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中国大鲵非损害性dna取样及提取方法的比较研究

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动物学杂志 2022年第5期57卷 641-652页

作者：王金秀兰香英罗庆华邓克国梁志强蒋万胜吉首大学大鲵资源保护与综合利用湖南省工程实验室林产化工工程湖南省重点实验室张家界427000 吉首大学生物资源与环境科学学院吉首416000 湖南省水产科学研究所长沙410153

基于dna分子的研究方法在物种分类及系统学、生态遗传学、保护生物学等领域被广泛运用,但针对动物dna取样方法的比较研究整体上较为缺乏。动物dna取样要在对实验对象造成最小化影响和获得满足研究需要的dna之间保持平衡,这需要不断探索... 详细信息

基于dna分子的研究方法在物种分类及系统学、生态遗传学、保护生物学等领域被广泛运用,但针对动物dna取样方法的比较研究整体上较为缺乏。动物dna取样要在对实验对象造成最小化影响和获得满足研究需要的dna之间保持平衡,这需要不断探索取样方法的优缺点和适用性。本研究以人工繁育的水生有尾两栖动物中国大鲵(Andrias davidianus)为研究对象,比较口腔拭子、皮肤拭子、皮肤脱落物和尾静脉采血4种取样方式对dna质量的影响。另外,基于其中皮肤拭子样品,进一步比较试剂盒法、高盐法、苯酚氯仿法和磁珠法对dna提取效果的影响。结果表明,4种非损害性取样方法均能获取目标物种的dna,且均未对取样对象的行为或适合度产生明显影响,但在dna质量和浓度方面存在一定差异,其中,相对最好的为尾静脉采血,其次是口腔拭子和皮肤拭子,最差的为皮肤脱落物样品。而基于皮肤拭子样品采用4种不同DNA提取方法所获得的dna效果整体差异不大。本研究通过以中国大鲵作为水生和非皮毛类动物的代表类群,研究并总结了不同dna取样方法和提取方式的优缺点及注意事项,可为未来中国大鲵或其他珍稀濒危动物的非损害性取样方法及相关分子生态学研究提供借鉴。

关键词：非损害性取样非损伤性取样 DNA提取方法中国大鲵水生动物

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一种高通量提取桃dna方法的建立与应用

中国农业科学 2018年第13期51卷 2614-2621页

作者：张南南牛良崔国朝潘磊曾文芳王志强鲁振华中国农业科学院郑州果树研究所/国家桃葡萄品种改良中心/农业部果树育种技术重点实验室

【目的】dna制备是大规模基因型筛选和分子标记辅助选种的重要前提,本研究采用一种1.2 m L八联排管代替单个离心管,探索一种操作简便、节约时间、成本低的桃dna快速提取方法,以满足高通量遗传研究的需求,提高工作效率。【方法】以普通... 详细信息

