检索结果-南通市图书馆

检索条件"主题词=DNA无损压缩"

共 1 条记录，以下是1-10 订阅

全选清除本页清除全部题录导出标记到"检索档案"

详细简洁

排序：

基于上下文树的基因组数据无损压缩算法

基于上下文树的基因组数据无损压缩算法

引用

作者：孔令超云南大学

学位级别：硕士

随着基因组测序技术的高速发展,基因组数据量呈指数型增长,如何高效的压缩和存储各基因组序列成为重要研究问题之一。其中基于熵编码的统计压缩算法是基因组序列压缩领域中不可或缺的一部分,基于Context树模型的PPM（Prediction by part... 详细信息

随着基因组测序技术的高速发展,基因组数据量呈指数型增长,如何高效的压缩和存储各基因组序列成为重要研究问题之一。其中基于熵编码的统计压缩算法是基因组序列压缩领域中不可或缺的一部分,基于Context树模型的PPM（Prediction by partial matching）算法也逐渐成为了主流的基因组压缩算法中无损压缩环节的主要选择。由于所有符号经过逃逸机制后,PPM算法总是使用最高阶节点的概率分布对当前符号进行编码,但选择最高阶概率分布的计数统计可能并不充分,仍存在一定程度的“Context稀释”问题。为了解决这些不足,本文采用描述长度增量作为判断标准,对条件概率分布进行合并,为信源序列提供更合理的概率分布估计。首先,我们将待编码基因组序列分为两部分去处理。一部分称为有效符号,利用高频碱基符号来构建Context树模型。另一部分称为无效符号,只需记录它的符号,长度,起始位置等信息。在构建Context树模型的过程中,由于父节点的计数统计信息总是比子节点更充分,因此在PPM算法经过逃逸机制后,采用父节点的计数分布编码可能会得到更好的编码效果。其次根据子节点与父节点之间的相似程度,利用描述长度增量来判断是否选用父节点的概率分布。并设定阈值进行计数缩放,更好的反应和跟踪局部统计量的变化特征,使Context树模型能够随着输入流的变化得到更好的符号自适应性。实验结果表明,用描述长度增量去判断父子节点间的替代性具有更好的性能。相比于传统的PPM算法,本文的算法可以得到更好的压缩效率。不管是对较大的人类基因组序列还是对于较小的微生物基因组序列的无损压缩过程,运用本文的方法,都可以更好的降低基因组序列的存储空间。

关键词： dna无损压缩 Context模型 PPM算法描述长度

来源：

同方学位论文库评论

在线全文

同方学位论文库

学校读者我要写书评

暂无评论

全选清除本页清除全部题录导出标记到“检索档案”

共1页 << < 1 > >>

回到顶部

执行限定条件

欢迎您,

建议与咨询留下您的常用邮箱和电话号码，以便我们向您反馈解决方案和替代方法

时间限定

文献类型

馆藏选择

核心期刊

语言

文献类型

帮助

文字说明：

检索规则说明：

检索范例：

分类表

所选分类

限定检索结果

文献类型

馆藏范围

日期分布

学科分类号

主题

机构

作者

语言

在线全文

请选择保存的检索档案：

请选择收藏分类：

通借通还

欢迎您,

建议与咨询 留下您的常用邮箱和电话号码，以便我们向您反馈解决方案和替代方法

时间限定

文献类型

馆藏选择

核心期刊

语言

文献类型

帮助

文字说明：

检索规则说明：

检索范例：

分类表

所选分类

限定检索结果

文献类型

馆藏范围

日期分布

学科分类号

主题

机构

作者

语言

在线全文

请选择保存的检索档案： 新增检索档案 确定 取消

请选择收藏分类： 新增自定义分类 确定 取消

通借通还

建议与咨询留下您的常用邮箱和电话号码，以便我们向您反馈解决方案和替代方法

请选择保存的检索档案：

请选择收藏分类：