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Regulable dna–protein interactions in Vitro and Vivo at Epigenetic dna Marks

CCS Chemistry 2020年第2期2卷 54-63页

作者： Guangrong Zou Chaoxing Liu Weiwu Zeng Wei Yang Kaiyuan Zhang Yalun Xie Cong Chen Xiang Zhou College of Chemistry and Molecular Sciences Key Laboratory of Biomedical Polymers of Ministry of EducationThe Institute for Advanced StudiesHubei Province Key Laboratory of Allergy and ImmunologyWuhan UniversityWuhanHubei 430072China

5-Formyluracil(5fU)is a vital dna marker that is widely distributed in the cells of organisms.A unique feature of 5fU is the possession of a potentially reactive aldehyde group in its structure that could realize addition and condensation ***,the biological functional details of 5fU remain mostly elusive,especially,regarding its relatedness with *** this current study,we show that 5fU bases have a strong affinity toward nucleosome core particles,and that could yield regulable dna–protein conjugates(DPCs)via chemical interactions between amino and aldehyde groups,and reductants could be applied to stabilize or dissociate the ***,we developed a photocaged method to exploit the relationship between 5fU and ***,by applying a combination of the existence of 5fU–histone interactions in vivo by ChIP analysis of histone H4 with liquid chromatography–mass spectrometry(LC–MS),we probed further,the DPCs’influence on nucleosome and ***,our results showed that the 5fU–protein interactions increase the occupancy and stability of nucleosomes,affect enzyme recognition,and block dna *** might imply that,in vivo,the DPCs between 5fU and nucleosome core particles might play a key role in 5fU-associated pathways such as dna repair,transcriptional regulation,or development.

关键词： dna–protein interactions epigenetic dna marks regulable photocaged

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