【目的】dna制备是大规模基因型筛选和分子标记辅助选种的重要前提,本研究采用一种1.2 m L八联排管代替单个离心管,探索一种操作简便、节约时间、成本低的桃dna快速提取方法,以满足高通量遗传研究的需求,提高工作效率。【方法】以普通生长型桃（standard type,ST）‘中油桃8号’为母本,温度敏感半矮生型桃（temperature-sensitive semi-dwarf in Prunus persica,Pp Tssd）‘09-1-112’为父本,杂交获得F1代分离群体500株实生苗为载体,包括温度敏感半矮生型246株,普通生长型254株,建立一种高通量、低成本桃DNA提取方法。利用1.2 m L八联排管结合八通道移液器,简化提取步骤,提取桃幼嫩叶片中的基因组dna;通过紫外分光光度计和琼脂糖凝胶电泳对所提取的dna浓度、纯度和完整性进行检测。基于高分辨率熔解曲线（high resolution melting,HRM）,采用96孔板对温度敏感半矮生型桃和普通生长型桃共500个F1分离后代单株进行PCR扩增和基因分型,区分TSSDtssd基因型与tssdtssd基因型。基于双亲表型与基因型一致,开发In Del位点,PCR扩增后,采用SDS-PAGE在F1群体中进行验证,确定利用分离的dna是否正确区分不同基因型。【结果】分离的dna经紫外分光光度计检测,浓度范围约为25—200 ng·μL-1,OD260nm/OD280nm约为1.81—1.98,dna纯度较高;琼脂糖凝胶电泳条带清晰、单一,dna完整度较高。参考桃基因组（Version 2.0）,根据双亲深度测序数据,开发获得SNP标记SNP;p03;758620,应用于高分辨率熔解曲线基因分型,发现温度敏感半矮生型和普通生长型呈现明显不同的峰型,证明提取的dna模板可应用于HRM基因分型。基于双亲基因型与表型一致,开发In Del标记In Del;p03;829009,聚丙烯酰胺凝胶电泳的验证结果显示PCR扩增具有较高的强度,获得与目的片段大小一致的特异性条带,且在两种不同生长型单株中具有明显的多态性,表明PCR扩增稳定,提取的dna可用于基于In Del标记的多态性分析。使用该提取方法,每人每天可以完成1 000个样品的dna提取,成本较低,且不会对幼苗早期生长造成影响。【结论】建立了一种简便、有效、低成本的桃基因组DNA提取方法,可以满足基因分型、品种鉴定及遗传分析等分子生物学研究,实现了大批量不同样本基因组dna的同时提取,具有较高应用价值。

关键词：桃高通量 DNA提取方法

太岁DNA提取方法差异及对测知细菌结构的影响

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扬州大学学报（农业与生命科学版） 2021年第5期42卷 123-129页

作者：王朝江王世清高春燕李慧李聪河北省农林科学院经济作物研究所石家庄050051

以太岁取样的加水热溶解为特点设计4种提取方法,将提取效果好的2个dna样品用Illumina MiSeq高通量测序平台测序。结果表明:滤膜法(SI3)和研磨法均可获得显示电泳条带的dna,但前者能将太岁材料彻底破碎和滤除多糖;滤膜法样品测得优质序列... 详细信息

以太岁取样的加水热溶解为特点设计4种提取方法,将提取效果好的2个dna样品用Illumina MiSeq高通量测序平台测序。结果表明:滤膜法(SI3)和研磨法均可获得显示电泳条带的dna,但前者能将太岁材料彻底破碎和滤除多糖;滤膜法样品测得优质序列46676条,聚类OTU 1095个,比研磨法多154个,只包含1个序列相对丰度大于1%的共有OTU,特有1个序列相对丰度41.14%的OTU,是研磨法的237倍,但滤膜法样品香农指数反比研磨法低1.37%,并导致两者菌群结构在各分类水平上有着明显差别。太岁DNA提取方法深刻影响细菌结构测定结果,滤膜法dna菌群信息更真实,据其测知的优势结构为假单胞菌属(Pseudomonas)和不动杆菌属(Acinetobacter)。

关键词：太岁 DNA提取方法细菌结构高通量测序

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酸面团中微生物基因组DNA提取方法的优化

河南工业大学学报（自然科学版） 2021年第3期42卷 38-43,92页

作者：胡双李海峰符加珂李志建河南工业大学生物工程学院河南郑州450001 河南工业大学粮油食品学院河南郑州450001

为有效提高酸面团中微生物基因组dna的提取纯度与浓度,采用改良的CTAB法、STES法以及两种不同的基因组dna提取试剂盒对酸面团中微生物基因组dna进行了提取,并且重点优化了酸面团样品的前处理方法,经分光光度法和电泳法检测,确定了采用... 详细信息

