基因的表达模式。结果表明:(1)生物信息学分析显示,9个Zmdof基因散布于5个染色体上,聚类为一个基因亚家族,且9个基因还可以细分为4个小亚家族。(2)9个Zmdofs基因的表达具有组织特异性,且主要在玉米的穗和雄花中表达,其中Zmdof1、Zmdof4、Zmdof11和Zmdof12在穗部的表达量分别是根部的18倍、60倍、11倍和75倍以上,Zmdof19、Zmdof26、Zmdof27和Zmdof42在雄花中的表达量分别是根部的360倍、28倍、13倍和44倍以上,推测这些基因在玉米的雄花和穗的生长发育进程中具有重要的作用。(3)实时定量qRT-PCR方法显示,在硝态氮胁迫下有7个Zmdofs基因强烈诱导表达(>5倍),其中Zmdof12、Zmdof27和Zmdof42基因的表达超过10倍,表明这些基因参与调控硝态氮胁迫的响应途径;有7个Zmdofs基因受铵态氮胁迫的强烈诱导表达(>2倍),表明这7个基因在玉米应答铵态氮胁迫中起作用;有5个Zmdofs基因受PEG6000胁迫的强烈诱导表达(>2倍),其中Zmdof34的表达上调超过10倍;有8个Zmdofs基因受NaCl胁迫的强烈诱导表达(>2倍),其中Zmdof4、Zmdof11和Zmdof12的表达上调在10倍以上,表明这些基因在玉米抵御干旱或盐胁迫中起重要作用。

关键词： dof 玉米基因表达进化分析

Safety and Efficacy of Neoadjuvant dof [Docetaxel, Oxaliplatin, 5-Fluorouracil] Chemotherapy Regimen in Patients with Locally Advanced Gastric and Gastro-Esophageal Junction Cancers: A Single Center Experience from India

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Journal of Cancer Therapy 2020年第5期11卷 237-250页

作者： Vishal Kulkarni Satheesh Chiradoni Thungappa Shekhar Patil Vinu Sarathy Kiran Pura Krishnamurthy Rajesh Kumar Radheshyam Naik Department of Medical Oncology Health Care Global Enterprises Ltd. Bangalore India

Background:?The role of chemotherapy in Gastric Cancer is constantly evolving?with various neoadjuvant and adjuvant strategies. Several chemotherapeutic agents are used in the treatment of locally advanced gastric cancer (LAGC) namely Platinum based compounds (Cisplatin, Oxaliplatin), Fluoropyrimidines like 5-Flurouracil [(5-FU), Capecitabine)], Taxanes (Docetaxel) and Anthracyclines (Epirubicin). Various doublet and triplet combination chemotherapy regimens have been used for neo-adjuvant chemotherapy (NACT) in LAGCs. In this study we evaluated the safety and efficacy of docetaxel based triplet regimen dof [Docetaxel, Oxaliplatin, 5-Fluorouracil] in LAGC. Material and methods:?50 Newly diagnosed patients of Locally Advanced Gastric Cancer (stage II or III) deemed fit to receive chemotherapy were included in our study. After 3 cycles of neoadjuvant chemotherapy, patients were assessed based on radiological and pathological response.?Results: 50 Patients were included in our study of which majority were male (32), median age at presentation was 55 years and 24 patients presented with a history of gastrointestinal reflux disease (GERD). The most common hematological toxicities observed in our study were anemia (61.2%), neutropenia (42.6%, febrile neutropenia constituted 6%) and thrombocytopenia (13.2%). The most common gastro-intestinal [GI] toxicities observed in our study included nausea (69.2%), vomiting (31.2%), diarrhea (34%), oral mucositis (14%) and constipation (6.6%). We found that safety profile of dof regimen was favorable with majority of patients tolerating the regimen well. The Overall Response Rate (68%), Disease Control Rate (96%) and Resectability Rate (80%) were higher compared to western studies. Pathological CR (17.5%), ypN0?disease status (42.5%) and nodal down staging (52%), all showed positive correlations with survival outcomes. Conclusion:?dof regimen is an effective and feasible option for neoadjuvant treatment of LAGC in an Indian population

关键词： Locally Advanced Gastric Cancer (LAGC) Neoadjuvant Chemotherapy dof (Docetaxel Oxaliplatin 5-Fluorouracil) Safety Toxicity

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植物中的dof蛋白和dof转录因子家族

植物生理学通讯 2005年第4期41卷 419-423页

作者：郭晓芳严海燕中国科学院武汉植物园武汉430074

dof(DNAbindingwithonefinger)蛋白是植物所特有的一类转录因子。其N末端保守的单锌指dof结构域是既与DNA又和蛋白相互作用的双重功能域,识别的核心序列是AAAG;其C末端氨基酸序列较为多变,是dof蛋白的特异转录调控结构域。dof类转录因... 详细信息

dof(DNAbindingwithonefinger)蛋白是植物所特有的一类转录因子。其N末端保守的单锌指dof结构域是既与DNA又和蛋白相互作用的双重功能域,识别的核心序列是AAAG;其C末端氨基酸序列较为多变,是dof蛋白的特异转录调控结构域。dof类转录因子在植物中发挥着多种功能。拟南芥和水稻的dof转录因子家族为Aa、Bb、Cc、Dd4个同源基因群,同类群间可能具有相似或相反的功能。文章就这一问题的研究进展作了介绍。

关键词：转录因子 dof 单锌指结构 f蛋白植物家族 Do 氨基酸序列蛋白相互作用 with

拟南芥dof1基因原核表达载体的构建及应用

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西北农林科技大学学报（自然科学版） 2013年第2期41卷 195-202页

作者：王艺霖赵丽伟李昆志昆明理工大学生物工程技术研究中心云南昆明650500

【目的】构建拟南芥转录因子dof1基因的原核表达载体,进行原核表达并制备其蛋白抗体。【方法】利用RT-PCR方法从拟南芥中克隆转录因子dof1基因,将其连接到原核表达载体pET-32a(+)上,构建重组原核表达载体pET32a(+)-dof1,经酶切鉴定和测... 详细信息

【目的】构建拟南芥转录因子dof1基因的原核表达载体,进行原核表达并制备其蛋白抗体。【方法】利用RT-PCR方法从拟南芥中克隆转录因子dof1基因,将其连接到原核表达载体pET-32a(+)上,构建重组原核表达载体pET32a(+)-dof1,经酶切鉴定和测序验证后将其转化至大肠杆菌BL21中,经IPTG诱导后,纯化重组蛋白,以分离到的重组蛋白为抗原免疫小鼠制备抗血清,检测植物中dof1蛋白表达水平。【结果】成功构建了拟南芥转录因子dof1基因的原核表达载体pET32a(+)-dof1,在28℃、1mmol/L IPTG诱导6h的大肠杆菌中可高效表达分子质量约为42ku的重组蛋白,其分泌到细胞质中,不形成包涵体;Western-blotting检测结果证明,制备的抗血清有较好的抗原-抗体识别反应。【结论】成功实现了dof1基因的原核表达,制备出的重组蛋白dof1多克隆抗体可用于植物dof蛋白表达水平的检测,可为dof1基因的进一步研究奠定基础。

关键词： dof 转录因子载体构建原核表达