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DTLM-DBP:Deep Transfer Learning Models for DNA Binding Proteins Identification

Computers, Materials & Continua 2021年第9期68卷 3563-3576页

作者： Sara Saber Uswah Khairuddin Rubiyah Yusof Ahmed Madani Department of Computer Engineering Faculty of EngineeringArab Academy of Science and TechnologyEgypt Centre for Artificial Intelligence&Robotics Malaysia-Japan International Institute of TechnologyUniversiti Teknologi Malaysia

The identification of DNA binding proteins(dnabps)is considered a major challenge in genome annotation because they are linked to several important applied and research applications of cellular functions e.g.,in the study of the biological,biophysical,and biochemical effects of antibiotics,drugs,and steroids on *** paper presents an efficient approach for dnabps identification based on deep transfer learning,named“DTLM-DBP.”Two transfer learning methods are used in the identification *** first is based on the pre-trained deep learning model as a feature’s extractor and *** different pre-trained Convolutional Neural Networks(CNN),AlexNet 8 and VGG 16,are tested and *** second method uses the deep learning model as a feature’s extractor only and two different classifiers for the identification *** classifiers,Support Vector Machine(SVM)and Random Forest(RF),are tested and *** proposed approach is tested using different DNA proteins *** performance of the identification process is evaluated in terms of identification accuracy,sensitivity,specificity and MCC,with four available DNA proteins datasets:PDB1075,PDB186,PDNA-543,and *** results show that the RF classifier,with VGG-Net pre-trained deep transfer learning features,gives the highest ***-DBP was compared with other published methods and it provides a considerable improvement in the performance of dnabps identification.

关键词： dnabps deep transfer learning AlexNet 8 VGG 16 SVM RF

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