为有效提高酸面团中微生物基因组dna的提取纯度与浓度,采用改良的CTAB法、STES法以及两种不同的基因组dna提取试剂盒对酸面团中微生物基因组dna进行了提取,并且重点优化了酸面团样品的前处理方法,经分光光度法和电泳法检测,确定了采用不同方法所获得dna产物的浓度与纯度。结果表明:离心沉淀法、洗去面筋法和烘干法3种前处理方法中,离心沉淀法更有利于酸面团中微生物基因组dna的提取;CTAB法和STES法所提取的基因组dna纯度较低(D(260)/D(280)>1.9),片段略小,存在RNA污染情况,作为模板扩增基因组中的16S rRNA基因时产物中的杂带较多;快速dna提取检测试剂盒法所提取的dna纯度低(D(260)/D(280)dna的提取;通用基因组dna提取试剂盒法所提取的基因组dna完整性较好,纯度较高,5 g酸面团样品中所提取的基因组dna浓度达到80.10 ng/μg,D(260)/D(280)为1.80,且进行PCR扩增时产物的杂带较少、亮度较高,是较为适合酸面团中微生物基因组dna的提取方法。

关键词：酸面团微生物基因组dna 前处理方法 DNA提取方法

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干制羊肉基因组dna不同提取方法的比较

核农学报 2020年第12期34卷 2762-2768页

作者：陈传君金鹭林华胡滨韩国全陈世界张婧安微四川农业大学食品学院四川雅安625000 成都海关四川成都610000

为了研究干制加工羊肉基因组dna的最佳提取方法,本试验采用传统酚-氯仿法、磁珠法、改良CTAB法、离心柱法分别提取干制处理后的羊肉基因组dna,并对4种方法提取的羊肉基因组dna浓度、纯度、完整性以及提取所需时间、PCR扩增效果等进行比... 详细信息

为了研究干制加工羊肉基因组dna的最佳提取方法,本试验采用传统酚-氯仿法、磁珠法、改良CTAB法、离心柱法分别提取干制处理后的羊肉基因组dna,并对4种方法提取的羊肉基因组dna浓度、纯度、完整性以及提取所需时间、PCR扩增效果等进行比较。结果表明,采用磁珠法提取dna的效果更好,dna浓度为118.87 ng·μL-1,A260/A280值为1.89,而且此方法具有提取时间短、效率高、污染小等特点。本研究结果为干制加工羊肉基因组dna的大批量提取和检测提供了参考依据。

关键词：干制羊肉 DNA提取方法磁珠法凝胶电泳实时荧光定量PCR

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石斛基因组DNA提取方法比较研究

中国食物与营养 2023年第7期29卷 26-30页

作者：潘映秋洪亮卢启寰李兆奎夏慧丽台州市食品检验检测中心/台州市药品检验研究院、台州市药物成分与掺伪鉴定技术重点实验室浙江台州318000

目的:比较3种基因组dna提取试剂盒对提取富含多糖多酚类物质的铁皮石斛和霍山石斛鲜叶及冻叶的提取效果。方法:对提取的dna进行纯度及产率检测、电泳质量分析及ITS2 PCR扩增效率检测。结果:市售基于蛋白酶K消化法的试剂盒不适用于石斛DN... 详细信息

目的:比较3种基因组dna提取试剂盒对提取富含多糖多酚类物质的铁皮石斛和霍山石斛鲜叶及冻叶的提取效果。方法:对提取的dna进行纯度及产率检测、电泳质量分析及ITS2 PCR扩增效率检测。结果:市售基于蛋白酶K消化法的试剂盒不适用于石斛dna提取;基于改良CTAB法的试剂盒更适用于需要较高dna模板量的石斛鲜叶的dna提取;基于改良SDS法的试剂盒更适用于石斛冻叶的dna提取,该法提取的鲜叶dna完整性最佳,更适用于对dna完整度要求较高的dna大片段的分析研究。结论:基于改良CTAB法和改良SDS法的试剂盒提取的石斛鲜叶及冻叶的基因组dna均适用于常规分子检测。

关键词：石斛 DNA提取方法 SDS法 CTAB法

三种DNA提取方法对半滑舌鳎肠道菌群高通量测序结果的影响

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天津农学院学报 2022年第3期29卷 29-35页

作者：葛仑华江博赟孙敬锋吕爱军胡秀彩陈丽梅天津农学院水产学院天津300392

本研究旨在分析不同DNA提取方法对半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis)肠道菌群结构分析结果的影响,并了解健康半滑舌鳎肠道菌群结构特征。通过溶菌酶结合超声波裂解法(CLU)、Zirmil-beating细胞破碎方法(ZBC)和QIA商业试剂盒三种方法提... 详细信息

本研究旨在分析不同DNA提取方法对半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis)肠道菌群结构分析结果的影响,并了解健康半滑舌鳎肠道菌群结构特征。通过溶菌酶结合超声波裂解法(CLU)、Zirmil-beating细胞破碎方法(ZBC)和QIA商业试剂盒三种方法提取半滑舌鳎肠道菌群基因组dna,采用Illumina MiSeq高通量测序分析三种方法提取的样品dna,比较其菌群结构特征和多样性。结果显示,三种方法提取的样品经检测共得到7516个OTU,而且鉴定的优势菌门一致,主要包括变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、螺旋菌门(Spirochaetae)、拟杆菌门(Bacteroidetes)。通过Alpha多样性指数分析,CLU、ZBC、QIA方法对应的Chao1指数分别为5668、5868、4090;Simpson指数分别为0.021、0.022、0.018,QIA方法的Chao1和Simpson指数均低于其他两种方法。基于UniFrac距离矩阵进行Beta多样性分析显示CLU和QIA方法提取的样品之间的微生物群落结构和物种丰富度更相似。本研究表明不同方法提取的dna经高通量测序分析鉴定到的主要优势菌群类别一致,但对一些丰度较低的菌群类别鉴定时存在偏差。

关键词：高通量测序 DNA提取方法半滑舌鳎肠道菌群组成结构

一种简单高效提取高质量转基因拟南芥和烟草dna的方法

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分子植物育种 2016年第6期14卷 1436-1440页

作者：余海霞罗聪徐趁何新华广西大学农学院广西大学亚热带农业生物资源保护与利用国家重点实验室南宁530004

本研究以转基因拟南芥和烟草叶片为材料,通过对dna提取操作步骤及试剂用量进行了优化,探索出了一种简单高效的转基因拟南芥和烟草DNA提取方法。实验结果表明,本方法提取的拟南芥和烟草dna条带清晰,完整,无降解,浓度较高,只有少量的蛋白... 详细信息

本研究以转基因拟南芥和烟草叶片为材料,通过对dna提取操作步骤及试剂用量进行了优化,探索出了一种简单高效的转基因拟南芥和烟草DNA提取方法。实验结果表明,本方法提取的拟南芥和烟草dna条带清晰,完整,无降解,浓度较高,只有少量的蛋白质残留。利用PCR技术对提取的dna样品进行检测,结果显示,所有的样品均能够扩增出目标条带,并且条带清晰。相比传统的拟南芥和烟草DNA提取方法,本方法具有简单,成本低,效率高,毒性低,时间短,提取dna浓度高、纯度高等优点,适合于大批量转基因dna的提取和鉴定。

关键词：拟南芥烟草 DNA提取方法

转基因玉米深加工产品中DNA提取方法的研究

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农产品加工 2022年第3期 38-41页

作者：王辉赵爱君张全军中华人民共和国东营海关山东东营257091 山东吉龙集团有限公司山东莱阳265200 潍坊工商职业学院山东潍坊262234

对转基因玉米深加工产品中dna的提取技术进行了研究。首先,通过经典CTAB法、CTAB初步改良法、CTAB有效改良法和煮沸法等4种方法提取了玉米片和爆米花中的dna;其次,用琼脂糖电泳检测法将dna进行了分离;再次,用紫外可见分光光度法检测出4... 详细信息

对转基因玉米深加工产品中dna的提取技术进行了研究。首先,通过经典CTAB法、CTAB初步改良法、CTAB有效改良法和煮沸法等4种方法提取了玉米片和爆米花中的dna;其次,用琼脂糖电泳检测法将dna进行了分离;再次,用紫外可见分光光度法检测出4种方法提取的dna的纯度。结果表明,4种方法中的CTAB有效改良法提取dna的完整性、纯度更好。

关键词：转基因玉米 DNA提取方法玉米片爆米花